小柴旦盐湖脱硫棒状菌属的环境适应性机制分析

【目的】青藏高原小柴旦盐湖富含硫酸盐卤水,宏基因组学分析揭示该生境蕴藏着丰富的具有耐盐、固碳和脱硫功能的微生物。本研究拟通过生物信息学分析揭示潜在的固碳脱硫微生物脱硫棒状菌(Desulfotignum)的代谢多样性和环境适应性机制。【方法】利用宏基因组分箱分析和公共数据库下载获得小柴旦盐湖脱硫棒状菌属的基因组,通过文献跟踪和16S rRNA基因数据库检索揭示脱硫棒状菌的全球生境分布,基于基因组分类数据库(genome taxonomy database, GTDB)中120个细菌标记蛋白的系统发育树对脱硫棒状菌属的亚群进行分类,通过重构脱硫棒状菌属不同亚群的生理代谢潜能以及基因组比较分析来解析其环境适应机制和代谢多样性。【结果】脱硫棒状菌属全球分布广泛且主要栖息在高盐生境。小柴旦盐湖沉积物中共得到了9个脱硫棒状菌基因组,结合公共数据库中2个基因组,根据基因组系统发育分析、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)和平均氨基酸一致性(average amino acid identity, AAI)分析将这11个脱硫棒状菌基因组分为了2个亚群(G1...     

黄烷酮、NODD和nod-启动子分子间专一性作用的证明

采用亲和层折的方法纯化了NODD蛋白——根瘤菌中结瘤基因D(nodD)的产物。用这纯化的NODD研究黄烷酮(Naringenin,以下简称NAR)、NODD和nod－启动子间的相互作用。当NAR浓度低于0．4mmol／L时,实验没显示NARR对NODD和nod启动子之间专一性结合的影响,然而当浓度达到4．0mmol／L时,NAR能明显解离NODD和nod－启动子间的结合,这表明NAR、NODD和nod－启动子之间的相互作用是存在的。     

水稻胚乳甲壳素结合蛋白(ES-CBP)在发育种子中的组织专一性累积及其在萌发时的降解(英文)

免设印迹表明,水稻 ES—CBP(en—dosperm chitin—binding Protein)是胚乳专一性蛋白。蛋白休用NaCl提取后再用TritonX—100提取,所得的两个组份在作免疫印迹时,均能与抗ES—CBP的抗血清起反应,表明这种细胞器的衬质(matrix)和膜部分部有ES—CBP存在。免疫印迹还表明,在开花后7d(7DPA)的水稻种于胚乳中已经累积了相当多的 ES—CBP。在7～30 DPA之问.ES—CBP在胚乳总蛋白中的相对水平随着种子发育而下降。这些结果表明,ES—CBP在7DPA以前的胚乳中的累积是相对活跃的。水稻种子贮藏蛋白在7DPA以后累积最快,这时胚乳中已经累积了相当多的ES—CBP。种子萌发后2d(2DPG)时,ES—CBP已有明显的降解。到7DPG,胚乳中只剩下少量的甲壳素结合蛋白。ES—CBP这样的累积和降解模式支持了该甲壳素结合蛋白是水稻胚乳中蛋白体组织者的假说。     

棉花子房中存在细胞分裂素的专一结合蛋白

棉花子房细胞提取物1000r/min沉淀组分(P_1)和10 000r/min沉淀组分(P_(10))均能与6-BA专一结合,但不能与ABA专一结合。非标记的激动素、玉米素和6-BA等细胞分裂素类物质均可将与P_1结合的[~3H]6-BA取代下来,其它激素IAA和ABA、细胞分裂素的结构类似物cAMP和腺嘌呤均无取代作用。胰蛋白酶处理可明显降低P_1和6-BA的专一结合,说明在棉花子房中存在细胞分裂素的专一结合蛋白。二硫苏糖醇(DTT)、半胱氨酸和还原型谷胱甘肽强烈抑制P_1的专一结合,提示某种可还原基团,很可能是二硫键,定位于结合蛋白,且与其结合活性有关。在子房细胞里存在能钝化细胞分裂素结合蛋白活性的物质,其钝化能力是热不稳定的。     

蛋白质磷酸化作用的结构基础

蛋白质可逆磷酸化涉及到几乎所有细胞活动的调节.着重探讨了影响蛋白激酶作用专一性的几个因素和磷酸化影响蛋白质功能的结构基础及作用机制.     

