广东佛山维管植物资源调查与分析

本文报道广东省佛山市维管植物概况。据调查统计,佛山共有维管植物239科832属1813种。其中蕨类植物40科63属96种,裸子植物13科28属41种,被子植物278科979属1676种。在佛山市野生植物中,药用植物421种、食用植物100种、芳香植物24种、油脂植物61种、纤维植物61种、淀粉植物8种、树脂植物1种、鞣料植物30种、色素植物8种、材用植物90种、观赏植物123种。佛山市有野生的国家级重点保护植物15种,列入珍稀濒危和红色名录的种类有金毛狗Cibotium barometz、桫椤Alsophila spinulosa等20种。结合佛山市自然和社会条件特点,对佛山市植物资源的开发利用和保护提出建议。     

大腹园蛛鞭状腺蛛丝蛋白N端结构域的克隆表达及圆二色谱分析

鞭状腺蛛丝是6种蛛丝中延展性最好的丝,由鞭状腺蛛丝蛋白(FlSp)构成,具有极大的潜在应用价值。目前,有关FlSp的末端功能模块(NT和CT)编码基因的报道极少,且其结构和功能均尚未明确,这在一定程度上限制了鞭状腺蛛丝的仿生。现利用5′-RACE的方法,以大腹园蛛总RNA和基因组DNA为模板,首次获取了大腹园蛛FlSp NT模块(FlSp_A.v-NT)的完整编码基因,并对其成功进行了克隆、表达及纯化,产量可达60 mg/L;同时,利用圆二色谱(circular dichroism,CD)对FlSp_A.v-NT的二级结构进行了分析,结果显示其主要以α螺旋构象存在,这是首次对FlSp NT的二级结构进行探索,为后续FlSp NT结构功能的研究提供了材料,奠定了研究基础。     

封面植物介绍——太白美花草

太白美花草(Callianthemum taipaicum W.T.Wang)又名重叶莲,隶属于毛茛科美花草属。为多年生草本,高8~10cm,全株无毛。基生叶3~6片,花期不完全展开;叶柄长2~10cm,基部抱茎;叶片深裂,小叶2~3对,再2~3裂。茎生叶1~2片,长1~2.5cm。花直径2.2~2.8cm。萼片5,蓝紫色。花瓣9~13,基部褐色,狭倒卵形或倒披针形,长11~14mm,宽3.5~6mm,先端截形。雄蕊长4~5mm;花丝狭线形;花药长圆形,长约0.8mm。心皮18~22个。花期6月。     

蛋白质二级结构在线服务器预测评估

蛋白质二级结构的预测,对于研究蛋白质的功能和人类生命科学意义非凡。1951年开始提出预测蛋白质二级结构,1983年对于二级结构的预测只有50%的准确率。经过多年的发展,预测方式不断的改进和完善,到如今准确率已经超过80%。但目前预测在线服务器繁多,连续自动模型评估(CAMEO)也只给出服务器三级结构的预测评估,二级结构评估还未实现。针对上述问题,选取了以下6个服务器:PSRSM、MUFOLD、SPIDER、RAPTORX、JPRED和PSIPRED,对其预测的二级结构进行评估。并且为保证测试集不在训练集内,实验数据选取蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)最新发布的蛋白质。在基于蛋白质同源性30%、50%和70%的实验中,PSRSM取得Q3的准确率分别为91.44%、88.12%和90.17%,比其他预测服务器中最高的MUFOLD分别高出3.19%、1.33%和2.19%,证明在同一类同源性数据中PSRSM比其他服务器有更好的预测效果。除此之外实验也得到其预测的Sov准确度也比其他服务器要高。比较各类服务器的方法与结果,得出今后蛋白质二级结构预测应当重点从大数据、模板和深度学习的角度进行研究。     

人基因中密码子前后碱基使用与蛋白质结构

对６２个人基因中编码蛋白质各类二级结构（α－螺旋、β－折叠片、无规卷曲和回折）的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较,发现多数密码子前后碱基的使用有一定偏向,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦提示,同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。结果对于蛋白质结构预测算法以及基因工程的研究有辅助作用。     

