深圳市金黄色葡萄球菌耐药性分析及分子分型

目的 了解深圳市金黄色葡萄球菌的耐药性特点及分子分型特征。方法 收集2012年来自深圳市7所医院的428株金黄色葡萄球菌,以琼脂稀释法测定其对12种抗菌药物的最低抑菌浓度（MIC）,采用聚合酶链式反应（PCR）检测杀白细胞毒素（PVL）,并对携带PVL基因的菌株进行多位点基因序列分型（MLST）。结果 428株金黄色葡萄球菌中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）116株（26.2%）,甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌（MSSA）312株（73.8%）。12种抗菌药物中,该菌对青霉素和红霉素的耐药率最高,分别为88.8%和44.2%;未发现替考拉宁、利奈唑胺和万古霉素的耐药株。MRSA对青霉素和环丙沙星的耐药率显著高于MSSA。428株金黄色葡萄球菌中,60株（14.02%）携带PVL基因。MLST分型结果显示共有14种已知序列型和4种新的序列型,其中ST59和ST338最多,分别为16株和12株。结论 深圳地区金黄色葡萄球菌MRSA检出率以及对多种抗菌药物的耐药率均低于全国平均水平,PVL基因阳性率处于中等水平;存在多种ST分型,以ST59和ST338多见,具有遗传多样性和独特的遗传背景。     

抗鞘翅目δ－内毒素 及毒素基因文库的构建

研究了对鞘翅目昆虫有毒效的5个苏云金芽孢杆菌新菌株YM-03、Sph04-04、YK14-01、SH11-05、Sph16-01伴孢晶体的蛋白质组成,以柳蓝叶甲为供试虫测定了它们的LC_(50)值,其中YM-03毒力最高。测定了YM-03晶体蛋白N-末端部分氨基酸序列。用琼脂糖凝胶电泳快速检测了5株菌的质粒组成,证明其质粒图型各不相同。以广谱的cosmid质粒pLAFRI为载体,通过限制酶EcoRI部分酶解获得“目的”DNA片段,构建了菌株YM-03的总DNA文库,对17个抗性克隆的质粒进行酶切分析表明,其中含有外源片段的克隆占总数的76％,超过要求的理论值。以人工合成的杀鞘翅目基因的18bp保守序列片段为探针,筛选了近1200个抗性克隆,获得了3个阳性克隆,LE392(PBYM2)、LE392(pBYM3)和LE392(pBYM4),毒力测定试验表明LE392(pBYM3)和LE392(pBYM4)有一定表达,表明其携带有δ-内毒素基因。     

细菌中基因组岛的转移与调控机制研究进展

基因水平转移可导致细菌不同种属间个体DNA的交换,从而使细菌对环境的适应性增强,是细菌进化的重要途径之一。基因组岛是基因水平转移的重要载体,可移动的基因组岛能够整合到宿主的染色体上,并在特定的条件下切除,进而通过转化、接合或转导等方式转移到新的宿主中。基因组岛具有多种生物学功能,如抗生素抗性、致病性、异源物质降解、重金属抗性等。基因组岛的转移造成可变基因在不同种属细菌间的广泛传播,例如毒力和耐药基因的传播导致了多重耐药细菌的产生,威胁人类健康。基因组岛由整合酶介导转移,同时在转移的过程受到多种不同转录因子的调控。本文对细菌中基因组岛的结构特点、转移和调控机制以及预测等方面进行了综述,并最终阐明基因组岛的转移及其调控机制是遏制基因组岛传播的重要策略。     

不同林龄杉木人工林细根氮稳定同位素组成及其对氮循环的指示

通过测定中国亚热带5个不同林龄(3、8、14、21、46a)杉木人工林不同序级细根氮稳定同位素(δ~(15)N)组成,研究它们对土壤净氮矿化、硝化速率的指示并将其与叶片δ~(15)N值对土壤氮循环速率的指示作用进行对比,从而探索研究植物同位素对土壤氮循环状况的指示作用。结果显示,不同林龄杉木人工林细根δ~(15)N值间具有极显著差异,3年生幼林与46年生老林显著高于其他林分。不同序级细根δ~(15)N值间的差异未达到显著水平,但具有随着序级增大δ~(15)N值逐渐降低的趋势。细根δ~(15)N值与土壤净氮矿化和净硝化速率间均具有极显著相关性,并有随着细根序级减小相关性逐渐增加的趋势,而叶片δ~(15)N值与土壤氮循环速率间则不具有显著相关性。研究结果表明,相较叶片来说,细根氮稳定同位素组成能更好地指示土壤氮循环速率,且序级越小的细根指示作用越强;细根δ~(15)N值反映出尽管中国亚热带地区氮沉降现象严重,氮素可能仍是处于速生期杉木人工林生长的限制因素。     

