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基于基因型选择提高QTL作图的精度——以一个RIL群体为例 总被引:4,自引:0,他引:4
以PCR为基础的分子标记以及其他检测技术的发展,使得大规模的标记分析成为现实。这也为通过大群体标记分析,然后基于基因型选择挑选合适的小群体,从而提高QTL定位准确性和精度提供了可能。以一个包含294个家系的重组自交系(RIL)群体为例,通过基因型选择和随机选择的办法产生了一系列大小不等的亚群体,比较了两类群体QTL定位的结果。分析表明:相同大小的基因型选择群体与随机群体相比性状的表型分布都符合正态分布;标记的偏分离情况也没有明显的差别,都随着群体大小的增大,偏分离的比例也逐渐增大。但同等大小的基因型选择群体比随机群体的交换富集率(CE)要大,且随着选择强度的增大不断增大,如群体大小为270时,CE=1.04,群体大小为30时,CE=1.45。总体上,随着群体大小的增加,不管是随机群体还是选择群体,其QTL检测能力、灵敏性和特异性也随之增加,但选择群体的检测能力、灵敏性和特异性总体上要好于随机群体。当群体大于或等于240时,其QTL检测能力基本没有差别;群体大小大于或等于210时,其QTL检测的灵敏性和特异性也没有什么差别。这也说明:选择强度越大,效果越明显。以QTLI—LOD区间作为衡量QTL精度的一个指标,结果显示所有基因型选择群体都比相同大小随机群体的QTL定位精度高。目前QTL定位研究中,基因型数据较表型数据而言更容易准确获得,因此通过基因型选择可以更好的优化群体结构,减少田间实验的工作量,提高全基因组水平QTL作图的精度,为随后的QTL辅助选择和精细定位以及克隆提供帮助。 相似文献
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反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的遗传因子,它们以RNA为媒介,在基因组中不断自我复制。在高等植物中,反转录转座子是基因组的重要成分之一。反转录转座子可以分为5大类型,其中以长末端重复(LTR)类型报道较多。LTR类型由于其首尾具有长末端重复序列,内部含有PBS、PPT、GAG和POL开放阅读框、TSD等结构,可以采用生物信息学软件进行预测。LTR反转录转座子的活性受到自身甲基化和环境因素的影响,DNA甲基化抑制反转录转座子转座,而外界环境的刺激能够激活转座子,从而影响插入位点周边基因的表达。同时由于LTR反转录转座子在植物中普遍存在,丰富的拷贝数以及多态性为新型分子标记(RBIP、SSAP、IRAP、REMAP)的开发提供了良好的素材。该文对近年来国内外有关植物反转录转座子的类型、结构特征、 LTR反转录转座子的活性及其影响因素、 LTR反转录转座子的预测以及标记开发等方面的研究进展进行综述。 相似文献
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四川地区被子植物区系188科1493属8 711种及1 252变种,全球50%以上的科都有代表,与毗邻地区及世界植物区系有着广泛而密切的联系.区系古老而原始,珍稀孑遗类群丰富;单型或少种的科属众多,含100种以上的大科和大属也十分繁茂;含5种以下的属占76.89%,但占总属数约22.64%的多种属和大属是区系的主体,包含区系总种数的63.28%.科的分布类型有明显热带性质,属、种的分布类型反映出典型的亚热带属性.优势现象明显,特有类群和表征类群丰富.该地区被子植物区系对中国乃至东亚都有代表性. 相似文献
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QING CHEN WEI LU DANYING ZHOU GUOTONG ZHENG HONGMAO LIU CHANGRUI QIAN WANGXIAO ZHOU JUNWAN LU LIYAN NI QIYU BAO AIFANG LI TENG XU HAILI XU 《Polish journal of microbiology》2020,69(3):349
In analyzing the drug resistance phenotype and mechanism of resistance to macrolide antibiotics of clinical Pseudomonas aeruginosa isolates, the agar dilution method was used to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs), and PCR (polymerase chain reaction) was applied to screen for macrolide antibiotics resistance genes. The macrolide antibiotics resistance genes were cloned, and their functions were identified. Of the 13 antibiotics tested, P. aeruginosa strains showed high resistance rates (ranging from 69.5–82.1%), and MIC levels (MIC90 > 256 μg/ml) to macrolide antibiotics. Of the 131 known macrolide resistance genes, only two genes, mphE and msrE, were identified in 262 clinical P. aeruginosa isolates. Four strains (1.53%, 4/262) carried both the msrE and mphE genes, and an additional three strains (1.15%, 3/262) harbored the mphE gene alone. The cloned msrE and mphE genes conferred higher resistance levels to three second-generation macrolides compared to two first-generation ones. Analysis of MsrE and MphE protein polymorphisms revealed that they are highly conserved, with only 1–3 amino acids differences between the proteins of the same type. It can be concluded that even though the strains showed high resistance levels to macrolides, known macrolide resistance genes are seldom present in clinical P. aeruginosa strains, demonstrating that a mechanism other than this warranted by the mphE and msrE genes may play a more critical role in the bacteria’s resistance to macrolides.Key words: Pseudomonas aeruginosa, macrolide, resistance gene, mphE, msrE 相似文献
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生物化学(Biochemistry)和分子生物学(Molecular Biology)课程是生命科学领域人才培养的基石。本研究以这些课程为桥梁,从知识框架重构、教学案例建设、教学资源共享、教学手段更新、立德树人格局的建立等方面入手,以学科特色科研成果案例和在线教学平台为支撑,通过课程教学实践,探索了以科研育人为导向,以课程建设为根基,以交流合作为推动力的本研一体化课程改革模式,搭建了“交流、实践、开放、信息化”的共享空间,实现了本、研教学以汲取知识为动力的自由、自主融合,使学生培养成效得到了提升。 相似文献
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中国真棒恙螨属一新种:蜱螨亚纲:恙螨科 总被引:1,自引:0,他引:1
潍坊真棒恙螨,新种Euschōengastia weifangensis sp.nov.采自山东省潍坊地区褐家鼠Ratius norvegicus 的耳壳。正模♀保存于山东中医学院寄生虫学教研室。 相似文献
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JACK W. KENT JR yUEH-MEI TENG DIPA DESHPANDE MARy ANN RANKIN 《Physiological Entomology》1997,22(3):231-238
Abstract. The North American migratory grasshopper Melanoplus sanguinipes Fabricius (Orthoptera: Acrididae) exhibits heritable variation in predisposition to make long-duration flights, and performance of long-duration flight enhances reproductive output. As a first step in understanding the physiological basis of these phenomena, we examined the mobilization of lipid and carbohydrate reserves during flight and in response to injection of extracts of the corpora cardiaca. Extract of conspecific corpora cardiaca elevates the concentration of haemolymph lipid. Both synthetic locust adipokinetic hormone I (AKH I) and synthetic Locusta migratoria AKH II raise the concentration of lipid in the haemolymph. However, although AKH I is more active than AKH II in locusts, dose-response curves for the two peptides are similar in M.sanguinipes. Neither extract of conspecific corpora cardiaca nor locust AKH I affects haemolymph carbohydrate in this species. Haemolymph carbohydrate and total glycogen reserves are Diminished by tethered flight; in contrast, haemolymph lipid is elevated by flight. Grasshoppers identified as presumptive migrants or non-migrants do not differ significantly in body composition. Total lipid reserves did not decrease measurably after extended flight, even though total reserves of carbohydrate do not appear to be sufficient to maintain the durations of flight performed. 相似文献
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