不同施肥处理对‘赤霞珠’葡萄根际土壤养分和真菌群落的影响

【背景】宁夏贺兰山东麓葡萄产区忽视有机肥的施用,果树枝条焚烧污染环境,造成土壤养分缺失,土壤质量下降。【目的】为解决长期施用化肥对土壤造成的一系列问题,通过大田试验研究施肥及喷施不同浓度菌剂对土壤理化性质、真菌群落组成及多样性的影响,为酿酒葡萄可持续健康发展提供科学依据。【方法】以‘赤霞珠’葡萄根际土壤为试验对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,测定并分析根际土壤理化性质、真菌群落组成和多样性在7个处理[常规施肥(CK)、蚯蚓粪+腐熟枝条+100倍菌剂(T1)、蚯蚓粪+腐熟枝条+200倍菌剂(T2)、蚯蚓粪+腐熟枝条+300倍菌剂(T3)、蚯蚓粪+未腐熟枝条+100倍菌剂(A1)、蚯蚓粪+未腐熟枝条+200倍菌剂(A2)和蚯蚓粪+未腐熟枝条+300倍菌剂(A3)]的变化。【结果】相较于CK,葡萄根际土壤理化性质差异明显,施肥处理增加了土壤有机质含量,土壤pH含量无明显变化,改良了土壤结构,活化了土壤有效养分。相较于CK,各处理真菌分类操作单元(operational taxonomic unit, OTU)数均降低,A2处理根际土壤丰富度及多样性均显著增加。真菌群落组成...     

Z:ZCLA长爪沙鼠微卫星标记的遗传多态性研究

通过对9个微卫星座位的扩增,研究了Z：ZCLA长爪沙鼠的遗传多态性。结果表明,Z：ZCLA长爪沙鼠在其中1个位点上只有一个等位基因,在其它位点上均有2～4个等位基因,平均等位基因数2．6个。平均杂合度0．4684,平均多态信息量0．4166,平均有效等位基因数2．1756。全群基因纯合度从0．1111～0．5555,平均0．3389,提示目前本群遗传多样性水平处于中度多态。     

Genome sequencing and comparative analysis of three Chlamydia pecorum strains associated with different pathogenic outcomes

Background

Chlamydia pecorum is the causative agent of a number of acute diseases, but most often causes persistent, subclinical infection in ruminants, swine and birds. In this study, the genome sequences of three C. pecorum strains isolated from the faeces of a sheep with inapparent enteric infection (strain W73), from the synovial fluid of a sheep with polyarthritis (strain P787) and from a cervical swab taken from a cow with metritis (strain PV3056/3) were determined using Illumina/Solexa and Roche 454 genome sequencing.

Results

Gene order and synteny was almost identical between C. pecorum strains and C. psittaci. Differences between C. pecorum and other chlamydiae occurred at a number of loci, including the plasticity zone, which contained a MAC/perforin domain protein, two copies of a >3400 amino acid putative cytotoxin gene and four (PV3056/3) or five (P787 and W73) genes encoding phospholipase D. Chlamydia pecorum contains an almost intact tryptophan biosynthesis operon encoding trpABCDFR and has the ability to sequester kynurenine from its host, however it lacks the genes folA, folKP and folB required for folate metabolism found in other chlamydiae. A total of 15 polymorphic membrane proteins were identified, belonging to six pmp families. Strains possess an intact type III secretion system composed of 18 structural genes and accessory proteins, however a number of putative inc effector proteins widely distributed in chlamydiae are absent from C. pecorum. Two genes encoding the hypothetical protein ORF663 and IncA contain variable numbers of repeat sequences that could be associated with persistence of infection.

Conclusions

Genome sequencing of three C. pecorum strains, originating from animals with different disease manifestations, has identified differences in ORF663 and pseudogene content between strains and has identified genes and metabolic traits that may influence intracellular survival, pathogenicity and evasion of the host immune system.

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.1186/1471-2164-15-23) contains supplementary material, which is available to authorized users.     

海藻酸微囊替代DMSO和FBS的STO细胞冷冻保存研究

目的:改进现有的细胞冷冻保存方法,建立一个不含二甲基亚砜(DMSO)和血清(FBS)的高效冷冻保存方法,为细胞治疗等临床实践提供优质细胞.方法:海藻酸微囊包埋鼠胚成纤维细胞(STO细胞)后用不含DMSO和FBS的冷冻保存液进行冷冻保存.设四个对照组:添加10％DMSO和20％FBS的组、仅添加10％DMSO的组、仅添加20％FBS、DMSO和FBS均不添加组.在冷冻前后对各实验组细胞用台盼兰染色,进行细胞计数,计算细胞存活率,同时利用溴乙锭的二聚物(EthD)、钙黄绿素-AM(Calcein-AM)进行染色观察细胞的形态,且进一步验证细胞存活率;解冻复苏后用MTT法评估细胞的增殖速度和生长活力.结果:冷冻保存30天后对各组的细胞数量、细胞存活率、细胞形态和解冻复苏后细胞的生长活力进行比较发现,海藻酸微囊包埋冷冻组的细胞数、细胞存活率、细胞形态和生长活力均与添加DMSO和FBS的组之间无显著性差异,而与其它三个对照组呈显著性差异.结论:使用海藻酸微囊替代DMSO和FBS保存STO细胞,能有效的维持细胞形态、数量、存活率,同时不影响细胞的生长活力,从而建立了一个不含DMSO和FBS的高效冷冻保存方法.     

