基于多层基因网络的关键基因识别算法

疾病关键基因可用于疾病诊断、预测和新药或新疗法有效性的评价,故识别与疾病紧密相关的关键基因十分重要。然而现在有些疾病样本数据较少,传统基于大样本的关键基因挖掘方法不适用于该类数据。本文针对含少量样本数据的疾病,首先利用单样本网络构建方法构建每个疾病样本的个体化基因网络,并通过建立基因间的层间联系构建多层基因网络。然后利用基于张量的多层网络中心性方法评估每层网络中基因间的相互作用以及层间影响,对基因进行重要性打分,识别疾病关键基因。最后将该方法应用到哮喘数据集上,并与经典算法进行比较,结果表明,利用该方法所识别的已获批准的药物靶标基因的排名较优;对所得到的新的潜在关键基因TP53、PUS10、MAP3K1等进行功能和通路富集分析,结果表明其与哮喘有紧密关联。     

四川中—晚更新世东方剑齿象化石牙齿形态特征及个体发育分析*

四川盆地是中国发现并研究第四纪哺乳动物化石最早的地区之一, 主要研究热点在重庆地区, 而四川地区却少有人研究。东方剑齿象(Stegodon orientalis Owen, 1870)是中国南方中—晚更新世大熊猫—剑齿象动物群中最常见种类之一, 但关于其分类与演化特征尚未形成统一认识, 其个体发育情况也还未得到充分研究。本文对产于四川地区、保存在成都自然博物馆(成都理工大学博物馆)的17个东方剑齿象化石的牙齿形态特征和个体发育阶段进行了研究, 并根据牙齿的萌出和磨蚀状态将其分为5个年龄组, 即婴儿期、幼年期、亚成年期、成年期和老年期。本研究填补了四川地区东方剑齿象牙齿形态特征和个体发育分析方面的空白, 也为进一步厘清西南地区剑齿象的分类、系统发育及演化研究提供基础材料信息。     

1994年丹江口库区调查发现的石制品研究

本文报道了1994年在南水北调中线工程丹江口库区多处地点采集的624件石制品。石制品类型有石核、石片和石器;石器占44%以上, 类型丰富, 包括手斧、手镐、薄刃斧、砍砸器、石球、尖状器、刮削器和石锤; 石器素材主要为砾石, 大多数个体粗大。这一石器组合与中国南方的砾石石器工业有较多的相似之处; 手斧工具的出现表明,这些石制品在探讨东、西方的旧石器文化交流方面也是非常重要的材料。     

三峡库区冉家路口旧石器遗址2007年发掘报告

冉家路口旧石器遗址位于三峡库区重庆市丰都县境内,埋藏于长江左岸第三级基座阶地。2007年度对该遗址进行了第四次抢救性发掘。发掘范围分A、B两区, 揭露面积2004m2,其中A区出土石制品470件, B区140件。除B区有24件出自表土层外, 其余均出自底部砾石层。石制品原料取材于河流阶地底部磨圆度较高的河卵石; 类型包括石核、石片、石器和断块等; 锤击法为剥片的基本方法, 此外可能还利用过碰砧法和摔碰法。石器以大型为主, 80%以上以石片为毛坯; 刮削器和砍砸器是主要类型,此外还有凹缺器、大型石刀、尖状器、手镐、薄刃斧等; 石器采用锤击法直接简单加工而成,加工部位多集中于石片的远端及两侧, 以单面方式为主。地貌对比和以往研究结果显示古人类在该遗址活动的时间大致发生在中更新世晚期。石器工业面貌在保留中国南方旧石器时代主工业特点的同时, 石片和石片石器也占据较大比例, 同样特点的旧石器遗址在汉水流域和洛南盆地也有发现, 说明这一区域可能存在着早期人类石器技术的交流。     

科技部项目泥河湾会议召开

2008年10月7日-10日,科技部国家科技基础性工作专项"中国古人类遗址、资源调查与基础数据采集、整合"项目在河北省泥河湾召开了现场工作会议.与会专家、学者来自中科院古脊椎所、中科院地质与地球物理研究所、北京大学等,共30余人.美国亚利桑那大学著名动物考古学家斯黛娜(Mary C.Stiner)教授和著名旧石器考古学家库恩(Steven L.Kuhn)教授也一同前往考察泥河湾贵址群.     

