Fragrep： An Efficient Search Tool for Fragmented Patterns in Genomic Sequences

Many classes of non-coding RNAs （ncRNAs; including Y RNAs, vault RNAs, RNase P RNAs, and MRP RNAs, as well as a novel class recently discovered in Dictyostelium discoideum） can be characterized by a pattern of short but well-conserved sequence elements that are separated by poorly conserved regions of sometimes highly variable lengths. Local alignment algorithms such as BLAST are therefore ill-suited for the discovery of new homologs of such ncRNAs in genomic sequences. The Fragrep tool instead implements an efficient algorithm for detecting the pattern fragments that occur in a given order. For each pattern fragment, the mismatch tolerance and bounds on the length of the intervening sequences can be specified separately. Furthermore, matches can be ranked by a statistically well-motivated scoring scheme.     

不同浓度乙醇致小鼠急性酒精中毒与血糖关系的研究

目的研究不同浓度乙醇对小鼠醉酒的影响,筛选益生菌治疗急性酒精中毒的合适的酒精处理浓度,同时研究不同浓度乙醇对小鼠血糖的影响,探究急性酒精中毒程度与血糖的关系。方法将70只昆明小鼠随机分为对照组,乙醇浓度5.0mg/g组、6.0mg/g组、7.0mg/g组、8.0mg/g组、9.0 mg/g组和10.0mg/g组,记录小鼠死亡率并利用血糖仪检测小鼠血糖。根据前期结果,将50只昆明小鼠随机分为乙醇浓度5.5mg/g组、5.8mg/g组、6.1mg/g组、6.4mg/g组和6.7mg/g组,记录小鼠醒酒时间。结果 (1)小鼠在乙醇浓度为6.0、7.0、8.0、9.0和10.0 mg/g时死亡率分别为0%、60%、90%、100%和100%。(2)在乙醇浓度为5.5~6.7mg/g时,随着灌服乙醇浓度的升高,小鼠醒酒时间延长。(3)灌服乙醇浓度越高,小鼠血糖1h时内升高越迅速,1h后降低趋势越明显,7h血糖值低于正常值并持续下降。结论灌服乙醇浓度为6.0mg/g,可以作为合适的益生菌治疗急性酒精中毒模型。急性酒精中毒伴随血糖紊乱,乙醇浓度越高,血糖紊乱越剧烈。     

黑河流域中游地区净初级生产力的人类占用

基于Miami模型,对黑河流域中游净初级生产力的人类占用（HANPP）及其与生态系统多样性的关系进行了研究,并对HANPP与生态足迹（EF）指标在可持续发展评估方面的价值进行了比较.结果表明：HANPP的提高将降低生态系统多样性,研究区现状年的平均HANPP率为38.61%,肃州区和甘州区的HANPP已超过生态系统潜在生产能力的极限;结合气候变化和社会经济发展状况进行分析,未来40年黑河流域中游生态系统将面临更大压力.与生态足迹（EF）相比,HANPP更适于从生态系统功能变化角度评估区域发展的可持续性.     

固定化微生物对多环芳烃污染土壤的降解

利用微生物固定化技术,研究了微生物固定化菌剂对土壤中菲、蒽、芘、(艹屈)和苯并(a)芘的降解动态,并且采用Michaelis-Menton和Monod动力学模型对结果进行拟合.结果显示,4种处理(TB02、TB07、TBB03、TBB08)均有降解菲、蒽、芘、(艹屈)和苯并(a)芘的能力.其中,处理TB02的降解能力强、降解速率快、半衰期短且处理成本低,而处理TB07则需要较长时间作用于PAHs污染土壤,其降解能力才能充分发挥出来.当菲、蒽、芘、(艹屈)和苯并(a)芘的初始浓度均为20 mg·kg-1时,42 d后,TB02对菲、蒽、芘、(艹屈)和苯并(a)芘的降解率分别为84.32%、85.24%、82.59%、43.75%和62.25%; 133 d后,TB07对5种污染物的降解率分别为95.00%、95.24%、90.93%、74.82%和72.20%.通过比较5种污染物半衰期,其可降解性由大到小依次为菲、蒽、芘、苯并(a)芘、(艹屈).     

CBSG-PPI:基于图神经网络的蛋白质-蛋白质相互作用的预测算法

为提高蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)预测的准确性,并深入探索细胞信号传导和疾病发生的生物学机制,本文提出一种简称为CBSG-PPI的预测算法。该算法首先利用3层前馈网络来处理蛋白质的k-mer特征,采用CT方法和Bert方法提取蛋白质的氨基酸序列以及使用卷积神经网络提取蛋白质的序列特征,再结合图神经网络和多层感知机来准确预测PPI。与现有的预测技术相比,CBSG-PPI在准确率、 F1分数、召回率和精确率等多个关键性能指标上展现了明显的优势,在公开数据集上分别达到了0.855、 0.853、 0.840和0.866的高分。此外,本算法采用了一种改进的参数调整方法,显著提高了计算效率,其预测速度比传统算法快了约140倍。这一显著的性能提升,不仅证实了CBSG-PPI在预测PPI方面的研究价值,也为未来蛋白质间相互作用网络的构建和分析提供了有用的计算工具。     

