结合三代测序与二代测序技术揭示蜜蜂球囊菌孢子转录组的复杂性

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在利用PacBio单分子实时(singlemoleculereal-time,SMRT)测序技术对蜜蜂球囊菌孢子(AaS)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)以及长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)进行鉴定和分析,进而揭示蜜蜂球囊菌孢子中转录组的复杂性。【方法】采用Suppa软件对蜜蜂球囊菌孢子中基因的AS事件进行鉴定。通过RT-PCR对不同类型的AS事件进行验证。采用TAPIS pipeline对蜜蜂球囊菌孢子基因的APA位点进行鉴定。利用MEME软件分析孢子全长转录本的poly(A)剪接位点上游50bp的序列特征并鉴定motif。联用CPC和CNCI软件和比对Swiss-prot数据库的方法预测lncRNA,取三者的交集作为高可信度的lncRNA集合。进一步比较lncRNA和mRNA的转录本长度,外显子数量与长度,内含子长度,GC含...     

大河猪76个STR基因座的遗传多态性

大河猪是中国西南中海拔地区代表性猪种之一,长期以来在当地养猪生产中发挥了重要作用。为了阐明其群体遗传变异情况,为进一步有效保护和合理利用提供科学依据,采用分布在家猪19对染色体上的76个微卫星标记对该猪种60个随机抽样个体进行了微卫星PCR–聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。共检测到347个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在3—10个之间,平均每个座位等位基因数4.57个,有效等位基因数3.50个,群体平均杂合度及平均多态信息含量分别为0.696 2±0.071 6和0.644 1±0.091 4。结果表明,大河猪群体遗传多样性较丰富,选择潜力较大。     

播娘蒿种子脂肪油组分的GC-MS分析

播娘蒿[Descurainia sophia（L．）Webb ex Prantl]为十字花科（Cruciferae）播娘蒿属（Descuainia Webb et Berth）1～2年生草本植物,其成熟的种子俗称南葶苈子,为临床常用中药材。葶苈子味辛、苦、大寒,具泻肺降气、祛痰平喘、行水消肿之功效。用于痰涎壅肺、喘咳痰多、胸肋胀满、胸腹水肿、小便不利、肺原性心脏病水肿等症。     

跨膜型肿瘤坏死因子α稳定表达细胞株的构建

目的：在体内,相对分子质量为26×103的跨膜型肿瘤坏死因子α（mTNF-α）可被TNF转化酶（TACE）酶解成相对分子质量为17×103的游离型TNF-α（sTNF-α）。为评价新研发的TNF-α全人源单克隆抗体与mTNF-α的结合能力,以及该单抗的ADCC作用,须构建只能稳定表达mTNF-α而不受TACE影响的Sp2/0细胞株。方法：PCR扩增缺失了TACE酶切位点的人TNF-α野生型基因序列,构建pcDNA3.1（＋）-dTNF-α重组质粒并测序鉴定;重组质粒转染Sp2/0细胞,构建只能稳定表达mTNF-α的细胞株,用流式细胞仪检测其表达情况。结果：pcDNA3.1（＋）-dTNF-α重组质粒测序结果与设计缺失基因的碱基序列完全一致,重组质粒构建成功;转染的阳性细胞株经流式细胞仪检测有表达,其中Clone11、15、16的表达量最高。结论：跨膜型TNF-α稳定表达细胞株构建成功,可用于TNF-α全人源单克隆抗体体外药效的评价。     

用透性化细胞技术合成海藻糖

建立了一种渗透处理微球菌细胞的方法,得到的透性化细胞可多批使用并能长时间保持胞内酶的活力,极大地提高了单位菌体的利用率,降低了成本,为海藻糖实现工业化开辟了新的思路。实验结果表明:菌悬液用5％(v/v)甲苯处理40min,得到的菌体即为透性化细胞,再以10％淀粉液化液为底物进行海藻糖转化实验,转化率可达70％;该透性化细胞至少可连续进行6批酶反应(12h/批),酶活基本保持稳定。     

绿色微囊藻的混合营养生长

研究绿色微囊藻(Microcystis viridis)在混合条件下的生长特性,以及葡萄糖,光照强度和pH对绿色微囊藻生长的影响。结果表明:绿色微囊藻混合营养生长与光能自养生长相比,生长速率明显提高,对数期延长,生物量显著提高;随着初始葡萄糖浓度在0~18.0g/l范围内增加,同一光照条件下明显提高了藻细胞的生长速率,但在初始葡萄糖浓度18.0~36.0g/l范围内,同一光照条件下葡萄糖浓度的高低对藻细胞的生长速率不再有更大的影响;在光照强度24~112μE·m^-2·s^-1范围内,初始葡萄糖浓度相同条件下藻细胞的生长速率及对葡萄糖的藻体得率都随光照强度的增强而增大,但当光照强度在112~200μE·m^-2·s^-1时,绿色微囊藻的生长速率增加幅度较小,出现了光饱和现象;当pH处于8.0~10.0间,明显促进了绿色微囊藻的生长,偏离该范围越大,越抑制绿色微囊藻的生长,甚至导致死亡。     