披针叶黄华的界定

通过对标本的比较研究及广泛的野外考察,界定了披针叶黄华,承认了一个种级名称Thermopsis lupinoides（L．）Link．并组合了9个新异名。     

长爪沙鼠线粒体DNA控制区全序列测定及分析

目的对长爪沙鼠线粒体DNA控制区全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据长爪沙鼠已知基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对所得的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物D-loop区序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于最小进化法和UPGMA法构建系统进化树。结果获得长爪沙鼠D-loop区序列,其与家鼠、小家鼠和仓鼠平均同源性为58%;碱基组成分析显示,长爪沙鼠与啮齿类动物有相似的碱基组成和碱基偏离,其A-skew和G-skew分别为0.0047和-0.28。进化分析结果显示,长爪沙鼠与家鼠（0.35）、黑家鼠（0.38）和仓鼠（0.39）具有较近的遗传距离,其分化顺序为跳鼠、蔗鼠、长爪沙鼠、仓鼠、家鼠和小家鼠。结论本研究获得长爪沙鼠D-loop区全序列,确定了长爪沙鼠与仓鼠、家鼠、小家鼠及其它啮齿动物的进化关系,为长爪沙鼠进化研究、线粒体的结构和功能研究奠定基础。     

内蒙古大兴安岭森林可燃物燃烧释放PM2.5中水溶性离子排放特性

研究森林可燃物燃烧释放的细颗粒物(PM2.5)的排放因子对于揭示森林火灾对大气和生态系统的影响至关重要,而水溶性离子是细颗粒物的重要化学成分,对颗粒物的形成具有重要意义.利用自主设计的生物质燃烧系统,模拟内蒙古大兴安岭5种典型乔木(蒙古栎、白桦、兴安落叶松、黑桦、山杨)的3种组成部分(树干、树枝、树皮)及其地表死可燃物...     

豆科黄华属植物种子表面特征的研究

在扫描电镜下观察了豆科黄华属Thermopsis 18种植物种子的表面纹饰,发现 T．alpina,T.bar- bata,T．inflata,T．lupinoides,T. licentiana,T.smithiana和T．turkestanica的种子表面为粗网状,T californica,T.divaricarpa,T. macrophylla,T．mollis的种子表面为细网状,T.gracilis,T.montana,T. fabacea的种子表面为相对平滑型纹饰,T．alterniflora的种子表面为不规则条形,T．chinensis的种子表 面为粘膜状,T.rhombifolia的种子表面为条形及 T．viuosa的种子表面为碎屑状纹饰。结果表明黄华属的种子表面特征对属下类群的划分有一定意义,对澄清某些混乱的种有一定价值。     

三种啮齿类动物非酒精性脂肪肝形成及机制探讨

目的 分析物种差异对NAFLD模型复制的影响,探讨不同鼠种NAFLD形成及其机制.方法 长爪沙鼠、SD大鼠、ICR小鼠各20只,按种属随机分为对照组及模型组,对照组给予普通饲料,模型组给予高脂饲料.16周后,观察肝脏HE及Mallory三色染色病理变化,计算肝指数,检测血清血脂(CHO、TG、LDL-c、HDL-c)、肝功能(GOP、GPT)及肝组织中抗氧化酶(SOD、GSH-PX、CAT)活性及羟脯氨酸(Hyp)、丙二醛(MDA)、游离脂肪酸(FFA)水平.结果 与对照组比较,各模型组:沙鼠Hyp、CHO、TG、LDL-c、HDL-c、肝指数、GOP、GPT、MDA、FFA均升高,SOD、GSH-PX、CAT活性降低(P＜0.05,P＜0.01),肝脏出现纤维化;大鼠CHO、肝指数、GOP、GPT、FFA、SOD活性升高,MDA含量、GSH-PX、CAT活性降低(P ＜0.05,P＜0.01),有局灶性脂肪肝炎;小鼠CHO、LDL-c、HDL-c、肝指数、CAT活性升高,MDA含量降低(P ＜0.05,P＜0.01),肝脏病理正常.结论 三种动物在脂质代谢、肝功能、氧化应激等方面有显著的差异,并形成了不同的NAFLD模型:沙鼠形成伴高TG、CHO血症的肝纤维化模型、大鼠形成伴高CHO血症的局灶性脂肪肝炎模型、小鼠形成高胆固醇血症模型但肝脏未发生明显的病理改变.