多重检验法在基因芯片研究中鉴定差异表达基因的统计功效

鉴于基因芯片实验的造价,在基因芯片实验设计中,首要考虑的因素是需要多少重复才能检测出一个具有显著差异表达的基因。计算多重检验法要求的重复数（样本大小）或功效可为基因芯片实验设计提供重要的参考。为此,本文基于置换重抽样法构建了一种基因表达噪声混合分布模型。该方法适用各类基因表达数据,即无论是基因表达单噪声源或是多噪声源都可行。应用混合模型和多重检验法并给定统计功效。研究者能在基因芯片实验中获得所需要的最少生物学重复数：或者根据样本大小来确定测定一个显著差异表达的基因所具有的检验功效;或者根据样本大小和统计检验功效,选择最好的统计测验方法。本文以一组在老鼠中与中风有关的3000个基因的基因芯片实验所获得的数据为例,应用该方法拟和后组建了一个单分布模型（即表达单噪声源的分布模型）。根据该模型,我们计算了4种多重检验法在鉴定一个具有表达差异（D）值的基因中所需要的统计功效。结果表明。检测一个小的差异D值,4种多重检验法中B方法的统计功效最低,而BH方法最高。但是,对于鉴定一个具有最大表达差异的基因时,4种方法有相同的鉴定功效。与传统的单个检验法一样,BH方法检测一个小的变化所需要的效率不会随基因数目增加而改变,其他3种多重检验法的检测功效则随基因数目增加而降低。     

冠突散囊菌转录因子stf1基因的克隆及其表达分析

利用RACE技术获得了冠突散囊菌stf1基因的全长DNA序列。该序列全长3 029bp,开放阅读框长度为2 664bp,从114–2 908bp,在253bp处含有一个131bp的内含子,预测编码887个氨基酸。同源分析结果表明该基因与Snd1/p100转录因子同源。应用相对定量SYBR Green I荧光定量PCR技术对stf1基因在不同发育时期的表达量的差异进行了检测。结果表明,这个基因在子囊孢子时期的表达量最高,在分生孢子时期的表达量最低,相比子囊孢子时期下降了1倍。为深入研究冠突散囊菌的产孢调控机制奠定了一定的基础。     

北柴胡根的发育解剖学研究

应用常规石蜡切片方法对北柴胡（Bupleurum chinense DC．）1年生主根的中部和2年生主根的根尖和中部进行了横向与纵向解剖观察,研究根的发育过程,并对其1年生与2年生主根中部的结构进行了比较分析。结果表明,北柴胡根的发育包括原分乍组织、初生分生组织、初生结构和次生生长4个发育阶段。原分生组织由3群原始细胞组成,其细胞具有典型分生组织的细胞学特征;初生分生组织包括根冠原、表皮原、皮层原和中柱原。初生结构由表皮、皮层和中柱组成。初生木质部为二原型。次生生长主要是依靠维管形成层和木栓形成层的活动来完成。其木栓形成层由中柱鞘细胞恢复分裂能力而形成。2年生北柴胡主根的基本结构与1年生的相同,但与1年生的相比,其周皮、次生韧皮部和木质部面积均增加。不同点具体表现在：2年生主根的周皮增厚;分泌道数量增加;次生木质部中木纤维成群分布,在横切面上连接成一个圆环,其维管射线明显。多为多列射线。分泌道主要分布在中柱鞘薄壁组织和次生韧皮部中,均是裂生方式发生,属次生分泌道,初生结构中无分泌道存在。     

鲍姆纤孔菌（桑黄）不同方式发酵的菌丝体生物活性比较

利用液体发酵、木屑固体发酵和米饭固体发酵3种方式培养鲍姆纤孔菌（桑黄）菌丝体,对菌丝体醇提物的体外抗氧化、抗肿瘤和抗衰老生物活性进行了研究。结果表明,木屑固体发酵、液体发酵和米饭固体发酵的菌丝体醇提物清除H2O2自由基的IC50值分别为78.28±0.32、27.73±0.57和7.84±0.37;米饭培养的桑黄菌丝体醇提物在低浓度500μg/mL下对超氧阴离子自由基清除作用到达80%,在相同的浓度下对DPPH自由基清除率也明显高于其他两种方法,表现出较高的抗氧化活性。木屑以及米饭培养方法得到的菌丝体对PC12神经细胞损伤修复均有较好的效果,液体培养的桑黄菌丝体表现的修复作用较低;液体发酵培养的菌丝体醇提物浓度在100μg/mL时,对肿瘤细胞HepG2的抑制率达70%,高于其他两种培养方法的抑制作用。     

野生瓣化型雄性不育胡萝卜‘武野-不育’的特征鉴定与分析

胡萝卜雄性不育材料,在胡萝卜育种中具有重要作用。本研究描述了一种从武汉市洪山区野生胡萝卜材料中获得的野生瓣化型胡萝卜雄性不育材料(‘武野-不育’,简称‘Wuye-BY’)的特征。该野生瓣化型雄性不育胡萝卜特征在于:无明显膨大的肉质根,嫩茎、叶片及其叶柄深绿色,几乎无毛,无花瓣和花药。花萼数量8~10个,花丝数量为0~2个,染色体数目为2n=18。双悬果顶端及其花丝顶端具有大量的蜜液,能接受栽培胡萝卜花粉。杂交F1的根大小、根重,胡萝卜素、总糖和维生素C含量,具有明显优势。     

