利用肠道菌群的分布和16S DNA序列研究鲤科肠道菌系统演化关系

肠道微生物与寄主具有复杂的、多方面的相互依存效应,这种依存效应所产生的共生关系或协同进化关系既可反映寄主间的系统演化关系,也可显示肠道微生物间的系统演化关系,共生关系或协同进化关系是由于寄主与肠道微生物两者之间存在着相互自然选择作用所形成的,在长期的进化历程中逐步发生的共生关系信息很可能被记录在DNA序列中。本文通过检测鲤鱼科8种鱼中9种肠道菌群的分布含量对这9种菌群进行分析,且利用从GenBank调取这9种肠道细菌菌属的43个种或亚种的16S DNA序列的构建NJ树和MP树,将这6个科9个属43个种或亚种分为革兰氏阴性和革兰氏阳性两大类群（一级分枝）。在这两类群中,又以科为单位分为6个亚类群（二级分枝）,而肠杆菌科中则以属为单位分为4个小类群（三级分枝）,此外球状菌与杆状菌也能截然分开。将16S DNA的NJ树隐去所有的种,以属为单位所得到的以分枝形式的无根树在拓扑结构上与菌群分布含量（寄主范围）所构建的无根树相近,但芽孢杆菌在两种无根树的位置中有较大的差异。如果提高检测水平,扩大所检测的寄主对象,这种差异有可能消除。 Abstract:There is a complex- and multi-effect for interdependent survival between intestinal- microorganisms and hosts.The symbiosis or coevolution that results from this effect for interdependent survival is used to reveal the phylogenies of hosts as well as intestinal microorganisms.The symbiosis or coevolution between intestinal microorganisms and hosts has been generated by interactive natural selection occurred between them.The symbiosis information that has been formed by interactive natural selection during a long evolutionary process must be recorded in DNA sequences.According to this point of view,we analyzed the phylogeny of 9 intestinal bacteria genera using their contents in intestines of 8 Cyrinidate species.At the same time,we fetched the 16S rRNA gene DNA sequences of 43 intestinal bacteria species being included in these nine genera of six intestinal families from GeneBank and constructed phylogenetic trees by NJ and MP methods.The NJ tree and MP tree have the same topologic configuration and are identical with the classical phylogenetic tree.Both the trees of 16S rRNA gene separated 43 bacteria species into gram-negative bacteria group and the gram-positive bacteria group,which are the first branches.Each of the first branches (groups) made again 6 subbranches (subgroups) where each subbranch is a family.Especially,the subbranch (subgroup) of enterobacteriaceace made again four small branches as genus taxon.This tree also shows that bacilliform bacterium is distinct from each other in the NJ and MP trees.After all species on the tree are merged,the topological configuration of the unrooted tree of 16S gene is closed to that of the host range unrooted tree.However,the position of bacillus is greatly changed on both the unrooted trees.The difference can be found if we increase the examination level and extend the hosts examed.     

基于公共数据库信息对中国野生香菇种质资源地理分布的再分析

本文基于野生香菇资源的文献以及公共数据库中的序列信息,调查了香菇在我国以及世界范围内的地理分布,同时利用ITS序列进行了遗传多样性分析。结果显示香菇在我国的21个省市有分布,其中对云南、四川和湖北等省香菇资源的研究最为密集。不同菌株的聚类与地域来源有一定的相关性,进一步通过多样性分析显示我国野生香菇的多样性中心分布于西北和西南地区。本文有助于指导我们进行香菇野生资源的调查,进一步挖掘香菇种质资源的多样性。     

向日葵茎芯多糖的提取工艺优化及其体外抗肿瘤活性研究

研究了向日葵茎芯中主要活性物质多糖的提取工艺,并对此工艺进行了优化,选取的提取方法为水提醇沉法,以多糖含量作为指标,采用单因素试验研究了提取次数、原料颗粒的大小（目数）、料液比、提取时间、提取温度对向日葵茎芯多糖含量的影响。用苯酚-硫酸法测定提取液中多糖的含量,得出向日葵茎芯中多糖的最佳提取工艺条件为：提取次数2次,原料颗粒的大小（目数）60~80目,料液比（g·mL^-1）1：50,提取时间3.0 h,提取温度90℃,在最优提取条件下,多糖的提取得率为6.56%,多糖的含量为266.03 mg·g^-1。本文也对多糖的体外抗肿瘤活性进行了研究,结果表明向日葵茎芯多糖的体外抗肿瘤活性较弱。这些条件的确定为向日葵茎芯的深入研究奠定了基础。     

