云南松三种同域共存切梢小蠹梢转干期的空间分布格局

分布在我国西南地区的横坑切梢小蠹,云南切梢小蠹和短毛切梢小蠹同域危害寄主云南松,给林业生产带来巨大损失。为探讨同域切梢小蠹种群在共存下对其空间分布格局的影响,采用传统聚集指标法和地统计学方法研究了三者在梢转干期不同受害云南松纯林树冠中的空间分布型。结果表明重度受害样地中云南切梢小蠹种群密度显著高于横坑切梢小蠹,在轻度受害样地则相反;传统聚集指标法结果显示同域共存的3种切梢小蠹种群在不同受害程度云南松中均为聚集分布,横坑切梢小蠹和云南切梢小蠹聚集是由环境因素和昆虫本身的聚集习性引起;地统计学结果表明除重度受害样地中短毛切梢小蠹呈随机分布外,其余切梢小蠹在不同种群密度下均呈聚集分布;除重度受害样地横坑切梢小蠹外,其他小蠹的空间依赖范围为4.01—7.45 m。横坑切梢小蠹和云南切梢小蠹在不同受害林分中拟合的半变异函数模型在球形模型和高斯模型之间转换。同域共存关系不影响不同种群密度下的切梢小蠹种群空间分布类型,但影响其半变异函数模型和理论参数。     

儿童反复呼吸道感染与肠道微生态变化的相关性

目的研究儿童反复呼吸道感染与患儿肠道微生态平衡紊乱的关系。方法选择102例反复呼吸道感染患儿为研究组,167例急性肺炎患儿为肺炎对照组,142例健康体检儿童为正常对照组。采用16S rRNA荧光定量PCR检测3组对象肠道双歧杆菌及大肠埃希菌数量,计算B/E值,并比较3组研究对象细胞免疫功能。结果正常对照组、肺炎对照组以及研究组儿童肠道双歧杆菌数量依次降低,大肠埃希菌依次增多,B/E值依次降低,差异均有统计学意义(均P0.05)。正常对照组、肺炎对照组以及研究组儿童血液中CD3~+、CD4~+细胞水平以及CD4~+/CD8~+依次降低,CD8~+细胞水平依次增高,差异均有统计学意义(均P0.05)。结论儿童反复呼吸道感染与肠道微生态失衡具有一定相关性,肠道微生态稳态的维持可为反复呼吸道感染的防治提供新思路。     

老年冠心病患者血尿酸水平与肠道菌群的关系

目的探讨老年冠心病患者血尿酸(SUA)水平与肠道菌群的关系,为该类患者的治疗提供参考。方法选择2018年5月至2019年5月我院收治的83例冠心病患者为研究组,选择同期我院83例健康体检者的作为对照组。比较两组对象SUA水平及粪便标本中肠道菌群分布情况(乳杆菌、双歧杆菌、幽门螺杆菌、大肠埃希菌、链球菌);比较不同菌群紊乱程度冠心病患者SUA水平;比较不同SUA水平冠心病患者肠道菌群分布情况。采用Pearson相关分析冠心病患者SUA水平与肠道菌群相关性。结果研究组患者肠道乳杆菌、双歧杆菌数量明显低于对照组(均P<0.05),而肠道幽门螺杆菌、大肠埃希菌、链球菌数量明显高于对照组(均P<0.05)。研究组患者SUA水平明显高于对照组(P<0.05),不同菌群紊乱程度冠心病患者SUA水平有差异有统计学意义(均P<0.05)。不同SUA水平冠心病患者肠道乳杆菌、双歧杆菌、幽门螺杆菌、大肠埃希菌、链球菌数量差异有统计学意义(均P<0.05)。冠心病患者SUA水平与肠道乳杆菌、双歧杆菌数量呈负相关(r=-0.872、-0.912,均P<0.001),与肠道幽门螺杆菌、大肠埃希菌、链球菌数量呈正相关(r=0.915、0.896、0.889,均P<0.001)。结论冠心病患者存在肠道细菌紊乱及高尿酸现象。冠心病患者SUA水平与肠道菌群显著相关,检测冠心病患者SUA水平对监测肠道菌群状态及治疗方案制定具有重要意义。     

Whole‐genome resequencing reveals the pleistocene temporal dynamics of Branchiostoma belcheri and Branchiostoma floridae populations

