利用序列保守模体和局部构象信息预测转录因子结合位点

转录因子结合位点的计算预测是研究基因转录调控的重要环节,但常用的位置特异得分矩阵方法预测特异性偏低.通过深入分析结合位点的生物特征,提出了一种综合利用序列保守模体和局部构象信息的结合位点预测方法,以极大相关得分矩阵作为保守模体的描述模型,并根据二苷参数模型计算位点序列的局部构象,将两类信息得分组合为多维特征向量,在二次判别分析的框架下进行训练和滑动预测.预测过程中还引入了位置信息量以优化似然得分和过滤备选结果.针对大肠杆菌CRP和Fis结合位点数据的留一法测试结果表明,描述模型的改进和多种信息的融合能有效地改善预测方法的性能,大幅度提高特异性.     

中华蜜蜂化学感受蛋白基因Acer-CSP1克隆与表达特征分析

化学感受蛋白(chemosensory proteins, CSPs)是昆虫化学感受系统中重要的组成部分之一。本研究克隆了中华蜜蜂Apis cerana cerana化学感受蛋白基因Acer-CSP1, 其核苷酸全长351 bp （GenBank登录号为FJ157352）, 编码116个氨基酸残基, 预测蛋白分子量为13.85 kD, 等电点为4.89, 且含有4个保守的半胱氨酸残基, 均符合昆虫CSPs的一般特征, 且与意蜂CSP1基因具有99.1%的相似性, 与其他昆虫也有45.3%~68.0%的相似性。利用2^-ΔΔCt法及绝对定量法的real-time PCR技术对Acer-CSP1在中蜂不同器官表达特征进行了研究, 得出的一致结论为Acer-CSP1显著水平地高丰度表达于中华蜜蜂触角, 其次大量表达于头部。由于触角为中华蜜蜂最主要的嗅觉器官, 而头部则具有发达的感觉神经系统和味觉系统, 这也提示Acer-CSP1极有可能参与中华蜜蜂的嗅觉以及其他化学感受功能。     

实时荧光PCR结果的四维杂交的核酸技术分析

本研究采用四维杂交试剂,测定PCR产物的特征熔点温度(temperature of melting point,Tmp),对实时荧光定量PCR所获得阳性信号(特异性的或非特异性的)的结果进行分析和确认,以使检测结论更客观.将荧光探针模式的实时荧光PCR检测后的标本再进行熔解曲线温度扫描,然后在4℃冰箱冷却5min,向反应管加入1μL四维杂交液,再按照温度扫描程序做熔解曲线实验.结果显示,加四维杂交试剂之后的熔解曲线中信号峰值是收敛的,且信噪比增大.相同扩增产物的Tmp的误差是在±1℃之内.实验结果证明,四维杂交试剂对荧光探针模式实时荧光PCR结果可进行更精细的分析和确认.     

56个杂交水稻骨干亲本SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以中国56个杂交水稻骨干亲本为研究材料,包括水稻雄性不育系和恢复系。从国标中公布的48对水稻SSR引物中筛选出14对稳定性好、多态性高、杂带少且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,建立56个杂交水稻骨干亲本的SSR指纹图谱,结果表明：14对SSR引物在56份材料中共扩增出48个多态性片段,平均每对引物可以检测3．43个等位基因。聚类分析得出56个品种间的遗传相似性系数在0．63～0．98之间,基本上反映了不同品种间的亲缘关系。     

棉铃虫β-微管蛋白基因cDNA序列的克隆与序列分析

β-微管蛋白是构成细胞骨架的重要组成性蛋白,对昆虫的蜕皮、器官形成等生长发育阶段均能产生重要影响。本文以棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)3日龄成虫为材料,利用RACE末端扩增技术克隆得到棉铃虫的β-微管蛋白基因的cDNA序列。序列分析表明:棉铃虫β-微管蛋白基因的cDNA序列包含1775个碱基,包括一个1347个碱基的开放阅读框,编码448个氨基酸组成的多肽。GenBank登录号:JF767013。同源性分析表明,棉铃虫的微管蛋白基因与本研究所比对其它昆虫的β-微管蛋白基因具有高度的同源性,达到90%左右。本研究克隆得到棉铃虫的β-微管蛋白基因的cDNA序列,对进一步深入研究该基因功能有重要意义。     

