基于生物信息学分析从Streptomyces albofaciens JCM 4342中发现2,3-二羟基苯甲酸酯-L-丝氨酸脱水三聚体和二聚体天然产物

[背景] 铁是细菌生长的基本元素,而三价铁在自然水环境中几乎无法溶解。细菌已经进化出产生各种铁载体的能力,以促进铁的吸收。对于链霉菌,其特有的铁载体是去铁胺,同时它们也可以产生其他结构的铁载体,如ceolichelin、白霉素、肠杆菌素（enterobactin）和griseobactin。[目的] 揭示链霉菌中铁载体生物合成基因簇（Biosynthetic Gene Clusters,BGCs）的分布特点和基因簇特征,并探索其所合成铁载体的化合物结构。[方法] 利用生物信息学工具系统地分析308个具有全基因组序列信息的链霉菌中的铁载体生物合成基因簇,并用色谱和波谱方法分离和表征肠杆菌素相关天然产物。[结果] 发现Streptomyces albofaciens JCM 4342和其他少数菌株同时含有一个缺少2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHB）生物合成基因的孤立的肠杆菌素生物合成基因簇和另外一个推测可合成griseobactin的基因簇。从S.albofaciens JCM 4342发酵液中鉴定出4个肠杆菌素衍生的天然产物,包括链状2,3-二羟基苯甲酸酯-l-丝氨酸（2,3-DHBS）的三聚体和二聚体以及它们的脱水产物。[结论] 2个基因簇间存在一种特别的协同生物合成机制。推测是griseobactin基因簇负责合成2,3-DHB,而孤立的肠杆菌素基因簇编码的生物合成酶可夺取该底物,进而完成上述4种肠杆菌素衍生天然产物的生物合成。     

细虫草胞外多糖对小鼠腹腔巨噬细胞免疫功能研究

本实验在体外条件下,以人工发酵培养的细虫草胞外多糖OgE、OgE-F1和OgE-F2作用于小鼠腹腔巨噬细胞RAW264.7,通过测定其对巨噬细胞的增殖率、代谢MTT活力、NO分泌和吞噬能力的影响,评价细虫草胞外多糖的免疫调节活性。结果表明,细虫草多糖对巨噬细胞无细胞毒性,且能促进巨噬细胞代谢MTT活力;在0.2mg/mL^1.0mg/mL浓度范围内,多糖呈剂量依赖性的促进巨噬细胞分泌NO水平和吞噬能力。本研究表明,细虫草多糖能有效地增强小鼠巨噬细胞的活性,潜在地可改善小鼠的先天性免疫调节。     

FS2M01.pl,转换片段大小表为0/1矩阵的Perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本———FS2M01.pl来实现片段大小表向0/1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0/1矩阵的问题。     

典型功能层带-填埋场覆盖层中四氯化碳代谢机制及功能微生态响应

垃圾填埋场是四氯化碳(carbon tetrachloride, CT)污染的重要来源,明晰覆盖层功能层带中CT的转化机制对其污染控制尤为重要。本研究通过构建模拟覆盖层系统,开展了CT沿程生物降解及微生态研究。覆盖层理化特性分析表明,长期生物氧化使覆盖层形成了稳定存在的厌氧层(>45 cm)、缺氧层(15–45 cm)和好氧层(0–15 cm)功能层带,各特征层带氧化还原电位、微生物群落结构差异显著,为CT降解提供了生物资源和有利条件。降解结果显示,CT在厌氧层和缺氧层脱氯产生氯仿(chloroform,CF)和二氯甲烷(dichloromethane,DCM)及氯离子(Cl–),副产物在30 cm处浓度最大,好氧层中CF和DCM迅速发生好氧降解;CT降解速率为13.2–103.6μg/(m2·d),随填埋气通量增大而增大。多样性测序结果表明,不同层带功能菌属差异显著,中慢生根瘤菌(Mesorhizobium)为好氧层CT潜在降解菌属,硫杆菌(Thiobacillus)和间孢囊菌(Intrasporangium)为厌氧层和缺氧层潜在功能菌属;覆盖土中6种脱氯菌属和18种甲烷氧化菌...     

