丽水市早期新冠肺炎无症状感染者SARS-CoV-2全基因组序列分析

对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源.实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据.该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性.测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99％,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变.LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2％/97.4％以上,不同序列之间存在4～17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7％,存在1141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9％.LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关.结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者.LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换.     

基于雪岭云杉树轮宽度重建过去339年天山中部巴音布鲁克地区夏季NDVI

归一化差异植被指数(NDVI)被广泛应用于植被研究的各个领域,但由于观测时长较短,难以满足长时间尺度的研究需要。基于巴音布鲁克地区雪岭云杉建立了树轮宽度年表(STD),计算年表和NDVI同气象观测数据的相关系数。结果表明:树轮宽度指数和NDVI均与同时段的气象数据具有显著相关。结合宽度年表与6—8月NDVI间的显著正相关(r=0.7,P＜0.01,n=38),使用回归模型重建了研究区过去339年的夏季(6—8月)NDVI变化序列,在1680—2018年,重建序列有4个高植被覆盖时段(1738—1765、1786—1798、1964—1973和2000—2018年)和5个低植被覆盖时段(1690—1714、1825—1834、1850—1880、1895—1920和1945—1955年)。重建结果也反映了天山中部水文气候。与周边重建的对比显示,当开都河径流量增加,且研究区处于较为潮湿的环境时,植被覆盖相对较高,反之植被覆盖偏低。重建序列的极值也捕捉了历史文献中一系列自然灾害。混合单粒子拉格朗日综合轨迹模型(HYSPLT)后向轨迹模型和风场分析表明,NDVI异常受到西风带来的降水影响。     

Inhibition of cyclooxygenase-2 enhanced intestinal epithelial homeostasis via suppressing β-catenin signalling pathway in experimental liver fibrosis

The intestinal barrier dysfunction is crucial for the development of liver fibrosis but can be disturbed by intestinal chronic inflammation characterized with cyclooxygenase-2 (COX-2) expression. This study focused on the unknown mechanism by which COX-2 regulates intestinal epithelial homeostasis in liver fibrosis. The animal models of liver fibrosis induced with TAA were established in rats and in intestinal epithelial–specific COX-2 knockout mice. The impacts of COX-2 on intestinal epithelial homeostasis via suppressing β-catenin signalling pathway were verified pharmacologically and genetically in vivo. A similar assumption was tested in Ls174T cells with goblet cell phenotype in vitro. Firstly, disruption of intestinal epithelial homeostasis in cirrhotic rats was ameliorated by celecoxib, a selective COX-2 inhibitor. Then, β-catenin signalling pathway in cirrhotic rats was associated with the activation of COX-2. Furthermore, intestinal epithelial–specific COX-2 knockout could suppress β-catenin signalling pathway and restore the disruption of ileal epithelial homeostasis in cirrhotic mice. Moreover, the effect of COX-2/PGE2 was dependent on the β-catenin signalling pathway in Ls174T cells. Therefore, inhibition of COX-2 may enhance intestinal epithelial homeostasis via suppression of the β-catenin signalling pathway in liver fibrosis.     

肝硬化合并结核病患者的临床特征

目的分析肝硬化合并结核病患者的临床特征,为该类患者的治疗提供参考。方法回顾性分析2014年9月至2017年7月于浙江大学医学院附属第一医院住院的肝硬化合并结核病患者的相关资料,总结患者的临床特征。结果共收治68例肝硬化合并结核病患者,其中男性50例(73.5%),女性18例(26.5%),平均年龄(59.9±13.7)岁。在所有患者中,肝硬化最常见的原因是HBV感染(46例,67.7%)和酒精(9例,13.2%)。肺结核(43例)、结核性腹膜炎(13例)、结核性胸膜炎(12例)是最常见的结核类型,此外骨关节结核、结核性脑膜炎、结核性心包炎、泌尿系结核、肠结核、淋巴结结核均可见。该类患者常见临床表现为乏力、腹胀,出现发热的患者不足半数,有盗汗表现的更为罕见。结论肝硬化患者并发结核后可使病情复杂化,增加治疗难度。此外部分患者临床表现不典型,需提高警惕,避免漏诊。     

香茅精油的抑菌和抗氧化活性研究

选用产自福建厦门的香茅(Cymbopogon nardus),测定香茅精油对白色粘性沙雷氏菌、红色粘性沙雷氏菌、大肠杆菌、金黄葡萄球菌、铜绿假单胞菌和紫色杆菌等6种菌的抑菌活性,并利用ABTS^.+自由基清除法以及超氧阴离子清除法研究香茅精油的抗氧化活性。结果表明,新鲜香茅精油的平均提取率为0.29,对6种供试菌种都有较高的抑制作用,其中对紫色杆菌的抑制活性最强,且香茅精油有极高的清除ABTS^.+自由基以及超氧阴离子自由基的能力,证明香茅精油具有广谱抑菌活性及强抗氧化活性。     

