复杂疾病全基因组关联研究进展——遗传统计分析

2005年, Science杂志首次报道了有关人类年龄相关性黄斑变性的全基因组关联研究, 此后有关肥胖、2型糖尿病、冠心病、阿尔茨海默病等一系列复杂疾病的全基因组关联研究被陆续报道, 这一阶段被称为人类全基因组关联研究的第一次浪潮。文章分别介绍了全基因组关联研究统计分析的方法、软件和应用实例; 比较了关联分析中多重检验的P值调整方法, 包括Bonferroni、递减的Bonferroni校正法、模拟运算法和控制错误发现率的方法; 还讨论了人群混杂对关联分析结果可能产生的影响及原理, 以及全基因组关联研究中控制人群混杂的方法的研究进展和应用实例。在全基因组关联研究的第一次浪潮中, 应用经典的遗传统计方法发现了许多基因-表型之间的关联并且能够对这些关联做出解释, 其中包括许多基因组中的未知基因和染色体区域。然而, 全基因组关联研究的继续发展需要进一步阐述基因组内基因之间相互作用、基因-基因之间的复杂作用网络与环境因素的相互作用在复杂疾病发生中的作用, 现有的统计分析方法肯定不能满足需要, 开发更为高级的统计分析方法势在必行。最后, 文章还给出了全基因组关联研究统计分析软件的相关网站信息。     

随机比较中国大连地区和日本大阪地区健康成年人 及老年人肠内细菌结构的研究

实验应用复合式肠内细菌群检测法,随机比较了中国大连地区和日本大阪地区６ 名健康成年人（ 简称：ＣＡ,ＪＡ） 及４ 名老年人（ 简称：ＣＯＭ,ＪＯＭ） 的肠内细菌群结构。ＣＡ 肠内细菌总数为１０．２１ ±５．５６（ 每克粪便中的对数值） ,较ＪＡ 的肠内细菌总数１０．８７ ±２．４５ 低,但统计学检查差异不显著;ＣＡ 的双歧杆菌数为９．０１ ±０．１３ ,ＪＡ 的双歧杆菌数为９．９８ ±１．２４ ,统计学检查表明差异显著,而且,ＪＡ 的双歧杆菌占有率为１２．８８ ％ ±３．４５ ％ 明显高于ＣＡ 的６．２９ ％ ±４．５５ ％ ,统计学检查差异显著。ＣＡ 的乳酸菌数为５．４５ ±１．１２ ,ＪＡ 的乳酸菌数为５．５２ ±１．４４ ;在腐败梭菌的菌数上,ＣＡ 为６．４５ ±２．２１ 比ＪＡ 的５．２２ ±２．４５ 略高,但统计学检查差异不明显。ＣＯＭ 肠内细菌总数为１０．４５ ±４．６６ ,较ＪＯＭ 的肠内细菌总数１０．９７ ±５．２５ 低,但统计学检测差异不显著;ＣＯＭ的双歧杆菌数为８．７４ ±２．１３ ,ＪＯＭ 的双歧杆菌数为９．８５ ±０．３４ ,统计学检查表明差异显著,而且,ＪＯＭ 的双歧杆菌占有率为７．５９ ±５．１５ ％ 明显高于ＣＯＭ 的１．１３ ％ ±０     

新疆且末扎滚鲁克墓地二期居民的牙齿磨耗

本文对新疆且末扎滚鲁克墓地二期出土208例头骨上的1849枚牙齿进行了观察与研究。将所有个体按照年龄和性别分组,通过计算每个个体上颌或下颌骨上各牙齿相对第1臼齿的磨耗指数,分析各组之间相对磨耗指数的分布差异。经过与国内外不同人群的对比,对扎滚鲁克居民的牙齿磨耗模式特点以及可能存在的牙齿使用方式、行为特征等内容进行了初步探讨。结果显示,该人群的牙齿磨耗随着年龄增长显著增加,不同年龄组人群之间前后牙齿磨耗情况有很大的差异,牙齿磨耗在性别间差异并不显著。下颌个体出现了较为普遍的前牙磨耗比后牙偏严重的现象,这种现象主要集中在中年组下颌上。这种不寻常的下颌前牙磨耗较后牙偏重现象可能受到牙齿的工具性使用,牙齿萌出顺序以及年龄三方面因素共同作用的影响;中年个体下颌前牙磨耗的偏重现象可能反映了人群的行为特征。     