日光温室黄瓜发育过程中主要芳香物质和脂肪酸含量的变化

以'新泰密刺'为试验材料,比较分析了日光温室条件下,不同月份黄瓜商品成熟果实及其发育过程中的主要芳香物质及亚麻酸、亚油酸含量差异.结果显示:(1)黄瓜果实中挥发性物质主要有2E,6Z-壬二烯醛、2E-壬烯醛、2E-己烯醛、2,6-壬二烯醇、正己醛、戊醛、2-戊烯醛和3,6-壬二烯醇.其中2E,6Z-壬二烯醛相对含量以5月份最高,1月份其次,11月份最低;具有黄瓜香气的2,6-壬二烯醇和3,6-壬二烯醇,以及与黄瓜风味品质密切相关的2E,6Z-壬二烯醛/2E-壬烯醛比值以1月份最高,5月份其次,11月份最低.(2)1月份黄瓜果实的亚麻酸和亚油酸含量显著大于5月份,说明低温弱光有利于不饱和脂肪酸的形成和积累.(3)随着果实发育天数的增加,黄瓜2E,6Z-壬二烯醛、2,6-壬二烯醇和3,6-壬二烯醇相对含量,2E,6Z-壬二烯醛/2E-壬烯醛比值均较大幅度升高,商品成熟期达到高峰,若延迟采收,上述指标多趋于下降;2E-壬烯醛、2E-己烯醛、正己醛、戊醛等的相对含量多随果实发育而降低,商品成熟期2E-壬烯醛、2E-己烯醛和正己醛降到最低,之后快速升高.研究表明,果实发育过程中亚麻酸和亚油酸含量及二者的比例与2E,6Z-壬二烯醛和2E-壬烯醛相对含量及其比值的变化规律基本相似,说明黄瓜风味品质与其亚麻酸和亚油酸含量有一定相关性.     

伴刀豆球蛋白A-糖复合物的模拟分析

主要分析ConA与不同的糖特异性结合时其活性位点构象变化的特征。模拟分析了ConA糖结合活性中心氨基酸残基结构特征,同时对相应残基原子可及性表面进行了计算和分析。结果表明：（1）ConA在和不同的糖结合时,存在不同的结合方式;（2）不管ConA和什么糖结合,主要的作用是由活性中心的Tyr12、Asn14、Asp208和Arg228提供的;（3）无论是结合单糖还是寡糖,活性中心总是与第一个糖环起主要的结合作用。     

福州市蔬菜农药残留检测与分析

采用农业行业标准NY/T761-2008检测方法,用气相色谱仪对福州市3家超市和3家农贸市场销售的16个蔬菜品种共60份样品进行有机氯及拟除虫菊酯类农药残留的检测,并根据GB2763 - 2005标准判定检出超标情况.结果表明:农药残留检出率为31.67％;农药残留超标率为3.33％.从蔬菜种类上,白菜类、瓜类的检出率...     

黄瓜幼苗光合作用对高温胁迫的响应与适应

以‘津优35号’黄瓜幼苗为试材,研究高温(HT: 42 ℃/32 ℃)和亚高温(SHT: 35 ℃/25 ℃)胁迫对黄瓜幼苗光合作用及生长量的影响.结果表明: 高温、亚高温明显抑制幼苗生长.随着胁迫时间的延长,黄瓜幼苗叶片的光合速率(P_n)逐渐降低,胞间CO₂浓度(C_i)趋于升高,气孔导度(g_s)、蒸腾速率(T_r)、光呼吸速率(P_r)和暗呼吸速率(D_r)先上升后下降,高温、亚高温引起P_n降低的主要原因是非气孔限制.高温、亚高温可使黄瓜幼苗叶片的暗下光系统Ⅱ最大光化学效率(F_v/F_m)、光下实际光化学效率(Φ_PSII)、光化学猝灭系数(q_P)和电子传递效率(ETR)显著降低,初始荧光(F_o)和非化学猝灭系数(NPQ)逐渐升高.随着胁迫时间的延长,HT处理的RuBP羧化酶(RuBPCase)和Rubisco活化酶(RCA)活性及其mRNA表达量逐渐降低,而SHT处理的胁迫初期变化不大,3 d后趋于降低;HT和SHT处理的景天庚酮糖-1,7-二磷酸酶(SBPase)和果糖-1,6-二磷酸醛缩酶(FBA)活性与mRNA表达均呈先升高后降低趋势.可见,适宜光强下短时亚高温处理黄瓜幼苗不会产生明显光抑制,高温胁迫会对其PSⅡ反应中心造成严重损伤;光合酶受高温胁迫诱导,但其诱导效应与温度升高幅度和高温持续时间有关.     

