基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.     

元谋干热河谷实生印楝人工林产量和品质与叶片养分含量之间的关系

应用临界值浓度法、DRIS图解法和指数法等叶片营养诊断分析方法,研究了元谋干热河谷地区的实生印楝人工林产量和品质与叶片养分含量之间的关系.结果表明:6月份所采集的印楝叶片其养分含量与印楝产量之间存在显著线性相关;获得印楝高产的叶片全N、全P和全K的临界值分别为15.09、1.22和7.68 g·kg-1,相应的最适范围分别为15.09 ～ 22.68、1.22～1.59和7.68 ～9.17 g·kg-1;低产印楝人工林的叶片养分的DRIS图解法和DRIS指数法诊断结果基本一致,它们对N、P、K的需求次序均为P＞N＞K,并且这一结果与当地土壤本底肥分检测结果相印证.此外,叶片养分含量与印楝素含量之间不存在相关性,可能与印楝素本身的遗传因素有关,故不能在印楝实生群体中采用叶片营养诊断技术来进行种仁印楝素含量的诊断分析.     

舒芬太尼、曲马多用于小儿鼾症手术苏醒期躁动的临床研究

目的：探究舒芬太尼与曲马多对用于小儿鼾症手术苏醒期躁动的作用与影响。方法：60例ASAI或II级扁桃体肥大或腺样体肥大的鼾症手术患儿,年龄6-14岁,无呼吸系统,循环系统等疾病,一般状态良好。随机分为舒芬太尼组（s组）和曲马多（T组）,每组各30例。常规监测各项生命体征。于手术结束前20分钟（min）,S组缓慢静脉输入0．15μg／kg舒芬太尼,T组静脉输入1．2mg／kg曲马多。观察各组的：平均动脉压 （MAP）、心率（HR）、血氧饱和度（SpO2）,进行各组的镇静评分（RSS）、躁动评分（RS）、镇痛评分（VRS）、意识状态评分（OAAS）。记录拔管前（T0）、拔管时（T1）、拔管后5min（T2）、拔管后10min（T3）、拔管后20min（T4）各时间点各参数的变化。记录各组的恶心呕吐、呼吸抑制、烦躁等的发生率。结果：SpO2各组间无显著差异。MAP,HR在各时间点的变化T组大于S组,P〈0．05,有显著差异。T组在RS,RSS,VRS评分与S组有显著差异,P〈0．05。结论：0．15μg／kg的舒芬太尼在小儿鼾症手术的苏醒期可以维持稳定的血流动力学,副作用小,镇痛效果良好,可以有效减少小儿苏醒期的躁动。     

HCV E2蛋白诱导的体液免疫及CTL应答研究

应用PCR方法扩增出HCVE2基因编码417a.a～750a.a的DNA片段,克隆到原核表达载体pQE30 LacZ启动子下游,转化JM109菌株.在JM109菌株中诱导表达出N端含6个组氨酸的E2融合蛋白,用Ni-NTA-Superflow亲和层析柱纯化作为抗原免疫实验兔和BALB/c鼠.定期取免血,采用间接ELISA方法检测兔子体内针对E2的抗体水平和维持规律.结果显示,距初次免疫14d兔子体内已有抗体产生,直至免疫第55d抗体水平持续上升,之后抗体水平保持稳定,抗体滴度达到13200.六周后,取鼠脾脏制备淋巴细胞,定向刺激扩增后与经过重组真核表达质粒pCE2转染的P815细胞作用,利用LDH释放试验检测作用效果.在ET=2001的情况下,杀伤率超过30%.这些结果表明工程菌株表达的HCV E2蛋白具有良好的免疫原性,可以诱发免疫实验动物机体产生较高滴度的抗体及特异性CTL应答.由此我们认为E2蛋白是发展HCV预防工程蛋白疫苗的合适候选者.     

