基于线粒体控制区序列的黄河上游厚唇裸重唇鱼种群遗传结构

采集黄河上游厚唇裸重唇鱼(Gymnodiptychus pachycheilus)甘肃玛曲群体,测定其线粒体DNA控制区序列,并从GenBank中下载青海玛多和贵德等3地2个群体的同源序列,分析该物种的遗传多样性、遗传结构及其演化历史.从81条729 bp序列中,检测到26个变异位点(占3.57％),碱基序列总的单倍型多样性为0.844,核苷酸多样性为0.0054,界定了34个单倍型,有1个广布单倍型H2,占所有样品的38.27％.单倍型网络图图显示单倍型没有明显的亲缘地理格局,H2处于中心,呈星状发散,系统发育分析没有显示出单倍型与地理位置的对应关系.AMOVA分析显示变异主要来自地理区内群体间,歧点分布和中性检测显示厚唇裸重唇鱼近期经历了种群扩张.分析表明黄河上游3地种厚唇裸重唇鱼种群未出现分化,建议应作为一个整体进行保护.     

中国近海细鳞鯻线粒体控制区的遗传多样性

通过线粒体控制区序列的分析,研究采自中国南海及东海5个群体102尾细鳞鯻的遗传多样性。发现在962 bp序列中有205个变异位点,其中135个为简约信息位点,共定义102个单倍型。中国近海细鳞鯻总体呈现出较高的遗传多样性特征(Hd=1.000,Pi=0.022),其中博鳌最高(Hd=1.000,Pi=0.028),平潭最低(Hd=1.000,Pi=0.014)。不同地理群体间无明显分化,基因交流频繁(Fst=-0.014—0.041,P0.05);中性检验均为显著负值,推测在16.9万年—5.06万年前,即中-晚更新世出现种群扩张。系统邻接树和单倍型网络图均出现3个显著分化的谱系(谱系间Fst=0.508—0.698,P0.001;净遗传距离Da=0.024—0.031),且各谱系中均有不同地理来源的群体。3个谱系间分歧时间大约在1.07百万年—0.24百万年前,推测可能是更新世冰期边缘海的出现导致群体隔离而产生分化。谱系A(Lineage A)包含85.3%的个体,其总体遗传多样性较高(Hd=1.000,Pi=0.012),其中平潭最高(Hd=1.000,Pi=0.014),合浦最低(Hd=1.000,Pi=0.010);群体间Fst在-0.021—0.068之间,P0.005;AMOVA分析显示只有1.97%的变异来自于种群间,表明群体间也无明显分化;中性检验均为显著负值,推测在25.4万年—7.6万年前出现种群扩张。中国近海细鳞鯻主要受到中-晚更新世海侵和海退的影响而出现种群扩张使得谱系间发生二次接触,最终形成具有显著谱系结构但无地理分化的情况。     

闽江和漓江暗鳜mtDNA控制区序列差异分析

为解决暗鳜(Siniperca obscura)在分类上的争议,利用PCR和直接测序法分析了闽江和漓江13尾暗鳜mtDNA控制区的序列差异。在长度813bp的同源序列中,共发现71个变异位点,占分析位点总数的8.73%;定义了11个单倍型,其中闽江群体7个,漓江群体4个,两群体之间没有共享单倍型,且有37个鉴别位点。两群体间的核苷酸歧义度(Dxy)为5.421%±1.129%。分子方差分析(AMOVA)得出两群体间的固定指数(Fst)为0.852(P<0.001)。构建的NJ亲缘关系树中,闽江暗鳜和漓江暗鳜各自组群,明显分为两支。这些表明闽江和漓江暗鳜群体之间出现了显著的遗传分化,其分化可能与南岭山脉的隆起形成有关。     

