MELAS和MERRF综合征相关mtDNA突变位点检测集成芯片的建立

摘要: 文中建立了一种新型的寡核苷酸芯片, 用于线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作(Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes, MELAS)和肌阵挛性癫痫伴发不规整红纤维(Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, MERRF)线粒体DNA所有已知突变位点的集成检测。将31对allele位点特异性的寡核苷酸探针包被在醛基修饰的载玻片表面, 以多重不对称PCR方法制备Cy5荧光标记靶基因。利用此芯片对5例MELAS患者、5例MERRF患者及20例健康对照进行筛查, 结果发现, MELAS患者均为MT-T1基因A3243G突变; 在MERRF患者组, MT-TK基因A8344G突变4例, T8356C突变1例; 健康对照组均未发现31种相关mtDNA突变。芯片检测与DNA测序结果完全一致。结果表明, 这种寡核苷酸芯片可以对MELAS和MERRF综合征已知突变位点进行同步快速检测, 具有较高的灵敏度和特异性。这一模式的基因芯片经过适当改装后也可用于其他人类线粒体疾病的基因诊断。     

大白猪和通城猪全基因组选择性清扫分析

长期的人工选择使猪的生产性能得到显著提高,与选择相关的基因组区域也随之发生特定遗传变异表征(选择信号)。不同类型品种所受到选择强度不一,选择信号亦不相同,选择性清扫分析已逐渐成为选择信号的主要检测手段。文章基于商用型大白猪(n=45)和地方猪品种通城猪(n=45)的猪60K SNP芯片分型数据,借助遗传分化系数Fst法进行选择信号检测分析。利用gPLINK软件设定质控标准,共计34 304个SNPs被筛选出用于统计分析。使用Genepop软件包计算两个猪品种之间的遗传分化参数Fst,所得Fst平均值为0.3209。选取Fst>0.7036(即占总Fst值数目的 1%),共计344个SNPs被选择出来。SNP位置注释显示这些位点涉及到79个候选基因(Sus scrofa Build 9)。利用在线软件Ingenuity Pathway Analysis对候选基因的生物学通路进行网络分析,发现它们多与生长繁殖及免疫应答有关,如NCOA6、ERBB4、RUNX2和APOB等基因。研究结果为进行猪产肉、抗病等性状候选基因和致因突变深入挖掘提供了有益参考。     

RNA原位杂交技术的一些应用技巧

目的:检测基因在动物组织或细胞中的时空表达模式。方法:转录反义RNA探针;利用RNA原位杂交技术检测人和小鼠牙原基中若干基因的表达。结果与结论:通过优化条件,转录出完整的反义RNA探针,并成功地利用RNA原位杂交技术在组织中检测到基因的表达;分析了一些在RNA原位杂交的过程中可能碰到的问题及其解决方法。     

人工林赤腹松鼠危害程度与生境因子的关系研究

2009年3～6月,采用样方法对四川省洪雅县人工林赤腹松鼠危害相关的生境因子进行了调查。共设置了240个样方。样方调查中记录了2个反应危害等级的变量(危害株数和乔木总数)和11个生境变量(森林类型、海拔、坡向、坡度、坡位、距最近道路距离、距最近水源距离、乔木均高、乔木平均胸围、灌木盖度和草本盖度)。通过广义线性模型研究这些因子与人工林赤腹松鼠危害程度的关系。结果显示,赤腹松鼠危害程度与森林类型、坡度、坡向、乔木平均胸围呈显著性相关,与其他因子无显著相关性,在柳杉-杉木林中的危害高于纯柳杉林,在阴坡的危害低于其他坡向,危害程度随坡度和乔木平均胸围的增加而增加。     

氰戊菊酯在茶叶和茶汤中的残留动态及最大残留限量评价

在生长均匀的茶园喷施氰戊菊酯(fenvalerate),采摘施药后2 h和1 h、2 h、3 h、5 h、7 h、9 h、14 h、21天的茶树鲜叶加工成绿茶,用气相色谱法测定成茶、茶汤和茶渣中反式氰戊菊酯和顺式氰戊菊酯的含量,研究了氰戊菊酯在成茶、茶汤中的残留动态。结果表明:反式氰戊菊酯和顺式氰戊菊酯在成茶中的残留水平随施药间隔天数的增加呈下降趋势,20 mL/667 m2施药剂量下,分别由施药当天2 h的9.40 mg/kg和17.51 mg/kg减小到第21天的1.07 mg/kg和1.53 mg/kg,消解幅度为88.62%和91.26%,40 mL/667 m2施药剂量下,分别由施药当天2 h的20.37 mg/kg和38.67 mg/kg减小到第21天的1.94 mg/kg和3.06 mg/kg,消解幅度为90.49%和92.09%。茶汤中氰戊菊酯含量(y)与成茶中氰戊菊酯含量(x)呈二项式函数关系,反式氰戊菊酯的函数关系为y=-0.0007x2 0.0242x,顺式氰戊菊酯的函数关系为y=-0.0002x2 0.0114x。按我国标准饮茶摄入的氰戊菊酯占每日允许摄入量的0.049%,足以达到保护人体健康水平的要求。而按欧盟的标准,饮茶摄入的氰戊菊酯占每日允许摄入量的0.0019%,即在10-5水平上,这样的风险水平已接近对非阈效应化学物质的风险控制水平(10-6)。     

