A high-confidence human plasma proteome reference set with estimated concentrations in PeptideAtlas

Human blood plasma can be obtained relatively noninvasively and contains proteins from most, if not all, tissues of the body. Therefore, an extensive, quantitative catalog of plasma proteins is an important starting point for the discovery of disease biomarkers. In 2005, we showed that different proteomics measurements using different sample preparation and analysis techniques identify significantly different sets of proteins, and that a comprehensive plasma proteome can be compiled only by combining data from many different experiments. Applying advanced computational methods developed for the analysis and integration of very large and diverse data sets generated by tandem MS measurements of tryptic peptides, we have now compiled a high-confidence human plasma proteome reference set with well over twice the identified proteins of previous high-confidence sets. It includes a hierarchy of protein identifications at different levels of redundancy following a clearly defined scheme, which we propose as a standard that can be applied to any proteomics data set to facilitate cross-proteome analyses. Further, to aid in development of blood-based diagnostics using techniques such as selected reaction monitoring, we provide a rough estimate of protein concentrations using spectral counting. We identified 20,433 distinct peptides, from which we inferred a highly nonredundant set of 1929 protein sequences at a false discovery rate of 1%. We have made this resource available via PeptideAtlas, a large, multiorganism, publicly accessible compendium of peptides identified in tandem MS experiments conducted by laboratories around the world.     

凝血酶对大鼠星形胶质细胞组织因子活性表达的影响及其机制

目的：观察凝血酶对大鼠星形胶质细胞组织因子活性表达的影响及其机制。方法;培养Ｗｉｓｔａｒ乳鼠星形胶质细胞,细胞用抗神经胶质纤维酸性蛋白单克隆抗体确认。细胞冻融液组织因子活性检测采用一期血浆复地。结果：与对照组比较,凝血酶使星形胶质细胞组织因子表达明显增高（Ｐ〈０．０５）。当凝血酶与三氟吡啦嗪或Ｈ７联用时,它对呈形胶质细胞表达组织因子活性的刺激作用受到抑制。与凝血酶组比较,已呵可碱十凝血酶组星形胶质     

昆虫细胞表达的网状内皮组织增殖症病毒囊膜糖蛋白及其免疫性

利用Bac-to-BacBaculovirusExpressionSystems构建了能表达禽网状内皮组织增殖症病毒(REV)囊膜糖蛋白基因(env)的重组杆状病毒。用REV特异性单克隆抗体分别做间接免疫荧光抗体试验(IFA)和免疫转印试验,均可从感染的Sf9昆虫细胞中检出REVenv。重组杆状病毒感染的Sf9细胞裂解后制备成油乳疫苗免疫SPF鸡后,可以诱发维持45d以上的特异性抗REV抗体,并可抵抗REV病毒感染。     

多不饱和脂肪酸对微生物低温适应性的影响

地球生物圈75%以上的环境温度常年低于5℃,在这种低温环境中栖息着多种适应低温的微生物。在长期进化过程中低温微生物从细胞到分子水平形成一套独特的低温环境适应机制,而通过增加细胞膜膜脂中多不饱和脂肪酸含量来维持低温条件下最佳的细胞膜流动性是其中的一种。从多不饱和脂肪酸对微生物低温生长、细胞膜流动性细胞膜蛋白的组成和表达水平的影响来探讨多不饱和脂肪酸与微生物低温适应性的关系,总结多不饱和脂肪酸低温合成调节机制的研究进展,为相关的基础和应用开发研究提供参考。     

哈尔滨二龙山水库浮游植物及水体污染状况的研究

报道了2000 年1 月、5 月、8 月、10 月四次对哈尔滨市境内的二龙山水库的浮游植物的调查结果。共发现浮游植物46 属55 种, 其中种类最多的是绿藻和硅藻。水库四季的平均浮游藻类数量为438.46 万个/升, 绿藻占46.98%, 硅藻占44.74%, 隐藻占6.76%。优势种是平裂藻、小环藻、直链藻、针杆藻、纤维藻、空星藻、十字藻、蹄形藻、栅藻、隐藻等。对8 月份水库及上游河流的水质进行了监测和分析。根据上述结果对水质进行了评价, 并对二龙山库区的水土保持及可持续性发展进行了探讨。     

茎花葱臭木化学成分的研究

从茎花葱臭木种子中分离得到5个化合物,经理化与波谱分析鉴定为β-谷甾醇(1)、没食子酸乙酯(2)、胡萝卜苷(3)、1-O-β-D-吡喃葡萄糖基-(2S,3S,4R,8Z)-2-N-(2 ′-羟基二十四烷酰氨基)十八二氧鞘氨-8-烯(4)和2,3,2″,3″-四氢穗花杉双黄酮(5).这5个化合物均首次从该植物中分离得到.其中化合物5进行细胞毒活性测试,没有显示抑制活性.     