深圳地区环境水体和人群中诺如病毒监测与分析

【目的】检测深圳地区环境水体和人群的诺如病毒(No Vs),探讨其是否在两者之间循环传播。【方法】2014年3月至2015年2月检测24份深圳茅洲河河水标本和287份腹泻患者粪便标本。河水标本经过混合纤维素酯膜和PEG法二次浓缩后提取核酸,粪便标本无需浓缩,稀释离心后直接提取核酸。应用实时荧光逆转录PCR初步分型,RT-PCR扩增ORF2保守区域衣壳蛋白(VP1)基因后测序确定亚型、分析不同来源病毒的同源性;同时建立基因进化树,进一步分析不同来源No Vs的亲缘关系。【结果】在河水标本和腹泻患者粪便标本中,No Vs阳性率分别为23.1%和17.4%,其中上下游河水标本阳性率分别为8.3%和41.7%,河水中No VGI型和No VGII型的阳性率为16.7%和8.3%。扩增阳性样本发现茅洲河水中检出No V主要是GI.6型,其次是GII.4 Sydney_2012型,而从腹泻胃肠炎患者粪便标本中检出No Vs主要是No VGII.4Sydney_2012型和少量的GII.3型。同时期水体和人群粪便标本来源的No VGII.4 Sydney_2012型VP1基因相似性98.2%–100.0%。【结论】No VGII.4 Sydney_2012型是深圳地区主要的流行株。No Vs在环境水体和人群中于某种程度上存在循环传播。     

易患抑郁症的特殊人群

<正>儿童儿童抑郁症属于儿童青少年情感性障碍范畴,是以持久的、显著的情绪异常(高涨或低落)为基本症状的一种精神疾病。儿童抑郁症的主要特征是情绪     

合肥市蜀山区206例艾滋病高危人群HIV、HCV感染情况调查

目的了解合肥市蜀山区艾滋病高危人群中人类免疫缺陷病毒(HIV)、丙型肝炎病毒(HCV)感染情况,为艾滋病高危人群疾病防治工作提供依据。方法采集合肥市蜀山区206例艾滋病高危人群血清样本,分别运用金标法和酶联免疫吸附法(ELISA)进行HIV抗体、HCV抗体检测。HIV抗体筛查结果阳性或一阴一阳标本再经蛋白印迹法(WB)确证阳性为最终结果,并对结果和不同人群、年龄、性别的感染情况进行统计分析。结果在206份血清样本中检出HIV抗体阳性17例,阳性率为8.73%;检出HCV抗体阳性21例,阳性率10.19%。合并感染病例2例,占0.97%。结论检测结果提示,在高危人群中存在HIV/HCV流行和传播的风险,因此应持续加强高危人群的监测,有效阻止艾滋病和丙型肝炎的流行和蔓延。     

南-北方汉族人、韩国人和日本人遗传划分机器学习模型优化方案

中国汉族人、韩国人和日本人作为东亚主体人群,其中中国汉族人呈现由北向南的梯度混合,在遗传结构上存在不同程度的差异。为实现对中国南-北方汉族人、韩国人和日本人的高分辨率遗传划分,本研究收集和分析了文献报道和实验室前期数据筛选出的1185个东亚人群祖先信息性SNPs (ancestry informative SNPs,AISNPs),应用softmax与随机森林两种机器学习算法构建族群遗传划分模型,然后利用系统发育树、STRUCTURE和主成分分析方法进一步评估不同模型AISNPs位点组合的族群分类效果,最终筛选出234-AISNP的最优组合,softmax模型准确率为92%,实现了南方汉族人、北方汉族人、韩国人和日本人的高精度区分。本研究测试的两种机器学习算法模型为近距离人群的高分辨率划分提供了重要参考,可作为法医DNA族群推断体系位点开发的重要工具。     

