原玻璃蝇节杆菌D-氨基酸氧化酶及突变体的酶学特性

【目的】研究原玻璃蝇节杆菌(DSM 20168)中D-氨基酸氧化酶的酶学特性。【方法】通过PCR从原玻璃蝇节杆菌(DSM 15035,20168)中克隆获得D-氨基酸氧化酶基因apdaao-1和apdaao-2,构建原核表达载体,以表达质粒pET-ApDAAO-2为模板,采用QuickChange Site-Directed Mutagenesis技术构建定点突变体,经过原核表达及纯化获得重组型和突变体酶蛋白,分析其酶学特性。【结果】通过原核表达及纯化成功获得了2个重组蛋白和4个突变体酶蛋白,SDS-PAGE检测显示其分子量均约为36 kDa;酶学特性分析表明,ApDAAO-2和突变体蛋白的最适反应温度为30℃;ApDAAO-2和T286A的最适反应pH范围为7.0-11.0,其它突变体为8.0-11.0;ApDAAO-2和突变体都具有较广泛的底物特异性,除T256K的最适底物为D-Phe外,其余均为D-Met;动力学参数测定结果显示,以二级表观常数kcat/Km表示,对于底物D-Met或D-Phe,ApDAAO-2和4个突变体的kcat/Km值均比ApDAAO-1和pKDAAO高数倍以上。【结论】ApDAAO-2及突变体具有比ApDAAO-1和pKDAAO更广泛的底物特异性和较高的催化效率,有一定的商业应用价值。     

茶树胞质型苹果酸脱氢酶的原核表达及生物信息学分析

利用RT-PCR及cDNA末端快速扩增法,获得了完整的茶树细胞质苹果酸脱氢酶(cMDH)基因Cs-cMDH(GonBank登录号为GQ845406).该基因全长1 235 bp,编码332个氨基酸,分子量约为35.5kD.含重组质粒pGEX-MDH的E.coli Rosetta经0.5 mmol·L~(-1) IPTG于32℃诱导3 h后可以获得大量可溶性的61.5 kD融合蛋白.NCBI的BLAST结果显示,Cs-cMDH与高等植物cMDH的氨基酸序列一致性高达88%～93%.通过基于蛋白质结构的多序列比对,预测Cs-cMDH为二聚体,每个亚基包含13个β-折叠及13个a-螺旋.Cs-cMDH包含典型的MDH"指纹"(fingerprint)序列G~(12)AAGQIG~(18),其氨基酸残基D43在所有NAD-MDH中都很保守.Cs-cMDH还包含一些与其它NAD-MDHs同源的保守序列单元,如NAD+结合位点、催化模体及底物结合位点.而且Cs-cMDH还包含在所有植物NAD-cMDHs中都相当保守的6个Cys,因此我们推断Cs-cMDH为茶树细胞质NAD-MDH.茶树基础代谢相关基因cMDH的克隆和原核表达为Cs-cMDH的功能研究奠定了基础.     

高温菌16S rRNA与耐热性关系的初步研究

通过对80多种超高温菌的基因组G＋C含量,16S rRNA G＋C含量进行统计分析,结果显示高温菌耐热性与基因组G＋C含量之间没有直接关系,而与16S rRNA G＋C含量之间明显存在上正相关。16S rRNA 18 helix的二级结构分析显示高温菌生长温度越高,其16S rRNA热稳定性越高。     

贵州省国家重点保护野生植物物种丰富度分布特征及保护优先区分析

该研究以国家重点保护野生植物为指示物种,结合贵州各县(市、区)的国家重点保护野生植物调查统计信息,基于GIS技术,分析了贵州省国家重点保护野生植物物种丰富度分布特征;应用Dobson算法筛选识别贵州国家重点保护野生植物的保护优先区,并利用全省已建自然保护区信息评价分析所筛选的保护优先区的保护现状。结果表明:(1)在贵州国家重点保护野生植物的物种丰富度分布上,总体来说全省南部地区高于北部地区,环省界区域往内陆延伸的物种丰富度明显呈现减少趋势。(2)在75%和100%的国家重点保护野生植物物种保护水平上,筛选识别出了荔波县等4个和17个县域为保护优先区,其中分别有1个和9个国家重点保护野生植物保护优先区内涵盖的自然保护区面积低于5%,且涉及的自然保护区中68.26%的面积是市/县级。(3)贵州国家重点保护野生植物物种较丰富的区域和全省生物多样性热点区域与所筛选识别的保护优先区有较好的空间对应关系。(4)贵州国家重点保护野生植物的就地保护应以国家重点保护野生植物地理分布丰富的区域结合本研究筛选的保护优先区为重点,进行优先保护。     