白花蛇舌草醇提取物对乳腺癌T-47D细胞株生长的抑制作用

目的：观察白花蛇舌草醇提取物对乳腺癌细胞T-47D生长的影响。方法：采用平皿克隆形成实验、软琼脂集落形成实验和BrdUrd（溴脱氧尿苷）掺入实验,观察不同浓度的白花蛇舌草醇提取物（1.0μg/mL,3.0μg/mL,10μg/mL,30μg/mL,100μg/mL）对T-47D细胞锚定依赖性生长和软琼脂集落形成能力及核酸合成的抑制作用。结果：①随着白花蛇舌草醇提取物浓度的升高,对T-47D细胞的生长呈现明显抑制作用;②白花蛇舌草醇提取物可呈浓度依赖性抑制对数生长期T-47D细胞核酸合成。结论：白花蛇舌草醇提取物可能通过影响肿瘤细胞核酸合成而抑制T-47D细胞生长。     

重组腺伴随病毒载体表达人白细胞介素12的研究

白细胞介素12(IL-12)具有广谱抗肿瘤、抗感染的作用,是由两个亚单位40kD(p40)和35kD(p35)通过二硫键构成的杂合体,有可能通过分别表达亚单位的方式来表达有功能活性的IL-12.该实验尝试利用重组腺伴随病毒(rAAV)载体进行人IL-12(hIL-12)双亚基共表达,将hIL-12的两个亚基分别克隆到AAV载体质粒pSNAV中,构建成pSNAV-IL12-p35和pSNAV-IL12-p40质粒,经转染、G418筛选后建立了rAAV载体细胞株.采用先前建立的rAAV的生产方法,获得了rAAV-IL12-p35和rAAV-IL12-p40,在体外将两种rAAV共同感染BHK-21细胞,48h后收集细胞培养上清进行免疫学和生物学活性检测.经ELISA检测,产生的hIL-12 p70的含量为10.185pg/ml;在体外促进IFN-γ分泌实验中,加入hIL-12的PBMC分泌的IFN-γ含量为37.2mg/ml.实验结果说明:采用两个AAV载体分别表达亚单位的方法可以表达具有功能活性的hIL-12,为IL-12的基因治疗提供了一条新的途径.     

人组织激肽释放酶成熟蛋白在大肠杆菌中的高效表达

将编码人组织激肽释放酶成熟蛋白的基因片段扩增并分别克隆到原核表达载体pET2 8(b)及分泌型表达载体pET2 0 (b)中 ,使其C端融合 6×HisTag序列 .转化不同受体菌 ,IPTG诱导表达后利用SDS PAGE、免疫印记等方法对重组蛋白进行分析 .在 6株基因工程菌株中 ,均表达出分子量约30kD的激肽释放酶融合蛋白 ,其中激肽释放酶在pET2 8载体中的表达水平高于pET2 0载体 .pET2 8和pET2 0载体表达的重组激肽释放酶蛋白分别占菌体总蛋白约 2 6 %和 10 % .Western印迹分析表明 ,目的蛋白可与抗人血清KK单克隆抗体发生特异性反应 .未经纯化的激肽释放酶融合蛋白具有一定的水解苯甲酰精胺酸乙酯 (BAEE)的能力 .在大肠杆菌中获得了人组织激肽释放酶的高效表达 ,表达产物具有免疫原性和生物活力 ,这为研究其生物功能和开发基因工程药物奠定基础     

簇毛麦端体6VS的显微切割及其专化DNA序列的克隆和分析

从簇毛麦(Haynaldia villosa (L.) Schur.)组合CA9211/RW15(6D/6V异代换系)幼胚培养SC2后代中,用原位杂交方法鉴定出T240-6为6VS端体异代换系. 以此为材料,采用微细玻璃针切割法及"单管反应"技术体系,对6VS进行切割分离及LA (Linker adaptor)-PCR扩增.扩增带在100～3 000 bp 之间,大部分集中在600～1 500 bp.利用32P标记的簇毛麦基因组为探针进行Southern杂交,证实扩增产物来源于簇毛麦.扩增产物纯化后,连接到pGEM-T载体上,构建了6VS DNA质粒文库.对文库的分析表明,文库大约有17 000个白色克隆;插入片段分布在100～1 500 bp,平均600 bp.点杂交结果表明,37%克隆有中度到强烈的杂交信号,证明含有中度或高度重复序列;63%克隆有较弱的信号或没有信号,证明为单/低拷贝序列克隆.从文库中获得8个簇毛麦特异克隆,对其中两个克隆pHVMK22和 pHVMK134进行了RFLP分析和序列分析,并利用该探针对小麦抗白粉病基因Pm21进行了检测.RFLP 结果表明,两个克隆一个为低拷贝序列克隆(pHVMK22),另一个为高度重复序列克隆,均为簇毛麦专化DNA序列.以pHVMK22为探针对抗、感病小麦(Triticum aestivum L.)品系的Southern杂交发现抗病品系有一条2 kb的特征带, 该探针可能作为检测抗病基因Pm21的探针.