斑马鱼急性无机砷暴露后肝脏差异表达基因的生物信息学分析

砷是一种致癌物,是心血管、外周血管疾病、神经疾病、糖尿病和各种癌症的致病因素。目的:利用GO数据库和KEGG数据库等生物信息学方法对GEO数据库数据中的差异表达基因进行评价。利用生物信息学分析软件对差异基因进行功能富集、功能注释分析和生存分析。利用Cytoscape上的蛋白-蛋白相互作用网络(Protein-protein interaction network, PPI)软件对179个差异基因进行筛选和分析。结果发现126个基因作用于蛋白靶点,其中有10个基因为关键基因分别为:PSMB3、HSP701、HSPE1、STIP1、HSPD1、HSP70、DNAJB1B、HSP90AA1.1、HSPA9H和TCP1。核心基因主要作用于内质网中的蛋白质加工通路。这可能会为砷对肝脏损伤的潜在生物标志物和生物学机制提供新的思路。     

家蝇GNBP3基因克隆及感染白色念珠菌后的表达

对家蝇GNBP3基因进行克隆及生物信息学分析,并对该基因在感染白色念珠菌Candida albicans后的表达情况进行研究。从构建的家蝇Musca domestica幼虫c DNA质粒文库中筛选到GNBP3基因,克隆并运用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行预测和分析。白色念珠菌注射感染家蝇幼虫并收集标本,逆转录,通过荧光定量PCR检测感染样本中GNBP3基因的表达情况,结果进行统计学分析。研究结果表明,GNBP3基因ORF全长1473 bp,编码490个氨基酸,理论分子量为55.8 k Da,等电点为6.85;感染后不同时间点,感染组与对照组比较,在3 h、12 h、36 h、48 h GNBP3 mRNA的表达明显增高,两组比较有显著性差异(P0.05),而24 h表达差异性最小;感染后不同组织中感染组与对照组比较,3 h和12 h时,在体壁、血淋巴、脂肪体中的表达量升高,具有显著性差异(P0.05);24 h时,在血淋巴中的表达量较对照组高,而在唾液腺和脂肪体中的表达量呈下降趋势,均具有显著性差异(P0.05);48 h,在血淋巴和脂肪体中表达量较对照组高,在中肠的表达量较对照组低,均具有显著性差异(P0.01)。成功克隆GNBP3基因且在家蝇感染白色念珠菌后GNBP3的表达水平随时间的推移呈现先升高后降低再升高的趋势,在各组织中以在免疫组织(血淋巴、脂肪体)中的表达显著增高,推测其在真菌识别过程中发挥潜在作用。     

甘蔗蓟马在不同甘蔗品种上空间分布型及理论抽样数

为了解甘蔗蓟马在不同甘蔗品种上的种群空间分布型,获得准确的田间调查资料,提高甘蔗蓟马预测及防治效果,2015年7月在云南省农业科学院甘蔗研究所第一科研试验基地,通过调查10个甘蔗品种上甘蔗蓟马成虫和若虫数量,利用5种聚集度指标、Iwao回归分析法和Taylor幂法则测定了甘蔗蓟马的种群空间格局。结果表明,甘蔗蓟马成虫和若虫在不同甘蔗品种上均以个体群形式存在,个体间相互吸引;其空间分布型均为聚集分布,聚集强度随种群密度的升高而增加,聚集是由于自身的生物学习性和环境因素共同作用引起的。利用Iwao回归分析法中的α、β参数计算出在允许误差范围内的理论抽样数。因此,甘蔗蓟马在不同甘蔗品种上均呈聚集分布,调查时应根据当地栽培品种平均虫口密度选择适宜的抽样数量。     

甲基对硫磷水解酶基因的高效表达及酶活性分析

假单胞菌WBC 3的甲基对硫磷水解酶基因mph在大肠杆菌系统AD494(DE3) pET32a ( + )中实现了高效可溶性融合表达。表达的重组酶能够有效地被亲合层析纯化。酶学性质分析表明 ,重组酶对底物乙基对硫磷水解能力较野生酶相比有近 4倍的提高 ,对甲基对硫磷和杀螟松的水解活力无明显变化。以融合蛋白形式存在的重组酶在室温及 4℃下的贮存稳定性明显优于野生型酶。     

树木年轮中的微量元素含量与克山病关系的初步分析

森林是陆地生态系统中的一个重要组成部分,在一定程度上可以说它是“历史的见证”,因为在森林中记录了过去生态环境的一些变化和特点。 树木年轮是过去环境记录的一个重要各面,大家知道,通过观察树木年轮,可分析研究近千年来地球上气候的变化。这一方法在国内外已得到广泛的应用。但是从生物地球化学观     

海洋真菌Xylaria sp.SOF11中细胞松弛素类化合物的研究

从海洋真菌Xylaria sp.SOF11的液体发酵提取物中分离到3个化合物,通过1H及13C NMR,2D NMR等方法,分别鉴定为19,20-epoxycytochalasin Q(1)、18-deoxy-19,20-epoxycytochalasin Q(2)和19,20-epoxycytochala-sin C(3)。化合物1～3对两株肿瘤细胞MCF-7和NCI-H460显示较弱的细胞毒活性。     

