Matrix Generator(MG):一个基于DNA片段的0/1矩阵生成程序

分子群体遗传学研究的特点是取样量大--存在于群体样本中的遗传变异必须要充分代表该群体和该物种的遗传变异量及分析的位点数多--位点样本必须恰当代表基因组.大样本的群体取样和位点取样产生大量的原始数据,使原始数据人工处理非常困难甚至不可能,从而迫切需要原始数据处理的自动化.目前一些大公司提供的凝胶图像收集仪器和配套的软件已经使原始数据的获取基本上自动化或半自动化.获得DNA片段分子量数据后,必须把这些分子量数据转变成可反映操作单位(样本)之间关系的数据矩阵,原来用于计算分子量的那些软件已不实用或派不上用场.目前,除了用于fAFLP的Binthere弥补了部分不足外,还没有此类软件.Binthere存在固定栏宽(Bin)的缺陷,也就是将分子量最大值与最小值之间等分的方法来归纳不同操作单位(OUT)之间的异同,使得分子量绝对值差很小的数据可能被归入不同的栏,导致结果不正确.为了解决这类问题,我们设计编写了一个新的软件,取名为Matrix Generator(MG).与同类软件相比,MG具有两个主要优点:(1)采用动态栏宽和智能归并算法,克服了固定栏宽可能造成的错误;(2)可用于非荧光标记的分子标记技术.MG的基本思路是:分子量差异越小的片段,越可能是同缘片段,越应该处于相同的栏内.为此,我们采用绝对对应的动态过程.也就是说,从最小分子量到最大分子量之间的栏目数不是事先确定,而是由所分析的所有样品的特点和所使用的凝胶的分辨率(用户根据凝胶的特点给出数值)决定的.当两片段的差异小于凝胶所能达到的分辨率时,两片段被认为是同缘片段而归入相同的栏内.归并的过程从差异最小值开始,直至任意两片段的差异都大于凝胶的分辨率为止.这样就排除了同缘片段被隔离或者非同缘片段被合并的错误,从而使最可能同缘的片段归结在同一位点.MG第一版(V1.0,DOS版)集中体现了实用和易用的优点而没有包含同类软件所具有的一些功能,所以MG必须与其他软件结合使用.对于非荧光标记的分子标记技术,如RAPD、RFLP、AFLP等,可用Quantity One等软件得到分子量,用Excel生成样品与(分子量数据代表的)DNA片段矩阵,然后用MG处理.对于荧光标记的分子标记技术,如fAFLP、fSSR等,除可以用Excel生成矩阵外,可直接用Binthere和Genotyper等生成分子量矩阵,然后用MG处理.MG输出的矩阵经过适当编辑后,就可用后续的软件如Paup、Ntsys、Philip等运算.为了检验MG的有效性,我们用六道木属(Abelia)的AFLP分析数据进行检验,14个样品的DNA片段分别用Binthere和MG进行处理.前者得到295个含信息的位点,后者得到210个含信息的位点.用Nei and Li(1979)的算法分别计算距离矩阵并对两距离矩阵作Mantel检验.结果,两矩阵之间存在一定的差别,但相似性系数高达0.941 63,说明两种方法总体上会得到相似的结果,但局部会有所不同.用Paup对两矩阵作进一步分析,生成两个Neighbor-joining(NJ)树.结果表明,MG生成的数据更符合实际情况,而且分辨率高.     

染料木素4＇-O-β-D-吡喃木糖苷的合成与表征

以染料木素为原料,采用相转移催化法与乙酰溴代木糖反应,首次选择性地合成了染料木素4＇-O-β-D-吡喃木糖苷。采用聚酰胺柱层析、制备高效液相色谱进行分离纯化得到产物并对其进行了IR、^1H、^13CNMR和MS结构表征。     

