结核分枝杆菌小RNA及其作用的研究进展

细菌小RNA是一类长度在50～500个核苷酸之间的不具有编码蛋白质功能,但具有转录后调控作用的RNA,在细菌中参与调控细菌多种生理和病理活动,如调节细菌代谢和毒力作用等过程。近年来,在结核分枝杆菌已经鉴定出近200种小RNA,并证明这些小RNA参与结核分枝杆菌的生理和病理过程。本文对结核分枝杆菌小RNA在细菌生长繁殖、毒力因子调控、细菌耐药和巨噬细胞内应激环境的适应等方面的作用进行综述。     

复方泛影葡胺速率区带密度梯度离心法纯化衣原体

目的利用速率区带密度梯度离心法建立纯化高纯度、高感染力衣原体的方法。方法采用HeLa229细胞扩增衣原体,制作含有大量衣原体的细胞裂解液,以国产复方泛影葡胺作为介质,利用速率区带密度梯度离心法纯化衣原体,负染纯化产物后使用透射电镜观察形态,并将纯化产物感染HeLa229细胞,测定纯化产物的感染力。结果在透射电镜下观察,证实纯化产物为直径300 nm左右的高纯度原体。纯化产物的感染力为8.62×10~8 IFU/mL,证实该纯化产物具有高感染力。结论通过复方泛影葡胺速率区带密度梯度离心法,可获得高纯度、高感染力的衣原体,为开展衣原体感染机制、免疫反应等研究提供了有效而可靠的保证。     

近江牡蛎共附生耐热真菌C051的鉴定、生理学特性及抗菌活性研究

为进一步开发利用耐热海洋真菌,以1株近江牡蛎共附生耐热真菌C051为出发菌株,对其进行系统鉴定、生理学特性及抗菌活性研究。采用形态学鉴定并结合18S rRNA序列分析,确定菌株C051为烟曲霉(Aspergillus fumigatus)。3种培养基比较,适合基础培养基为PDA;生长温度范围为15～50℃,最适生长温度45℃,具有明显的耐热真菌特性;生长pH范围3～9,最适生长pH 6;生长盐浓度0%～16%,最适生长盐浓度3.5%,具兼性海洋真菌的特点。其发酵产物对铜绿假单胞菌(Pseudomons aeruginosa)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、交替假单胞菌属SL-1(Pseudoalteromonas sp.)、金黄杆菌属SL-4(Chryseobacterium sp.)均有良好的抑菌效果,最大抑菌圈直径达22.15 mm,为耐热海洋真菌的开发与研究提供参考。     

非生物胁迫因子对棘孢木霉嗜铁素及钙调磷酸酶基因表达的影响

木霉菌(Trichoderma spp.)嗜铁素具有吸收、贮存和胞内运输铁的功能,对菌体自身的生长发育有重要作用,也是重要的生防促生因子,但嗜铁素的产量会受到环境中多种胁迫因子的影响。真菌的钙调磷酸酶基因能够调控外源离子的胁迫反应,但钙调磷酸酶信号通路与嗜铁素合成之间的关系并不明确。以棘孢木霉菌(Trichoderma asperellum)T6为材料,研究了NaCl、CaCl_2及pH对棘孢木霉菌T6嗜铁素产量以及嗜铁素合成关键基因(SidA)与钙调磷酸酶催化亚基基因(CnA)表达量的影响。结果表明,高浓度NaCl和CaCl_2以及高pH均能抑制嗜铁素的产生。利用半定量PCR分析得知,CnA基因与SidA基因之间存在一定的负调控关系,该结果与钙调磷酸酶专性抑制剂环孢菌素A能够提高嗜铁素产量的结果相一致。     

正交设计优化微波辅助测定延胡索叶总生物碱含量

通过微波辅助提取的方式,以延胡索叶总生物碱含量为考察指标,通过单因素试验和正交试验对总生物碱提取方法进行优化。重点考察了微波提取温度、时间、料液比、提取缓冲液pH值等因素对延胡索叶总生物碱得率的影响。各因素对延胡索叶总生物碱提取量的影响大小依次为:提取缓冲液pH值料液比提取温度。其最佳的提取方法为:提取缓冲液pH值为1. 0,料液比1∶100,提取温度60℃,提取时间20 min。在此条件下,叶总生物碱含量为25. 910 mg/g。利用微波辅助提取延胡索叶中总生物碱,不仅耗时短,效率高,而且操作简单、稳定,为延胡索叶总生物碱含量测定提供一定的技术支持。     

