PSMD: An extensive database for pan‐species microsatellite investigation and marker development

Microsatellites are widely distributed throughout nearly all genomes which have been extensively exploited as powerful genetic markers for diverse applications due to their high polymorphisms. Their length variations are involved in gene regulation and implicated in numerous genetic diseases even in cancers. Although much effort has been devoted in microsatellite database construction, the existing microsatellite databases still had some drawbacks, such as limited number of species, unfriendly export format, missing marker development, lack of compound microsatellites and absence of gene annotation, which seriously restricted researchers to perform downstream analysis. In order to overcome the above limitations, we developed PSMD (Pan‐Species Microsatellite Database, http://big.cdu.edu.cn/psmd/ ) as a web‐based database to facilitate researchers to easily identify microsatellites, exploit reliable molecular markers and compare microsatellite distribution pattern on genome‐wide scale. In current release, PSMD comprises 678,106,741 perfect microsatellites and 43,848,943 compound microsatellites from 18,408 organisms, which covered almost all species with available genomic data. In addition to interactive browse interface, PSMD also offers a flexible filter function for users to quickly gain desired microsatellites from large data sets. PSMD allows users to export GFF3 formatted file and CSV formatted statistical file for downstream analysis. We also implemented an online tool for analysing occurrence of microsatellites with user‐defined parameters. Furthermore, Primer3 was embedded to help users to design high‐quality primers with customizable settings. To our knowledge, PSMD is the most extensive resource which is likely to be adopted by scientists engaged in biological, medical, environmental and agricultural research.     

大连长山群岛海岸带沉积物微生物群落结构特征

【目的】为揭示海岸带微生物群落结构在人类活动影响下的分布差异及对环境因子变化的响应趋势,【方法】本实验采用t-RFLP和DGGE技术,对大连长山群岛不同功能类型海岸潮间带沉积物中的微生物群落结构特征进行比对和分析,并通过16S rRNA基因文库解析养殖污染站位的微生物群落结构特征。【结果】T-RFLP的t-RF分析显示,养殖污染严重站位的微生物丰度、香农指数和均匀度明显高于其它站位。通过对t-RFLP色谱峰和DGGE图谱聚类分析发现,处于旅游区的2个站位微生物群落结构相似度较高,养殖区随污染程度加重与旅游区的群落结构差异增大。对污染严重站位建立的克隆文库显示变形菌门(Proteobacteria)为优势菌群,其中γ-变形菌门是主要存在的亚门微生物。【结论】T-RFLP和DGGE技术从不同方面反映了环境中的微生物群落结构特征,研究结果表明养殖污染区的微生物群落结构发生明显变化,其影响大于地理隔离效应,污染严重区域的微生物群落中存在大量肠杆菌属,且多个物种与富营养化和赤潮相关联,如拟杆菌门和α-变形细菌红细菌目的细菌。     

应用PCR技术检测结核分枝杆菌的临床分析

采用聚合酶链反应（Ｐｏｌｙｍｅｒａｎｓｅ Ｃｈｉａｎ Ｒｅａｔｉｏｎ,即ＰＣＲ）技术检测结核分枝杆菌Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ,一年多来共检测了１００例结核（肺、肾结核）患者的痰和尿液标本,结果ＰＣＲ检出阳性率为８１％,对照用储菌涂片抗酸染色法,阳性率为５８％,用常规培养法阳性率为２０％。而对５０例非结核患者的痰和尿液标本的检测,ＰＣＲ法仍有６％的阳性率,而用涂片或常规培     

