DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

基于NGS的染色质测序在肿瘤研究中的应用

染色质是真核生物细胞核内由核酸和蛋白质组成的复合结构,有着精密且复杂的三维结构。染色质除基本的DNA序列外,内部还存在着不同化学修饰,DNA-蛋白质相互作用,DNA-DNA相互作用和DNA-RNA相互作用,以上这些若发生改变都可能在肿瘤发生发展过程中起到至关重要的作用。通过不同的染色质测序方法,可以解析出这些改变,并进一步加深研究者对肿瘤形成机制的理解,最终应用于肿瘤的治疗。本文对常见的染色质测序技术部分原理和应用进行综述。     

使用冷冻方法防治昆虫标本虫害

皮蠹幼虫对昆虫标本的蛀蚀是我国北方地区标本保藏时需要注意的首要问题。经12次的试验观察表明,花斑皮蠹幼虫TrogodermavariabileBallion在冰柜中放置位置不同其冷冻致死率亦不相同置于冰柜表层的,死亡率介于0～50%;上层的死亡率为95%～100%;中上层及中层死亡率达100%。放置在表层及上层的皮蠹幼虫,在经2d以上的冷冻处理后部分个体出现复活。因此,对那些原先放置上层及表层的标本,第1次冷冻结束后,间隔数天应再进行第2次冷冻,以提高和巩固冷冻杀虫效果。经3年的实践证明,采用冷冻方法治理皮蠹幼虫为害效果明显,可以推广普及。     

水稻对褐飞虱抗性相关蛋白的双向电泳分析

以药用野生稻 (Oryzaofficinalis)的转育后代B5 (高抗褐飞虱 (NilaparvatalugensSt l) )与感虫品种明恢 6 3(OryzasativaL .)为亲本 ,构建了一个重组自交系群体。通过抗褐飞虱鉴定 ,筛选出极端抗虫株系和极端感虫株系 ,运用分群分析法 (bulkedsegregantanalysis ,BSA)分别建成了极端抗虫集团 (resistantbulk)和极端感虫集团 (susceptiblebulk)的蛋白质池。利用双向电泳技术 ,分别分析了极端抗虫集团和极端感虫集团受虫害与未受虫害的秧苗蛋白质的变化。结果发现 ,虫害 48h后 ,感虫集团的一个分子量为 40kD的蛋白质P40 (pI=6 .3)的表达明显减弱甚至消失 ,而在抗虫集团中 ,P40的表达未受影响。与褐飞虱为害后抗虫株系和感虫株系不同的生理反应相联系 ,推测P40与水稻受褐飞虱虫害后引起的应答反应相关     

MASS ESTIMATE AND EVOLUTIONARY TREND IN CHINESE MESOZOIC FOSSIL BIRDS

体重是一项重要的生物学指标,生物的体重受到发育、繁殖和进化等诸多因素的影响.对于灭绝生物体重的估计有助于进一步恢复它们的各种生物学信息.本研究采用统计学的方法,对422件现生鸟类(分属于21目229种)的体重和18项骨骼量度指标分别进行一元回归分析,结果显示判定系数的分布范围在0.5 ～0.91之间,多数指标的判定系数均集中在0.8 ～0.9之间.采用另外64件测量有体重数据和骨骼量度的鸟样本对回归方程的估算准确率进行检验,发现前肢中肱骨长度和尺骨宽度以及后肢中胫跗骨宽度3项指标的估算准确率高于其他指标.分析结果还表明前肢两项指标对于估算鸣禽、猛禽和攀禽类等树栖鸟类的体重准确率较后肢显著;后肢指标对于估算陆禽类等地栖鸟类体重的准确率高于前肢指标.这一结果反映出与体重相关程度较高的骨骼量度指标在不同习性的鸟类当中存在着一定的差异.对于化石鸟类的体重估计,采用估算准确率较高并且便于测量的肱骨长度和胫跗骨宽度两项回归方程加以计算.通过对中国中生代鸟类的体重进行估算,结果显示中生代鸟类在系统发育过程中,反鸟类经历了体重逐渐减轻的过程,而今鸟类的体重开始不断增大并且出现显著的分异.     