Global climatic fluctuations governed the ancestral demographic histories of species and contributed to place the current population status into a more extensive ecological and evolutionary context. Genetic variations will leave unambiguous signatures in the patterns of intraspecific genetic variation in extant species since the genome of each individual is an imperfect mosaic of the ancestral genomes. Here, we report the genome sequences of 20 Branchiostoma individuals by whole‐genome resequencing strategy. We detected over 140 million genomic variations for each Branchiostoma individual. In particular, we applied the pairwise sequentially Markovian coalescent (PSMC) method to estimate the trajectories of changes in the effective population size (N_e) of Branchiostoma population during the Pleistocene. We evaluated the threshold of sequencing depth for proper inference of demographic histories using PSMC was ≥25×. The PSMC results highlight the role of historical global climatic fluctuations in the long‐term population dynamics of Branchiostoma. The inferred ancestral N_e of the Branchiostoma belcheri populations from Zhanjiang and Xiamen (China) seawaters was different in amplitude before the first (mutation rate = 3 × 10^?9) or third glaciation (mutation rate = 9 × 10^?9) of the Pleistocene, indicating that the two populations most probably started to evolve in isolation in their respective seas after the first or third glaciation of the Pleistocene. A pronounced population bottleneck coinciding with the last glacial maximum was observed in all Branchiostoma individuals, followed by a population expansion occurred during the late Pleistocene. Species that have experienced long‐term declines may be especially vulnerable to recent anthropogenic activities. Recently, the industrial pollution and the exploitation of sea sand have destroyed the harmonious living environment of amphioxus species. In the future, we need to protect the habitat of Branchiostoma and make full use of these detected genetic variations to facilitate the functional study of Branchiostoma for adaptation to local environments.     

Screening and heterologous expression of flavone synthase and flavonol synthase to catalyze hesperetin to diosmetin

Biotechnology Letters - In this study, 44 flavone synthases (FNS) and flavonol synthases (FLS) from different origins were collected. The instability index and conserved domain of the enzymes were...     

宿主菌富集空肠弯曲菌噬菌体培养条件的优化

【背景】开发噬菌体产品是一种防控空肠弯曲菌有潜力的策略,但是面临噬菌体分离的挑战。【目的】运用响应面法对宿主菌富集空肠弯曲菌噬菌体的培养条件进行优化。【方法】通过单因素试验分析培养基、培养温度、培养转速、离子添加剂对噬菌体富集效果的影响,以噬菌体回收率为评价指标,采用响应面法优化了空肠弯曲菌噬菌体的富集培养条件。【结果】在37℃条件下进行静置培养时,噬菌体富集培养效果最佳,回收率为354.12%。分离噬菌体的过程包括采样并制备滤液、宿主菌与样品滤液共培养及噬菌体分离与鉴定等环节。应用此方法从鸡粪便中分离空肠弯曲菌噬菌体,与传统的单斑法相比,噬菌体分离率提高了269.23%。【结论】研究优化的宿主菌富集噬菌体培养方法可提高空肠弯曲菌噬菌体的分离效率,为噬菌体的研究提供思路。     

PhageGT：dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。     

猪流行性腹泻病毒S蛋白胞内区线性B细胞表位最小基序鉴定

[背景] S蛋白是猪流行性腹泻病毒（Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV）的主要结构蛋白和免疫原性蛋白,在前期的研究中,本课题组在S蛋白的胞内区鉴定到2个包含线性B细胞表位的短肽。[目的] 鉴定PEDV S蛋白胞内区线性B细胞表位的最小基序。[方法] 原核表达2个短肽的每次后移1个氨基酸的系列8肽,以兔抗S蛋白血清为一抗,通过Western Blot筛选阳性反应8肽,鉴定S蛋白胞内区线性B细胞表位的最小基序。[结果] S蛋白胞内区的2个包含线性B细胞表位的短肽共享一个表位,该表位的最小基序为¹³⁷¹QPYE¹³⁷⁴。同源性分析显示该B细胞表位基序为保守性表位。[结论] 确定了S蛋白胞内区线性B细胞表位的最小基序为¹³⁷¹QPYE¹³⁷⁴;S蛋白抗原表位的鉴定有助于提高对其结构和功能的理解。     

单细胞拉曼技术在病原微生物检测中的研究进展

单细胞拉曼技术是基于拉曼光谱分析原理实现非培养、无标签、快速、高效、低成本揭示物质本质的新方法。近年来,单细胞拉曼技术也开始在病原微生物检测领域崭露头角。本文结合单细胞拉曼技术基本原理这一理论基础,阐述该技术在病原微生物鉴定、药物敏感性检测中的研究进展及最新技术方向,并探讨其在临床实验室应用的可行性,为未来病原微生物检测技术提供新的方向。     

转变教育理念，强化实践环节，提高微生物学教学质量

微生物学是一门研究微生物的生命活动规律及其应用技术的学科。为了使不同学科背景和不同发展愿景的学生在有限的课时内能深入领会微生物学知识、掌握实验技能、增加对社会热点问题的理解,浙江大学从2013年开始对微生物学课程进行了改革。通过转变教学理念、融入课程思政、强化实验技能、重视评价导向等手段,使微生物学课程的教学质量有了明显的提升。