白鹤幼鹤行为发育

2012年10月至2013年5月,采用焦点取样法对在吉林莫莫格国家级自然保护区内秋季和春季迁徙停歇的以及在江西鄱阳湖国家级自然保护区内越冬的白鹤(Grus leucogeranus)幼鹤行为进行了研究。结果表明,幼鹤取食行为比例从秋季迁徙时的23.0%增加到越冬晚期时的82.7%,但春季迁徙期减少为61.9%;幼鹤乞食行为比例从秋季迁徙时的58.2%减少至春季迁徙时的1.2%;幼鹤警戒行为比例从秋季迁徙时的1.0%增加至春季迁徙时的7.1%。幼鹤在春季迁徙期的理羽及静栖行为显著高于越冬期,这种行为的差异可能与食物的丰富度相关。环境因子中,风速对幼鹤静栖行为有显著影响,幼鹤取食及警戒行为与气温呈显著正相关。秋季迁徙及越冬晚期,幼鹤行为日节律在13:00—14:00时出现明显的取食低谷期,而春季迁徙期时则推后1小时。整个观察期间,幼鹤从雄鹤和雌鹤获得食物频次无显著差异,但不同时间段幼鹤从雄、雌成鹤处获得食物频次差异是显著的。研究从行为学的角度展示白鹤幼鹤的生长过程及不同性别成鹤对幼鹤生长的贡献。     

表征亚热带常绿林光合作用季节变化特征的多种植被指数

利用遥感方法可以在区域尺度反演地表植被的光合生理状况和生产力变化,但亚热带常绿林冠层结构季节变化较小,传统的光谱植被指数对植被光合作用难以准确捕捉。利用2014—2015年中国科学院广东省鼎湖山森林生态试验站多角度自动光谱观测系统的光谱反射数据,分别反演传统冠层结构型植被指数(NDVI)、光合生理生化型植被指数(CCI)和叶绿素荧光型植被指数(NDFI_(685)和NDFI_(760)),并利用不同类型植被指数的组合,构建多元线性回归模型。结果表明:亚热带常绿针阔混交林三种类型植被指数均与GPP的动态变化有显著的相关性,其中,NDVI是表征GPP较优的植被指数(R~2=0.60,P0.01),其次为CCI(R~2=0.55,P0.01),而NDFI能够作为辅助指数,有效提高NDVI(R~2=0.68,P0.001)和CCI(R~2=0.67,P0.001)表征GPP的程度。多个植被指数参与构建的多元回归模型能够有效提高亚热带地区常绿林GPP季节动态变化的拟合精度,提升遥感精确评估亚热带森林生产力的能力。     

多聚唾液酸对L-天冬酰胺酶的修饰及修饰酶特性研究

来源于大肠杆菌 (Ｅ .ｃｏｌｉ)的Ｌ 天冬酰胺酶是治疗淋巴性白血病和恶性淋巴肿瘤的有效酶制剂 ,已应用于临床。该酶与其他蛋白质类药物一样 ,在临床应用中存在两个常见问题 :一是酶制剂在体内易被降解 ,导致半衰期短 ;二是免疫原性。为了解决上述问题 ,人们用亲水性的大分子如血清蛋白、右旋糖苷和单甲氧基聚乙二醇 (ｍＰＥＧ)对该酶进行修饰。其中ｍＰＥＧ[1] 修饰后的Ｌ 天冬酰胺酶的抗原抗体结合能力完全消失 ,免疫原性下降 ,且体内半衰期延长 ;但酶活力只有天然酶的 8%～ 14% ,且ｍＰＥＧ在人体组织中无法降解 ,目前尚难评估长期使用…     

花棒茎流对降雨的响应

干旱半干旱区植物生理过程的水分响应依赖于降雨强度和频率,研究典型沙生植物对降雨的响应有助于预测未来气候条件下荒漠生态系统的结构和功能变化.2012和2013年花棒生长季,在宁夏盐池采用包裹式茎流仪对花棒茎流进行连续观测,分析茎流在晴天和雨天的变化特征及其对不同降雨事件的响应.结果表明: 雨天的花棒日茎流量低于晴天.晴天,茎流日变化呈“几”字型宽峰曲线,与太阳辐射和相对湿度呈正相关;雨天,茎流日变化呈多峰曲线或者一直处于极低状态,与太阳辐射和空气温度呈正相关.降雨不仅可以通过影响当天太阳辐射、空气温度、饱和蒸汽压差和相对湿度影响花棒茎流通量,还通过调控土壤含水量影响降雨后的茎流通量.降雨量<20 mm时,降雨前后茎流通量差异不显著;降雨量>20 mm时,降雨后的茎流通量比降雨前有显著提高.高土壤含水量不仅能够提高茎流通量,并且能够提高茎流通量对太阳辐射、饱和水汽压差和空气温度的响应敏感性.