浙江省厚叶石斑木天然群落特征分析

对浙江省9个厚叶石斑木〔Rhaphiolepis umbellata(Thunb.)Makino〕天然群落的物种组成、表型性状、物种多样性和群落相似性进行了调查分析。结果表明:浙江省厚叶石斑木天然群落的物种数量相对较少,共有维管植物39科58属63种;生活型以常绿木本为主,1年生和2年生草本所占比例最小;优势科包括山茶科(Theaceae)、禾本科(Gramineae)、百合科(Liliaceae)、菊科(Compositae)和蔷薇科(Rosaceae),优势属包括柃木属(Eurya Thunb.)、芒属(Miscanthus Anderss.)、石斑木属(Rhaphiolepis Lindl.)、山菅属(Dianella Lam.)和海桐花属(Pittosporum Banks)。根据灌木层优势种的重要值,9个厚叶石斑木天然群落可分为8个类型:滨柃〔Eurya emarginata(Thunb.)Makino〕灌丛、厚叶石斑木+檵木〔Loropetalum chinense(R.Br.)Oliv.〕灌丛、厚叶石斑木+海桐〔Pittosporum tobira(Thunb.)Ait.〕灌丛、滨柃+赤楠(Syzygium buxifolium Hook.et Arn.)灌丛、厚叶石斑木灌丛、厚叶石斑木+大叶胡颓子(Elaeagnus macrophylla Thunb.)灌丛、海桐灌丛和厚叶石斑木+滨柃灌丛。9个群落中,厚叶石斑木的叶片、果实和种子等表型性状变异丰富,叶长、叶宽、叶片长宽比、单果鲜质量和种子鲜质量分别为3.58~5.70 cm、1.38~3.01 cm、2.11~2.43、0.19~0.60 g和0.09~0.30 g,变异系数的均值分别为12.7%、17.5%、12.4%、24.4%和31.8%;灌木层和草本层的物种丰富度、Simpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielou均匀度指数最高的群落分别是位于普陀区元山岛的群落Ⅲ和位于玉环县大鹿岛的群落Ⅶ。在各群落中,灌木层的物种丰富度和Shannon-Wiener指数总体上大于草本层,Simpson指数无明显规律性,草本层的Pielou均匀度指数大于灌木层。不同群落间植物种类变化明显,9个群落的相似性系数为0.160~0.625。研究结果表明:浙江省厚叶石斑木天然群落遗传多样性丰富。     

4种木霉菌对棉花黄萎病菌抑制作用的测定

以绿色木霉(Trichoderma viride)、康氏木霉(Trichoderma koningii)和二株未知木霉菌株(Trichoderma spp.)为供试木霉菌株,采用对峙培养法测定了不同温度处理下对棉花黄萎病菌(Verticilliam dahliae)的拮抗作用。结果表明,木霉在不同温度下对棉花黄萎病菌的抑制作用不一,其中以30℃和25℃黑暗条件下木霉对棉花黄萎病菌菌丝生长的抑制作用最强,对峙培养5d后,绿色木霉、康氏木霉和二株未知木霉菌在30℃条件下对棉花黄萎病菌的抑制率分别达到67.3%、65.9%、56.8%、65.9%,25℃条件下的抑制率分别为65.9%、72.9%、65.9%、78.8%;20℃下木霉菌株对棉花黄萎病菌的抑制作用次之,10℃、15℃和35℃条件下木霉菌丝扩散速度较慢,且孢子产生量少,不能有效地抑制棉花黄萎病菌菌丝的扩展,表明环境温度过高或过低对木霉菌丝的生长及分生孢子的产生均有较大影响。该研究为筛选棉花黄萎病菌更为有效的生防木霉菌株提供理论依据。     

长形肉豆蔻Myristica argentea Warb.化学成分研究(英文)

从长形肉豆蔻Myristica argentea乙醇提取物乙酸乙酯部分分离得到12个化合物,经理化和波谱分析分别鉴定为黄樟醚(1)、甲基丁香酚(2)、异甲基丁香酚(3)、3′-羟基异黄樟醚(4)、7-羟基-3′,4′-亚甲二氧基黄烷(5)、1,4-苯二甲酸二甲酯(6)、内消旋-二氢愈创木脂酸(7)、赤式-1-(4-羟基-3-甲氧基苯基)-4-(3,4-亚甲二氧基苯基)-2,3-二甲基丁烷(8)、赤式-1-(4-羟基-3-甲氧基苯基)-2-(2-甲氧基-4-(1(E)-丙烯基)苯氧基)-丙烷-1-醇(9)、nectandrin B(10)、β-谷甾醇(11)和胡萝卜苷(12)。化合物4~6和8~12为首次自该植物中分离得到,化合物4~6为首次从该属植物中分离得到。     

棘茎楤木不同器官营养成分初步研究

对棘茎楤木不同器官养分进行分析,结果表明,棘茎楤木叶片中可溶性蛋白质和可溶性糖含量分别达60.40,15.41 g/kg,是茎皮的3.4和2.9倍,是根皮的4.5和3.0倍.叶片齐墩果酸含量最高,达179.42 mg/kg,分别是茎皮和根皮的1.6和1.7倍.棘茎楤木不同器官营养元素平均含量总体表现为K＞Mg＞ Ca ＞Mn ＞Zn＞ Fe＞Na＞ Cu.根皮中K、Ca、Fe、Cu含量较高,而茎皮中的Mg、Mn、Zn含量高于根皮和叶,Na的含量以叶片为高.     

