用模式识别方法预测蛋白质的二级结构

本文建立了用模式识别理论和技术在计算机上预测蛋白质二级结构的方法.特征的抽取和样本的选择是使用该方法的关键.这一方法与其他方法相比各有特色,预测精度也比较高,鉴于目前国内外将此方法用于蛋白结构预测的研究的还不多,我们拟进一步发展、完善这一方法.     

基于生态位模型的番荔枝实蝇潜在适生性分布预测

番荔枝实蝇Ceratitis artortoe(Graham)是一种重要的外来人侵性检疫害虫.在广东口岸,其幼虫连续从入境旅客所携带的水果中被榆出.目前关于番荔枝实蝇潜在适生性分布的研究进行得很少,但对于我国的生物生态安全却有重要意义.本研究中,我们使用3种牛态位模型(ENFA模型,马氏典型性模型和Maxent模型)对番荔枝实蝇在中斟以及全球范尉内的潜在适生性分布区域进行了预测分析.结果显示:Maxent模型拥有最好的预测精确度,马氏典型件模型次之,而ENFA模型的预测精确度最差;Maxent模型和马氏典型性模型的预测精确度无显著性差异;根据Maxent模型的预测结果,番荔枝实蝇在中国的潜在适生区主要是广西、广东、海南以及云南的少部分地区.分析结果显示,番荔枝实蝇从境外传人中国南部地区并最终在上述地区定殖的风险可能性存在,但风险较小.另外,折刀法(Jackknife)分析显示,6种环境因子,例如地面霜冻频率、年平均降雨量、十月降雨量、四月降雨量、年最低温度以及蒸气压,对于番荔枝实蝇在全球和局部地区的分布模式有显著的影响.     

玉米雄穗性状遗传结构与形成分子机制*

玉米为雌雄同株异花植物,其雄穗着生于植株顶部,雌穗腋生。雄穗一方面需产生足量花粉以保证雌穗授粉结实,另一方面由于对下部叶片的遮蔽作用和自身营养需求,其生长发育会同时影响叶片光合作用效率和能量分配,因此优化雄穗结构是提高玉米产量的重要措施之一。玉米雄穗性状包括雄穗分枝数、雄穗分枝长度、雄穗主轴长度、雄穗分枝总长度、雄穗分枝角度等,均为多基因控制的数量性状。自20世纪90年代,研究者开始利用数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)定位方法解析玉米雄穗性状遗传结构;随着玉米自交系B73等参考基因组释放,以及DNA微阵列、基因组重测序等高通量基因分型技术的日益成熟,全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)成为数量性状遗传研究的主流方法,目前已鉴定出大量玉米雄穗性状遗传位点。通过总结雄穗性状遗传定位研究结果,构建一致性图谱并挖掘定位热点区间,有助于进一步了解雄穗性状遗传结构特征及指导雄穗性状候选基因克隆。此外,通过对调控雄穗发育的已知基因进行功能分类,可为解析玉米雄穗发育的遗传网络和调控通路提供理论支撑。     

水牛ApoB基因多态性与泌乳性状关联分析

本研究旨在探究水牛(Bubalus bubalis)载脂蛋白B基因(ApoB)在地中海水牛群体中的遗传多态性,并与地中海水牛泌乳性状进行关联分析,筛选水牛产奶性状分子标记。本研究以350头地中海纯种奶水牛为研究对象,利用直接测序法和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)法筛选基因多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)与基因分型,并进一步分析单倍型与泌乳性状的相关性。结果显示,在地中海水牛群体ApoB基因中筛选到10个SNPs,分别位于启动子(g.-1718A>G、g.-1823G>C和g.-2063A>C)、第7内含子(g.8105G>A)、第26内含子(g.30643G>A)、第5外显子(g.5903G>A)、第26外显子(g.30879T>C、g.33638A>C和g.37375G>A)和第29外显子(g.40787A>G)区域。10个SNPs位点多态信息含量均大于0.25且小于0.5,属于中度多态。其中g.-1718A>G、g.-1823G>...     

利用阵列分析水稻AP2/EREBP 家族基因的表达特性

AP2/EREBP蛋白是广泛存在于高等植物中的且包含AP2/EREBP功能域的重要转录因子家族, 通常可分为包含单功能域的EREBP类蛋白和包含两个功能域的AP2类蛋白, 它们的功能涉及植物生长发育调控和对逆境应答等许多方面。据预测,水稻基因组编码150个左右的AP2/EREBP 家族成员, 但目前绝大多数蛋白的功能仍不清楚。为了解这些基因在水稻不同器官中的表达特性, 我们以AP2/EREBP功能域的氨基酸序列为基础, 从水稻基因组数据库中搜索到12个AP2类以及20个EREBP类预测基因, 利用PCR扩增的编码区序列制备了这些预测基因的macro-array。 以幼芽、幼根、幼叶、颖花和灌浆期成熟叶的 cDNA为探针, 杂交分析结果显示: 不同AP2类预测基因之间的表达量差别较大, 但同一个基因在不同器官中表达量基本一致; 与此不同的是, 大部分EREBP类预测基因在幼根和成熟叶片中表达量较高, 而在幼芽和幼叶中表达量较低。这些预测基因的表达模式可能与它们的功能密切相关。     

陆地棉纤维长度和强度的优异位点挖掘及其候选基因预测

纤维长度和强度是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)纤维品质性状中的2个关键性状,其遗传基础的解析对优质棉品种培育具有重要意义.本研究以315个陆地棉品种(系)为关联分析群体,利用混合线性模型(MLM,mixed linear model)对来自5个环境的纤维长度和强度进行全基因组关联分析(GWAS,g...     

