基于卷积神经网络和循环神经网络的环形RNA剪接位点识别研究

本文提出了一种基于卷积神经网络和循环神经网络的深度学习模型,通过分析基因组序列数据,识别人基因组中环形RNA剪接位点.首先,根据预处理后的核苷酸序列,设计了2种网络深度、8种卷积核大小和3种长短期记忆(long short term memory,LSTM)参数,共8组16个模型;其次,进一步针对池化层进行均值池化和最大池化的测试,并加入GC含量提高模型的预测能力;最后,对已经实验验证过的人类精浆中环形RNA进行了预测.结果表明,卷积核尺寸为32×4、深度为1、LSTM参数为32的模型识别率最高,在训练集上为0.9824,在测试数据集上准确率为0.95,并且在实验验证数据上的正确识别率为83%.该模型在人的环形RNA剪接位点识别方面具有较好的性能.     

环青海湖地区草地生境的蝗虫潜在发生可能性评价

环青海湖地区是青海省草地蝗虫最集中的区域,主要有10种,它们对草地造成了很大危害,草地蝗虫的发生与由植被、地形、土壤等组成的生境类型存在密切的关系。论述了草地蝗虫生境类型划分的原因,并提出了生境分类方案,在此基础上,提出了各类生境针对草地蝗虫潜在发生可能性的评价原理,方法和评价指标体系,并据其对野外实地调查样点进行了评价,结果表明,草地蝗虫潜在发生可能性指数与草地蝗虫密度间的相关系数高达0．90,研究区受草地蝗虫严重危害或较严重危害的生境类型是芨芨草草原,克氏针茅草原及紫花针草原,高寒草甸属一般危害,高寒灌丛草甸则不发生危害。     

白车轴草(Trifolium repens)植株抗病性和生长与植物病史的关系

从白车轴草(Trifolium repens)自然种群中采集无白车轴草单孢锈菌病史的无性系(clones)17个,有白车轴草单孢锈菌病史的无性系14个,分别作为抗病型和感受型植物实验材料;采集白车轴草单孢锈菌(Uromyces trifolii-repentis)菌系(strains)10个,作为病菌实验材料.分别设置并进行了两个温室实验、一个田间盆栽实验和一个原生长地移栽实验,实验处理上分对照、单菌系接种和10个菌系接种等3种.实验结果表明,无论是用单菌系接种还是10个菌系接种,植株发病的概率和程度均与其抗病性有关,抗病型植株(无病史)发病的概率和程度显著低于感受型(有病史)植株.在相同处理的实验中(无论是田间实验还是温室实验),无病史植株和有病史植株的生长无显著差异;不同处理田间实验植株的生长有显著差异,病情愈重,生长愈差.无病史植株的抗病性明显强于有病史植株.但是,原生长地的移栽实验结果表明,在无病原菌存在的情况下,有病史植株的(叶)生长显著好于无病史植株.可以认为,研究生物个体对环境因子反应性差异的实验应当在自然条件下和自然梯度范围内进行.     

阿尔泰山小东沟林区乔木物种丰富度空间分布规律

对一定区域内生物多样性的合理保护往往需要在景观水平上了解生物多样性分布的总体规律.借助于典型抽样调查和遥感及地理信息系统相结合的方法来预测物种丰富度是定量研究生物多样性宏观分布规律的重要途径.以阿尔泰山小东沟林区为对象,在外业调查的基础上,选取主要气象因子、地形因子和植被指数(NDVI)作为预测变量,利用主成分分析和多元回归分析分别提取主要环境信息和构建物种丰富度预测模型,借助ArcGIS9.1的空间分析功能,得到了阿尔泰山小东沟林区乔木物种丰富度空间分布预测图,并利用残差图评价其精度.将小东沟乔木物种丰富度预测图分别与坡度、坡向和海拔图叠加,分析不同地形条件下乔木物种丰富度的空间分布规律.结果表明:占总研究区面积70.28％的区域,其乔木物种丰富度在3到4种之间.坡度0-5°的地形条件下乔木物种丰富度出现频率最高的数值是3,其余坡度条件下,乔木物种丰富度出现频率最高的数值是4;乔木物种丰富度在西坡和西北坡出现频率最高的数值是3,其余坡向乔木物种丰富度出现频率最高的数值均是4;海拔梯度上,乔木物种丰富度出现频率最高的数值呈现先增加后减少的趋势.残差类型面积统计表明,较强预测水平面积和中等预测水平面积占研究区总面积的94.62％,表明预测效果较好.     