幽门螺杆菌根除疗法对肠道微生态的影响

幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)感染是世界范围关注的焦点,进行幽门螺杆菌根除治疗是世界各国针对感染所采取的一项重要举措。但随着幽门螺杆菌耐药率,尤其是对大环内酯类药物耐药率的增加,标准三联疗法根除效果逐渐不能满足需求,更多的疗法得以推出。但是新推出的诸多疗法都应用了比以前更大剂量、更多种类甚至更长疗程的抗生素,这对于肠道微生物的微生态结构和数量都可能造成严重影响,甚至可能产生严重的副作用,同时也可能会对其耐药性产生影响。本文回顾了近20年来幽门螺杆菌根除治疗对肠道微生态的影响和一些新型实验疗法的研究结果,以对上述问题进行探讨。     

不同剂量的LED红光直接照射对人肝癌细胞HepG2生长特性的影响

采用发光二极管(light-emitting diode,LED)对人肝癌细胞株HepG2进行不同时间的照射,研究了LED直接照射对肿瘤细胞牛长特性的影响.实验采用功率密度为7.23 mW/cm2、中心波长为(650±10)nm的红色LED对人肝癌细胞株HepG2进行不同时间的照射,采用MTT法用酶标仪测试了实验处理后肿瘤细胞的吸光值,采用光学显微镜对细胞进行形态学分析,用PI荧光染色法对细胞的生长特性进行了分析.实验结果表明,小于18 min的低强度红色LED照射呵以促进肿瘤细胞的增殖,而大于35 min的低强度红色LED照射可以抑制肿瘤细胞生长.采用合适剂量的低强度红色LED照射肿瘤细胞可以抑制肿瘤细胞的生长,这对LED直接照射治疗肿瘤疾病有一定的指导意义.     

Ca(NO3)2对NaCl胁迫下木麻黄扦插苗生理特征的调控

用不同浓度 Ca(NO3) 2 · 4 H2 O(0 .7、1.4、2 .1g Ca2 / kg土 )对 1年生的处在两种 Na Cl胁迫 (10和 2 0 g/ kg)处理下的木麻黄扦插苗进行化学调控 ,研究硝酸钙盐加氯化钠处理的木麻黄幼苗的生长量、木麻黄幼苗抗氧化酶系统活性和渗透调节物质的含量的变化 ,研究结果表明 :中度 Na Cl胁迫加硝酸钙处理下的木麻黄扦插苗的可溶性蛋白质含量增加 ,MDA含量降低说明膜脂过氧化作用减轻 ,而且抗氧化酶活性 (SOD、POD)之间协调变化有利于提高清除自由基的速率 ,中度盐胁迫下钙盐可以促进木麻黄体内脯氨酸的积累 ;但重度 Na Cl胁迫下钙盐对木麻黄的调控作用不显著 ,重度盐胁迫下钙盐反而降低木麻黄 SOD、POD活性和脯氨酸的含量 ,减弱了抗氧化酶系统对活性氧的清除作用 ,同时高浓度钙盐还会加重 Na Cl胁迫对木麻黄幼苗的损伤 ,这说明适量的钙盐有利于木麻黄幼苗抵抗盐胁迫能力的提高 ,而高浓度钙盐则可能会加重盐胁迫     

Protein kinase C delta null mice exhibit structural alterations in articular surface,intra-articular and subchondral compartments

IntroductionStructural alterations in intra-articular and subchondral compartments are hallmarks of osteoarthritis, a degenerative disease that causes pain and disability in the aging population. Protein kinase C delta (PKC-δ) plays versatile functions in cell growth and differentiation, but its role in the articular cartilage and subchondral bone is not known.MethodsHistological analysis including alcian blue, safranin O staining and fluorochrome labeling were used to reveal structural alterations at the articular cartilage surface and bone–cartilage interface in PKC-δ knockout (KO) mice. The morphology and organization of chondrocytes were studied using confocal microscopy. Glycosaminoglycan content was studied by micromass culture of chondrocytes of PKC-δ KO mice.ResultsWe uncovered atypical structural demarcation between articular cartilage and subchondral bone of PKC-δ KO mice. Histology analyses revealed a thickening of the articular cartilage and calcified bone–cartilage interface, and decreased safranin O staining accompanied by an increase in the number of hypertrophic chondrocytes in the articular cartilage of PKC-δ KO mice. Interestingly, loss of demarcation between articular cartilage and bone was concomitant with irregular chondrocyte morphology and arrangement. Consistently, in vivo calcein labeling assay showed an increased intensity of calcein labeling in the interface of the growth plate and metaphysis in PKC-δ KO mice. Furthermore, in vitro culture of chondrocyte micromass showed a decreased alcian blue staining of chondrocyte micromass in the PKC-δ KO mice, indicative of a reduced level of glycosaminoglycan production.ConclusionsOur data imply a role for PKC-δ in the osteochondral plasticity of the interface between articular cartilage and the osteochondral junction.

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The online version of this article (doi:10.1186/s13075-015-0720-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.