基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测

随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.     

鼻咽癌恶性转化基因Tx核苷酸序列分析

从人类鼻咽癌细胞系CNE2基因组DNA文库中克隆一个恶性转化基因Tx转染小鼠JB6 + 细胞 ,使细胞恶性转化 ,宿主细胞具有停泊非依赖生长的特性 .已经报道的Tx中一个 3 0kb片段(Tx3 0 )的序列分析结果表明 ,Tx包含人类免疫球蛋白κ轻链完整的J区 .进一步对Tx全长进行亚克隆和测序 ,并采用生物信息学方法进行分析表明 ,Tx包含人类Igκ完整的J区、C区基因片段、还有 5个重组信号序列 ,1个核基质结合序列和 1个N segment的插入 .Tx与正常人IgκJ、C区比较只是在某些位点存在碱基的缺失、插入或置换 ,二者同源性高达 98% ,其电子定位于 2p11 2 ,这与人Igκ的染色体定位是一致的 .可以认为 ,Tx是一个缺乏V区的异常的人类免疫球蛋白kappa轻链基因     

SARS病毒核蛋白基因的克隆及其表达研究

从一例输入性传染性非典型性肺炎病人血清中提取病毒RNA,通过RT-PCR方法扩增出SARS病毒核蛋白基因片段,克隆入质粒载体pUCm-T后,进行核苷酸序列的测定及分析,与已公布的SARS病毒基因序列进行比较,证实为SARS冠状病毒核蛋白基因.为了解该病毒核蛋白的抗原特性,将核蛋白基因插入表达载体,构建重组质粒pET28a-SN,转导大肠杆菌BL21(DE3)后,加IPTG诱导表达.产物经SDS-PAGE电泳分析,表达出相对分子量约为50kDa的蛋白,占整个菌体的45%左右.Western-blot分析表明,表达产物仅与SARS阳性病人血清起反应,而与正常血清不起反应.间接ELISA免疫检测,抗原滴度达112500.表明表达的核蛋白为SARS特异性抗原,这为SARS病毒的诊断试剂的研制提供了方便而安全的抗原来源.     

用于生产重组蛋白药物的抗凋亡CHO宿主细胞株的建立

哺乳动物工程细胞在大规模培养生产重组蛋白时很容易发生细胞凋亡,从而导致生产过程提前终止,造成生产成本高昂。细胞代谢产物氨已被证明可以促进细胞凋亡,而线粒体膜整合蛋白Bcl-2可以通过促进线粒体膜完整性而抑制细胞凋亡。本实验应用谷氨酰胺合成酶加压系统在CHO工程细胞中高效表达中国仓鼠Bcl-2蛋白,使细胞具有抗凋亡能力的同时,利用谷氨酸和氨合成谷氨酰胺而有效降低培养基中氨的含量,从而达到抑制细胞凋亡的目的。     

两种海桐属植物种子油脂肪酸组成的分析评价

采用有机溶剂抽提了海桐属 2种植物 (海桐和皱叶海桐 )的籽油 ,使用气相色谱法 (GC)分析鉴定了其油脂的脂肪酸组分。 2种籽油均含有 6种脂肪酸 ,主要脂肪酸成分均为软脂酸 (C16∶0 )和油酸 (C18∶1)。其含量 ( % )分别为 :软脂酸 (C16∶0 ) 2 9.66,3 4 .72 ;油酸 (C18∶1) 66.4 3 ,62 .54。这两种油脂中 ,单不饱和脂肪酸油酸占优势 ,因而品质优良。提示海桐属植物籽油可作为保健型食用油研究和开发利用     

极端酶的研究进展

极端酶具有超常的生物学稳定性,能够在极端温度、pH、压力和离子强度下表现出生物学活性,因此极端酶为生物催化和生物转化提供了良机.新的极端物种的发现、基因组序列的确定及基因工程技术的应用,加快了发现和制备新酶的进程.蛋白质工程和定向进化技术进一步改善酶的活性和特异性,促进了极端酶的工业应用.对极端酶的研究加深了人们对酶稳定性机制的理解,丰富了分子进化理论.     

浦东滩涂中型土壤动物群落结构及土质酸碱度生物评价分析

1999年,对上海浦东滩涂4类不同酸碱度土壤中的中型土壤动物进行了调查。应用物种丰富度,个体数多度,多样性指数和均匀度4个群落参数,并结合种类研究,讨论了土壤动物群落结构与不同酸碱度土壤的关系。结果表明,土壤中弹尾目和蜱螨目对不同酸碱度土壤反应敏感。弹尾目的3个群落参数和蜱螨目的4个参数均很好地反映与土壤反应敏感。弹尾目的3个群落参数和蜱螨目的4个参数均很好地反映与土壤pH的关系,相关系数分别在0．9以上和0．85左右,在pH相差较大的情况下,可以区分不同酸碱度的土壤。弹尾目的符Tao(Paranura sp.)可用于评价酸碱度较接近的土壤,球角Tao(Hypogastrura sp.）可用于评价酸碱度相差较大,高pH或环境条件较恶劣的土壤。     

鲎的分布及生活习性

鲎是一种古老的节肢动物,现存的鲎分为二亚科三属四种,本文对鲎在世界上的分布及其生活习性做了概述。     

卷柏化学成分及细胞毒活性研究(英文)

从卷柏(Selaginella tamariscina(Beauv.)Spring)中分离得到10个化合物,运用波谱手段分别鉴定为se-laginellin(1)、selaginellin A(2)、selaginellin B(3)、穗花杉双黄酮(4)、sequoiaflavone(5)、去甲银杏双黄酮(6)、银杏双黄酮(7)、异银杏双黄酮(8)、扁柏双黄酮(9)、异柳杉双黄酮(10)。其中化合物1、5和8为首次从该植物中分离得到。化合物1,4,7,8和9显示出选择性的细胞毒活性。     

棉铃虫腺苷酸转移酶基因的克隆与分析

腺苷酸转移酶(ANT)是线粒体内膜上负责能量分子传导的转运蛋白, 在细胞凋亡调控网络中有重要作用。本研究以棉铃虫幼虫组织的mRNA为模板, 根据鳞翅目昆虫ant基因编码区保守序列设计引物, 进行RT-PCR分析, 同时结合5′、3′ RACE方法扩增出棉铃虫ant基因的全长cDNA序列, cDNA全长为1 190 bp (GenBank登录号AY253868), 具有完整的开放阅读框架(ORF, 133~1 033 bp), 编码蛋白为300个氨基酸, 其中N端22个氨基酸为信号肽, 引导ANT蛋白定位于线粒体内膜。该蛋白具有3个保守的线粒体穿膜功能结构域, 形成能量分子传导的转运通道, 催化细胞质中ADP和线粒体内ATP间进行跨膜交换。通过与其他昆虫的腺苷酸转移酶蛋白序列比较, 发现该基因具有高度的保守性, 氨基酸序列同源性都在90%左右。