DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

上海市潮滩湿地大型底栖动物的空间分布格局

通过对上海市6个典型潮滩湿地（崇明东滩、崇明北滩、九段沙、青草沙、南汇边滩和杭州湾北岸）的调查,共记录到大型底栖动物112种,甲壳动物、软体动物和环节动物分别占总物种数的51．8％、22．3％和18．8％。6个潮滩湿地中大型底栖动物生物量的空间分布呈现一致的规律,即高潮区〉中潮区〉低潮区;在生物量构成中,甲壳动物是最为重要的类群,其总体平均相对贡献率在51％～97％之间,软体动物的总体平均相对贡献率在2％～48％之间。大型底栖动物密度的空间分布在地点间存在较大差异,在崇明东滩、九段沙和杭州湾北岸湿地中,软体动物在数量上占优势;而在崇明北滩、青草沙和南汇边滩,甲壳动物却是优势类群。与20世纪80和90年代的调查资料相比,近20多年来上海市潮滩湿地中大型底栖动物生物量明显增加,但群落结构发生了根本改变,优势类群由个体较小的软体动物转变为平均体重较大的甲壳动物,这主要与人类活动（过度采捕、环境污染和生物促淤等因素）的强度干扰有关,也反映上海市潮滩湿地的环境质量和生态功能正在逐步下降。     

呼肠病毒BYD株吸附蛋白σ1的原核表达及其抗原性鉴定

将呼肠病毒BYD株S1片段编码的细胞吸附蛋白基因连接至pET-28a( ),构建表达载体pET-28a( )-S1,转化表达宿主菌E.coli BL21(DE3),分析表达载体能否表达预期大小的重组σ1,并进一步鉴定重组σ1的抗原性。SDS-PAGE实验表明,经IPTG诱导后,表达载体能表达53kD左右蛋白质,与重组σ1的预期大小相符;免疫印迹分析表明重组σ1有较好的抗原性和特异性,可用于呼肠病毒诊断试剂的制备。     

东北地区森林凋落叶分解速率与气候、林型、林分光照的关系

在东北长白山、张广才岭、小兴安岭、大兴安岭的主要森林类型中设置26块样地,进行为期3a(2004—2006年)凋落叶分解实验,以研究气候、林型、林冠透光率对凋落叶分解速率的相对影响大小。结果表明,不同林型凋落叶分解速率依次为:落叶阔叶林针阔叶混交林落叶针叶林常绿针叶林岳桦林。对分解速率影响因素的分析表明,气候因子(热量和水分)对分解速率有较强的解释力,分别解释了分解常数k和分解95%所需时间(t95%)的55.5%和65.0%的变异。但是,气候对分解速率的影响在很大程度上是通过与林型、林冠透光率的协同作用而实现的,其独立解释力并不大(9%)。气候的变化导致林型(物种组成)的变化、进而影响分解速率,这一因素解释了分解参数变异的46.8%(k)和56.8%(t95%)。与此同时,气候和林型的变化还导致林冠透光率的变化,随着热量水平的上升林冠透光率下降、间接提高分解速率。这一因素分别解释了k值和t95%变异的23.9%和22.3%。研究结果表明,气候对凋落叶分解的影响主要是通过对物种组成、林冠结构(影响透光率)等生物因素的间接作用实现的。忽视这些生物因素、简单研究气候和分解速率的关系可能难以正确预测未来气候变化对凋落物分解的影响。     

大兴安岭北坡多年冻土区植物群落分类及其物种多样性对冻土融深变化的响应

气候变化背景下冻土环境对地上植物群落的影响备受关注。鉴于此,选择了大兴安岭北坡作为研究区,应用双向指示种分析(TWINSPAN)和典范对应分析法(CCA)对大兴安岭北坡不同冻土融深的30个样地进行了群落分类,分析了物种多样性对冻土融深的响应。结果表明,1)研究区30个沟谷冻土样地植物群落可划分为3个群丛组,TWINSPAN的分类结果很好的反映了群丛组的分布与冻土融深的关系,即随着冻土融深由浅变深,群落由柴桦(Betula fruticosa)+狭叶杜香(Ledum palustrevar.angustum)-苔草(Carex subpediformis)群丛组逐渐过渡到柴桦(Betula fruticosa)-苔草(Carex subpediformis)群丛组和柴桦(Betula fruticosa)+细叶沼柳(Salix rosmarinifolia)-苔草(Carex subpediformis)群丛组,并在CCA二维排序图上得到了验证;2)地上植物群落的物种多样性指数随着冻土融深的增加表现出先上升后下降的单峰变化趋势;在50cmPMD≤150cm时,物种多样性指数较高。研究结果对冻土区的森林管理以及生物多样性保护具有一定地指导意义。     