MASS ESTIMATE AND EVOLUTIONARY TREND IN CHINESE MESOZOIC FOSSIL BIRDS

体重是一项重要的生物学指标,生物的体重受到发育、繁殖和进化等诸多因素的影响.对于灭绝生物体重的估计有助于进一步恢复它们的各种生物学信息.本研究采用统计学的方法,对422件现生鸟类(分属于21目229种)的体重和18项骨骼量度指标分别进行一元回归分析,结果显示判定系数的分布范围在0.5 ～0.91之间,多数指标的判定系数均集中在0.8 ～0.9之间.采用另外64件测量有体重数据和骨骼量度的鸟样本对回归方程的估算准确率进行检验,发现前肢中肱骨长度和尺骨宽度以及后肢中胫跗骨宽度3项指标的估算准确率高于其他指标.分析结果还表明前肢两项指标对于估算鸣禽、猛禽和攀禽类等树栖鸟类的体重准确率较后肢显著;后肢指标对于估算陆禽类等地栖鸟类体重的准确率高于前肢指标.这一结果反映出与体重相关程度较高的骨骼量度指标在不同习性的鸟类当中存在着一定的差异.对于化石鸟类的体重估计,采用估算准确率较高并且便于测量的肱骨长度和胫跗骨宽度两项回归方程加以计算.通过对中国中生代鸟类的体重进行估算,结果显示中生代鸟类在系统发育过程中,反鸟类经历了体重逐渐减轻的过程,而今鸟类的体重开始不断增大并且出现显著的分异.     

好氧甲烷氧化菌生态学研究进展

好氧甲烷氧化菌是一群以甲烷为碳源和能源的细菌。好氧甲烷氧化菌在自然环境中分布广泛,人类已从土壤、淡水和海洋沉积、泥炭沼泽、热泉、海水和南极环境分离到甲烷氧化菌的纯培养。好氧甲烷氧化菌可分为14个属,包括研究较为深入的隶属于变形菌门Alpha和Gamma纲的细菌,以及属于疣微菌门的极端嗜热嗜酸甲烷氧化菌。最近,好氧甲烷氧化菌还被发现存在于苔藓类植物（尤其是泥炭苔藓）共生体中,兼性营养好氧甲烷氧化菌也被发现。本文通过对好氧甲烷氧化菌的分类、生理生化特征、分子生物学检测方法以及微生物生态学中的研究成果的总结与分析,以及对甲烷氧化菌研究所面临的问题进行讨论,以期为今后进一步开展好氧甲烷氧化菌及其在碳循环中的作用研究提供参考。     

川西卧龙国家级自然保护区树木生长对气候响应的时间稳定性评估

根据川西卧龙地区岷江冷杉(Abies faxoniana)的年轮宽度资料, 分析了该地区树木生长特征及对气候响应在最近53年(1956-2008年)的异质性特征。结果表明, 在1956-1976年时段, 树木生长速率较快, 晚冬至早春(1月到4月)温度对树木生长有着明显的促进作用, 而春末5月份的高温对于树木生长有限制性影响, 而与日照时数关系不大; 在1977-2008年时段, 树轮生长主要受冬季(11月到1月)低温的限制, 另外, 日照时数对于树木生长的限制性影响明显增强。秋季到早冬(9-12月)降水在两个时段上对树木生长均有一定的限制性影响。树轮指数在1956-1976年时段与温度序列吻合较好, 而在1977-2008年时段树轮指数明显偏低, 与温度序列出现了明显的分离。1977-2008年时段内云层覆盖量增加导致太阳辐射量显著下降, 进而树木可利用的光合有效辐射也相应地降低, 这可能是树木生长速率在此时期明显较慢的主要原因。     

雅鲁藏布江中游地区土壤淡色丝孢菌群落多样性及物种生态位研究

从雅鲁藏布江中游地区采集土壤样品35份,主要涵盖农田、城市花园、高山草甸、湿地和防护林带五种生态类型,从中分离获得土壤淡色丝孢菌12属。利用种群优势度、Shannon-Wiener多样性指数、均匀度、生态位宽度、群落相似性等指标对该地区不同生境的土壤淡色丝孢菌物种(属级)的生态多样性及物种生态位进行了分析。结果表明,土壤淡色丝孢菌的数量和类群分布在该地区不同生态类型土壤中差异明显。农田生境中土壤淡色丝孢菌物种多样性指数最高,均匀度较高;防护林带生境中土壤淡色丝孢菌物种多样性指数最低,均匀度也最低。对不同生态类型土壤中淡色丝孢菌的相似性分析发现,农田和防护林带生境的相似性系数最大,说明这两种生境具有较多的共同物种;湿地和城市花园生境的相似性系数最小。物种生态位结果分析表明,在上述五种生境中,拟青霉属Paecilomyces、刺座霉属Volutella、曲霉属Aspergillus和青霉属Penicillium具有较宽的生态位宽度,属于广适性物种;而白僵菌属Beauveria和绿僵菌属Metarhizium生态位很窄,只存在于某个生境中,属于狭适性物种。