自然界斜纹夜蛾核型多角体病毒的基因型多态性

【目的】从基因组序列角度进一步揭示自然界斜纹夜蛾核型多角体病毒（Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus, SpltNPV）的基因型多态性。【方法】病毒克隆A5, F1, X3 和 X15分别以活体克隆法分离自SpltNPV埃及株、 日本福冈株和日本小笠原株。根据SpltNPV基因组全序列（GenBank登录号: AF325155）和海灰翅夜蛾核型多角体病毒（S. littoralis NPV, SpliNPV）部分基因序列（GenBank登录号: X99377, X99376 和X98924）设计引物, PCR扩增获得A5, F1, X3 和 X15的多角体蛋白（polyhedrin, polh）基因和ORF18~ORF23序列。【结果】根据多角体蛋白基因序列, X3和X15属于SpltNPV型, 而A5和F1属于SpliNPV型。将A5, F1, X3 和 X15的ORF18~ORF23与SpltNPV和SpliNPV相应的基因序列进行同源性比较。结果发现, F1与SpliNPV以及X3与SpltNPV的核苷酸序列相似性高, 但X3的ORF20在172~558 nt处缺失387 bp。尽管依据多角体蛋白基因序列X15属于SpltNPV型, 但对于ORF18~ORF23序列, X15与SpliNPV的相似性高于与SpltNPV的相似性。同样, A5属于SpliNPV型, ORF18~ORF20与SpliNPV相应的核苷酸序列相似性高, 但ORF21与SpltNPV相应的核苷酸序列一致性为100%, 特别是ORF22, SpltNPV的特有序列出现在A5的基因组中, 而且与SpltNPV的ORF22一致性为100%; 反过来, ORF23又与SpliNPV相应的核苷酸序列相似性高。【结论】所有这些都表明, SpltNPV在自然界不仅存在基因型多态性, 而且即使属于同一基因型, 它们的基因组序列也有显著差异。可利用SpltNPV在自然界的这种异质性筛选适宜防治斜纹夜蛾幼虫的株系。     

中国2种归化植物新记录

报道了发现于辽宁省的2种中国归化植物新记录:白毛马鞭草(Verbena stricta Vent.)和向日葵(Helianthus annuus L.),白毛马鞭草穗状花序粗壮而紧凑,单生枝顶或呈简单的聚伞状或圆锥状排列,且花序轴在果期显著延长,叶卵圆形,无柄,与中国有报道的本属其他物种区别明显。该种原产美国西部至中部地区,近来在辽宁省铁岭市发现有归化。向日葵原产于北美地区,被发现广泛归化于辽宁省大连市,营口市鲅鱼圈也有发现。归化种群形态特征与该地区栽培类型完全不同,其花序极多分枝,头状花序直径较小,瘦果极小,表面纹饰多样性很高。     

人工林赤腹松鼠危害程度与生境因子的关系研究

2009年3～6月,采用样方法对四川省洪雅县人工林赤腹松鼠危害相关的生境因子进行了调查。共设置了240个样方。样方调查中记录了2个反应危害等级的变量(危害株数和乔木总数)和11个生境变量(森林类型、海拔、坡向、坡度、坡位、距最近道路距离、距最近水源距离、乔木均高、乔木平均胸围、灌木盖度和草本盖度)。通过广义线性模型研究这些因子与人工林赤腹松鼠危害程度的关系。结果显示,赤腹松鼠危害程度与森林类型、坡度、坡向、乔木平均胸围呈显著性相关,与其他因子无显著相关性,在柳杉-杉木林中的危害高于纯柳杉林,在阴坡的危害低于其他坡向,危害程度随坡度和乔木平均胸围的增加而增加。     

沙梨8个栽培品种的DNA指纹鉴定

利用RAPD标记技术,对8个沙梨(Pyrus pyrifolia)主栽品种进行RAPD分析。结果显示,从33个10碱基随机引物中筛选出了2个多态性高的引物S2075和S1296,扩增位点分别为11个和10个,以此为基础建立了8个品种的DNA指纹图谱;根据这2个引物中任何一个的扩增图谱均可以将这8个品种区分。研究结果为沙梨品种的区别与鉴定提供了一种有效方法。     

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

转基因在玉米中的遗传分离与整合特性的研究

用ＰＣＲ和ＤＮＡ分子杂交方法研究了转基因Ｂｔ在３种不同方法获得的８个转化体后代中的遗传分离、整合性质及其稳定性,结果表明：（１）转基因在大多数转化体后中呈简单的孟德尔遗传;在Ｒ１至Ｒ２代,部分家系中转化体比例偏低,有的发生转基因丢失,但到Ｒ３代以后均趋于正常的孟德尔遗传方式,在群体中固定下来;（２）转基因在不同转化体中的整合类型有一定差异,但整合的位点和拷贝数都较少,且多呈串联或紧密连锁的整合;（     

DNA条形码技术及其在微生物资源鉴别保护中的应用研究

DNA条形码作为一种新型的物种鉴定、分类、鉴别和溯源方法,通过生物信息学分析将标准DNA片段进行分析比对实现。经过多年的发展,该技术现已成为物种鉴定和分类的研究热点。回顾十余年来DNA条形码技术的发展历程,介绍了这一技术的进展与成果,分析了该技术的优势及局限,并展望了DNA条形码的应用前景,为后续研究提供参考。     

基因组学方法在玉米种质资源研究中的应用

近年来,分子生物学和植物基因组学得到了飞速发展,包括分子标记技术在内的基因组学方法在玉米种质资源研究中得到了广泛应用。本将对玉米种质资源研究的主要领域如玉米的起源和进化、遗传多样性的形成机制及评估、基于多样性的新基因发掘等方面的最新进展进行评述,并提出我国在应用基因组学方法进行玉米种质资源研究的策略。     

基于沟眶象属两近缘种不同虫态转录组的气味受体基因鉴定及表达分析

[目的]基于沟眶象属Eucryptorrhynchus两近缘种沟眶象E.scrobiculatus和臭椿沟眶象E.brandti不同虫态的转录组数据进行气味受体(odorant receptor,OR)基因的鉴定及表达特征分析,补充两种象甲的气味受体信息,为之后的功能研究提供理论依据.[方法]从沟眶象(幼虫、蛹和成虫)...     

高浓度酒精废水厌氧处理工程系统中古菌多样性及其代谢特征

颗粒污泥形成快、抗冲击能力强、悬浮性好是新型高浓度有机废水厌氧处理系统的重要特征。为了研究颗粒污泥中古菌组成多样性及其功能特征, 采集活性污泥样品, 提取总基因组DNA, 应用PCR-DGGE和16S rDNA克隆测序技术对系统内古菌群落进行研究。结果表明: 古菌克隆文库中克隆子的近缘种归属于Methanosaeta、Methanosarcina、Methanobacterium和Methanomethylovorans 4个类群, 所占文库容量比例依次为58.2%、23.6%、12.7%和3.6%, 1个克隆子未能找到相似菌株, 占1.8%。系统发育分析找到了未知克隆子C10、C11、C13和C19的相似菌株FJ618821、AB479397、AJ244290和AB447878, 并明确相应的分类地位。古菌类群以乙酸利用型Methanosaeta、Methanosarcina为主, 说明甲烷形成过程以乙酸途径为主。中间代谢产物VFAs组成与不同产甲烷菌代谢功能分析的结果证明了古菌群落组成多样性与其代谢功能的对应关系。