Comparative study of apoptosis-related gene loci in human, mouse and rat genomes

Many genes are involved in mammalian cell apoptosis pathway. These apoptosis genes often contain characteristic functional domains, and can be classified into at least 15 functional groups, according to previous reports. Using an integrated bioinformatics platform for motif or domain search from three public mammalian proteomes (International Protein Index database for human, mouse, and rat), we systematically cataloged all of the proteins involved in mammalian apoptosis pathway. By localizing those proteins onto the genomes, we obtained a gene locus centric apoptosis gene catalog for human, mouse and rat.Further phylogenetic analysis showed that most of the apoptosis related gene loci are conserved among these three mammals. Interestingly, about one-third of apoptosis gene loci form gene clusters on mammal chromosomes, and exist in the three species, which indicated that mammalian apoptosis gene orders are also conserved. In addition, some tandem duplicated gene loci were revealed by comparing gene loci clusters in the three species. All data produced in this work were stored in a relational database and may be viewed at http://pcas.cbi.pku.edu.cn/database/apd.php.     

我国人轮状病毒不同基因型NSP4的致病性研究

对我国轮状病毒流行株NSP4基因变异特点的分析表明,NSP4基因主要可分为Wa组和Kun组,在Wa组内可形成三个亚组,形成了4种NSP4基因型.为了进一步阐明人轮状病毒流行株NSP4基因变异与其致病性变化是否存在联系,我们首先利用杆状病毒载体对NSP4蛋白进行表达,获得了对应4种不同NSP4基因型的重组杆状病毒rvBac97B6,rvBac97S34,rvBac97S36和rvBac97SZ8.用这些病毒感染Sf-9细胞后,检测细胞内Ca2+浓度的变化,发现与野生型杆状病毒感染细胞相比,重组病毒感染细胞内的Ca2+浓度显著升高,但各个重组病毒之间无显著性差异.在此基础上,我们进一步在E.coli中分别表达纯化了代表Wa和Kun基因分组的97S34和97SZ8流行株的NSP4.分别用纯化的重组NSP4蛋白攻击乳鼠后,发现不同基因型的NSP4蛋白的致腹泻活性没有明显差异,这种作用可被NSP4抗体拮抗,但这种拮抗作用存在基因型特异性.上述结果表明人轮状病毒流行株NSP4氨基酸序列间的变异并没有使其钙调节及致腹泻能力产生改变,在致腹泻作用中发挥关键作用(或决定性作用)的氨基酸位点在不同NSP4基因型间可能是相对保守的.针对NSP4抗体的有效性也为新型轮状病毒疫苗和药物研究提供了线索.     

散放麋鹿的警戒行为模式、警戒距离及其季节差异

警戒行为是动物对生存环境的风险或潜在风险的一种行为反应(Li ma and Zollner,1996;Treves,2000)。近年来关于警戒行为的研究正在成为热点,内容涉及了警戒行为模式、警戒行为与反捕食策略的关系和群体警戒等诸多方面(Li maand Zollner,1996;Beauchamp,2001;Hass andValenzuela     

散放麇鹿的警戒行为模式、警戒距离及其季节差异

警戒行为是动物对生存环境的风险或潜在风险的一种行为反应（Lima and Zollner,1996;Treves。2000）。近年来关于警戒行为的研究正在成为热点,内容涉及了警戒行为模式、警戒行为与反捕食策略的关系和群体警戒等诸多方面（Limaand Zollner,1996;Beauchamp,2001;Hassand Valenzuela,2002）,并形成了两个从不同侧面阐述警戒行为功能和影响因素的重要理论：“个体风险理论”和“群体大小效应理论”（Limaand Dill,1990;Quenette,1990;Roberts,1996;Burgerand Gochfeld,2000）。关于鹿类动物警戒行为的研究只见于狍（Capreolus pygargus,Rebyeta1．,1999）、白尾鹿（Odocoileus virginianus,Lingleand Wilson,2001）和黑尾鹿（Odocoileus hemionus,Lingleand Wilson,2001）。     

健康儿童与轮状病毒感染儿童肠道菌群结构的比较研究

目的比较分析轮状病毒感染个体与健康个体肠道菌群结构的差异。方法采集11例轮状病毒感染个体及6例健康个体的粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过ERIC-PCR结合分子杂交的技术分析两组个体之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16SrRNA基因,利用PCR—TGGE技术分析肠道菌群的组成情况。结果轮状病毒感染个体与健康个体相比,肠道菌群中GC含量较低的菌明显减少,同时肠道菌群有宿主专一性。结论轮状病毒感染会导致儿童肠道内菌群结构失调。     