杀线虫放线菌DA09202的鉴定及其活性物质的解析

从海南热带植物园土壤样品中分离获得一株具有较强杀线虫活性的放线菌菌株DA09202,通过形态特征、生理生化特征、16SrDNA序列测定及其系统发育分析,初步鉴定为金色链霉菌。菌株DA09202发酵液采用溶媒萃取、硅胶柱层析、Sephadex LH-20凝胶过滤和制备薄层板层析,从中分离得到杀线虫活性化合物A23-1和A46-2。化合物A23-1经光谱和波谱分析(UV、1H-NMR、13C-NMR、DEPT、1H-1HCOSY、HMBC、HSQC)以及文献对照,鉴定为4′,7-二羟基异黄酮,化合物A46-2的结构正在鉴定中。     

NaCl胁迫对茄子嫁接苗叶片多胺代谢和ABA含量的影响

以日本引进的茄子设施栽培专用耐盐品种'Torvum Vigor'为砧木,栽培品种'苏崎茄'为接穗,研究了80 mmol·L-1 NaCl胁迫下茄子嫁接苗和自根苗生长、多胺代谢和ABA含量的变化.结果表明,在NaCl胁迫下,茄子嫁接苗的生长量、3种不同形态多胺(游离态、结合态和束缚态)和ABA含量均显著高于自根苗.NaCl胁迫显著增加了叶片精胺和ABA含量;腐胺和亚精胺含量在胁迫前期上升,后期下降.嫁接苗的腐胺和亚精胺含量降低幅度低于自根苗,而精胺和ABA含量上升幅度则高于自根苗.嫁接苗生长和多胺代谢受NaCl胁迫的影响小于自根苗,NaCl胁迫下ABA的快速积累和保持相对高的多胺含量与嫁接苗耐盐性有关.     

降解农药的微生物

按农药的品种综述了降解农药的微生物种类。降解农药的细菌主要有假单胞菌属、芽孢杆菌属、黄杆菌属、产碱菌属、节细菌属等 ;降解农药的真菌主要有曲霉属、青霉属、根霉属、木霉属、镰刀菌属等 ;降解农药的放线菌主要有诺卡氏菌属、链霉属等。     

我国利用昆虫转化有机废弃物的发展现状及前景

畜禽粪便、厨余垃圾、秸秆等有机废弃物排放量超过环境容量,会造成生态污染,影响人类的生活。利用昆虫处理有机废弃物,既可以实现减量,又可以获得昆虫产品及生物有机肥,符合环境污染治理的基本原则。本文综述了有机废弃物的污染、生物处理方法、利用昆虫处理的研究和应用现状,探讨了昆虫转化有机废弃物的瓶颈问题及未来的重要发展方向。     

产木聚糖酶厌氧真菌菌株筛选及产酶培养条件研究*

从12株分离自反刍动物瘤胃及粪样的厌氧真菌中筛选到一株木聚糖酶高产菌,编号为A4,初步鉴定为Neocallimastix属菌。以稻草秸、玉米秸、花生秸、滤纸片段为发酵底物,经39℃厌氧培养,A4菌产生的木聚糖酶活分别为14.31U/mL、11.39U/mL、6.99U/mL和13.38U/mL。对A4菌产生木聚糖酶的条件进行优化,结果发现,培养基中无细胞瘤胃液浓度对A4菌产生的木聚糖酶活无显著影响;但酵母膏浓度从1.0g/L降至0.5g/L后,A4菌产生的木聚糖酶活显著下降(P<0.05)。