Illumina-Solexa测序数据质量评估系统的构建

目的：针对下一代测序数据量大、序列长度短的特点,研究数据分析和质量评估方法。方法：选择已发布的Illumina-Solexa平台测序数据为研究对象,通过MAQ软件将测序数据与人类全基因组序列进行比对,并以外显子区域为例,在位点水平对测序数据质量进行评估。结果：结合已有软件系统和本文自创线性算法,建立了一套包括比对、拼接在内的测序数据质量评估系统。比对分析后,发现原始测序序列共覆盖了127,113,378个位点,涉及24条染色体上的64868个外显子。其中,每个位点都被测到的外显子为0.50%,位点平均测序深度大于等于1的外显子为3.98%。结论：成功构建了基于Illumina-Solexa测序平台的数据分析和质量评估方法,其可适用于其它第二代测序平台。研究者可在质量评估的基础上完善测序试验设计,并进行SNP和突变筛选及后续功能性研究。     

东方肉座菌EU7-22纤维素内切酶Ⅰ的异源表达

[目的]实现东方肉座菌纤维素内切酶EGⅠ在毕赤酵母中的表达,获得重组EGⅠ。[方法]通过RT-PCR获得EGⅠ开放阅读框。将EGⅠ成熟肽和PHO1信号肽的DNA片段插入p PIC3. 5K后,重组表达载体电转化毕赤酵母。通过甲醇诱导表达和镍柱纯化获得EGⅠ。以羟甲基纤维素钠检测活性,以肽N-糖苷酶F分析N-糖基化,以SDSPAGE分析表达情况和糖基化修饰。[结果]获得EGⅠ分泌表达菌株,诱导96 h后上清液活性为0. 513±0. 002 U/m L,纯化后的EGⅠ活性为0. 558±0. 012 U/mg。SDS-PAGE表明EGⅠ分子量在100～180 k Da,远高于预测值47. 3k Da,经肽N-糖苷酶F处理后,降至63～75 k Da。[结论]实现了EGⅠ的分泌表达,获得活性为0. 558±0. 012 U/mg的糖基化重组EGⅠ。     

L-鸟氨酸的混合菌种发酵研究

谷氨酸棒杆菌可发酵葡萄糖产L-鸟氨酸。通过连续筛选与驯化筛选到了产量较高的生产菌株CG1006。以GC/MS对发酵液成分的定性分析及鸟氨酸的产量为依据,优化了培养条件,产量从最初的14.346g/L提高到40.416g/L。初步考察了酵母菌CG1006-1对发酵液成分及产量的影响。结果表明混合菌种发酵可纯化发酵液成分。     

类芽胞杆菌碱性果胶裂解酶的纯化与酶学性质表征

从类芽胞杆菌Paenibacillus sp.WZ008的发酵上清液中纯化得到一个高活力碱性果胶裂解酶,经SDS-PAGE电泳估算其亚基相对分子质量为4.5×104。通过对该酶进行酶学性质研究发现：该酶能催化裂解果胶酸、低酯果胶和高酯果胶;酶催化反应最适温度范围为55～60℃,最适pH为9.6,在最适条件下以低酯果胶为底物酶的比酶活达3 021.6 U/mg;Ca2＋能增强该酶的活力,而Mn2＋,Ba2＋和EDTA强烈抑制该酶活力;当没有Ca2＋存在时,高度酯化的果胶是该酶的最适底物,在4 mmol/L Ca2＋存在时,该酶以果胶酸为底物比酶活最高（25 467 U/mg）。该酶N端序列比对分析发现与类芽胞杆菌Paenibacillus amylolyticus strain 27c64果胶裂解酶高度同源。     

木质素生物合成及其基因工程研究进展

木质素是维管植物的一种主要组成成分,是植物适应陆地环境的重要特征之一.然而,它的存在严重影响植物材料在造纸工业与畜牧业生产中的应用,因此其生物合成调控的研究引起人们极大关注.随着各种分析技术和手段的提高,该领域研究取得了突破性的进展.该文重点阐述这些新进展,同时较系统地介绍利用基因工程技术调控木质素生物合成的研究成果,并提出一些关于更有效地利用生物技术手段改良造纸资源植物品质的建议.     

牛肝菌属卷边组Boletus sect. Appendiculati物种的分子识别

依据牛肝菌属卷边组Boletus sect. Appendiculati内7个物种的核糖体基因rDNA内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列比对,设计5对ITS特异引物,分别用于卷边牛肝菌Boletus appendiculatus与亚卷边牛肝菌B. subappendiculatus、卷边牛肝菌与拟桃红牛肝菌B. pseudoregius、华靛牛肝菌B. roseoflavus与卷边牛肝菌B.?appendiculatus、华靛牛肝菌与华美牛肝菌B. speciosus、拟桃红牛肝菌与华美牛肝菌的相互识别。ITS区段的PCR扩增结果表明,5对ITS特异引物皆成功扩增出可用于辨别这些近缘物种的目的条带。但未能设计出ITS特异引物,以识别华靛牛肝菌与桃红牛肝菌B. regius两个近缘物种。     