施肥对旱地花生主要土壤肥力指标及产量的影响

大田条件下,研究了纯无机肥及不同用量有机-无机配施对旱地砂壤土花生土壤微生物种群及数量、土壤主要酶活性、土壤呼吸速率及产量的影响,结果表明:(1)土壤中细菌、放线菌和真菌数量随有机无机肥配施数量的增加而增加;单施无机复合肥对微生物数量的增加不明显,中量有机无机肥配施比单纯施中量无机肥处理的细菌、放线菌和真菌数量全生育期平均值分别提高114.9％、49.0％和29.0％.(2)施肥可以显著提高土壤脲酶、蔗糖酶、酸性磷酸酶、过氧化氢酶活性及土壤呼吸速率,其中有机无机中、高量配施显著高于其他处理,中量纯无机肥(农民常规施肥)相近于或低于(尤其在生育后期)低量有机无机肥配施;施肥对土壤过氧化氢酶活性的影响小于其余3种酶.(3)不同类群土壤微生物数量、土壤主要酶活性及土壤呼吸作用关系密切,相互间相关系数均达到极显著水平.(4)有机无机中、高量配施花生产量显著高于其他处理,中量无机肥加中量有机肥比中量纯无机肥增产14.0％,表明在砂壤土上施用有机肥,其对土壤肥力提高的增产作用远远大于其本身所含花生生育所需营养直接供应作用.(5)兼顾土壤肥力和花生产量,肥力中等的砂壤土,可采用中量有机无机肥混配施用.     

pH值对微生物燃料电池处理生物废弃物的影响

以生物废弃物为底物,采用双室微生物燃料电池对生物废弃物进行处理,研究阳极液初始pH值对生物废弃物CODcr、TOC去除率的影响,以及对微生物燃料电池产电性能影响。实验结果表明,当阳极液pH值为6时,CODcr去除率达72.1%,TOC的去除率达44.5%,其输出电压最大为1.27 V,平均电压797 mV,最大功率密度达到136.6 mW/m2。     

水稻株高基因及其分子生物学研究进展

株高是水稻品种的重要农艺性状之一,植株过高容易引起倒伏而减产。近年来,随着研究手段的改进和水平的提高,在水稻株高基因的发现、定位、克隆及作用机理等方面的研究取得较大进展。本文介绍了国内外在该领域的研究进展概况。     

4种国产兰属植物的核型比较研究

首次报道了4种国产兰属植物建兰（C.ensifolium(L.)Sw.)。墨兰（C.sinense(Jacksn ex Andr.)Willd.),珍珠矮（C.nanulum Y.S.Wu et S.C.Chen),兔耳兰（C.lancifolium Hook)的核型比较研究结果。具体如下：兔耳兰为2n=2x=38=28m 8sm 2st(2SAT),核不对称系数为61．22％,2A型;建兰的核型公式为2n=2x=40=30m 10sm(2SAT),核不对称系数为59．15％,2B型,墨兰的核型公式为2n=2x=40=28m 10sm 2st,核不对称系数为59．83％,2B型,珍珠矮为2n=2x=40=26m 10sm 4st,核不对称系数为62．24％,2B型。结合兰属植物若干稳定特化的形态学特征,讨论了兰属植物的核型进化。     

莱茵藻胞外碳酸酐酶分子定位与活性诱导

胞外碳酸酐酶是藻类CCM机制和光合作用的一个重要组分 ,藻类从高CO2 转入低CO2 浓度培养时可诱导出胞外碳酸酐酶。应用金标免疫分子定位和pH调节对胞外碳酸酐酶分子定位和CO2 诱导机制进行研究 ,结果表明 :胞外碳酸酐酶主要分布于胞壁空间 (细胞质膜与细胞壁之间 ) ,且细胞壁上也有较多分布 ,细胞壁外分布较少。说明胞外碳酸酐酶能从胞壁空间穿过细胞壁。通过CO2 诱导和pH调节(升高 ) ,均可提高碳酸酐酶活性 ,且pH提高幅度越大 ,胞外碳酸酐酶活性也越大 ,说明胞外碳酸酐酶的CO2 诱导与pH调节有一定关系     

TAp73调节肺腺癌细胞的血管生成能力依赖P53状态

TAp73是P53家族的一员,能够调节肿瘤的生成、侵袭和转移。但是,TAp73调节肿瘤血管生成的作用备受争议。本研究将外源TAp73转染至P53基因表达状态不同的两株肺腺癌细胞系H1299(P53-null)和A549(wt P53)中,观察TAp73对肿瘤血管生成的作用并探讨与P53基因的关系。首先,使用RT-PCR和Western印迹验证转染效率。细胞划痕实验表明,TAp73在A549细胞中促进细胞迁移,而在H1299细胞中抑制细胞迁移。体外HUVEC血管形成结果表明,TAp73在A549细胞中促进细胞血管形成,而在H1299细胞中抑制细胞血管形成。同时,血管生成抑制蛋白1（VASH1）的表达水平,也分别升高或降低。 本文研究结果表明,TAp73对肺腺癌细胞血管生成的作用依赖于P53基因的状态：在野生型P53基因存在时,TAp73促进血管生成,而在缺失P53基因的情况下,TAp73抑制血管生成。本研究对于TAp73作为肿瘤的潜在治疗靶点具有重要意义。