Impacts of benzophenone-type UV filters on cladoceran Daphnia carinata

Limnology - The impacts of three commonly used benzophenone-type UV filters including benzophenone (BP), 2-hydroxy-4-methoxy-benzophenone (BP3), and 2-hydroxy-4-methoxy-benzophenone-5-sulfonicacid...     

Spectral index for assessment of differential protein expression in shotgun proteomics

Detecting differentially expressed proteins is a key goal of proteomics. We describe a label-free method, the spectral index, for analyzing relative protein abundance in large-scale data sets derived from biological samples by shotgun proteomics. The spectral index is comprised of two biochemically plausible features: relative protein abundance (assessed by spectral counts) and the number of samples within a group with detectable peptides. We combined the spectral index with permutation analysis to establish confidence intervals for assessing differential protein expression in bronchoalveolar lavage fluid from cystic fibrosis and control subjects. Significant differences in protein abundance determined by the spectral index agreed well with independent biochemical measurements. When used to analyze simulated data sets, the spectral index outperformed four other statistical tests (Student's t-test, G-test, Bayesian t-test, and Significance Analysis of Microarrays) by correctly identifying the largest number of differentially expressed proteins. Correspondence analysis and functional annotation analysis indicated that the spectral index improves the identification of enriched proteins corresponding to clinical phenotypes. The spectral index is easily implemented and statistically robust, and its results are readily interpreted graphically. Therefore, it should be useful for biomarker discovery and comparisons of protein expression between normal and disease states.     

土壤线虫三种分离方法效率比较

比较了蔗糖离心浮选法、改进的贝尔曼漏斗法和浅盘法对土壤线虫的分离效率。蔗糖离心浮选法分离得到的线虫总数分别为贝尔曼漏斗法的 6 1倍和浅盘法的 11 4倍。而且离心浮选法分离得到的虫体大于 5 3μm(>30 0目 )和 5 3～ 4 0 μm(30 0～ 4 0 0目 )的线虫数显著高于贝尔曼漏斗法和浅盘法。离心浮选法对所有功能类群线虫 (包括食细菌、食真菌、植食和杂食线虫 )的分离效率也均显著高于其他 2种方法。贝尔曼漏斗法的分离效率高于浅盘法 ,主要反映在食细菌线虫和虫体在 4 0～ 32 μm(4 0 0～ 5 0 0 )的线虫数。但在达到相同分离效率时 ,浅盘法比贝尔曼漏斗法需要的时间短     

陆生生境中喜旱莲子草的生长模式

喜旱莲子草(Alternanthera philoxeroides)原产南美洲, 后被引入到北美洲、大洋洲、东南亚和中国等地, 成为一个世界性的外来入侵种。对喜旱莲子草陆生种群的有效控制一直是一个难题。本文中通过种植实验建立了陆生生境中喜旱莲子草主枝长、生物量、叶面积和斑块面积等的生长模型。结果表明: (1)喜旱莲子草的主枝长、生物量、叶面积和斑块面积等均表现为指数式生长, 其日增长率(%)分别为4.28、11.27、11.59和8.67。(2)喜旱莲子草的地上重(x)－地下根茎重(y)的异速生长指数b约为3/4(01), 即总重和叶面积相对于主枝长呈二次幂增长, 由此可进一步推出总重和叶面积与斑块面积成正比; 生物量－叶面积的异速生长指数b约为1, 为等速生长(b＝1), 即单位生物量所支持的叶面积不随植株大小的变化而变化(冠层恒定性)。其叶面积比为88.24 cm²/g, 比叶面积为287.97 cm²/g。通过本研究期望对喜旱莲子草陆生局域斑块的生长进行预测, 同时为进一步建立其控制模型提供基础数据, 为制定经济有效的控制对策提供科学依据。     

链霉菌Z94-2碱性脂肪酶产生条件及酶学性质

在１５２株脂肪酶产生菌中,链霉菌Ｚ９４－２产脂肪酶活力为５９６ｕ／ｍＬ,其最适培养基（ｇ／Ｌ）为：糊精１０、黄豆饼粉３０、尿素１０、Ｋ２ＨＰＯ４０．５、ＭｇＳＯ４０．５、ＮａＣｌ１和ＡＥＯ９０．５,产酶的最适条件为：初始ｐＨ９．５～１０．０,在２６℃培养４８ｈ。用ＰＶＡ橄榄油乳化系统测定该酶的最适ｐＨ９．８,最适温度３７℃,在ｐＨ８．６～１０．２于５℃存放２４ｈ,酶活力不变。０．１４ｍｏｌ／Ｌ的氯     

