石油生物催化脱硫菌Agrobacterium tumefaciens UP3的分离筛选

从胜利油田被原油污染的土壤中筛选到一株能有效降解模型化合物二苯并噻吩（DBT）的菌株。根据常规的形态分析、生理生化性状及16S rDNA序列分析,将其鉴定为根癌土壤杆菌（Agrobacterium tumefaciens UP3）。该菌不能以十二烷、十六烷、液体石蜡和萘作为唯一碳源和能源生长,具有工业应用的潜力。对该菌株DBT降解能力的初步研究表明,54h内可将500mg/L的DBT降解至150mg/L。对降解产物的分析表明,根癌土壤杆菌降解DBT的途径与Kodama路线及4_S路线不同。     

小柴旦盐湖脱硫棒状菌属的环境适应性机制分析

【目的】青藏高原小柴旦盐湖富含硫酸盐卤水,宏基因组学分析揭示该生境蕴藏着丰富的具有耐盐、固碳和脱硫功能的微生物。本研究拟通过生物信息学分析揭示潜在的固碳脱硫微生物脱硫棒状菌(Desulfotignum)的代谢多样性和环境适应性机制。【方法】利用宏基因组分箱分析和公共数据库下载获得小柴旦盐湖脱硫棒状菌属的基因组,通过文献跟踪和16S rRNA基因数据库检索揭示脱硫棒状菌的全球生境分布,基于基因组分类数据库(genome taxonomy database, GTDB)中120个细菌标记蛋白的系统发育树对脱硫棒状菌属的亚群进行分类,通过重构脱硫棒状菌属不同亚群的生理代谢潜能以及基因组比较分析来解析其环境适应机制和代谢多样性。【结果】脱硫棒状菌属全球分布广泛且主要栖息在高盐生境。小柴旦盐湖沉积物中共得到了9个脱硫棒状菌基因组,结合公共数据库中2个基因组,根据基因组系统发育分析、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)和平均氨基酸一致性(average amino acid identity, AAI)分析将这11个脱硫棒状菌基因组分为了2个亚群(G1...     

氧化亚铁硫杆菌固定化技术研究

在生物脱硫过程中 ,以H - 2软性填料作为氧化亚铁硫杆菌 (Thiobacillusferrooxidans)的固定化载体 ,构建了固定床生化反应器。考察了不同稀释率固定下床生化反应器氧化Fe2 + 的情况 ,在通气量为 330L/h ,稀释率为 0 6h-1条件下 ,Fe2 + 最大氧化速率达 7 6 7g[Fe2 + ]/L·h。该反应器连续运行 10 0d,固定化细胞稳定性良好     

红球菌DS-3脱除二苯并噻吩中有机硫的性能初探

从孤岛油田分离到一株红球菌（Rhodococcus sp.）DS\|3,能专一地切断二苯并噻吩（DBT）中的C—S键,沿4S途径代谢,生成二羟联苯。实验证明,以2％的接种量脱除50μg／mL DBT底物中的硫效果最佳。在此条件下,适宜菌株生长和脱硫的碳源为葡萄糖,氮源为硝酸铵,初始pH为8.2,生长温度为30℃,15mmol／L的硫酸根离子能使其丧失脱硫能力。在上述适宜条件下,培养72 h后DBT中34.04%的硫被脱除。     

榕-传粉榕小蜂间的专一性与协同进化

共生体系的长期维持引发了一系列进化问题, 特别是共生双方的相互适应、协同进化成为进化理论的一大挑战。榕和传粉榕小蜂是目前所知的专性最强的共生体系之一, 两者异常丰富的物种组成以及宿主多样的生活型为以上问题的研究提供了理想的体系。早期认为榕与其传粉小蜂间均为狭义协同进化, 一对一原则在该体系中具有普适性。然而近年来发现越来越多的例外, 特别是宿主转移现象在某些地区、某些榕属类群中的普遍存在, 使榕及其传粉小蜂间严格的物种专一性及协同进化发生在物种水平的观点受到质疑, 最近提出了一个新的协同进化模式来解释榕与其传粉小蜂的对应关系。榕与传粉小蜂间的进化模式说明两者间既有狭义的协同进化, 也有发散协同进化关系, 从而导致它们之间物种专一性不同。目前, 两种协同进化模式在该系统中的相对重要性仍存在很大争议, 不同地区、不同榕属类群中两者的物种专一性程度和产生原因可能有很大差异, 榕与传粉榕小蜂系统的复杂性决定了不能将某些地区和某些类群的结论简单扩展, 有关该体系协同进化主导模式的正确评判有待于对不同地区和不同榕属类群对应传粉小蜂的物种组成、来源方式, 以及共生双方的系统发生关系进行更广泛、更深入的研究。     