大型绿藻浒苔转化表达系统选择标记的筛选

主要研究了条浒苔对抗生素氯霉素和除草剂Basta的敏感性,以确定适合的阳性选择标记基因。应用不同浓度氯霉素(0、25、50、75、100、125μg/ml)和Basta(0、5、12.5、25、37.5、50μg/ml)对不同发育时期条浒苔细胞存活率影响进行了测定。实验结果表明:不同发育时期条浒苔对氯霉素和Basta的敏感性不同。其中最大浓度125μg/ml浓度的氯霉素在15d内对条浒苔孢子和小苗两个不同发育时期的细胞均难以达到全部杀死效果,相对存活率仍分别为1%和20%;而Basta对条浒苔孢子和小苗均具有很强的杀生作用,其中5μg/ml浓度的Basta在3d内可将条浒苔孢子全部杀死,12.5μg/ml浓度下约一周时间可以将浒苔小苗全部致死。本实验结果提示bar基因有可能成为浒苔基因工程较理想的选择标记基因。     

棉花赤霉素氧化酶同源基因GhGA20ox1在烟草中的功能表达

为研究棉花GA20-氧化酶同源基因GhGA20ox1的功能,将该基因转入本明烟（N．benthamiana）中进行超量表达。RT-PCR分析表明GhGA20ox1基因在转基因植株中得到了不同水平的表达。GhGA20ox1基因的超量表达促进了本明烟中的GA4＋7合成,并导致赤霉素过量的表型出现。转基因本明烟的表型变化程度与GhGA20ox1基因的表达水平和GA4＋7的含量一致。这些结果表明,GhGA20ox1基因编码一个有功能的GA20-氧化酶,能够在转基因烟草中促进活性GA（GA4＋7）的合成,可以用作目的基因来提高棉花纤维和其他植物的内源GA水平。     

地尔硫卓手性中间体合成进展

地尔硫卓是重要的心血管药物,在其分子结构中含有2个手性中心,可产生4个立体异构体,其中只有（2s,3s）-异构体具有药理活性,因此其立体选择性合成具有很大的挑战性。研究人员采用多种方法合成单一构型的地尔硫卓手性中间体,其中包括化学拆分、化学不对称合成以及化学-酶法合成等方法。对地尔硫卓手性中间体的制备方法进行了综述。     

青草沙水库中一株铜绿微囊藻抑藻细菌的作用研究

【目的】为了研究青草沙水库中土著微生物对藻类生长的抑制作用,从水库水体中筛选出对藻类有抑制作用的细菌并研究其对铜绿微囊藻的抑制效果。【方法】通过对水库水体中的细菌进行划线分离和筛选,挑选出一株对铜绿微囊藻生长有较好抑制作用的菌株CL。考察其对铜绿微囊藻的抑制效果及不同培养时间和菌液浓度对抑藻效果的影响,并对菌株进行16S rDNA序列分析。【结果】实验菌液浓度为4.5×108CFU/mL 8.4×108CFU/mL时,细菌对铜绿微囊藻的抑制率可达45.4%。抑藻效果随培养时间先增后降,在静置培养第6天抑藻效果达到最大。该菌经过16S rDNA序列分析,属于黄单胞菌科的寡养单胞菌。【结论】从青草沙水库中筛选出了对铜绿微囊藻有抑制作用的土著细菌寡养单胞菌,对青草沙水体铜绿微囊藻的控制具有一定的潜在应用价值。     

菠菜BADH单抗细胞株及其应用初探

用菠菜甜菜碱醛脱氢酶 ( BADH)免疫巴比西 ( BALB/c)小鼠 ,将其脾细胞与骨髓瘤细胞 SP2 /O-Ag1 4融合 ,在 1 92孔中 ,有约 1 4 %孔生长的杂交瘤细胞 ,用间接酶联免疫方法 ( ELISA)检测表现为阳性。选择其中 2 G3和 2 D10 细胞系 ,用有限稀释法进行克隆化培养 ,约 2 0 %克隆化细胞为强阳性。选择其中 2 G3- H3细胞株注射到 BALB/c小鼠腹腔中诱导腹水 ,腹水的单抗效价为 1∶ 1 0 3。应用 BADH单抗检查了大麦、水稻、高粱、小麦幼苗的叶片和根的粗提物 ,均呈阳性反应 ,表明 BADH除在光合组织中存在外 ,在非光合组织中也可能存在。讨论了非光合组织 BADH的意义