几种椎间盘退变动物模型的建立和应用

椎间盘退变是一种年龄相关的退行性疾病,是引起下腰痛的主要因素,严重影响病人的生活质量,并显著增加家庭的经济负担。目前,缺少椎间盘退变的有效干预和治疗手段,部分原因是其发病机制尚未阐明。椎间盘退变动物模型的构建对于阐明该疾病的病理机制至关重要。椎间盘退变是一个复杂的过程,受机械应力、结构损伤、生物化学与基因表达等多种因素的影响。本文总结了应用异常机械应力、结构损伤、生物化学或化学诱导和基因敲除等方式构建的椎间盘退变动物模型。生物力学是维持椎间盘稳态的重要因素,异常的机械应力会导致椎间盘退变。同时,椎间盘退变常伴随结构性损伤,椎间盘结构破坏也会导致椎间盘发生退变。此外,生物化学或化学诱导和关键基因敲除也会导致椎间盘退变。本文按照造成异常机械应力的因素将机械应力模型分为加压模型和失稳模型;按照椎间盘结构将结构损伤模型分为髓核与纤维环损伤模型和软骨终板损伤模型。总结了生物化学或化学诱导模型以及新型的基因敲除模型。讨论了不同类型椎间盘退变动物模型的可能应用和局限性。     

福建省多花黄精生态适宜性区划研究

通过研究多花黄精(Polygonatum cyrtonema)的生态适宜性,为其野生资源保护及人工规范化栽培提供依据。收集237份多花黄精分布位置和55个生态因子,导入最大熵(MaxEnt)模型运算,结合地理信息系统(GIS)分析其适合生长区域。结果表明,影响多花黄精生态适宜性的主要生态因子是3月降水量、年均降水量、6月降水量、5月降水量、4月降水量、2月降水量和最冷季降水量,在福建省具有广泛适宜生长区域。模型预测结果可靠,可为多花黄精野生资源保护提供参考,并为其科学种植提供指导。     

城市主城区立体模型的构建与风环境模拟——以广州主城区为例

以22 km×21 km的广州主城区为例,以40 m建筑间距作为风道宽度低限、用容积高度对建筑高度赋值和垂向拔高为建模特色,概括构建了城市尺度的立体模型。在此基础上,分别模拟了广州主城区中性流条件下,弱风（2 m/s）和强风（5 m/s）、近地面10、25、50 m三个高度的风环境。模拟表明：来流5 m/s下主城区存在不同风速等级、不同平面形态以及不同高度面的风道;白云山、珠江新城等面积较大的地形或建筑高地形成了减速明显的背风区条带,并相互组合形成了重要的风口和具有较高基面的强风道;在不同高度上主城区风速均由周边向城市中心降低;风道风速强烈地依赖于风道走向,风道风速与走向夹角呈三次函数递减,两者拟合优度R²为0.512。模拟结果很好地呈现了城市尺度宏观地形白云山和建筑密集区相互间的作用,反映了城市尺度模型构建与模拟的优势。     

高阶相互作用对宿主-寄生群落动态的影响

物种间相互作用是影响生物群落稳定性和多样性的重要因素。基于Lotka-Volterra竞争模型,通过构建多宿主种群的种内和种间高阶相互作用模型,研究宿主种群的间接竞争效应对寄生群落动态的影响机制。为有效地揭示高阶作用对种群动态的影响,通过对比宿主-寄生群落的现象模型以及机制模型,利用机制模型产生的合理数据集对现象模型中高阶项的参数进行拟合,进而探讨了高阶相互作用在群落动态中的作用。结果显示,完整的高阶相互作用模型在描述多宿主-寄生系统的群落动态中表现最优,而直接相互作用模型对群落动态的描述相对较差,即同时考虑种间和种内的高阶相互作用模型更加符合机制模型所描述的群落动态。此外,种内高阶作用和种间高阶作用产生不对称效应,宿主间的种间高阶作用对群落产生的影响较种内高阶作用更为显著。该研究结果在一定意义上丰富了宿主-寄生生物群落的稳定性研究,为理解物种间相互作用的多样性研究提供了依据。     

红松人工林林木果实产量预估模型

以黑龙江省佳木斯市孟家岗林场红松人工林为研究对象,基于在12块固定样地中测定的579株红松单株结实量数据,采用Logistic回归模型及非线性回归模型构建了红松单木果实产量预测模型。首先,根据各样木的结实情况,采用SAS9.22统计软件建立了人工红松单株木结实与否的Logistic概率模型,并作为判断林木是否结实的基础模型。然后,通过分析红松人工林单木结实量与林木各调查因子的关系,构建了单株木果实产量的非线性预测模型。结果表明,文中建立的Logistic模型判断红松结实的正确率在65%以上。通过分析拟合效果,选择y=a(D2CW)b作为红松人工林果实产量预估的最优模型,其预估精度为77%,残差分布均匀,模型的拟合效果较好。最后采用2号样地实测的果实产量数据对两个模型同时进行了检验,结果表明该样地结实量的预估精度为92.78%。本研究为人工红松果实产量的预测提供了可行的方法。