基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略简介

随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要.就基于第二代测序技术的细菌基因组和转录组研究策略进行综述,并简要介绍细菌基因组和转录组研究中的机遇和挑战.综述细菌基因组与转录组研究的常规方法及步骤,并简要地介绍存在的问题.细菌基因组和转录组研究策略为大多数细菌的研究提供了一个...     

番茄青枯病拮抗菌的筛选

利用点接法从山东寿光和苍山不同种植年限的蔬菜大棚中分离得到的45株菌株以及实验室保存的19株菌株中,筛选到14株对番茄青枯病病原细菌有拮抗作用的菌株,然后通过牛津杯法复筛得到6株抑菌效果较好的细菌株。通过温室盆栽试验表明拮抗菌X10的防治效果最好,液体菌剂防治效果达到了81.8%,固体菌剂防治效果达到了65.4%,具有良好的应用前景。对菌株X10进行了培养特征、形态特征和生理生化特征测定,鉴定为侧胞短杆芽胞杆菌(Brevi Bacillus laterosporus)。     

不同pH条件下细菌视紫红质的共振拉曼光谱研究

本实验测定了不同pH条件下嗜盐菌紫膜中细菌视紫红质(bR)的共振拉曼光谱.13-顺式视黄醛生色团的特征峰1187cm~(-1)和全反式、13-顺式共有的特征峰1200cm~(-1)带强度之比I_(1187)/I_(1200)在pH1.0-8.9之间约为0.76,而pH高于8.9为0.97.pH3.0-9.0时C=NH~ 振动峰为1640-1642cm~(-1),pH9.4以上为1642-1644cm~(-1),pH9.2附近变化最大,pH3.0以下低于1640cm~(-1).酸性和弱碱性范围时,19-CH_3和20-CH_3的面内变形振动与面外变形振动相互重叠,碱性范围分为双峰.并讨论了对结构及其稳定性的影响.     

2 368株自动培养临床分离菌细菌谱分析

目的：了解本地区血(体)液中临床感染细菌的分布情况。方法：采用Mini VITAL全自动荧光血培养仪和VITEK32自动细菌鉴定仪对我院1999年1月～2002年12月临床送检的8362人份16395瓶血(体)液标本的培养结果作回顾性分析。结果：16395瓶临床血(体)液标本需氧和厌氧培养,3894瓶细菌培养阳性,总阳性率23．8％(血液23．2％,体液28．6％),专性厌氧菌占除甲型副伤寒沙门菌外的其他感染菌的3．7％;共检出各种感染菌41属96种2368株,革兰阴性杆菌：革兰阳性球菌：酵母样真菌=86．0：11．8：0．6;有77．3％的兼性厌氧菌同时在需氧和厌氧环境都生长,10．3％和12．4％只在需氧或厌氧培养中生长。结论：除传染病因素外,血(体)液中的感染菌群组成以革兰阳性球菌为主;同时做血(体液)标本的需氧和厌氧培养,可以提高细菌培养阳性率。     

微生物在有机质沉积和埋葬过程中的作用——古老的沉积记录

本文对现代海洋以及海洋沉积物中四种来源的有机质(海水的可溶有机质,海雪和颗粒有机质,底质表面的生物席以及陆源输入的有机质)的形成机理和沉积规律进行了解析与归纳;介绍了当前海洋学所流行的观念,列举烃源岩生烃母质研究的部分实例,展示了寒武、奥陶、志留和二叠纪烃源岩中保存的显微与超显微有机组份(寒武系细菌状化石、可能的微微型疑源类以及寒武系与志留系的胞外聚合物、二叠系微微型浮游生物状化石)。可以认为粘土有机复合体,海雪、生物席和有机质的陆源输入是从源头上影响烃源岩发育的四大主要母质类型。它们的各自发育又受许多因素的控制。但是,在有机质沉积和埋葬过程中,我们总能发现微生物的身影。     

一种提取小鼠肠道中活体微生物的方法

目的 建立一种有效的肠道微生物提取方法,用于基于培养方法研究肠道微生物.方法 研究NaCl溶液体积、内容物振荡时间、离心转速和高速离心次数对肠道微生物提取数量、质量及其活性的影响.结果 在盛有适量玻璃珠的三角瓶中,将肠道内容物与0.85％的NaCl溶液按质量体积比(g∶mL)不大于1∶10进行混合,120 r/min漩涡振荡30 min,500 r/min离心5 min去除沉淀,将上清液分装于EP管中12 000 r/mim高速离心1次,弃去上清,在EP管中加入0.85％ NaCl溶液进行漩涡振荡使菌体充分分散,即可得到提取完全、质量高的小鼠肠道微生物.结论 该方法能够提取足够多的肠道微生物,并且保持其活性.     

