几种模式生物基因组中最适密码对和稀有密码对使用的规律性

以6种模式生物基因组为样本,从密码对的碱基组成及密码子的使用两方面,分析了最适密码对与稀有密码对的使用。结果显示:6种生物的最适密码对rP双碱基TA出现的频数都是最低的,而出现频率最大的双碱墓对于古菌、细菌、真核是不同的;稀有密码对中双碱基TA出现的频数却是最高的,而出现频率最低的双碱基刘·于古菌、细菌、真核是不同的。这说明双碱基的分布与密码对的偏好性有很强的相关性,同时也与基因组进化存在关联。另外,我们也分析了本文的6种生物编码序列叶,最适密码对与稀有密码对的出现频数与密码了的相对使用频率的关系,发现密码对的出现频数与其密码子的使用存在相关性。     

厌氧性粘菌基因组中密码对的使用

分析了厌氧性粘菌(Anaeromyxobacter_dehalogenans_2N-C)基因组中密码对的使用,发现其全基因组中有5.2%的密码对模式是缺失的.分析结果表明其密码对的偏好至少可能是四个方面压力的结果:(1)基因组局部的及整体的GC含量,(2)密码对中二核苷酸的组分,(3)氨基酸的亲疏水性,(4)基因组中二肽的保守水平。