TDGF-1在胃癌中表达的意义及其在上皮间质转化中的作用

探讨胚胎瘤衍生生长因子(teratocarcinoma-derived growth factor-1,TDGF-1)在胃癌中表达的临床意义及其与上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)的关系.分别采用免疫组化SP法和逆转录-聚合酶连反应(RT-PCR)方法,检测胃癌组织和正常胃组织中TDGF-1、E-cadherin、Vimentin的表达情况(IHC70例;RT-PCR40例),分析TDGF-1表达与临床病理特征的关系及TDGF-1、E-cadherin、Vimentin三者表达的相关性.TDGF-1、E-cadherin、Vimentin蛋白在胃癌组织中的阳性表达率分别为70%、34.3%、52.9%,在正常胃组织中的阳性表达率分别为38.5%、94.3%、15.7%(P<0.05);TDGF-1、E-cadherin、Vimentin mRNA在胃癌组织中的阳性表达率分别为67.5%、37.5%、52.5%,在正常胃组织中的阳性表达率分别为35%、87.5%、22.5%(P<0.05);TDGF-1蛋白和mRNA的表达均与胃癌的浸润深度、淋巴结转移及TNM分期显著相关(P<0.05);TDGF-1高表达与E-cadherin表达减低显著相关(r=-0.447、P<0.05),TDGF-1高表达与Vimentin表达升高显著相关(r=0.318、P<0.05),E-cadherin表达减低与Vimentin表达升高显著相关(r=-0.283、P<0.05).TDGF-1可能通过调控E-cadherin、Vi-mentin表达促进EMT,从而在胃癌的侵袭转移中发挥重要作用.     

蛋白质组学技术在研究AdIL-24抗癌机制中的应用

目的：探讨蛋白质组学技术在研究AdIL-24抗宫颈癌CaSki细胞作用机制的应用价值。方法：前期研究已成功构建AdIL-24,可抑制宫颈癌CaSki细胞生长,促进凋亡。在此基础上,通过双向凝胶电泳分离AdIL-24处理前后细胞总蛋白,并对胶条（pH3-10NL、pH4-7）、SDS-PAGE浓度（10％、12％）、电泳时间（6h、7h）进行优化,PDQuest图像分析,MALDI-TOF质谱鉴定,经Mascot、MS-fit软件查询SWISS-PORT数据库鉴定差异蛋白。结果：获得分辨率高、重复性好的CaSki细胞双向电泳图谱,质谱鉴定的差异蛋白点经Mascot、MS-fit软件搜索到同一种蛋白质。结论：已建立的蛋白质组学技术,为进一步研究AdIL-24的抑癌机制奠定基础。     

水稻矮缩病毒昆明分离物抗血清制备及免疫捕捉PCR检测

由水稻矮缩病毒(Rice dwarf virus,RDV)引起的水稻矮缩病害,最早由日本报道,随后在东南亚等国以及我国的福建、云南等南方稻区普遍发生,云南主要发生于中部及南部地区[1]。水稻在苗期至分蘖期感病后,植株矮缩,分蘖增多,叶片浓绿,僵直,出现白斑,生长后期病稻不能抽穗结实,在暴发流行年份可以引起水稻的严重减产。RDV在分类上属于呼肠孤病毒科(Reoviridae)植物呼肠孤病毒属(Phytoreovirus)成员,病毒粒子为正十二面体球形结构,直径约为69.3nm,无刺突,无脂蛋白外膜包被,具有双层的蛋白衣壳[2]。病毒基因组由12条双链RNA片段组成,其中S8编…     

增温及隔离降水对杉木幼树细根生物量、形态及养分特征的影响

为揭示全球变暖和降水格局改变对我国中亚热带地区森林生态系统地下生态过程的影响,在福建三明森林生态系统国家野外科学观测研究站内开展杉木(Cunninghamia lanceolata)幼树土壤增温和隔离降水双因子试验,研究增温和隔离降水在夏季对杉木幼树细根生物量、形态及养分特征的影响。结果表明,增温(+5℃,W)、隔离降水(–50%,P)和增温+隔离降水(WP)处理的细根总生物量分别比对照(CT)显著降低35.7%、51.7%和59.1%,P和WP处理的细根总生物量分别比W处理显著降低24.9%和36.4%;W、P和WP处理的0~1 mm细根比根长(specific root length,SRL)比对照均显著增加,而0~1和1~2 mm细根比表面积(specific root area,SRA)均无显著变化;与对照相比,W处理的细根N含量、C/N和δ¹⁵N均无显著变化,P处理的细根N含量和C/N分别显著增加和下降,WP处理的细根N含量和δ¹⁵N显著增加,而C/N显著降低。因此,未来在全球变暖和降水减少的双重环境胁迫下,调整表层细根形态特征可能不是杉木幼树的主要应对策略;而相较于温度升高,降水减少可能是影响杉木幼树细根生物量及表层化学元素分配的主要环境因子。