DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

医学微生物学实验教学改革的探索与实践

以麻醉学专业学生为研究对象,进行了传统实验教学与新实验教学模式的对比研究。新实验教学模式围绕如何在实验教学中培养学生的创新能力,从实验教学计划、教学内容、教学方法和手段、实验考核方法进行了改革和探索,增设了综合性与探索设计性实验,研制了实验多媒体课件。结果显示新实验教学模式有利于培养学生的动手能力、科研思维、创新能力以及综合分析能力,教学效果优于传统实验教学。创建了适合于培养麻醉学专业的医学微生物学实验教学体系。     

鳊鱼和宽鳍鱲幼鱼流速选择与运动能量代谢特征的关联

为考察喜好激流环境的宽鳍鱲(Zacco platypus)和喜好缓流环境的鳊鱼(Parabramis pekinensis)的最适游泳速度和流速选择的关联以及运动能量代谢特征对流速选择的影响,在(25±0.5)℃条件下将实验鱼(n=13×2)单尾分别置于梯度流速选择仪(设定流速范围为18.6—102.7 cm/s,等距离划分为5个流速区域)中获取视频资料,采用Ethovision XT19软件分析视频资料并计算两种实验鱼在5个流速区域的平均停留时间百分比(P_t)和平均出入频率百分比(Pf);另外,使用游泳代谢仪测定两种实验鱼的临界游泳速度(U_(crit))和不同游泳速度下的运动耗氧率(M_(O2)),并计算出不同速度下单位位移耗能(COT)、最适游泳速度(U_(opt))、静止耗氧率(RMR)和净单位位移耗能(COTnet)。结果显示:鳊鱼的U_(crit)和RMR均显著小于宽鳍鱲(P0.05),但二者的最大耗氧率(MMR)无显著差异;随游泳速度的增加,两种实验鱼的M_(O2)均显著上升,尽管在较低游泳速度下,鳊鱼的M_(O2)和COT均小于宽鳍鱲,但在高游泳速度下则相反;两种实验鱼的U_(opt)分别为(6.20±1.29)体长(BL)/s和(11.56±1.57)BL/s,鳊鱼显著小于宽鳍鱲;两种实验鱼的COTnet随着游泳速度增加差异逐渐增大,鳊鱼显著高于宽鳍鱲(P0.05);两种实验鱼在最低流速区域(18.6—23.8 cm/s)的P_t和Pf显著大于其他速度区域(P0.05),由此可见两种实验鱼的偏好游泳速度(U_(perf))等于或小于(18.6—23.8 cm/s),然而鳊鱼在最低速度区域P_t和Pf均显著大于且在较高速度区域的P_t和Pf则均显著小于宽鳍鱲(P0.05)。结果表明:有别于过往研究的是两种实验鱼的U_(perf)均与U_(opt)偏离;在激流环境中生存的宽鳍鱲更加偏好较高的水流速度,生境水流对实验鱼的水流速度选择特征存在显著影响,这种影响的主要能量学机制与鱼类的运动能量效率有关。     

不同光照梯度的遮荫处理对绒毛番龙眼幼苗生长的影响

在不同光照梯度,即100%自然全光照(natural sunlight,NS)、37.3%NS、15.5%NS、4.2%NS、1.6%NS和0.6%NS的人工遮荫条件下,研究了西双版纳季节雨林冠层树种绒毛番龙眼(Pometia tomentosa)幼苗的早期生长和定居后的生长特点。结果表明,光照是影响幼苗生长的重要环境因子。生长早期的幼苗基径和复叶数随遮荫程度的增加而降低;主根长、根冠比、总干重和单株叶面积均以37.3%NS处理最大;比叶面积随遮荫程度的增加而增大,而相对生长率则降低;幼苗株高在0.6%NS下增长最快,表明种子中贮藏的营养物质对幼苗的早期生长可能具有重要作用。37.3%NS处理对定居后绒毛番龙眼幼苗的生长最有利,幼苗的株高、基径、复叶数、叶轴长、复叶最多小叶数、单株叶面积、相对生长率和净同化率均在37.3%NS处理下获得最大增长;幼苗总干重随光照强度的减弱而降低;比叶面积在15.5%NS处理时最大。幼苗比叶面积和根冠比在生长过程中的波动可能是光照和土壤水分共同作用的结果。     

属模巨齿蛉末龄幼虫的打洞行为研究

本文以属模巨齿蛉为例,首次研究了广翅目末龄幼虫化蛹前的打洞行为及洞穴类型。试验通过昼夜录像等手段,较为详细地分析了属模巨齿蛉末龄幼虫的打洞行为,并对洞穴进行解剖、测量和拍照,获得了洞穴的相应数据和类型。研究结果表明,属模巨齿蛉末龄幼虫的打洞行为主要包括寻找洞址、用大颚衔土建洞、封洞等过程,主要在19∶00-次日12∶00时间段打洞,选择有遮蔽物的地方作为洞址;在选址或打洞的过程中,有时会出现多头幼虫争夺洞址的现象;打洞时,幼虫主要是用大颚衔土,衔土频率为1-12次/min,或用整个头部前端铲土,通过腹部肌肉伸缩为头部挖土提供动力;幼虫在打洞期间会有不同的休息时间,建造一个洞穴大约需要累计时间120-250 min,一次连续打洞的时间为37 s-17 min;洞穴类型分为封口洞穴和开口洞穴2大类,其中封口洞穴有5种类型,开口洞穴有2种类型;洞穴深度为3.0-7.5 cm,洞内最大直径为2.5-5.0 cm;幼虫在预蛹期间还可以从洞穴中爬出来到水中取食,之后再返回洞中。     