牦牛miR-383的靶基因预测及生物信息学分析

MicroRNAs (miRNAs)是一类非编码的小分子单链RNA,通过与靶基因的mRNA结合,抑制mRNA的翻译,参与多种生物学过程.本实验室前期通过高通量测序发现90日龄牦牛胚胎的背最长肌中miR-383的表达量显著高于成年牦牛.为探究miR-383在牦牛骨骼肌发育中的分子功能和机制,本研究对miR-383的靶基因进行预测,并进行生物信息学分析.通过TargetScan、miRDB和miRanda 3个软件预测了miR-383的靶基因,然后合并miRTarbase数据库中已被证实的靶基因作为基因集,分别用DAVID和KOBAS3.0在线软件对基因集进行功能注释(GO分析)和Pathway信号通路富集分析.结果 表明,牦牛miR-383序列在各物种间高度保守,靶基因功能富集于CD8阳性T细胞增殖的调控、核糖核蛋白复合物定位和负调控T细胞分化等生物学过程.信号通路分析发现靶基因的信号通路显著富集于PI3K-Ak、AMPK、FoxO和Focal adhesion等与肌肉发育相关的信号通路中.该研究结果将为miR-383功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为解析牦牛肌肉发育的分子机制提供新的研究方向.     

非律平菌素干扰甲基硝基亚硝基胍对FL细胞鞘脂代谢的影响

甲基硝基亚硝基胍（MNNG）可通过脂筏诱导细胞表面受体聚簇并激活NF-κB信号通路.本研究拟探讨脂筏干扰剂非律平菌素（filipin）对MNNG作用的影响.利用脂类组学方法分别研究了MNNG、filipin 单独处理及先用filipin再用MNNG处理情况下对人羊膜FL细胞鞘脂代谢的影响,用MALDI-TOF质谱法分析细胞鞘脂组成的变化,酶联免疫吸附法检测NF-κB通路的活化,RT-PCR法检测鞘脂代谢通路中关键酶的表达.结果表明,MNNG和filipin都可影响FL细胞鞘脂类代谢,但MNNG作用更显著.Filipin预处理可部分抑制MNNG对细胞鞘脂类代谢的影响,且能够抑制MNNG对NF-κB的活化;但filipin、MNNG单独或联合处理都不影响鞘脂代谢关键酶丝氨酸棕榈酰转移酶、酸性鞘磷脂酶和鞘磷脂合成酶在mRNA水平的表达.以上结果说明,filipin预处理会导致甲基硝基亚硝基胍引起FL细胞鞘脂代谢以及NF-κB活性的改变.而可能的机制在于,filipin破坏脂筏结构从而引起一系列信号途径的改变,而非通过改变脂类代谢关键酶的表达.     

基因工程技术在花卉中的应用

近年来花卉产业得到了蓬勃发展,不断成熟的基因工程技术为花卉的品质改良提供了新的思路,也为花卉产业化发展带来了新的机遇。本文综述了影响植物花色、花型、花期等相关基因及转基因的研究,展望了基因工程技术在花卉育种和产业化应用的发展前景。     

肽酶PepT参与副溶血弧菌的浮游运动和生物被膜形成

pepT基因编码一种金属依赖性肽酶T (peptidase T,PepT),能特异性催化三肽N端氨基酸,因此也称为氨肽酶T。研究发现大多数氨肽酶参与细菌蛋白质新陈代谢和调节三肽活性,但关于PepT在细菌毒力及致病性方面的报道较少。[目的]本文选取PepT为研究对象,研究其对副溶血弧菌生物学特性及致病性的影响。[方法]通过构建缺失株ΔpepT和回补株CΔpepT,比较菌株在运动性、生物被膜、环境耐受、细胞毒性等方面的差异。[结果]与野生株相比,ΔpepT缺失株的极性鞭毛转录水平极显著下降,浮游运动能力降低;同时生物被膜形成能力减弱,而细菌群集运动及环境耐受能力无显著差异。此外,缺失pepT基因会导致副溶血弧菌的细胞毒性和小鼠毒力作用显著下降。[结论]pepT基因与副溶血弧菌浮游运动和生物被膜形成能力相关,并且影响其致病性。