中华虎凤蝶湖南种群栖息地特性及其生态保护策略

自2009年首次在湖南乌云界国家级自然保护区发现中华虎凤蝶种群以来,在该保护区持续开展了10余年的野外调查监测。通过对中华虎凤蝶湖南种群6个分布点的野外观测数据分析,结果表明中华虎凤蝶湖南种群栖息环境中的植被以禾本科、菊科、蔷薇科、百合科及豆科植物为主,共计有46科96属128种;不同栖息生境中种群数量差异较大,高山灌草丛为中华虎凤蝶湖南种群的主要生境,而梯田生境、乔木林生境中,其种群数量均很低,展现出与低矮芒草丛的保温遮阴特性以及寄主植物的分布密切相关。寄主植物的复壮和围栏的建设对中华虎凤蝶湖南种群的栖息环境起到了明显的保护作用、对其种群数量的增效作用显著。为深入研究中华虎凤蝶湖南种群的生物学和生态学特性提供了基础数据,为中华虎凤蝶湖南种群的保育工作开展奠定了理论基础,也为当地保护区的保护措施优化提供了科学依据。     

基于CNN与LSTM模型的蛋白质二级结构预测

蛋白质结构的预测在理解蛋白质结构组成和蛋白质的生物学功能有重要意义,而蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的重要环节。当PSSM位置特异性进化矩阵被广泛应用于将蛋白质初级结构序列编码作为输入样本后,每个残基可以被表示成二维空间的数据平面,由此文中尝试利用卷积神经网络对其进行训练。文中还设计了另一种卷积神经网络,利用长短记忆网络感知了CNN最后卷积特征面的横向特征和纵向特征后连同卷积神经网络的全连接共同完成分类,最后用ensemble方法对两类卷积神经网络模型进行了整合,最终ensemble方法中包含两类卷积神经网络的六个模型,在CB513蛋白质数据集测得的Q3结果为77.2。     

禾谷炭疽菌磷酸二酯酶生物信息学分析

[目的]磷酸二酯酶(Pde)作为G蛋白信号传导途径上的效应酶,发挥着重要作用。该酶已在粟酒裂殖酵母菌、稻瘟病菌等中有相关报道。通过对禾谷炭疽菌中Pde生物信息学分析,以期为深入开展该蛋白定位、功能研究等方面研究,以及实现以控制病原菌G蛋白信号途径功能新的药物靶标的开发提供有力的理论支撑。[方法]基于酿酒酵母中已经报道的典型Pde序列,利用Blastp以及关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,并通过SMART保守结构域分析、理化性质、疏水性、细胞信号肽、跨膜区结构、亚细胞定位以及二级结构等生物信息学分析,此外,通过对禾谷炭疽菌中的典型Pde与其他物种中的同源序列进行遗传关系比较分析。[结果]明确禾谷炭疽菌中存在2个Pde,上述Pde均含有最低比例的色氨酸,均属于亲水性蛋白,均不含有信号肽以及均定位于细胞质等特征。[结论]通过对比,发现禾谷炭疽菌、酿酒酵母中的Pde具有诸多相同性质,提示不同真菌之间存在的保守性。     

《国家重点保护野生植物名录》调整的必要性、原则和程序

我国是世界上植物多样性最丰富的国家之一,1999年发布的《国家重点保护野生植物名录》(下称《名录》(第一批))明确了国家重点保护野生植物的范围,为依法强化保护、规范无序开发利用、提高公众保护意识奠定了基础.20多年来,我国野生植物多样性保护形势发生了很大变化,需要对《名录》进行调整.2018年,国家林业和草原局、农业农...     

湖北省三峡库区珍稀濒危及国家重点保护野生植物资源的初步研究

实地调查表明,湖北省三峡库区宜昌、兴山、秭归和巴东４县分布有珍稀濒危野生植物３９种,分别占三峡库区、湖北省和全国总数的９０７％、６２９％和１００５％;国家重点保护野生植物１３２种,分别占湖北省及全国总数的６４０８％及７７６％。其中,国家一级保护植物有红豆杉、南方红豆杉、珙桐、光叶珙桐等４种,二级保护植物有金毛狗等１２８种。在国家重点保护植物中,湖北省新记录种３种,县级新分布种３种。研究结果证明,湖北省三峡库区是三峡库区和湖北省珍稀濒危及国家重点保护植物物种多样性中心。