FecB基因在9个绵羊品种中的多态性及其与产羔数和羔羊生长发育的相关性

以绵羊BMPR-IB基因为候选基因,应用PCR-RFLP方法通过分析湖羊、夏洛来、陶赛特、萨福克、罗米丽、中国美利奴羊、中国美利奴肉用多胎品系以及陶赛特×中国美利奴羊和萨福克×中国美利奴羊杂交后代共615只个体的FecB基因多态性,以及BMPR-IB基因多态性对产羔数、体尺和体重的影响.结果表明,BMPR-IB基因在不同品种(系)绵羊中共有3种基因型(BB、B+和++),但基因型频率分布在各品种(系)间差异极显著(P<0.01).在湖羊中仅有BB基因型;在中国美利奴肉用多胎品系中BB、B+和++基因型频率分别为51%、30%和19%;而其他品种(系)羊中则仅有++基因型.对中国美利奴羊肉用多胎品系研究,发现BB和B+基因型群体平均产羔数分别为2.8和2.3,显著高于++基因型群体(1.2,P<0.01).在90日龄时,BB和B+基因型群体的体重分别为18.6±3.70 kg和18.0±3.31 kg,显著高于++基因型群体(15.6±2.22kg,P<0.05);此外,90日龄时,BB和B+基因型群体比++基因型群体胸围、胸宽较大(P<0.05);但这些差异在120日龄时消失.另外,我们还发现不同地区群体的第一胎产羔数存在明显差别.这些结果表明,BMPR-IB基因为影响绵羊产羔数的主效基因,并首次证明该基因对后代羔羊出生后生长发育具有加性效应.     

温度对中型指环虫产卵和孵化的影响

指环虫病是严重影响鱼类养殖的寄生虫病.为了有效控制指环虫病,实验研究了寄生在金鱼(Carassius auratus)鳃部的中型指环虫(Dactylogyrus intermedius)卵、纤毛幼虫的形态,以及在离体条件下温度对其产卵和孵化的影响.成熟的中型指环虫虫卵大部分为梨形,长30 μm左右,后端有一个卵柄.纤毛幼虫呈圆筒状,两端稍尖,眼点两对;后吸盘具有若干对小锚钩;在前部、中部和尾部分别具有一圈纤毛.实验研究了4℃、10℃、22℃、30℃和35℃条件下中型指环虫的产卵和孵化情况,在4℃条件下,中型指环虫基本不产卵也不孵化;在其他4个温度条件下,产卵量随着温度的升高而增加,其平均产卵量分别为3.30、4.10、4.13和4.24枚/虫.统计结果显示:在35℃条件下的产卵量明显高于10℃(P＜0.05),其他温度条件下的平均产卵量没有显著性差异.中型指环虫的产卵速率随着温度的升高而加快,产卵维持的时间分别为4d、23h、15h和llh.孵化率在22℃时最高,为72.7％,在30℃和35℃的孵化率为50％左右,卡方检验显示:4种温度下的孵化率之间没有显著性差异p＞0.05);随着温度的升高,孵化速率逐渐加快,而孵化时间和纤毛幼虫的存活时间则缩短,平均孵化时间分别为24d、3d、42h和26h,纤毛幼虫的最长存活时间分别为4d、3d、56h和34h.结果显示,当水温为22℃时,中型指环虫的产卵数量和纤毛幼虫的存活时间都比较高,且孵化率最高,表明该温度条件较适合中型指环虫的种群增长.