埃博拉病毒来源miRNA的研究综述

近年来,随着对microRNA（miRNA）的广泛研究,人们发现,不仅有细胞结构的生物具有产生miRNA的能力,无细胞结构的病毒同样具有产生miRNA从而影响自身复制及调控宿主基因表达和信号通路的能力。埃博拉病毒（Ebola virus,EBOV）已经多次导致一定规模的流行,病毒的高致死率和复杂的致病机制引起了人们的高度重视,多项研究指出EBOV具有产生miRNA的能力,且在其感染过程中发挥一定的作用。本文对埃博拉病毒来源miRNA的预测、证实及检测相关研究进行综述,以期为全面了解EBOV来源的miRNA提供参考。     

血清Irisin、TMAO、MIF与慢性心力衰竭合并心房颤动患者预后的关系及其预测价值研究

摘要 目的：探讨血清鸢尾素（Irisin）、氧化三甲胺（TMAO）、巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）与慢性心力衰竭（CHF）合并心房颤动（AF）患者预后的关系及其预测价值。方法：选取2020年1月～2023年1月甘肃省人民医院收治的CHF合并AF患者175例纳入合并AF组,根据预后情况分为预后不良组和预后良好组。另选取同期收治未合并AF的CHF患者100例纳入未合并AF组。通过酶联免疫吸附法检测血清Irisin、TMAO、MIF水平。采用多因素Logistic回归分析CHF合并AF患者预后的影响因素,受试者工作特征（ROC）曲线分析血清Irisin、TMAO、MIF对CHF合并AF患者预后不良的预测价值。结果：与未合并AF组比较,合并AF组血清Irisin水平降低,血清TMAO、MIF水平升高（P＜0.05）。与预后良好组比较,预后不良组血清Irisin水平降低,血清TMAO、MIF水平升高（P＜0.05）。随访6个月,175例CHF合并AF患者预后不良发生率为26.29%。多因素Logistic回归分析显示,纽约心脏病协会（NYHA）心功能分级Ⅲ～Ⅳ级和N末端前体B型钠尿肽（NT-proBNP）、TMAO、MIF升高为CHF合并AF患者预后不良的独立危险因素,Irisin升高为独立保护因素（P＜0.05）。ROC曲线分析显示,血清Irisin、TMAO、MIF联合预测CHF合并AF患者预后不良的曲线下面积（AUC）为0.919,大于血清Irisin、TMAO、MIF单独预测的0.787、0.780、0.777。结论：CHF合并AF患者血清Irisin水平降低,TMAO、MIF水平升高,且与预后不良密切相关。血清Irisin、TMAO、MIF水平联合检测对CHF合并AF患者预后不良具有较高的预测价值。     

血清Irisin、SOST、H2S与膝骨关节炎合并骨质疏松症患者骨密度、骨代谢标志物的相关性及其预测价值

摘要 目的：探讨血清鸢尾素（Irisin）、骨硬化蛋白（SOST）、硫化氢（H₂S）与膝骨关节炎（KOA）合并骨质疏松症（OP）患者骨密度、骨代谢标志物的相关性,分析Irisin、SOST、H₂S预测KOA合并OP的价值。方法：选取2020年4月至2023年4月我院收治的179例KOA患者,根据是否合并OP将其分为OP组（68例）和非OP组（111例）。检测血清Irisin、SOST、H₂S和骨代谢标志物骨钙素（OC）、骨碱性磷酸酶（BALP）、Ⅰ型原胶原N-端前肽（PINP）、抗酒石酸酸性磷酸酶异体（TRACP5b）水平,股骨颈、腰椎L1～4骨密度。Pearson分析血清Irisin、SOST、H₂S与股骨颈、腰椎L1～4骨密度和血清骨代谢标志物的相关性,受试者工作特征（ROC）曲线分析血清Irisin、SOST、H₂S对KOA合并OP的预测价值。结果：OP组血清Irisin、H₂S、OC、BALP、PINP水平,股骨颈、腰椎L1～4骨密度低于非OP组（P＜0.05）,TRACP、SOST水平高于非OP组（P＜0.05）。OP组血清Irisin、H₂S水平与股骨颈、腰椎L1～4骨密度,血清OC、BALP、PINP水平呈正相关（P＜0.05）,与血清TRACP水平呈负相关（P＜0.05）;SOST水平与股骨颈、腰椎L1～4骨密度,血清OC、BALP、PINP水平呈负相关（P＜0.05）,与血清TRACP水平呈正相关（P＜0.05）。Irisin、SOST、H₂S预测KOA合并OP的曲线下面积为0.784、0.773、0.755,联合预测KOA合并OP的曲线下面积为0.908,高于单独预测。结论：KOA合并OP患者血清Irisin、H₂S水平降低、SOST水平增高,低水平Irisin、H₂S和高水平SOST与骨密度降低、骨代谢异常有关,可用于预测KOA合并OP患者骨代谢异常状态和骨质流失风险。