马尾松林两种林下植被土壤碳氮特征及其与凋落物质量的关系

以飞播马尾松林为研究对象,通过典型样地调查和样品测定,采用配对样本t检验和冗余分析（RDA）方法分析芒萁类和禾草类两种林下植被类型土壤碳、氮特征及其与凋落物质量之间的关系。结果表明：（1）土壤有机碳、微生物量碳、可溶性有机碳、全氮、速效氮、微生物量氮和可溶性有机氮含量在0-10、10-20 cm土层均表现为禾草类显著高于芒萁类（P < 0.05）,而在20-40、40-80 cm土层两种植被类型碳氮指标的大小未表现出相同的变化规律,且差异不显著（P > 0.05）。（2）两种植被类型凋落物半分解和未分解层的C含量及C/N值均表现为芒萁类显著高于禾草类（P < 0.05）,而N含量则表现为禾草类显著高于芒萁类（P < 0.05）;同一植被类型的未分解层C含量及C/N值均显著大于半分解层,N含量则半分解层显著大于未分解层（P < 0.05）。（3）0-10 cm土层两种类型凋落物C/N值和C含量均与土壤碳氮各指标呈显著负相关（P < 0.05）,N含量与土壤碳氮各指标的相关性不显著（P > 0.05）;10-20 cm土层,芒萁类的半分解层C/N值与土壤碳氮各指标存在显著相关性（P < 0.05）,禾草类的凋落物C含量与土壤碳氮各指标也存在显著相关性（P < 0.01）。林下植被凋落物C/N值越小,其分解速率越快,有利于土壤养分的积累,禾草类凋落物C/N值低于芒萁类是导致其土壤碳氮指标高于芒萁类的重要原因。     

一种安全高效的血红蛋白纯化方法

目的:建立一种适用于大量制备的,安全、高效的血红蛋白纯化方法。方法: 将压积红细胞装入透析袋,以含有还原剂的Tris缓冲液透析破碎,破碎的上清经两级硫酸铵沉淀后透析至上样缓冲体系,离心后取上清即得血红蛋白提取液;红细胞提取液通过阴离子交换柱层析进一步分离,计算回收率。纯化产物浓缩后以SDS-PAGE及HPLC鉴定纯度,进行紫外-可见光谱扫描并以ABL800血气分析仪分析血气指标,以鲎试剂测定内毒素含量,以磷测定法测定脂质含量。结果: 血红蛋白提取液中脂质去除率98%,容易通过0.45μm滤膜;经阴离子交换层析纯化的血红蛋白经SDS-PAGE(银染法)及WB分析没有杂蛋白条带,HPLC分析纯度>99%、总回收率>85%;内毒素含量<2 EU,高铁血红蛋白含量<5%。结论: 该血红蛋白纯化方法安全高效、成本低廉、易于放大生产,具有较好的应用前景。     