我国口岸小条实蝇属截获情况分析

[目的] 小条实蝇属害虫原产非洲,在我国无分布且具有一定的入侵风险。分析该虫在我国口岸的截获情况,能更好地利用已知实蝇截获数据防范实蝇人为传播。[方法] 经动植物检验检疫信息资源共享服务平台查询,统计小条实蝇属的有害生物类别、截获途径及截获地区等。[结果] 全国口岸共截获8种共计524批次的小条实蝇属害虫;地中海实蝇的截获批次数最多,为415批次,为小条实蝇属截获率的79.2%;截获的种类最多的国家来自尼日利亚,5种;截获批次最多的国家为南非,71批次;截获方式最多的为旅客携带物,占总批次的68.3%;在我国口岸中,广东口岸截获批次最多,占总数的57.4%。[结论] 从今后防控的重点种类、加大查验力度、推广新技术在鉴定上的应用、应急预案等几个方面,加强针对该类有害生物的检验检疫措施。     

小麦矮秆突变体jm22d响应赤霉素处理的转录组学分析

为拓宽小麦矮秆遗传资源,利用γ射线辐照济麦22获得了一个赤霉素不敏感型矮秆突变体jm22d。株高相关性状调查结果及茎秆细胞学试验显示,jm22d株高为53±1.8 cm,比野生型（WT）低约20 cm。jm22d整株茎秆共有4节,比WT少一节且各节间长度显著小于WT。与WT相比,jm22d茎秆细胞长度缩短。赤霉素含量测定发现,jm22d叶片中赤霉素含量高于WT,而茎秆中赤霉素含量低于WT（P<0.01）,因此,jm22d株高降低与赤霉素转运途径出现异常有关。为了深入研究jm22d对赤霉素的响应机理,对jm22d和WT幼苗进行赤霉素处理,分别收取处理0（D0）、1（D1）和3 d（D3）的样品进行转录组学分析。结果表明,与WT相比,在jm22d中共筛选到696个上调和1 067个下调的表达基因,其中62个和349个基因在3个时间点分别表现为上调和下调表达。叶绿素含量测定表明,jm22d中叶绿素含量随赤霉素处理时间的延长而降低,聚类分析结果表明,差异表达基因主要富集在光合作用-天线蛋白（photosynthesis-antenna proteins,ko00196）、卟啉和叶绿素代谢（porphyrin and chlorophyll metabolism,ko00860）、亚油酸新陈代谢（linoleic acid metabolism,ko00591）等通路,因此赤霉素处理对jm22d体内叶绿素含量的积累具有抑制作用。通过KEGG分析在植物激素信号转导途径中挖掘到5个差异表达基因（TraesCS2B01G582300、TraesCS2B01G600800、TraesCS2B01G556600、TraesCS2B01G630000和TraesCS6B01G439600）参与生长素、细胞分裂素等激素代谢途径,这些基因在jm22d中显著下调,这可能是jm22d矮化的重要原因。研究结果为矮秆突变体矮化机制的解析提供了重要参考。     

基于焦磷酸测序技术建立基因编辑水稻检测方法

基因编辑技术发展迅速,但对应的检测方法较少。为寻找创建基因编辑作物适用的检测方法,以 PL3 基因编辑水稻编辑位点为靶标,有效设计了焦磷酸测序的扩增引物及测序引物,并进行有效性检测,分别利用Sequence to Analyze等程序以及SNP和AQ两种模式完成了对PL3 基因的定性和定量检测试验,建立了 PL3 基因编辑水稻编辑位点焦磷酸测序检测方法。结果表明,基于焦磷酸测序技术可以通过检测编辑位点从而将基因编辑型水稻与野生型水稻进行区分。与常规的转基因检测方法相比,该检测方法具有较好的准确性、高效性及高灵敏度等优点,在基因编辑型水稻编辑位点定性和定量检测分析方面具有很好的应用前景。     

PhageGT：dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。     

小麦/玉米轮作田根际微生物多样性分析

[背景] 小麦/玉米轮作是中国粮食作物主要种植模式之一,目前对小麦/玉米轮作田根际土壤微生物差异变化缺乏全面的了解。[目的] 明确小麦/玉米根际土壤微生物差异变化并了解其潜在功能。[方法] 以小麦/玉米根际土壤为材料,运用细菌16S rRNA基因和真菌rDNA ITS基因测序,分析小麦/玉米根际土壤微生物多样性。[结果] 玉米季微生物丰富度高于小麦季,而多样性无明显差异。放线菌门（Actinobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）和绿弯菌门（Chloroflexi）为小麦季和玉米季根际土壤的优势细菌门,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。小麦季和玉米季共有细菌和真菌分别是631个和261个,小麦季特有细菌和真菌分别是38个和58个,玉米季特有细菌和真菌分别是25个和39个。LEfSe分析（LDA阈值为2）细菌和真菌表明,放线菌纲（Actinobacteria）和微囊菌目（Microascales）在小麦季富集,鞘脂单胞菌目（Sphingomonadales）和银耳纲（Tremellomycetes）在玉米季富集。小麦季、玉米季微生物代谢功能不同,与小麦季相比,玉米季养分循环的代谢通路丰富度较高,而参与氧化应激的代谢通路丰富度较低。[结论] 该研究结果对指导小麦/玉米轮作田管理具有理论和实践意义。