入侵植物三裂叶豚草在中国的潜在适生区预测

[目的] 三裂叶豚草是中国重点防控的入侵植物,研究其潜在的适生区分布格局变化对预警防控具有重要意义。[方法] 基于MaxEnt优化模型预测当前及未来（RCP2.6、RCP4.5、RCP8.5）气候情景下三裂叶豚草潜在的地理分布格局。[结果] 当调控倍频（RM）=3.5,FC（特征组合）=LQH（线性、二次型、片段化组合）时为最优模型,MaxEnt模型的预测结果较准确,受试者工作特征曲线下的面积（AUC值）达0.9287;综合8种途径评估出人类活动因子（hfp,贡献率69%）、等温性（bio3,贡献率8.9%）、温度季节变动系数（bio4,贡献率2.9%）、年降水量（bio12,贡献率7.3%）和海拔（ELEV,贡献率3.7%）是制约三裂叶豚草潜在地理分布的主要环境因子;在当前气候情景下,三裂叶豚草的高适生区主要集中在东北平原、江淮地区、京津冀、山东半岛等经济发达地区。[结论] 在未来气候变化情景下,三裂叶豚草在我国的潜在适生区范围总体呈现不同程度的缩减,即丧失率大于增加率;三裂叶豚草将有向南迁移的趋势;最冷月最低温度（bio6）是最不相似变量分析中出现频次最高的因子,表明温度因素对三裂叶豚草潜在地理分布变迁起到重要制约作用。本研究结果可为三裂叶豚草的预防和控制提供理论基础。     

西伯利亚蝗抗菌肽基因的克隆及表达特性研究

[目的]扩增西伯利亚蝗Gomphocerus sibiricus抗菌肽(attacin)基因,并对其进行生物信息学分析,同时分析西伯利亚蝗不同组织中抗菌肽基因的差异表达.[方法]基于RACE技术从西伯利亚蝗中克隆得到抗菌肽,利用生物信息学软件对西伯利亚蝗抗菌肽的一级结构、二级结构、三级结构、系统进化和亚细胞定位进行分析.采用实时荧光定量PCR技术检测了西伯利亚蝗抗菌肽基因在马氏管、中肠、后肠、脂肪体和唾液腺中的相对表达量.[结果]克隆获得的抗菌肽基因的开放阅读框为282 bp,编码93个氨基酸,其编码蛋白预测理论分子量为9.98 ku,等电点为9.26.抗菌肽氨基酸序列中存在信号肽序列.基因定量分析显示,抗菌肽基因在西伯利亚蝗的中肠中表达量最高.[结论]attacin在西伯利亚蝗成虫不同组织中差异表达,提示其消化道在防御病原微生物的入侵中起着重要的作用.     

不同采收期罗布麻和白麻药材化学成分的差异分析

建立高效液相色谱法,分别测定不同采收期的新疆产罗布麻和白麻药材中绿原酸、金丝桃苷、异槲皮苷、三叶豆苷、紫云英苷、芦丁和白麻苷的含量,进而分析2种药材的最佳采收期。发现不同采收期的新疆产罗布麻和白麻药材中绿原酸、金丝桃苷、异槲皮苷、三叶豆苷、紫云英苷、芦丁和白麻苷的含量存在一定差异,并且罗布麻和白麻呈现出不同特点。以《中国药典》中罗布麻含量测定项下的金丝桃苷为指标,罗布麻和白麻的最佳采收期都是6、7月;但是,以7个成分的总含量和6个黄酮的总含量为指标,罗布麻的最佳采收期是8、9月,白麻的最佳采收期仍是6、7月。该结果可为确定罗布麻和白麻药材的采收时间提供一定参考。     

快速STR分型在法医DNA分析中的应用研究进展

STR分型是目前世界通用的DNA指纹分析方法.传统的分型方法包括DNA提取、DNA定量、PCR扩增和对扩增后的STR片段进行检测和分析,耗时较长(8¹0 h).一些情况下很难满足案件的实际需求.法医学家们在加快STR分型的方法研究一直不懈努力.现从快速提取DNA、无提取直接PCR、快速PCR、微流控芯片技术在STR快速分型方面的应用四方面,对近年来出现的可进行快速STR分型的新技术、新方法进行综述.