Representation of selected‐reaction monitoring data in the mzQuantML data standard

The mzQuantML data standard was designed to capture the output of quantitative software in proteomics, to support submissions to public repositories, development of visualization software and pipeline/modular approaches. The standard is designed around a common core that can be extended to support particular types of technique through the release of semantic rules that are checked by validation software. The first release of mzQuantML supported four quantitative proteomics techniques via four sets of semantic rules: (i) intensity‐based (MS¹) label free, (ii) MS¹ label‐based (such as SILAC or N¹⁵), (iii) MS² tag‐based (iTRAQ or tandem mass tags), and (iv) spectral counting. We present an update to mzQuantML for supporting SRM techniques. The update includes representing the quantitative measurements, and associated meta‐data, for SRM transitions, the mechanism for inferring peptide‐level or protein‐level quantitative values, and support for both label‐based or label‐free SRM protocols, through the creation of semantic rules and controlled vocabulary terms. We have updated the specification document for mzQuantML (version 1.0.1) and the mzQuantML validator to ensure that consistent files are produced by different exporters. We also report the capabilities for production of mzQuantML files from popular SRM software packages, such as Skyline and Anubis.     

溶菌酶及其分子改造研究进展

溶菌酶是一种优异的天然抗菌蛋白,可以成为抗生素和化学防腐剂的有效替代物,解决日益严峻的细菌耐药性问题和抗生素残留、化学防腐剂超标等食品安全问题。因此,深入研究并构建具有新型广谱杀菌能力的溶菌酶,对食品、医药、畜牧等行业的发展有着重要意义。对溶菌酶的分类、胞壁质酶活性和非酶活性杀菌性质以及蛋白质改造方法,特别是利用现代生物技术对溶菌酶进行抗菌活性增强、抗菌谱拓展的研究进行了综述和展望。     

Detoxification of insecticides,allechemicals and heavy metals by glutathione S‐transferase SlGSTE1 in the gut of Spodoptera litura

Insect glutathione S‐transferases (GSTs) play important roles in detoxifying toxic compounds and eliminating oxidative stress caused by these compounds. In this study, detoxification activity of the epsilon GST SlGSTE1 in Spodoptera litura was analyzed for several insecticides and heavy metals. SlGSTE1 was significantly up‐regulated by chlorpyrifos and xanthotoxin in the midgut of S. litura. The recombinant SlGSTE1 had V_max (reaction rate of the enzyme saturated with the substrate) and K_m (michaelis constant and equals to the substrate concentration at half of the maximum reaction rate of the enzyme) values of 27.95 ± 0.88 μmol/min/mg and 0.87 ± 0.028 mmol/L for glutathione, respectively, and V_max and K_m values of 22.96 ± 0.78 μmol/min/mg and 0.83 ± 0.106 mmol/L for 1‐chloro‐2,4‐dinitrobenzene, respectively. In vitro enzyme indirect activity assay showed that the recombinant SlGSTE1 possessed high binding activities to the insecticides chlorpyrifos, deltamethrin, malathion, phoxim and dichloro‐diphenyl‐trichloroethane (DDT). SlGSTE1 showed higher binding activity to toxic heavy metals cadmium, chromium and lead than copper and zinc that are required for insect normal growth. Western blot analysis showed that SlGSTE1 was induced in the gut of larvae fed with chlorpyrifos or cadmium. SlGSTE1 also showed high peroxidase activity. All the results together indicate that SlGSTE1 may play an important role in the gut of S. litura to protect the insect from the toxic effects of these compounds and heavy metals.     

两种高危型HPV检测技术诊断宫颈病变的临床价值比较

目的:比较酶切信号放大法(Cervista)与导流杂交基因芯片技术(Hybri Ma)检测高危型人乳头状瘤病毒(HR-HPV)诊断宫颈上皮内瘤变2级或2级以上(CIN2+)的临床价值。方法:随机选择288例2012年3月至2013年1月在哈尔滨医科大学附属第一医院妇科门诊进行新柏氏液基细胞学检查的年龄在20~65岁的宫颈细胞学检测未明确意义的不典型鳞状细胞(ASCUS)的患者,采用Cervista技术与Hybri Ma技术进行高危型HPV检测,并对入组的患者行阴道镜下宫颈活组织检查。以病理学诊断结果为金标准,比较Cervista技术与Hybri Ma技术诊断宫颈上皮内瘤变2级或2级以上(CIN2+)的敏感度、特异度及ROC曲线。结果:在入组的288例患者中,Cervista技术和Hybri Ma技术检出高危型HPV的阳性率分别为49.31%和51.39%(P0.05),其诊断CIN2+的敏感度分别为95.65%和91.30%(P0.05),特异度分别为59.50%和56.20%(P0.05),阳性预计值分别为30.99%和28.38%(P0.05),阴性预计值分别为98.63%和97.14%(P0.05)。两组ROC曲线下面积分别为0.776和0.738(P0.05)。结论:Cervista技术与Hybri Ma技术诊断CIN2+的临床价值相当。     