《打制石器—石器的制作与理解》评介

模拟实验是考古学的一项重要研究手段,为探究古代人类行为提供了诸多启示.石器制作实验作为实验考古学的一部分肇始于19世纪40年代,起初主要用来鉴定和区分人工和自然石片.20世纪30年代,实验考古学的概念开始形成,石器制作实验逐渐成为旧石器考古学的一种分析手段.     

河南许昌灵井遗址的晚更新世鹿科化石新种类

记述了在近几年从河南省许昌市灵井旧石器遗址出土的1个鹿科化石新亚种: 灵井山西轴鹿新亚种(Axis shansius lingjingensis sub sp.nov.)和1个属、种未定的潜在新种。前者角冠的主枝呈琴弓状, 并有一定程度的螺旋状, 目前是轴鹿属在晚更新世的唯一代表;后者的角冠在角环上方同一位置向不同的方向伸出3个分枝, 与鹿亚科其他成员的角冠在角环上方只有主枝和眉枝(或第一枝)的情况完全不同,而介于晚中新世的皇冠鹿(Stephanocemas)和中、晚更新世的大角鹿(Megaloceros)之间。     

四川产中菊头蝠喜马拉雅亚种和马铁菊头蝠日本亚种外部形态及头骨的比较

对四川产中菊头蝠喜马拉雅亚种(Rhinolophus affinis himalayanus)和马铁菊头蝠日本亚种(R.ferrumequinum nippon)的23项外部形态指标和22项头骨形态指标进行了测量,并进行数理统计分析。结果表明,(1)中菊头蝠喜马拉雅亚种和马铁菊头蝠日本亚种的23项外部形态测量指标中有2项差异显著(P<0.05),16项差异极显著(P<0.01),其中:中菊头蝠喜马拉雅亚种(n=14)体长小于59 mm(47.30~58.40),尾长小于26 mm(21.69~25.68),耳长小于22 mm(18.36~21.88),前臂长小于56 mm(50.9~54.20),第Ⅲ掌骨第一指节长小于16 mm(13.2~15.53),第Ⅲ掌骨第二指节小于32 mm(27.38~31.74);而马铁菊头蝠日本亚种(n=6)体长大于62 mm(62.43~66.76),尾长大于30 mm(30.56~36.18),耳长大于24 mm(24.47~27.20),前臂长大于56 mm(58.78~63.46),第Ⅲ掌骨第一指节大于19 mm(19.38~21.39),第Ⅲ掌骨第二指节大于34 mm(34.42~38.11),这些差异可作为区分四川产这两个种的依据。(2)中菊头蝠喜马拉雅亚种和马铁菊头蝠日本亚种的22项头骨形态测量指标中,除颅高、听泡间距差异不显著(P>0.05)外,其他20项指标都存在极显著差异(P<0.01)。     

水洞沟记趣

公元2003年7月24日-9月4日,中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和宁夏考古所联合组织了对位于宁夏银川市郊的水洞沟旧石器时代考古遗址的大规模发掘。古脊椎所的高星老师是发掘领队。期间来自上述两个科研与考古单位和中科院地质地球物理所、地球环境研究所、北京大学环境学     

乌兰花一日

早晨7点半钟,列车到达呼和浩特火车站。这已经是11月底．刚一下车,凛冽的寒风像刀子一样刮在脸上,让人感受到了朔方的气息。由于接到报告说在内蒙古自治区四子王旗乌兰花镇附近发现了丰富的哺乳动物化石,所以我们立即应地方部门的要求赶来进行初步的考察。