一个引起玉米矮花叶病的甘蔗花叶病毒基因组全序列测定及其结构分析

测定了从浙江省呈现矮花叶病症状的玉米上分离得到的一个马铃薯Y病毒属病毒RNA的核苷酸全序列. 该病毒分离物的RNA基因组由9596个核苷酸组成(不包括polyA尾). 单一的ORF由9192个核苷酸组成, 编码一个分子量为346.1 ku的聚合蛋白. 该蛋白结构特征与高粱花叶病毒(SrMV)中国甘蔗分离物和一个玉米矮花叶病毒(MDMV)保加利亚分离物基因组编码的蛋白非常相似. 序列分析表明, 该病毒分离物与甘蔗花叶病毒(SCMV)各分离物(已报道的仅为基因组3′末端序列)同源性最高, 与SrMV和MDMV同源性次之, 而与约翰逊草花叶病毒(JGMV)同源性最低. 根据马铃薯Y病毒属区分不同病毒和株系的分类标准, 报道的玉米病毒分离物应当鉴定为SCMV的一个株系. 然而, 该分离物在HC-Pro, P3和CI蛋白区域和SrMV中国甘蔗分离物具有极高的氨基酸同源性.     

三种蜘蛛粗毒对NG108—15细胞电压门控钠通道的抑制作用

利用小鼠神经细胞瘤×大鼠神经胶质细胞的杂交细胞NG108-15,通过全细胞记录(whole-cellrecording)模式的膜片钳技术,检验了虎纹捕鸟蛛(Selenocosmia huwena)、海南捕鸟蛛(Selenocosmia hainana)和广西大疣蛛(Macrothele guangxiasp)的粗毒对NG108-15细胞膜上电压门控TTX敏感型钠电流和延迟整流钾电流的作用.结果表明,三种蜘蛛粗毒对外向延迟整流钾电流没有明显作用,但对TTX敏感型的快钠电流表现出较强的抑制效应.抑制效应呈量效关系.三种粗毒抑制钠电流的EC     

新丛赤壳属真菌DNA条形码研究

以新丛赤壳属19个种为材料,选择ITSrDNA,β-tubulin,EF—1α和RPB2作为候选基因,对获得的205个序列片段采用不同方法进行分析,筛选该属的DNA条形码．将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标．结果表明,任何一个单独的基因都不宜作为其DNA条形码,EF-1α与RPB2基因组合可以准确识别种内与种间差异,建议作为该类真菌的DNA条形码．研究过程中,将形态学与序列分析相结合,发现顶环新丛赤壳和小孢新从赤壳两个隐存种．     

基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略简介

随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要.就基于第二代测序技术的细菌基因组和转录组研究策略进行综述,并简要介绍细菌基因组和转录组研究中的机遇和挑战.综述细菌基因组与转录组研究的常规方法及步骤,并简要地介绍存在的问题.细菌基因组和转录组研究策略为大多数细菌的研究提供了一个...     

Identification of Chromosomes from Multiple Rice Genomes Using a Universal Molecular Cytogenetic Marker System

To develop reliable techniques for chromosome identification is critical for cytogenetic research, especially for genomes with a large number and smaller-sized chromosomes. An efficient approach using bacterial artificial chromosome （BAC） clones as molecular cytological markers has been developed for many organisms. Herein, we present a set of chromosomal arm-specific molecular cytological markers derived from the gene-enriched regions of the sequenced rice genome. All these markers are able to generate very strong signals on the pachytene chromosomes of Oryza sativa L. （AA genome） when used as fluorescence in situ hybridization （FISH） probes. We further probed those markers to the pachytene chromosomes of O. punctata （BB genome） and O. officinalis （CC genome） and also got very strong signals on the relevant pachytene chromosomes. The signal position of each marker on the related chromosomes from the three different rice genomes was pretty much stable, which enabled us to identify different chromosomes among various rice genomes. We also constructed the karyotype for both O. punctata and O. officinalis with the BB and CC genomes, respectively, by analysis of 10 pachytene cells anchored by these chromosomal arm-specific markers.     

我国两株登革2型病毒5′和3′端非编码区序列测定及二级结构分析

 为测定我国两株临床症状、乳鼠神经毒力不同的登革 2型病毒流行株 5′和 3′端非编码区序列 (untranslated region,UTR) ,分析二级结构差异与毒力变化的关系 ,分别从 D2 - 0 4、D2 - 44株感染的 C6/ 36细胞及鼠脑中提取总 RNA.以该 RNA为模板 ,利用 RACE法 ,分别扩增了 D2 - 0 4、D2 -44株的 5′和 3′末端 c DNA片段 .将其分别与 p GEM- T载体连接得到重组质粒 ,测定上述 c DNA插入片段的序列 .用 RNAdraw软件预测 D2 - 0 4、D2 - 44株 5′和 3′端非编码区的二级结构 .D2 - 0 4、D2 -44株 5′端和 3′端非编码区分别有 96和 454个核苷酸 .其中 5′非编码区 59位 C(D2 - 0 4 )→T(D2 -44 ) ,使 D2 - 44二级结构稳定性下降 ;3′端非编码区有 1 5个核苷酸不同 ,其中 T(355)→ A,T(32 6)→ G引起了所在位置二级结构自由能变化 ,且分别位于两个保守序列区 (conserved sequence,CS)CS1、CS2 A.这些位点变化可能与毒力有关 .