自由林网对农田地形的影响

我国东北、华北和西北等风沙危害严重地区,长期以来,农民群众以防止风沙的机械作用为目的,自发地营造了许多不规整的小林网,这种小林网就是所谓的自由林网。一般是由2—3行树木构成的窄林带,带间距离多在100米以内。选用的树种以早柳为主,间或也有杨树、榆树或其它的阔叶树种,由于自由林网能够较为迅速地起到保护农田,提高产量的实际     

kpsE和kpsD双基因缺失显著降低肠道外致病性大肠杆菌的毒力

【目的】探究荚膜对肠道外致病性大肠杆菌致病作用的影响。【方法】选取负责荚膜多糖转运的基因kpsE和kpsD,利用λRed重组系统构建APEC E058和UPEC U17荚膜缺失株E058ΔkpsED和U17ΔkpsED,并通过一系列的体内及体外试验对其生物学特性及致病性进行研究。【结果】双基因缺失株的生长速度较野生株没有明显差异,但缺失株抗血清补体杀菌能力和抗鸡巨噬细胞HD-11细胞吞噬能力显著下降。1日龄雏鸡LD50致病性试验结果显示,缺失株E058ΔkpsED和U17ΔkpsED对鸡失去致病力,而回复株毒力恢复至野生株水平;35日龄SPF鸡体内动态分布和竞争试验显示ΔkpsED缺失株在鸡体内定殖能力和竞争性生长能力显著下降,表明kpsED双基因的缺失能显著降低APEC E058和UPEC U17的致病力。【结论】荚膜与肠道外致病性大肠杆菌的致病性相关,是其重要的毒力因子。     

Genetic Variability of PRNP in Chinese Indigenous Goats

Polymorphism of the prion protein gene (PRNP) is usually associated with scrapie susceptibility or resistance. To determine the variability of PRNP in Chinese indigenous goat breeds, we isolated genomic DNA from goat blood and amplified and sequenced the coding region of the gene. We identified 10 polymorphic sites that gave rise to 28 haplotypes. Clear frequency differences were found between northern and southern breeds and confirmed by genetic distance analysis, except for the Tangshan dairy goat. Phylogeographic analysis supported the idea that northern and southern breeds might be considered separate clusters, except for the Tangshan dairy goat. The finding of significant differences in allele distribution in northern and southern goats, especially if involved in modulating resistance/susceptibility, needs to be carefully considered for the feasibility of selection plans for resistance to scrapie.     

超抗原SEA增强小鼠对HBV DNA 疫苗的免疫反应

观察超抗原SEA(D227A)的真核表达载体(pmSEA),对HBVDNA疫苗诱导Balbc小鼠(H2d)免疫应答的调节作用。肌内注射空载体pcDNA3、HBVDNA疫苗加pmSEA佐剂(pHBVS2S+pmSEA)或不加佐剂(pHBVS2S);ELISA法测定血清抗HBs;ELISPOT检测分泌IFNγ的脾淋巴细胞;4h51Cr释放法检测小鼠脾细胞CTL活性。HBVDNA佐剂组免疫小鼠抗HBsAg抗体滴度明显高于不加佐剂组,其IgG1IgG2a的比例不同于多肽免疫组,二者分别为0.282与10。HBVDNA佐剂组均能增强IgG1和IgG2a的产生,是不加佐剂组的1.36、1.73倍。佐剂组小鼠脾淋巴细胞IFNγ的分泌量是不加佐剂组2～3倍。CTL细胞杀伤活性(E:T=100)佐剂组与不加佐剂组分别为:69.77%±7.5%、42.81%±7.7%,差异显著(P<0.05)。HBVDNA疫苗具有较强的免疫原性,能够诱导机体产生特异性的抗体及CTL反应;pmSEA佐剂能够提高小鼠对DNA疫苗的免疫应答,有望成为DNA疫苗的免疫佐剂。     

薏苡胚发育及贮藏营养物质积累的研究

薏苡（Ｃｏｉｘ ｌａｃｒｙｍ ａ－ｊｏｂｉ）胚发育分下列各期：棒形胚前的原胚期、棒形胚期、胚芽鞘期、１叶期、２ 叶期、３叶期、４ 叶期、５ 叶期及６叶期成熟胚。３ 叶期胚具１ 条不定根（种子根）,４ 叶期具２ 条,５ 叶期及成熟胚期具３ 条。不定根与胚根排成１ 纵行。营养物质最先在盾片细胞中积累。开花后９ 天的１ 叶期胚,在盾片、胚芽鞘及胚轴细胞中积累了淀粉,以后遍及成熟胚的各部分。淀粉粒含量与器官发生及生长顺序成正相关,但发育后期,盾片细胞内的淀粉粒含量下降。开花后１０ 天,盾片细胞中形成含晶体的蛋白质体,晶体含蛋白质及植酸钙镁。以后,这种蛋白质体增多、增大。同时,又形成不含晶体的蛋白质体。一定时期,含晶体的蛋白质体消失,不含晶体的蛋白质体增多,直到胚成熟。开花后１３ 天,胚芽鞘上部细胞形成蛋白质体。以后遍及成熟胚的各部分,器官发生越早,所含蛋白质体越多、越大。开花后１０ 天,盾片细胞中产生了脂体,成熟胚的盾片细胞,含有大量的脂体。还观察了胚发育各期与颖果及盾片长度的对应关系