GTL2基因在体细胞核移植牛中的印记状态分析

体细胞核移植技术（SCNT）在医学研究、畜牧业生产和拯救濒危动物方面有重要的应用价值,而核移植效率低是制约其应用的主要因素．印记基因在哺乳动物胚胎发育和出生后的正常生长中都具有十分重要的作用,GTL2基因是在人和鼠中已被鉴定的印记基因,它作为一种RNA调解分子调控目的mRNA的转录．为了研究GTL2基因在自然繁殖牛和体细胞核移植牛中的印记状态,首先应用PCR-SSCP方法对GTL2基因多态性进行检测,鉴定自然繁殖牛和体细胞核移植牛中的杂合子,进而利用RT-PCR-SSCP技术对GTL2基因在杂合子牛的心、肝、脾、肺、肾、大脑中的表达状态进行分析．研究结果表明：GTL2基因在自然繁殖牛的被检测的6个组织中均表现为单等位基因表达,在体细胞核移植牛的心和肝中表现为单等位基因表达,而在大脑、脾、肺、肾中为双等位基因表达,GTL2基因在体细胞核移植牛的部分组织中表达紊乱有可能是造成体细胞核移植牛器官发育异常和核移植效率低下的原因之一．     

基于3种线粒体标记探讨中日沿海角木叶鲽遗传多样性差异

角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)是东亚沿海重要的鲽形目经济鱼类, 为更好地保护和开发利用其种质资源, 有必要全面了解其遗传背景。本研究测定了中国和日本沿海7个群体200尾角木叶鲽线粒体控制区(CR) 5'端、细胞色素b (Cytb)和NADH脱氢酶第二亚基(ND2)基因序列, 比较不同标记在解析遗传多样性和种群结构上的可行性与有效性, 阐明中日沿海角木叶鲽群体间出现遗传分化的分子机制。CR序列分析发现中日沿海7个角木叶鲽群体遗传多样性表现出较高的单倍型多样性(H_d = 0.9699)和较低的核苷酸多样性(π = 0.0061); 各群体间无显著的遗传分化(F_ST = -0.0197-0.0184, P > 0.05); 单倍型网络未显示出明显的地理聚群和谱系结构; 分子方差分析(AMOVA)表明变异主要发生在群体内部(> 99.17%)。进一步通过Cytb和ND2基因分别与CR序列对比分析, 结果表明群体遗传多样性均表现为高H_d (0.9683-0.9829)低π (0.0050-0.0063)模式, 仅有ND2基因分析F_ST值(F_ST = 0.0302, P < 0.05)显示了中国碣石(GDJS)和日本明石(JAP)群体间显著的低水平遗传分化现象。CR、Cytb和ND2的单倍型网络图均无明显的地理聚类和谱系结构, AMOVA分析也显示变异主要来源于群体内(> 98.39%)。种群历史动态分析结果显示, 角木叶鲽可能在第四纪中更新世晚期经历了群体扩张事件, 扩张时间分别为31.93-9.58万年前(CR)、27.53-22.02万年前(Cytb)和26.99-18.75万年前(ND2)。综上所述, 中日沿海的角木叶鲽具有较高遗传多样性, GDJS和JAP群体间存在低度分化; ND2基因比CR和Cytb序列更适于分析角木叶鲽种群遗传结构, 选择多个遗传标记可有效弥补单一标记分析遗传多样性的局限性; 推测冰期两大独立避难所的形成及GDJS和JAP群体距离相隔较远是其发生遗传分化的主要原因。研究结果为中日沿海角木叶鲽渔业资源的种质保护与可持续利用提供了理论依据。     

种子发育相关基因的研究进展

种子发育是被子植物繁殖的中心环节,涉及众多基因及其互作.新近的研究集中在雌雄基因组的差异表达、后生过程的控制机理和发育调控网络等方面.对胚和胚乳发育相关基因的研究,可使人们在分子水平上解析种子发育和无融合生殖的分子机制,更有效地开展植物种子产量和品质改良的基因工程.     

