串联质谱图谱从头测序算法研究进展

近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节．由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势．简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状．归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点．总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向．     

植物化感抑藻的作用机理

对植物化感物质抑藻机理,即化感物质影响藻细胞的光合作用、破坏细胞膜、改变细胞酶活性、影响细胞超微结构及基因表达等几个方面进行了综合评述。研究表明,化感物质主要通过降低叶绿素a含量,破坏光合系统Ⅱ,使细胞膜结构裂解,酶活性改变,抗氧化系统破坏,细胞膜内超微结构受损,基因表达异常等几个方面来抑制藻细胞的分裂或直接杀死藻细胞,从而减少藻细胞数量,抑制藻类的生长。未来应该从更微观角度,即基因表达、分子和遗传机制等方面对化感抑藻机理进行深入研究,以期为开发安全、高效的抑藻化感物质提供理论基础。     

生态系统健康研究的一些基本问题探讨

目前有关生态系统健康研究的一些基本问题尚未达成共识。本文分析了健康、系统与生态系统3个与生态系统健康关联的概念,在此基础上,对生态系统健康的概念及其内涵、研究价值、研究的内容框架、研究的合理尺度以及生态系统质量诊断与质量等级评价进行了探讨。指出生态学上的生态系统是系统科学意义上系统的一类,整体性、稳定性和可持续性是生态系统的重要特征,生态系统健康可通过它的充分必要条件给出,即具备良好的整体性,能够维持较高的稳定性,并能实现良好的可持续性。生态系统质量标准分为质量诊断标准和质量等级评价标准,质量诊断是一种是与非的事实判断,而质量等级评价是一种价值判断。生态系统质量等级评价指标可分为限制可比型和非限制可比型两类。生态系统的复杂性决定了生态系统健康研究须借助于系统科学和非线性科学的理论与方法,生态系统病变的滞后性决定了生态系统健康研究必须加强生态系统质量预测与预警,而生态系统健康的跨学科性决定了生态系统健康研究需要生态学、环境学、医学、社会学以及经济学等领域研究人员的广泛合作。     

草原沙漠化过程中植物叶面积的变化及其与土壤因子的关系

在自然状态下,对沙质草原沙漠化过程中主要植物叶面积变化及其与土壤因子的关系进行了研究。结果表明:随着沙漠化加剧,羊草和糙隐子草的比叶面积在沙漠化初期(梯度Ⅰ)下降显著(P0.01),菊叶萎陵菜和冰草的比叶面积在沙漠化后期(梯度Ⅲ)下降显著(P0.05),寸草苔比叶面积下降不显著(P0.05),冷蒿比叶面积从沙漠化中、后期开始显著增加(P0.05),扁蓿豆比叶面积从沙漠化初期开始显著增大(P0.01);羊草、糙隐子草和冷蒿的叶面积指数总体上呈显著下降趋势(P0.01),扁蓿豆叶面积指数显著增加(P0.01);羊草、糙隐子草叶面积指数与土壤粘粒、C、N含量、土壤含水量呈显著正相关(P0.01),与土壤C/N比呈显著负相关(P0.01);冷蒿和扁蓿豆叶面积指数与土壤因子的相关性和上述二者正好相反(P0.05);在叶面积指数与土壤因子线性拟合中,糙隐子草叶面积指数与土壤C/N拟合最高(R2=1),其次是羊草叶面积指数与土壤含水量的拟合(R2=0.992),扁蓿豆叶面积指数与土壤C/N拟合最低(R2=0.268)。土壤C/N是影响草原沙漠化过程中共有种叶面积的关键因子(P0.05),其影响大小为糙隐子草羊草冷蒿扁蓿豆。     

苏南乡村生态植物景观营造

乡村生态植物景观营造是乡村景观建设的重要内容。本文以模拟自然、半自然植物群落为基础,对乡村生态植物景观营造进行了研究。根据乡村景观的构成要素,可以将乡村植物景观划分为村落植物景观(农户外环境植物景观)、农田植物景观、道路植物景观和水域河道植物景观;生态植物景观营造可以从自然群落中得到借鉴,以常熟为例,采用植被生态学的调查和分析方法对当地自然、半自然植物群落进行了研究,模拟形成15个可供当地应用的人工配植模式;乡村不同植物景观类型具有各自的特色和功能要求,通过分析常熟典型乡村特点,以模拟自然群落为基础,可进一步改造形成适于不同类型的乡村植物景观配植模式。     