不同提取剂对粗细菌素提取效果的影响

摸索并建立了粗提细菌素的方法。从粗提细菌素的能力和活性保留两个方面,比较了酸沉淀法和硫酸铵沉淀法的优劣。结果发现,相对于硫酸铵沉淀法,酸沉淀法能够获得更多的粗细菌素,蛋白总量提高了28.7%。且酸沉淀法得到的粗细菌素的比活性比硫酸铵沉淀法提高了55.5%,单位效价是硫酸铵沉淀法的2倍。比较了不同有机溶剂抽提以上沉淀物,综合考虑细菌素得率及活性,发现三氯甲烷的抽提效果较好。     

菜籽饼肥对香蕉枯萎病的防效及其对土壤细菌的影响

研究菜籽饼肥对香蕉枯萎病的防治效果,探究菜籽饼肥施用后对土壤细菌群落的影响.设置2组实验,CN组为菜籽饼肥处理组,YN组为对照实验组.种植120d后,统计各组的发病率;利用qPCR技术检测2组中的FOC4孢子数量;采集2组土壤,利用Illumina Miseq高通量测序平台对CN处理组与YN对照组的土壤细菌群落结构和差异进行分析对比.实验研究发现:(1)施菜籽饼肥的CN处理组枯萎病发病率比YN对照组低63.33％;施用菜籽饼肥的处理土壤中FOC4的数量由2.94×104个/克土下降为1.96×103个/克土,YN对照组土壤中FOC4孢子的数量由2.94×104个/克土上升为4.55×105个/克土,CN处理组较YN对照组枯萎病菌数量下降了 2个数量级;(2)土壤细菌宏基因组微生物分类测序结果显示,CN处理组的Alpha多样性指数均优于YN对照组,这表明施用菜籽饼肥后增加了土壤细菌群落的丰度及多样性;(3)在门水平上,菜籽饼肥处理增加了变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度,同时也降低了酸杆菌门(Acidobact-eria)、厚壁菌门(Firmicutes)和Patescibacteria等菌门的相对丰度;在属水平,CN处理组中的不动杆菌属(Aci-netobacter)、水杆菌属(Aquabacterium)、热单胞菌属(Thermomonas)、产黄杆菌属(Rhodanobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)和奥托氏菌属(Ottowia)等菌属的相对丰度较YN对照组有明显提高,而酸热菌属(Acidother-mus)、Bryobacter菌属以及Acidipila等菌属相对丰度较YN对照组有所减少.施用菜籽饼肥可以改变土壤中细菌的群落结构,显著降低土壤中FOC4孢子数量,从而降低香蕉枯萎病的发病率.本研究结果为菜籽饼肥用于香蕉枯萎病综合防控提供了理论依据.     

棉花根际亲和性高效促生细菌的分离筛选

为了从棉花根际土壤筛选能与棉花凝集素具有亲和作用的高效促生细菌,以选择性培养基从棉花根部初步筛选具有固氮能力、解磷能力及解钾能力的促生细菌,再以异硫氰酸磺(FITC)标记的棉花凝集素为复筛工具,从棉花根际促生细菌中筛选能与棉花凝集素结合的亲和性菌株,分别挑选2株固氮菌、2株解磷细菌和2株解钾细菌作为微生物肥料接种到棉花根部进行盆栽试验.观察其在根部定殖情况.结果是在选择性平板上有20%～30%的菌株具有凝集素染色阳性.盆栽试验显示,接种的6株亲和性菌株能在棉花根部成功定殖,根际细菌数量约是灭活对照的`0倍.通过初步鉴定,固氮菌株N1111为固氮菌属(Azotobacter),N2121属于德克斯氏菌属(Derxia);解磷菌株P2126属于黄单胞菌属(Xanthomonas),P1108菌株为假单胞菌属(Pseudomonas);解钾菌株K2204和K2116属于芽孢杆菌属(Bacillus).