健康人群口腔酵母菌的分离及菌种分布

目的调查健康人群口腔酵母菌的分布。方法将来源于健康人的口腔拭子接种于改良SDA培养基,37℃培养14d,分到的酵母菌通过菌落形态、革兰染色作初步鉴定．芽管形成试验、厚膜孢子生成及假菌丝产生试验、YBC酵母鉴定卡作菌种鉴定。结果酵母菌在健康人口腔中总分离率为8．78％(86／979),其中较多的为白色假丝酵母菌37株,占43．02％,近平滑假丝酵母菌和季也蒙假丝酵母菌各9株,各占10．47％,葡萄牙假丝酵母菌6株,占6．98％,其他25株。结论健康人口腔中有多种条件致病酵母菌的寄生。     

北方某特大城市三甲医院门诊就诊人群调查分析

目的 描述三甲医院门诊患者的构成,分析门诊患者选择就诊机构的影响因素,探讨提高三甲医院门诊服务水平的对策。方法 采用偶遇抽样法,对北方某特大城市10家三甲医院的1 414名门诊患者进行问卷调查。结果 40.2%的门诊患者来自于外地,医疗水平是门诊患者选择就诊医院的最重要影响因素。结论 优质医疗资源配置要充分考虑医疗服务的辐射范围,提高医疗技术水平、改善门诊就诊流程是提高三甲医院门诊服务水平的关键。     

健康体检人群幽门螺杆菌感染的影响因素分析及其与胃蛋白酶原和颈动脉粥样硬化的关系研究

摘要 目的：分析健康体检人群幽门螺杆菌（Hp）感染的影响因素,并进一步探讨健康体检人群Hp感染与胃蛋白酶原（PG）和颈动脉粥样硬化（CAS）的关系。方法：选取2021年3月～2022年3月在我院体检的146例接受Hp筛查的健康体检者,根据碳13尿素呼气试验结果分为Hp阳性组（n=62）和Hp阴性组（n=84）。采用单因素和多因素Logistic回归分析健康体检人群Hp感染的影响因素,比较两组血清PGⅠ、PGⅡ、PGⅠ/PGⅡ水平和CAS比例。Spearman相关系数分析Hp阳性组DOB值与血清PGⅠ、PGⅡ、PGⅠ/PGⅡ和颈动脉内中膜厚度（CIMT）的相关性。结果：单因素分析显示,与Hp阴性组比较,Hp阳性组年龄更大,家族Hp感染史、吸烟、饮酒、饮食口味辛辣、经常摄入腌制食品、共用餐具比例更高,经常喝茶、经常摄入水果/蔬菜比例更低（均P＜0.05）。多因素Logistic回归分析显示,年龄增加、家族Hp感染史、吸烟、饮食口味辛辣、经常摄入腌制食品、共用餐具为健康体检人群Hp感染的独立危险因素,经常喝茶、经常摄入水果/蔬菜为独立保护因素（均P＜0.05）。Hp阳性组血清PGⅠ、PGⅡ水平和CAS比例高于Hp阴性组,PGⅠ/PGⅡ低于Hp阴性组（均P＜0.05）。Spearman相关系数显示,Hp阳性组DOB值与血清PGⅠ、PGⅡ和CIMT呈正相关,与PGⅠ/PGⅡ呈负相关。结论：年龄增加、家族Hp感染史、吸烟、饮食口味辛辣、经常摄入腌制食品、共用餐具是健康体检人群Hp感染的危险因素,而经常喝茶、经常摄入水果/蔬菜为健康体检人群Hp感染的保护因素,Hp感染与血清PG水平变化和CAS密切相关。