具有抗HIV活性的天花粉蛋白在大肠杆菌中的表达及纯化

目的:天花粉蛋白(TCS)有较强的抗HIV活性。利用基因工程技术在大肠杆菌中表达TCS并进行纯化。方法:从新鲜栝楼叶片中获取TCS基因组DNA,利用PCR技术扩增其全长基因,经BamHⅠ和EcoRⅠ双酶切后与原核表达载体pRSET-A连接,转化感受态E.coliDH5α,提取质粒进行酶切鉴定及测序;将所获阳性重组质粒转化感受态E.coliBL21(DE3)得到工程菌,经IPTG诱导表达后,对表达产物进行SDS-PAGE及Western印迹鉴定;用Ni-NTA柱对所获目的蛋白进行纯化。结果:获得了目的蛋白的可溶性高效表达,并通过了Western印迹鉴定。经Ni-NTA柱纯化后,得到大量均一的6His-TCS融合蛋白。结论:TCS在大肠杆菌中的表达与纯化,为通过基因工程方法研制具有抗HIV活性的药物奠定了基础。     

轮状病毒肠毒素NSP4:一个多功能糖蛋白

轮状病毒(rotavirus,RV)是在世界范围内造成婴幼儿和幼年动物病毒性腹泻的最主要病原。A组RV的NSP4蛋白被认为是病毒的肠毒素,近年来的研究发现,这个非结构蛋白NSP4在RV致病过程中起着重要的作用。本文简要综述了多功能肠毒素NSP4的研究进展。     

基因多态性（上）

就像我们人类有千姿百态一样,如果比较个体之间的由30亿个碱基对组成的遗传密码,其差异颇大。1974年Bodmer和Cavalli—Sforza提出将人类中以1％以上的频率出现的某个核苷酸的差异称为基因多态性（Polymorphism）。这个1％的数字虽然在科学上并没有明确的依据．但是现在大部分场合都是以该数字为基准的。     

HIV-1附属蛋白特异性细胞毒性T细胞应答研究

人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus, HIV)附属蛋白Nef、Vpu、Vpr和Vif 在病毒复制中起着关键作用,并能被细胞毒性T细胞(Cytotoxic T Lymphocyte, CTL)识别.然而,对我国HIV感染者体内附属蛋白特异性的CTL应答研究比较少.本研究应用覆盖HIV-1B、C亚型附属蛋白(Nef、Vpu、Vpr和Vif)的142个肽段作为抗原,通过酶联免疫斑点实验(Enzyme-Linked Immunospot,ELISPOT)检测61例中国HIV/AIDS患者和10例HIV-1血清阴性对照的HIV-1附属蛋白特异性CTL应答.无论对HIV-1B 亚型还是HIV-1C亚型附属蛋白都能产生特异性CTL 应答,特别是Nef区蛋白的反应频率和累积应答强度都较高(P＜0.001),B、C亚型间的应答频率和累积应答强度都无显著差别(P＞0.05),其免疫优势区也大致相同.附属蛋白特异性的累积CTL应答强度将近达到总应答的21%.这些结果表明尽管HIV-1附属蛋白的体积小,但它们在诱导特异性的CTL应答中发挥了重要作用,对评价HIV-1免疫应答的幅度和特异性以及研发针对中国人群的HIV疫苗有重要的意义.     

可溶性HLA-A*0203-BSP原核表达载体的构建及其在大肠杆菌中的高效表达

目的：构建HLA-A*0203重链胞外域羧基端融合生物素化酶BirA底物肽(BSP)的融合蛋白（HLA-A*0203-BSP）的原核表达载体并在大肠杆菌中进行表达。方法：以RT-PCR方法从HLA-A2+ 供者外周血单个核细胞(PBMC)中克隆HLA-A*0203重链基因的cDNA并测序鉴定,然后以PCR方法构建HLA-A*0203-BSP的原核表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)菌株中诱导表达并以免疫印迹鉴定。结果：DNA测序显示,从3名HLA-A2+ 供者PBMC中克隆的cDNA中,只有从供者2获得编码HLA-A*0203重链基因的cDNA。将编码重链胞外域1-276的序列和编码BSP的序列融合,构建HLA-A*0203-BSP融合蛋白的原核表达载体并经测序验证。该融合蛋白在BL21(ED3)中获得高效表达,约占菌体总蛋白的30％;产物相对分子质量约为34 kD,与理论大小一致。Western印迹分析显示融合蛋白完全存在于包涵体中。结论：成功克隆HLA-A*0203重链基因的cDNA,构建HLA-A*0203-BSP融合蛋白的原核表达载体,并在大肠杆菌中获得高效表达,为制备HLA-A*0203四聚体打下基础。