上海口岸输入性传染性肺结核病患者中结核分枝杆菌北京型特征及耐药性分析

本研究旨在了解上海口岸输入性传染性肺结核病患者中结核分枝杆菌北京型特征及其对一线抗结核药物的耐药情况,从而正确评估输入性结核病给上海地区带来的公共卫生危害,同时为地区传染性结核病防治策略的制定提供依据。针对2009年1月～2013年5月上海口岸入境体检人员中胸部影像学诊断疑似活动性肺结核病的人群,采集其连续3 d的晨痰分离培养结核分枝杆菌,用MGIT960培养法分析其对抗结核药物（链霉素、异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺）的耐药情况,用目标缺失多重聚合酶链反应（DTM-PCR ）进行结核分枝杆菌北京型分子分型,同时采集其人口学资料。期间共监测到入境外籍疑似活动性肺结核病者193例,其中50例痰液中分离培养到结核分枝杆菌,菌培阳率为25．9％,与我国结核病普查工作中活动性肺结核病菌培阳率（25．9％）相同。分离培养并成功传代、分型的40株结核分枝杆菌中,北京型占57．5％（23／40）,显著低于同期上海口岸出境人群中的90．2％（37／41）。输入性结核分枝杆菌北京型主要来自东南亚地区（71．4％,5／7）和西太平洋地区（57．1％,16／28）。一线5种抗结核药物的耐药性检测结果显示,输入性结核分枝杆菌北京型的总耐药率为30．4％（7／23）,接近上海口岸出境人群的34．1％。输入性耐多药菌株占2．4％（1／42）,分子分型结果显示为非北京型。输入性传染性肺结核病对吡嗪酰胺的耐药率为16．7％,显著高于上海口岸出境人群的2．4％。结果提示,上海口岸输入性肺结核病患者中结核分枝杆菌北京型所占比例显著低于同期出境人群,未发现与性别和年龄相关,未发现输入性结核分枝杆菌北京型对抗结核药物耐药性的显著变化。输入性耐药性结核病带来的公共卫生危害不容忽视,在直接督导下的短程化疗（DOTS）方案中需考虑其高吡嗪酰胺耐药特征。在口岸公共卫生安全风险评估中,需重视输入性结核分枝杆菌北京型与本地流行株的差异。     

TNFalph 和 IL-1bet 靶点抗炎药物筛选细胞模型的构建

目的:构建两个高表达人TNFα和IL-1β细胞系,建立抗炎药物筛选细胞模型。方法:运用PCR的方法从载体pCMVSport-TNFα和p CMVSport-IL1β上扩增目的基因,以亚克隆方法将目的基因分别插入真核表达载体pcDNA3.1和pFLAG-CMV中,用单酶切、PCR扩增和基因测序的方法鉴定重组效果,然后将重组成功的质粒转入HEK293细胞系内,挑选能够稳定表达并遗传的单克隆细胞株,用蛋白免疫印迹(Western blot)法分析其表达效果。结果:三种鉴定方法均显示重组质粒构建成功。Western blot结果显示,细胞株T3、T4均能较高表达炎症因子TNF-α;细胞株I2、I3、I5均能较高表达炎症因子IL-1β。结论:成功构建了TNFα和IL-1β靶标的药物筛选细胞模型,为筛选具有抗炎作用的中药提供了一个新平台。     

幽门螺杆菌根除失败后两种四联方案根除率的疗效对比

目的:对比两种不同的四联疗法对幽门螺杆菌根除失败后的根除率,选择可以有效弥补传统三联疗法的幽门螺杆菌根除失败措施的四联疗法。方法:选择2010年8月到2012年8月期间在我院住院治疗的幽门螺杆菌根除失败后患者90例作为研究对象。随机分为实验组和对照组,实验组的患者采取序贯疗法,对照组的患者采取标准四联疗法。对比两组的根除率以及临床疗效。结果:实验组患者的根除率为86.7%,对照组患者根除率为51.0%;实验组患者的临床总有效率为95.6%,对照组的临床有效率为77.8%;实验组的不良反应的总发生率为4.4%,对照组不良反应总发生率为20.0%。两组比较差异明显,P均0.05,具有统计学意义。结论:序贯疗法对幽门螺杆菌根除失败后的根除率以及疗效高于标准四联疗法。     

利用RNA-seq技术分析淹水胁迫下转BnERF拟南芥差异表达基因

为探究淹水胁迫下BnERF调节的耐淹防御相关途径,应用RNA-seq技术,对淹水6小时后的拟南芥(Arabidopsis thaliana)野生型(WT)和转BnERF株系(E33)幼苗进行基因表达分析。结果表明,淹水3天后,E33表现出较强的耐淹性,地上部生长状况和根系发育均明显强于野生型。E33幼苗未淹水处理时相对于野生型单独上调的基因有9个,4个为膜结合蛋白,其中2个参与MAPK级联途径,其它5个参与氧化胁迫及水分调节途径;与未淹水野生型相比,无论是未淹水处理还是淹水6小时后的E33幼苗中缺氧响应、抗氧化防护及细胞、器官发育相关基因的表达量均上调。另外,淹水6小时后E33的差异基因并未完全覆盖淹水6小时后野生型的差异基因;E33幼苗中缺氧响应、氧化胁迫响应、能量的产生与转变、乙醇代谢途径中的基因以及乙烯响应因子基因的表达量都明显高于野生型。上述结果表明,BnERF直接或间接调节植物的淹水胁迫相关生理代谢途径,参与淹水胁迫的防御过程。