血清S-100B蛋白和NSE含量变化评估脑损伤程度的意义

目的探讨颅脑损伤后血清S-100B蛋白、神经元特异性烯醇化酶(NSE)水平变化及其在损伤程度的临床意义。方法采用酶联免疫测定法检测90例颅脑损伤患者入院时及入院后6、12、24h和3、7天血清S-100B蛋白、NSE水平,并分析其与颅脑损伤严重程度的关系。同时选择30例健康体检者作为对照组进行比较分析。结果颅脑损伤后血清S-100B蛋白、NSE水平较对照组明显升高(P0.05或P0.01);重型组患者的血清S-100B蛋白和NSE水平明显高于轻、中型组患者(P0.05或P0.01);动态检测结果显示,血清S-100B蛋白在伤后12h达峰值(P0.05),NSE含量在伤后24h达峰值(P0.05),然后缓慢下降。GCS评分与S-100B、NSE浓度呈负相关(分别为r=-0.814,P0.01;r=-0.726,P0.05)。结论颅脑损伤后血清S-100B蛋白、NSE水平升高,其与脑损伤程度有较好的相关性,2种标记物水平对颅脑损伤程度有较高的评估价值。     

β-TCP支架体外构建组织工程骨及其流体力学研究

骨髓基质干细胞在β-tricalciumphosphate(β-TCP)支架上分别进行了1、2和4周的三维动态培养,对支架上不同时间和部位的细胞面积/微孔面积及支架动态培养的流体环境进行了研究.研究表明,第1周细胞在支架大部分孔道内粘附生长并出现一定区域的单细胞层和多细胞层,第2周部分区域的部分孔道已填满了细胞并出现多细胞层,第4周大部分孔道几乎填满了细胞,主管道内壁出现了较多的细胞生长.同时发现,支架上各个区域细胞粘附面积不等,部分区域无细胞存在,有的部位2周后细胞逐渐减少.为了研究支架各个位置细胞増殖与流速、剪切应力的关系,建立了支架随机孔道结构的流体分析模型,通过支架上流速和剪切应力分布探讨实验中细胞分布现象的机理.结合计算和实验发现,流体能流到的部位几乎都有细胞生长,细胞生长较快的部位速度大多集中在0.24～0.53mm/s,剪切力大多在0.0050～0.023Pa,主管道底部及靠近进口的部位可能存在由于过大的剪切力影响细胞生长的区域.上述结果在一定程度上反映了细胞-支架-流体三者在成骨转化过程中的作用,对指导体外灌注培养的流量确定、灌注工艺及骨转化动力学研究有重要的意义.     

高通量细菌鉴定方法研究进展

高通量细菌鉴定是微生物领域的重要研究课题,对于疾病诊断和环境监测具有重要意义。相比传统的表型鉴定方法,分子遗传学鉴定方法具有稳定性高、检测周期短以及成本较低等特点,成为了主流的鉴定方法。特别是下一代DNA测序技术、核酸分子检测基础上的细菌检测芯片、质谱技术基础上的蛋白质图谱分析为高通量、快速、准确乃至定量的细菌鉴定提供了可行性方案。     

西双版纳人工雨林群落结构及其林下降雨侵蚀力特征

通过与本地典型的橡胶林和季节雨林进行对比,研究了在橡胶林基础上抚育、恢复而来的人工雨林群落结构及林下降雨侵蚀力特征.通过16a的抚育管理,人工雨林Shannon-Wiener多样性指数达到3.652,接近当地季节雨林的一般情况.对6a的降雨侵蚀力计算发现,人工雨林7月林内降雨侵蚀力达962.2 MJ mm hm-2 h-1 a-1,对旷地降雨侵蚀力的削减量是橡胶林的2.08倍.人工雨林初步重现了类似热带自然雨林的群落结构和叶面积指数特征,能够有效对削减降雨侵蚀力,这有利于林内水土保持和进一步的植被恢复.因此,人工雨林的抚育、恢复模式是热带退化山地地区植被恢复与重建的一条较为可行的途径.