不同光照条件下观光木茎干液流密度季节变化及其相关因素分析

对100%、40%和8%自然光照条件下一年四季观光木(Tsoongiodendron odorum Chun)幼树茎干液流密度(SFD)以及叶片蒸腾速率(Tr)和气孔导度(Gs)的日变化规律进行了比较,并对SFD与Tr、Gs及部分环境因子的相关性进行了分析。结果表明:一年四季观光木的SFD、Tr和Gs均随光照的减弱而降低。在不同光照条件下,一年四季观光木的SFD均呈昼高夜低的日变化规律,且SFD日均值和日峰值均在100%自然光照条件下最高、在8%自然光照条件下最低。在100%和8%自然光照条件下SFD的日变化趋势基本一致,多数情况下在液流启动时即达到峰值;而在40%自然光照条件下其日变化曲线则为"单峰型",峰值出现在9:15至13:30。除春季外,其他季节在不同光照条件下SFD日均值和日峰值总体上均有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异。夏季在100%自然光照条件下Tr的日变化曲线呈"双峰型",其他季节在不同光照条件下Tr的日变化曲线均呈"单峰型"。在40%和8%自然光照条件下不同季节Gs的日变化曲线也呈"单峰型",且其峰值出现时间与Tr基本相同;而在100%自然光照条件下,冬季Gs的日变化曲线也为"单峰型",但在其他季节则呈"双峰型",并出现明显的"午休"现象。相关性分析结果表明:在不同光照条件下一年四季观光木的SFD与叶片Tr均呈显著或极显著正相关;但与叶片Gs的相关性在不同季节及不同光照条件下有一定的差异。在不同光照条件下,一年四季观光木SFD与叶片水汽压亏缺、大气温度及光合有效辐射强度(PAR)呈正相关,与大气相对湿度呈负相关;其中,与PAR的相关性均达到显著或极显著水平。研究结果显示:在不同光照条件下,PAR是影响观光木SFD四季变化的最主要环境因子。     

瑞氏木霉木糖代谢关键酶基因在不同碳源条件下的表达

用20种不同的碳源(包括单一碳源和混合碳源)分别培养瑞氏木霉(Trichoderma reesei)QM9414。通过一系列Northern杂交分析检测瑞氏木霉木糖还原酶(XR),木糖醇脱氢酶(XDH)以及转醛醇酶(TAL)mRNA的表达情况。实验结果证实,槐糖和木二糖是xr和xdh表达的强诱导物,阿拉伯糖和乳糖也有较强的诱导作用。葡萄糖在培养基中的存在阻遏该二基因的表达。当葡萄糖耗尽以后,培养基中不存在任何诱导物的情况下,xr和xdh以一定的基础水平进行转录。相比较,tal基因在每种碳源上都是强表达。     

食用菌与木霉菌互作机制研究进展

在食用菌生产中木霉菌不仅污染食用菌培养料,而且感染其菌丝体和子实体,常造成巨大的经济损失。本文综述了食用菌与木霉菌互作的形态学特征和生物化学基础,介绍了食用菌抗病性遗传及抗性机制研究现状,提出了未来宿主与病原菌互作机制研究的方向。     

伯氏嗜木螨各发育阶段的外部形态扫描电镜观察

【目的】 观察伯氏嗜木螨Caloglyphus berlesei生活史各发育阶段外部形态和超微形态特征。【方法】 采集中华地鳖Eupolyphaga sinensis培养床上的培养料, 分离伯氏嗜木螨。将分离获得的伯氏嗜木螨双蒸水洗涤后, 一部分用于制备常规玻片标本, 光镜下直接观察; 另一部分用2.5%戊二醛溶液固定, 70%酒精再次洗涤, 临界点干燥, 置于扫描电镜下观察不同发育阶段（包括卵、 幼螨、 若螨及成螨）的超微形态特征。【结果】 电镜下伯氏嗜木螨各发育阶段的足、 刚毛和外生殖器及其附属结构的形态均清晰可辨。幼螨足3对, 足上无叶状刚毛, 基节干发达; 若螨足4对, 出现第4背毛, 生殖区发育不全; 休眠体足爪和前跗节发达, 出现叶状毛、 胫节毛及膝节毛等结构, 生殖板骨化明显, 其两侧有吸盘和刚毛各1对。吸盘板上共有4对成对的吸盘、 1个单吸盘和2对类圆形微凸。成螨生殖感觉器骨化且呈心形, 雄雌成螨生殖感觉器的刚毛数量上有明显差异。【结论】 对伯氏嗜木螨形态和超微形态特征的观察有助于对其进一步科学分类和进行生活史研究, 并可为控制伯氏嗜木螨及其引起的过敏性疾病提供参考。