生物信息学在食用菌研究中的应用

食用菌因其富含多种氨基酸及微量元素等物质,具有较高的营养价值和药用价值,越来越受到人们的关注和喜爱。我国作为最重要的食用菌生产国,食用菌生产规模不断扩大,产量也在逐年提高。为了更好地发展食用菌产业,迫切需要在传统的食用菌产业链,如优良品种选育及栽培生产中融入新技术。生物信息学作为一门研究分析生物生命结构的技术门类,通过运用数学、计算机科学等工具揭示了数据所蕴含的生物学意义,极大地促进了生命科学研究的发展,也为食用菌更深入的研究与应用提供了技术保障。本文从食用菌育种及种质资源调查、病虫害防治、基因组学、食用菌安全等几方面阐述了生物信息学在食用菌领域的具体应用,对生物信息学在食用菌及农业领域的发展进行了展望,以期为促进食用菌研究和生产发展提供参考。     

海洋污损生物数据管理系统的设计与构建

固着或栖息在船舶和人工设施水下部位的海洋污损生物, 会对人们的涉海活动产生不利影响, 其群落的形成和发展过程与温度、盐度、深度、季节、海域、浸海时间、离岸距离和附着基类型等多种因素密切相关。为便于系统分析和综合处理各海区污损生物资料, 理清各要素之间的内在关系, 需要一个能将上述因子与生物群落参数有机地结合起来的数据平台, 将分散、零星的资料予以归纳整合并通过网络共享, 以更好地为生产实践和科学研究服务。本研究采用Internet技术, 应用ASP.NET框架和MySQL数据库, 使用MS Visual Studio 2013设计并开发了服务端部署在Windows 7或Windows Server 2008 R2 (推荐)操作系统上的海洋污损生物数据管理系统, 实现了基于网络的海洋污损生物数据集成、储存与管理, 可完成来源不同、时相变化和海区多样的污损生物数据资料的集成与储存, 能通过单一或多种组合条件进行查询和检索, 并可根据用户的需要导出多种格式的检索结果报表。该系统具备操作简便、方便网络共享、易于升级更新和开拓新功能等特点, 能有效满足科研、生产和管理部门的需要。     

长链非编码RNA数据库资源

长链非编码RNA（long non coding RNA, lncRNA)在多个水平参与调节机体的各项基础生物进程,其功能紊乱常伴随疾病的发生。鉴定lncRNA的生物学功能已成为近年来的研究热点。然而,目前从各种真核生物高通量测序中鉴定的几十万个lncRNA中,只有极少数的功能已被实验验证,这对于该领域的深入研究是个巨大的挑战。因此,许多科研机构都建立了lncRNA数据库,并且持续周期性更新,这为研究者共享、注释和分析lncRNA功能提供了十分有效的工具。本文从lncRNA原始资源整合、筛选、鉴定及功能分析和lncRNA与人类疾病等4个方面介绍各lncRNA数据库资源的最新特征和应用范围。这为研究者在选择不同数据库资源进行lncRNA鉴定和分析时提供参考。     

基于Oracle数据库的水稻病虫综合防治专家系统

应用数据库、计算机网络和空间信息技术,研制出基于Oracle数据库的“水稻病虫综合防治专家系统RIPMES Ⅱ”。系统包括数据采集、数据维护专家决策和GIS应用等子系统,能解决实时数据采集、海量数据存贮与分析、病虫害防治辅助决策、虫害空间分布特征分析等问题,是水稻病虫害综合防治的一个有效工具,同时也可为类似的专家系统的研究提供参考。     

用“增强子陷阱”技术构造并筛选果蝇UAS/GAL4系统中GAL4新品系及脑基因表达图谱数据库的开发

"增强子陷阱"技术是建立果蝇脑全基因组表达图谱及其数据库的重要方法.筛选获得新特异表达的GAL4品系,可为进一步研究果蝇脑神经在学习记忆功能提供强有力的基因工具.通过"增强子陷阱"技术来获得果蝇突变体,并与报告转基因果蝇(UAS-EGFP)杂交,用荧光显微镜观察成年果蝇脑内荧光分布,从而获得该突变体的脑基因表达图谱,在此基础上利用JavaScript来建立果蝇脑全基因组表达数据库.目前获得基因突变体果蝇2 677种,大部分在果蝇脑中有表达,其中在果蝇嗅觉学习记忆相关脑区蘑菇体表达的基因有368个,且有部分基因特异地表达在某些传导通路上.这些果蝇基因突变体库及其表达图谱为进一步研究各基因的功能及作为遗传工具来研究各脑区结构和功能提供极大方便.     

植物类防御素基因的预测和序列分析

文章用已知的9种植物防御素基因为对照,根据DFCI数据库中28种植物的相关数据,进行BLAST同源性比对,在24种植物中预测出115种新的类植物防御素基因。对它们进行序列比对、信号肽预测和进化树分析的结果表明：他们与已知的植物防御素有很高的同源性,且具备植物防御素的基本特征。     

线粒体蛋白质组研究的进展

应用蛋白质组技术已对正常人胎盘和大鼠肝线粒体蛋白质进行分离与鉴定,补充了线粒体蛋白质组数据库,并且通过比较蛋白质组学研究技术寻找病理条件下线粒体差异表达的蛋白质,为疾病的诊断和治疗提供作用靶标。随着蛋白质组技术的发展和完善,一些新方法也被应用于线粒体蛋白质的研究,推动了线粒体研究的发展。线粒体蛋白质组研究虽然已取得了一些成果,但线粒体蛋白质组数据库中的数据仍较匮乏,并且还有一些问题亟待解决和改善。     

植保网络应用技术初步研究

ASP(Active Server Pages动态服务器网页）是Microsoft公司1997年推出的,WINDOWS面向WEB特征的,功能强大而成熟一种技术。2000年以来,笔对其应用于植保网络化、可视化与自动化方面作了一些探讨与开发,建立了我省第一个植保专业网站,网址www.fizb.com。阐述了植保在互联网上的初步应用研究。     

《微生物学杂志》征稿简则

《微生物学杂志》属中国微生物学会主办的系列学术期刊之一,为中国科技论文统计源期刊、中国科技论文核心期刊、生物学核心期刊,先后被《化学文摘》（CA）、《英联邦农业文摘》（CAB）、《中国生物学文摘》、《中国核心期刊（遴选）数据库》、《万方数据-数字化期刊群上网期刊》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊全文数据库》等国内外重要检索刊物摘引和收录。主要刊载工业微生物学、农业微生物学、医学微生物学、兽医微生物学、食用茵学、生物工程学及各相关领域的学术论文。主要栏目有“研究报告”、“研究简报”、“进展与评述”、“实验与技术”、“开发与应用”、“专题译述”、“．论文摘要”、“技术讲座”、“测试方法”、“成果与产品信息”及“会议简讯”等。     

2001～2007年《西北植物学报》被引指标动态变化

近年来,《西北植物学报》在国内外的学术影响力不断扩大,据中国科学院信息研究所万方数据库统计,从2001年到2007年,《西北植物学报》的影响因子和总被引频次不断提高（如下图所示）,期刊影响因子由2001年的0．243增加到2007年的1．318,6年共增加了4．4倍,总被引频次由2001年的348增加到2007年的4125,6年共增加了10．85倍。2007年,