饭店生态足迹模型的构建与应用

构建了饭店生态足迹模型,给出了饭店占地、能源、水、食物、棉织品、纸制品、废弃物的生态足迹和平均生态足迹的计算方法;并构建了基于生态足迹的饭店生态效率模型。利用所建模型对青岛市5家中高档饭店生态足迹的计算结果表明,各饭店食物与能源的生态足迹之和占其生态足迹总量的94%以上,饭店的总生态足迹、各种平均生态足迹与饭店的星级呈正相关,饭店的生态效率亦随饭店星级的提高而提高;但同星级饭店的生态足迹及生态效率均有较大差别。说明通过一系列绿色管理措施降低饭店生态足迹、提高饭店生态效率,具有巨大空间。     

盾盘亚纲二种盾盘吸虫Aspidogaster conchicola和Lophotaspis orientalis神经系统结构差异的研究

采用乙酰胆碱组织化学定位方法,分别对盾盘亚纲两种吸虫Aspidogaster conchicola和Lophotaspis orientalis的神经系统进行染色观察.经比较,两种吸虫的腩神经节及神经联合的位置郁位于咽前部;由脑神经节向前发出的神经干最终会合于围口神经环;脑神经节向后发出3对神经干,其中后腹神经干最为粗大,它通过多对神经与腹吸盘相连.二者存在的差别在于:第一,体前神经干的分支数目及分布位置不同;第二,腹吸盘部神经分布形式不同;第三,Aspidogaster conchicola的两侧排泄管均有明显着色,并显示螺纹状结构.     

低氧诱导因子-1α在低氧促成肌细胞增殖中的作用

目的:探讨低氧对大鼠骨骼肌成肌细胞(SkMs)增殖的影响及低氧诱导因子(HIF-1α)在低氧促成肌细胞增殖中的相关机制。方法:采用流式细胞仪观察了3、10%O2对SkMs细胞数量和增殖指数的影响;用RT-PCR方法检测了HIF-1αmRNA的表达,用Western blot方法检测了SkMs胞浆、胞核及总HIF-1α蛋白的水平。结果:低氧组较常氧组细胞数量和增殖指数增加(P0.05);HIF-1αmRNA、总蛋白水平在常氧组和低氧组中没有明显差异,常氧下胞浆中HIF-1α蛋白水平高于胞核内,低氧下HIF-1α蛋白水平在胞核内高于胞浆。结论:低氧能够促进SkMs增殖,HIF-1α可能是通过氧浓度调控的核转位的方式参与了低氧促SkMs的增殖。     

加强手术室管理,控制医院感染

目的加强手术室医院感染的控制与管理,降低医院感染的发生率。方法针对手术室的工作特点,制定并落实各项有效的消毒隔离措施和感染监测制度,严格执行无菌操作规程,创造合格的手术环境。结果制定有效的手术室消毒隔离制度和感染监测制度,并通过医护人员的积极配合,创造合格的手术室环境,使无菌手术切口感染率下降至0.25%,特殊手术无医院感染发生。结论加强手术室医院感染的管理,可有效地防止医院感染的发生,降低无菌手术切口感染率。     

火棘不同组织内生细菌群落多样性

为了解火棘不同组织内生细菌群落多样性,该研究采用高通量测序技术对火棘内生细菌16S rRNA V5～V7可变区进行测序,分析火棘不同组织部位内生细菌群落多样性。结果表明:(1)从火棘根、茎、叶组织中共获得内生细菌OTU 1 818个,其中根部754个,茎部 308 个,叶部756个,三者共有 OTU 152 个。(2)物种分类显示,不同火棘组织内生细菌具有丰富的群落多样性,火棘根部内生细菌种类隶属于23门53纲137目216科373属557种,其中异样根瘤菌属(Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium)和链霉菌属(Streptomyces)为优势属,其相对丰度分别为 10.57%和 8.00%; 茎部内生细菌种类隶属于21门32纲76目126科204属270种,其中马赛菌属(Massilia)和未知分类的丛毛单胞菌科属(unclassified_f_Comamonadaceae)为优势属,其相对丰度分别为31.10%和12.82%; 叶部内生细菌种类隶属于21门52纲130目210科380属581种,其中土芽孢杆菌属(Geobacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)为优势属,其相对丰度分别为12.31%和9.84%。(3)PICRUSt功能预测表明,根部内生细菌物种最丰富,参与各种代谢调控的细菌丰度最高。该研究结果为进一步探讨植物内生细菌功能,挖掘新的有益微生物资源提供了参考。