维甲酸对人肝癌细胞磷脂酰胆碱专一性磷脂酶D的作用

为了解细胞信号转导与细胞分化间的关系,研究了诱导分化剂全反式视黄酸(ATRA)和13顺视黄酸(13 cis-RA)对7721人肝癌细胞中磷脂酰胆碱专一性磷脂酶D(PC-PLD)的影响。发现ATRA和13 cis-RA除能抑制7721细胞生长,并在形态上向正常方向分化外,分别在第2或第4天使膜结合性PC-PLD的比活力升高,用每瓶细胞的总活力计算,ATRA的作用在第2天也高于13 cis-RA,但13 cis-RA在第4天的效应却高于ATRA,说明13 cis-RA较ATRA的效应滞后。每天更换培养液的条件较不更换时细胞生长速度较快,且更能引起PC-PLD比活力的上升,提示新鲜培养液中可能存在促进生长和增强维甲酸升高PC-PLD的化合物。ATRA在第2天对PC-PLD比活力的作用高于第4天,可能由于第4天细胞增殖加快,细胞中蛋白质含量上升,以至使以蛋白含量计算的酶比活力下降。进一步研究维甲酸使膜结合性PC-PLD升高与蛋白激酶的关系,发现ATRA不论在第2天和第4天均使膜结合性和胞液中蛋白激酶C(PKC)和酪氨酸蛋白激酶(TPK)的比活力下降,说明ATRA使膜结合性PC-PLD活力的升高不是通过PKC 或TPK对PC-PLD的激活作用来实现,其机理有待进一步研究。对维甲酸引起PC-PLD升高的生物学意义作了讨论。     

序列搜索算法在多肽质谱解析中的应用

序列搜索算法由三部分组成：搜索过程、搜索得到多肽的各氨基酸残基的评分及两端（N端、C端）搜索得到的多肽的合并过程.通过若干实际多肽质谱的解析,结果表明,该算法对多种序列专一性离子并存的未知多肽质谱的解析,可获得较满意结果.尤其是它的评分方式及标准,比较适合多肽质谱图的实际情况,可最大限度地判断解析结果的准确度,为从事用质谱测定多肽一级结构的分析工作者提供了一比较简便且可靠的手段.也为质谱法快速测定蛋白质或多肽序列及其在生物学中的普及提供了一条方便之路.     

一株高耐镉硫酸盐还原菌的分离及脱硫性能研究

本研究从镉污染稻田水稻根际土壤中分离、纯化出一株硫酸盐还原菌SRB1-1,并对该菌株的生理生态特征、镉和盐耐受性、16S rDNA、脱硫性能及影响因子进行了系列分析。结果表明,该菌为革兰氏阴性菌,菌体弧状,对镉离子的耐受浓度可达200 mg/L,在2%的氯化钠浓度下仍可生长。对其16S rDNA的序列分析表明该菌株属于脱硫弧菌属(Desulfovibrio)。单因子实验考察温度、pH及SO_4~(2-)浓度对该菌脱硫效率的影响,正交实验确定了该菌最佳脱硫工艺条件及影响因子顺序。结果表明最佳脱硫工艺条件为pH 7.5、温度40℃、SO_4~(2-)浓度为1 000 mg/L、培养时间56 h。     

微生物脱有机硫研究前沿

环境问题日益成为人们关注的焦点,现代工业的发展使人类对化石燃料的依赖性越来越大。化石燃料的大量使用也造成了环境的严重污染,常规的加氢法处理燃油能耗高,处理效果不理想等方面的缺陷促进了生物脱硫的研究。简述了国外过去三年来在生物脱硫工作中取得的进展,包括菌株的改造;单加氧酶活力必需的黄素还原酶DszD;途径的最后一个酶HPBS脱硫酶以及国外公司的一些工作。     

植物中的磷脂酶D信号转导

文章介绍磷脂酶D（PLD）跨膜信号转导作用的研究进展。