江西井冈山地区灰胸竹鸡的遗传多样性研究

灰胸竹鸡Bambusicola thoracica是我国特有鸟类.本文采用聚合链式反应和直接测序的方法测定井冈山地区灰胸竹鸡3个种群线粒体DNA(mtDNA)控制区1142 bp的序列,分析其序列变异和种群遗传多样性.30个样本共发现16个变异位点和10种单倍型,其中hapl广泛分布,占所分析样本的23.33%,是其祖先单倍型.3个种群的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.815和0.00243.青原区种群与其它两个种群遗传分化显著,基因交流受限制.受隔离影响,青原区种群遗传多样性最低.在系统发生树上,10种单倍型形成两支,井冈山种群和永新县种群聚在一起,与其地理位置相一致.     

中国三种实验用小型猪线粒体DNAD-loop多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA（mtDNA）D-loop的多态性,建立各品种品系猪的遗传标记,为各品种、品系猪的鉴别提供依据。应用PCR技术分别对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪和长白猪的血液总DNA样品中mtDNAD-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态。PCR扩增其mtDNAD-loop5′端227bp高变区域,应用PCR?SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态。结果显示：三种小型猪之间未见酶切长度多态、单链构象多态和序列多态。与长白猪之间表现出单链构象多态和序列多态。本研究认为：三种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其亲源关系很近,在母系起源和进化上有一致性,应用PCR RFLP、PCR SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为三种实验用小型猪品种、品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异。 Abstract：the present study is to analyze the polymorphism of the mtDNA D-loop in three breeds of laboratory miniature pigs in China , and to establish its cytoplasmic DNA markers to distinguish among them . The polymorphism of mtDNA D-loop and its 5′-end high variable regions were detected by PCR-RFLP , PCR-SSCP and PCR-direct sequencing on Xishuangbanna Small-ear inbred pig, Guizhou miniature Xiang pig , Guangxi Bama miniature pig and Landrace.There was no polymorphism obtained among or within three breeds of Chinese laboratory miniature pigs besides Landrace. It is concluded that the polymorphism of mtDNA D-loop within the three breeds of Chinese laboratory miniature pigs is poor , These methods cannot be used to distinguish among them , but it can be used to distinguish them from Landrace.     

中国水域瓶鼻海豚的mtDNA控制区序列变异性分析

测定了30头中国水域瓶鼻海豚（Tursiops sp.)mtDNA控制区5′端424bp的序列,结合已发表的中国水域其它瓶鼻海豚的mtDNA控制区序列,共发现54个变异位点,定义了37种单元型。中国水域瓶鼻海豚的两个形态型之间没有共享单元型,且具有8个鉴别位点。基于最大似然法和邻接法的系统发生分析均把单元型聚类为分别代表两个形态型的支系。形态型之间的核苷酸歧异度为5.58%,超过了其它海豚类种间的序列歧异水平,支持把这两个形态型划分为两个独立的种,即T.truncatus和T.aduncus的观点。虽然两种瓶鼻海豚的分布区在台湾海峡一带出现重叠,但相互之间缺乏基因流动,提示两者可能已出现了显著的生殖隔离。     

猪PEG1基因多态性及其遗传印记

PEG1基因影响动物胚胎生长及母性行为,多数动物PEG1为父方表达的遗传印记特征,但出生后猪的PEG1印记表达尚不清楚。因此,文章选取长白、大白和蓝塘3个品种共166头纯种猪,在猪的PEG1基因外显子12区域内寻找SNP,采用PCR-SSCP方法对其多态性进行检测和基因频率分析;取带有PEG1基因该位点SNP为杂合的仔猪3头,对其胃、胸腺、胰、脾、肺、肌肉、肝、舌、肾、脑、膀胱、心脏等组织器官和胎盘的mRNA产物分别进行RT-PCR-SSCP分析,结果表明:PEG1基因外显子12存在一个由G突变为A的单核苷酸多态性位点;PEG1的外显子12在3头仔猪的主要组织器官仅表达父亲来源的等位基因,表明猪的PEG1基因呈母方印记、父方表达的遗传特征。