三种膀胱灌注方法对膀胱树突状细胞及尿IL-2的影响

目的:探讨联合灌注预防膀胱肿瘤复发的免疫机制.方法:将44只雌性wistat大白鼠随机分为生理盐水对照组以及BCG组、丝裂霉素组、IL-2联合BCG组,分别定期进行11次膀胱灌注并分批处死取出膀胱组织,用免疫组化的方法检测膀胱组织中DC的数量,用双抗体夹心酶免疫吸附法(ELISA)测定尿IL-2含量,观察膀胱组织DC及尿IL-2的变化.结果:DC平均数量:IL-2联合BCG组为(28.3±8.0 CDS/HPF)、BCG组为(16.6±5.9 CDS/HPF)、丝裂霉素组为(4±2.3 CDS/HPF)、对照组为(4.8±3.4CDS/HPF);尿IL-2浓度:IL-2联合BCG组为(87.5±30.4 ng/L)、BCG组为(58.7±20 ng/L)、丝裂霉素组为(35.9±9.6ng/L)、对照组为(35.7±11.3 ng/L).结论:IL-2和BCG两者间有免疫促进和协同作用.     

雪莲果为替代寄主植物繁育的丽蚜小蜂对MED烟粉虱生防潜能

雪莲果Smallanthus sanchifalius被视为替代烟草高效繁育丽蚜小蜂Encarsia formosa Gahan的理想寄主植物,且中间寄主植物雪莲果繁育的丽蚜小蜂对温室白粉虱Trialeurodes vaporariorum（Westwood）具有更高的生防潜能。但中间寄主植物雪莲果繁育的丽蚜小蜂对烟粉虱Bemisia tabaci（Gennadius）的生防效果尚未明确,本研究测定了雪莲果繁育的丽蚜小蜂对MED烟粉虱1~4龄若虫的寄生率、取食数量、杀死数量,及其子代发育时间和羽化率。研究结果表明,雪莲果繁育的丽蚜小蜂对MED烟粉虱各龄幼虫的寄生率、取食数量均显著高于烟草繁育的丽蚜小蜂,其中,对3龄若虫的防控效果最好,杀死数量为10.5头,寄生率为17.2%,取食数量为1.9头。雪莲果为寄主植物繁育的丽蚜小蜂寄生MED烟粉虱1~4龄若虫的发育时间分别为21.2 d、16.0 d、13.9 d和13.4 d,均显著短于烟草繁育丽蚜小蜂子代发育时间。综合来看,中间寄主植物雪莲果繁育的丽蚜小蜂对MED烟粉虱生防潜能显著高于中间寄主植物烟草繁育的丽蚜小蜂。研究结果为进一步应用中间寄主植物雪莲果繁育的丽蚜小蜂防治烟粉虱提供了理论依据。     

拉萨地区林周盆地设兴组上部(古近系)年代研究的新进展及意义

拉萨地区林周盆地典中那玛剖面设兴组上部新发现的孢粉组合以落叶、阔叶植物为主体,主要为桦科的Alnipollenites,Betulaepollenites,Carpiniptes,山毛榉科的Quercoidites,胡桃科的Juglanspollenites,榆科的Ulmipollenites,椴科的Tiliapollenites等,孢粉化石多为古近纪常见分子,未发现白垩纪的特征分子。古近纪早期大量出现的三孔沟,网面三孔沟等花粉少量出现;孢粉组合更接近于古近纪中晚期的面貌,其时代可能属于晚始新世。因此,设兴组上部的年代可能是始新世晚期。由此推论,设兴组和林子宗群之间的角度不整合不能代表白垩纪古近纪之间的构造运动,而是代表始新世晚期后的构造运动。同时,林周盆地可能沉积有古近纪的河湖相地层。     

浙江古田山自然保护区野含笑群落特征研究

野含笑为我国省级珍稀濒危植物。通过对野含笑群落的特征进行分析和研究,结果表明。野含笑群落植物种类丰富,科属组成分散,区系成分复杂。从属的地理成分来看,热带分布的属明显多于温带分布的属。群落的生活型以高位芽植物为主,地面芽植物次之。该群落叶的性质以小型叶、单叶、革质、非全缘为主。群落垂直结构复杂,地上成层明显,可分为乔木层、灌木层和草本层,并有一定数量的层间植物。灌木层一乔木层一草本层物种多样性依次递减。野含笑种群的年龄结构属稳定型。