棉花种子活力劣变的差异蛋白质组学研究

该研究以新疆本地审定且大面积推广应用的陆地棉品种‘新陆早33’、‘新陆早36’、‘新陆早50’种子为研究材料,采用高温高湿(40℃,RH100%)人工老化方法获得不同活力种子,双向电泳分离‘新陆早50’活力劣变种子总蛋白并对差异蛋白点进行二级质谱(MALDI-TOF/TOF)鉴定分析,以明确棉花种子活力劣变过程中蛋白质组表达的变化,探讨棉花种子老化的分子机制。结果显示:(1)经人工老化获得不同活力水平的种子,经生活力检测发现‘新陆早50’的种子活力随老化时间的延长呈线性下降,可作为蛋白质组研究材料。(2)TCA-丙酮法分别提取‘新陆早50’对照和劣变种子的总蛋白,经2-DE分离,获得了分辨率和重复性较好的蛋白质组差异表达图谱,在等电点4~7、分子量14.4~97.4kD之间发现约350个肉眼可辨的蛋白点,其中上调2倍以上且达到99%统计学显著水平的差异表达蛋白点30个。(3)二级质谱分析发现,有29个蛋白点被成功鉴定,生物信息学分析和功能分类结果表明,与贮藏相关的蛋白有13个,免疫相关蛋白2个,脂代谢相关蛋白1个,能量代谢相关蛋白1个,肌动蛋白2个,功能未知蛋白5个,调控相关蛋白2个,次级代谢物1个,细胞修复防御相关蛋白1个,分泌性蛋白1个。研究认为,分离鉴定的29个差异蛋白的变化可能与棉花种子活力劣变有关。     

四月在董寨——白冠长尾雉保护区植物记略

董寨自然保护区位于大别山北坡豫鄂交界,与鸡公山比邻;保护区之所以为保护区,是因为董寨植被繁茂,是野生动物栖息的理想所在,其中尤以鸟类为甚,而在董寨的受保护鸟类中,最为知名的非国家二级保护动物——白冠长尾雉莫数。四月的董寨早已春暖花开,放眼望去,山林一片幽绿之色,我们来到位于河南省信阳市罗山县的白云保护站,走马观花,在白冠长尾雉栖息的山林中,     

封面说明

大花杓兰（Cypripedium macranthum Sw．）,隶属于兰科、杓兰属,为国家二级重点保护野生植物,北京市一级重点保护野生植物。多年生草本,植株高25。50cm。茎直立。基部叶鞘状;茎生叶互生,3—5枚,叶片椭圆形或卵状椭圆形,长10—16cm,宽6-8cm。花常单生,极罕2朵,紫红色,通常有暗色脉纹。外轮中萼片卵状椭圆形,合萼片卵形;     

蛋白质二级结构预测: 基于词条的最大熵马尔科夫方法

提出了一种新的蛋白质二级结构预测方法. 该方法从氨基酸序列中提取出和自然语言中的“词”类似的与物种相关的蛋白质二级结构词条, 这些词条形成了蛋白质二级结构词典, 该词典描述了氨基酸序列和蛋白质二级结构之间的关系. 预测蛋白质二级结构的过程和自然语言中的分词和词性标注一体化的过程类似. 该方法把词条序列看成是马尔科夫链, 通过Viterbi算法搜索每个词条被标注为某种二级结构类型的最大概率, 其中使用词网格描述分词的结果, 使用最大熵马尔科夫模型计算词条的二级结构概率. 蛋白质二级结构预测的结果是最优的分词所对应的二级结构类型. 在4个物种的蛋白质序列上对这种方法进行测试, 并和PHD方法进行比较. 试验结果显示, 这种方法的Q3准确率比PHD方法高3.9%, SOV准确率比PHD方法高4.6%. 结合BLAST搜索的局部相似的序列可以进一步提高预测的准确率. 在50个CASP5目标蛋白质序列上进行测试的结果是: Q3准确率为78.9%, SOV准确率为77.1%. 基于这种方法建立了一个蛋白质二级结构预测的服务器, 可以通过http://www.insun.hit.edu.cn:81/demos/biology/index.html来访问.     

步长脑心通在脑梗死二级预防中对D-二聚体和纤维蛋白原影响研究

目的:探讨步长脑心通在脑梗死二级预防中对D-二聚体和纤维蛋白原的影响.方法:回顾我院2006年11月至2009年11月收治的脑梗死患者64例,在出院时按治疗方式分为2组:步长脑心通组(A组)、阿司匹林组(B组),比较分析2组治疗前后D-二聚体和纤维蛋白原表达.结果:治疗后,A组D-二聚体、纤维蛋白原和B组比较,没有统计学意义(P＞0.05),A组的副反应和B组比较有统计学意义(P＜0.05).结论:步长脑心通在脑梗死二级预防具有一定的优势,可能与抑制D-二聚体和纤维蛋白原表达有关.     

长爪沙鼠IgG的纯化及抗血清的制备

目的 纯化长爪沙鼠血清IgG,制备兔抗长爪沙鼠IgG抗血清。方法 采用Hitrap Protein G亲和层析预装柱来纯化长爪沙鼠血清IgG;通过SDS-PAGE电泳和Western-Blotting免疫印迹法对长爪沙鼠血清IgG进行纯度鉴定,免疫兔子制备抗血清。结果 7 mL长爪沙鼠血清纯化得到11 mg IgG;电泳和免疫印迹测定,IgG纯度大于95%;用纯化的IgG作抗原制备了兔抗血清,免疫双扩散测定效价达1∶32。结论 建立了长爪沙鼠血清IgG的纯化方法,制备了长爪沙鼠IgG抗血清,证实长爪沙鼠血清IgG和Protein G具有较高的亲和性。