鲤鱼SOCS-4基因克隆、鉴定及表达模式分析

细胞因子是调节机体免疫和神经内分泌功能的生物活性物质,其信号的激发、放大和持续在时间和空间上都受到严格调控。细胞因子信号传导抑制因子(Suppressorof cytokine signaling,SOCS)是细胞因子信号通路的负调节因子,通过负反馈抑制细胞因子的信号传递,防止过度的信号反应干扰机体代谢平衡和细胞功能。在哺乳动物中,SOCS系统对生长激素(GH)、表皮生长因子     

高产琥珀酸菌株的通量筛选

以琥珀酸放线杆菌Actinobacillus succinogenes F3—21为出发菌株,分别用吖啶黄、紫外线、紫外线．硫酸二乙酯和亚硝基胍进行诱变,产生突变菌库。用“96孔板培养－HPLC浓缩检测－厌氧瓶复筛”的模式筛选高产突变株。从1056株突变株中,筛选到一株高产菌株Ⅵ-10-C。连续传代10次,产酸水平不变。在5L发酵罐中补料分批发酵72h,Ⅵ－10－C产琥珀酸87．6g／L,生产强度1．22g/（L·h）,糖酸转化率0．66g／g;琥珀酸产量比出发菌提高了30％。代谢通量与关键酶活性分析表明：相比于F3-21,Ⅵ-10-C发酵过程中从磷酸烯醇式丙酮酸节点处流向草酰乙酸的代谢流量增加了28．9％,相对应的磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶（PEPCK）酶活提高了23．5％。结果表明用“96孔板培养-HPLC浓缩检测-厌氧瓶复筛”的模式能快速有效筛选高产琥珀酸菌株。     

全球古海水化学演化与世界主要海相钾盐沉积关系暨中国海相成钾探讨

地球历史中海水的成份不是一直不变的,而是经历了"方解石海"与"文石海"的交替。不同的海水化学决定了不同的蒸发岩沉积序列,并决定了不同时期的蒸发岩矿物组合。海相钾盐沉积于海水蒸发的最后阶段,而同一时期全球海水组成基本一致,因此可以通过地质历史时期全球海水组成及海相沉积石盐的流体包裹体组成分析,探讨世界主要钾盐沉积与海水组成和盐度变化的关系,分析中国海相、海陆交互相蒸发岩沉积时期的钾盐沉积条件与标志,预测钾盐成矿的有利地质时代和层位。     

A NEW SPECIES OF THE GENUS SLADENIA (PISCES, LOPHIIDAE) FROM THE EAST CHINA SEA AND THE SOUTH CHINA SEA

20世纪70年代以前,全世界已知宽鳃鮟鱇属Sladenia Regan( 1908)鱼类仅有3种.1980～1982年期间,东海水产研究所“东方”号和南海水产研究所“南锋”号调查船分别在东海和南海的大陆架渔场调查时,共采集到4尾珍稀的深海鮟鱇鱼类.经研究,认为这4尾标本是1新种,定名为朱氏宽鳃鮟鱇Sladenia zhui sp.nov..     

生物活性肽—蛋氨酸脑啡肽免疫调节作用研究进展

蛋氨酸脑啡肽( methionine-enkephaIin,Met-ENK)是具有内源性吗啡样活性物质,它是由5个氨基酸残基组成的多肽,其第5位氨基酸残基为蛋氨酸.目前,对Met-ENK的生物学功能及其作用机制的研究已取得了显著进展.就Met-ENK对免疫细胞调控、抗肿瘤作用等方面做一综述.