一株嗜盐脱硫菌的筛选及其脱硫特性的研究

从晒盐场污泥里筛选出一株嗜盐脱硫菌株ZTLH,经分子生物学方法鉴定为Halothiobactllus kelly 菌属.H.kelly ZTLH 在高浓度 Na+(1.8 mol/L)、pH=8.0～10.5、36～39℃条件下,对S2-去除速度最高可达20 mmol/(L·h).以氧化还原电位为控制指标时的脱硫效果优...     

高效液相色谱法测定生物脱硫系统中的含硫化合物

生物脱硫是利用微生物脱除气体和石油中的含硫化合物,具有操作条件温和、工艺流程简单、脱硫效率高、能量消耗低和环境污染少等优点。但是,当前仍然缺乏简单高效的分析方法来定量分析生物脱硫过程中的含硫化合物。针对这个问题,建立了柱前荧光衍生高效液相色谱法同时测定生物脱硫溶液中的亚硫酸盐、硫代硫酸盐和硫化物的分析方法。该分析方法中含硫化合物的标准曲线具有良好的线性关系,亚硫酸盐、硫代硫酸盐和硫化物相关系数分别为0.999 46、0.999 67和0.999 65,其检测限分别为0.000 6 μmol/L、0.000 7 μmol/L和0.001 1 μmol/L;含硫化合物的加标回收率范围分别为98.17%–101.92%、100.90%–102.60%和101.11%–104.22%;并具有良好的重复性和稳定性。实验证明,该分析方法预处理简单、分析快速、结果准确,可用于同时测定不同生物脱硫系统中的含硫化合物。     

酶的作用特性实验新探

高中生物必修教材在学习《新陈代谢与酶》一节时,配备了两个实验,一个是《比较过氧化氢酶和Fe^3＋的催化效率》,另一个是《探索淀粉酶对淀粉和蔗糖的水解作用》。我们知道,这两个实验分别验证了酶的高效性和专一性。     

虎纹捕鸟蛛毒素-X的1H-NMR信号归属

虎纹捕鸟蛛毒素-X(huwentoxin-X,HWTX-X)是从虎纹捕鸟蛛(Ornithoctonus huwena)的粗毒中纯化的一种新型N-型电压敏感钙离子通道抑制剂.应用二维1H-NMR技术研究HWTX-X的溶液结构特点,通过分析水和重水中的DQF-COSY、TOCSY和NOESY谱,识别出全部28个氨基酸残基自旋体系;利用NOESY谱中的dαN、dβN、dNN和dαδ联系完成了序列专一的谱峰归属,从而确认了HWTX-X所有的主链质子和大于95%的侧链质子的化学位移,为完全解析HWTX-X的溶液三维结构奠定了基础.     

基于分子动力学模拟的高γ-环糊精专一性环糊精糖基转移酶理性改造

【背景】环糊精糖基转移酶的分子动力学模拟较传统基因改造而言能有效提高改造效率,减少盲目性。【目的】探究环糊精糖基转移酶的催化专一性机理,为获得产γ-环糊精专一性更高的环糊精糖基转移酶提供高效突变菌株方法。【方法】通过分子对接和分子动力学模拟,获得3种产物类型CGTase与底物的对接模拟结构,并通过定点突变实验进行验证。【结果】分子动力学模拟结果显示α-和β-CGTase与十糖链在酶蛋白S1区域呈现闭合的形态,而γ-CGTase和十糖链在S1区域呈现更易于生成γ-环糊精的张开形态;3种CGTase与十糖链在相同位置存在氢键的氨基酸共有17个相对应位点,其中14个位点的氨基酸种类一致,不一致的3个氨基酸对应α-CGTase位点分别为Y89、D234和Y262。本研究对Y262位点进行定点突变和产物专一性实验,结果显示经过分子动力学预测的Y262L有助于提高产γ-CD专一性,从野生酶的13.7%提高到39.9%,γ-环糊精产物比例提高了3倍。【结论】分子动力学模拟结果对于指导环糊精糖基转移酶的专一性内在机理具有一定的正向指导意义。