海洋真菌Fusariumsp.LD8岩藻多糖酶的液态发酵条件研究

通过对海洋真菌Fusariumsp.LD8产岩藻多糖酶发酵培养基组成及工艺条件的研究,得到较优培养基配方为:麸皮5%,海带粉2%,(NH4)2SO40.8%。以人工海水代替蒸馏水,接种量为3%,在恒温振荡器中以180r/min的速度振荡培养,岩藻多糖酶活可达2.10IU/mL。     

沙葱萤叶甲成虫不同夏滞育阶段的转录组分析(英文)

【目的】本研究旨在揭示内蒙古草原新害虫沙葱萤叶甲Galeruca daurica专性夏滞育相关的重要基因以及代谢通路。【方法】应用RNA-Seq技术,对沙葱萤叶甲成虫不同夏滞育阶段［滞育前期(PD)、滞育期(D)及滞育后期(TD)］进行转录组测序、分析及基因功能预测,基于RNA-Seq数据筛选夏滞育不同阶段差异表达基因;利用qPCR对基于RNA-Seq数据筛选的10个差异表达基因的表达水平进行验证。【结果】从9个文库中获得202 770 198 clean reads,将12 078 060条转录本组装获得82 292 条unigene,平均长度为783.59 bp,N50为1 545 bp。沙葱萤叶甲D vs PD和TD vs D 比较组分别有2 395(2 119上调和277下调)和62(59上调和3下调)个差异基因。KEGG分析表明,D vs PD和TD vs D比较组差异表达基因分别显著富集于糖孝解/糖异生通路和脂肪酸生物合成通路;此外,许多与钙离子信号转导相关的基因在滞育期间差异表达。10个差异表达基因的qPCR分析表明,RNA-Seq与qPCR结果高度一致。【结论】糖孝解/糖异生、脂肪酸生物合成及钙离子信号通路可能在沙葱萤叶甲滞育调节中起着重要的作用。本研究为进一步研究沙葱萤叶甲成虫专性夏滞育的分子机理奠定了基础。     

固脾消积饮诱导人肝癌HepG2细胞凋亡的分子机制*

目的: 探讨固脾消积饮对人肝癌细胞HepG2凋亡的分子机制。方法: 将HepG2细胞分为4组:对照组(Control)、空白血清组(Blank)、固脾消积饮血清组(GPXJY)和顺铂组(Positive),每组设置8个复孔。固脾消积饮含药血清和顺铂干预24 h后,检测细胞活性、活细胞数量、细胞凋亡状态、细胞周期以及线粒体膜电位状况,检测细胞的脂质过氧化(MDA)水平、糖酵解速率和凋亡Bax、Bcl-2、Caspase-3蛋白的表达,检测细胞上清液三酰甘油(TG)、胆固醇(TC)、丙酮酸和葡萄糖的含量。结果: 与Control组比较,GPXJY组(细胞的)抑制率增加、细胞数量减少、凋亡阳性细胞数增多(P＜0.01),G1期细胞数目显著增加(P＜0.05),细胞线粒体膜电位降低(P＜0.01),糖酵解功能显著抑制,细胞中MDA水平升高,细胞Bax、Caspase-3的表达升高、Bcl-2的表达下降(P＜0.05,P＜0.01),细胞上清液中TC、TG、葡萄糖含量显著减少、丙酮酸含量显著增加(P＜0.05,P＜0.01)。结论: 固脾消积饮可诱导HepG2细胞发生凋亡,可能对能量代谢发挥作用。     

与链霉菌发育分化有关的启动子——PTH4的调控研究

依赖于天蓝色链霉菌分化关键基因——whiG的发育调控启动子(P_TH4)所控制的下游基因被克隆了,用双脱氧链终止法进行了双链测序.结果表明在1597bp的DNA片段中含有一个完整的开读框架(ORF).在计算机的蛋白文库比较中未找到与该基因产物同源的已知蛋白,可能是一个新的蛋白产物.用基因破坏的策略初步研究了该基因的生物学功能,发现该基因的破坏影响了放线紫红素的产生,即与天蓝色链霉菌放线紫红素的生物合成有关.这进一步证明启动子——P_TH4在链霉菌分化中的多级调控作用.     

链霉菌分化调控启动子——PTH4和PTH270的体内转录研究

天蓝色链霉菌分化调控启动子P_TH4和P_TH270被分别亚克隆到链霉菌启动子探针载体pIJ4083后,构建的重组质粒被命名为pIJ4470和pIJ4471.当pIJ4470和pIJ4471转化天蓝色链霉菌的白色分化阻断突变株(C85,C70,C71,C17和C119)后,通过pIJ4083上儿茶酚加氧酶报告基因的表达可知启动子的活性.从构建的重组菌株中进行了总RNA的提取.用同位素标记P_TH4和P_TH270的5’-端制备成了探针,以不同来源的RNA为模板与制备的探针分别进行了DNA-RNA杂交.S1 mapping的结果表明,来自C85/pIJ4470,C85/pIJ4471,C70/pIJ4470,C70/pIJ4471及C17/pIJ4470,C17/pIJ4471菌株的RNA杂交后都给出了较强的阳性杂交信号,而来自C71/pIJ4470,C71/pIJ4471菌株的RNA杂交未出现阳性信号,来自C119/pIJ4470与C119/pIJ4471菌株的RNA杂交后有弱的信号.上述结果表明启动子P_TH4和P_TH270的转录依赖于链霉菌分化关键基因whiG,部分依赖于分化基因whiH,而不依赖于分化基因whiA,whiB及whiI.