黑线仓鼠的BMR个体差异及其应对高脂食物的能量学对策

为探讨高脂食物对小型哺乳动物能量代谢的影响及其与基础代谢率(Basal metabolic rate, BMR)的关系,将成年雌性黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)分为高、低BMR组,每组再随机分为低脂、高脂食物组,驯化6周后,测定体重、摄入能和代谢率,以及消化酶活力、褐色脂肪组织(Brown adipose tissue, BAT)和主要内脏器官与肌肉的细胞色素c氧化酶(Cytochrome c oxidase, COX)活性、解偶联蛋白(Uncoupling protein, UCP) mRNA表达等。结果显示,高脂食物对高、低BMR组动物体重均无显著影响。与低脂食物组相比,高脂食物组的摄食量、摄入能和消化能显著下降,小肠脂肪酶活力显著增强,消化率明显增加,但高、低BMR组的组间差异不显著。夜间代谢水平显著高于昼间,高脂食物使高BMR组的夜间代谢率显著升高。BAT、肌肉和内脏器官COX活性不受高脂食物的影响,高、低BMR组的组间差异也不显著。高脂食物组仅肝脏UCP2表达显著上调。结果表明,能量摄入和消化系统形态及功能的可塑性调节是黑线仓鼠应对高脂食物的主要策略;黑线仓鼠的代谢率具有显著的昼夜节律,既受高脂食物的影响,也与动物自身的BMR水平有关,但UCP表达具有组织特异性,这可能不是导致BMR个体差异的因素。     

高良姜等五味山姜属中药乙酸乙酯部位的HPLC指纹图谱

以95%乙醇作为提取的溶媒,将加热回流提取得到的提取液水浴挥干得到浸膏,并用甲醇配制成1 mg·m L~(-1)供试液。采用phenomenex-C18(250 mm×4.6 mm,5μm)色谱柱,流动相为乙腈-0.1%磷酸水溶液,梯度洗脱,流速为1.0 m L·min~(-1),柱温为30℃,检测波长为260 nm HPLC色谱法测定,采用国家药典委员会相似度评价软件进行分析。结果表明:建立了精密度、稳定性和重现性均较好的5味山姜属中药乙酸乙酯部位HPLC指纹图谱,确定了9个共有峰,6个强峰;其中高良姜、大高良姜含有5个共有峰,高良姜和草豆蔻含有3个共有峰,大高良姜和红豆蔻含有2个共有峰,高良姜和益智含有3个共有峰。对5味山姜属中药乙酸乙酯部位化学成分进行相似度分析,得出其相似度分别为0.955、0.805、0.371、0.794、0.345。所建立的5味山姜属中药乙酸乙酯部位的指纹图谱方法稳定、简便、可靠,其特征峰所代表的化学成分的相似性不尽相同,高良姜、大高良姜、草豆蔻的相似性较大,红豆蔻、益智的相似性较小,说明同基原中药之间的化学成分有一定的相关性。该研究结果为探讨山姜属中药亲缘关系与化学成分相关性提供了思路与基础。     

融合位置特征与序列进化信息的磷酸化位点预测

磷酸化是蛋白质翻译后的主要修饰,可分为激酶特异性和非激酶特异性两种类型．以非激酶特异性磷酸化位点Dou数据集为基础,本文发展了一种基于位置的卡方差表特征χ²-pos,融合伪氨基酸序列进化信息PsePSSM表征序列,构建正负样本均衡的支持向量机分类器,S, T, Y独立测试Matthew相关系数、ROC曲线下面积分及准确率分别达到了(0.59、0.87、79.74%),(0.55、0.85、77.68%)和(0.50、0.81、75.22%),明显优于文献报道结果． χ²-pos、PsePSSM两种特征的融合在蛋白质磷酸化位点预测中有广泛应用前景．     

高糖通过诱导HT22细胞衰老和凋亡抑制细胞生长

目的探讨高糖(High glucose,HG)对小鼠海马神经元细胞HT22细胞的生长抑制作用,分析其是否通过HG诱导细胞衰老以及凋亡而实现。方法采用台盼蓝染色计数法检测细胞生长状况并绘制生长曲线,β-半乳糖苷酶(Senescence associated acidic-β-galactosidas,SA-β-Gal)染色法检测衰老的HT22细胞,Hoechst 33258染色法检测HT22细胞凋亡形态。结果(1)HG(13.5、27、40.5mg/ml,48h)能显著抑制HT22细胞生长(P0.05,P0.01);(2)HG(13.5、27、40.5mg/ml)处理48h可明显诱导SA-β-Gal染色阳性率增加(P0.001);(3)HG(13.5、27、40.5mg/ml,48h)能诱导HT22细胞发生凋亡(P0.001),且呈浓度依赖性。结论 HG可通过诱导HT22细胞衰老和凋亡而抑制HT22细胞生长。     

富硒益生菌的功效研究进展

硒是人体必需的微量元素,对人体健康有重要作用。益生菌能够将硒元素转化为有机硒,降低硒的毒性,同时硒又提高了益生菌的生物活性,富硒益生菌具备了硒和益生菌的双重功效。本文主要综述了近年来富硒益生菌的功效,如抗氧化、抑制有害菌、调节肠道菌群、抗癌等。     

大猿叶虫滞育品系和非滞育品系交配行为的比较

大猿叶虫Colaphellus bowringi Blay是一种重要的十字花科蔬菜害虫,以成虫越冬和越夏。明确大猿叶虫非滞育品系生殖力下降的现象是否与交配行为的改变相关,将促进该非滞育品系在滞育遗传、滞育调控分子机制研究中的应用。本研究在25℃和L∶D=12∶12 h条件下,测定了大猿叶虫滞育品系和非滞育品系的交配节律、交配持续时间和交配频次。结果表明,大猿叶虫滞育品系和非滞育品系交配高峰均出现在光期开始后2 h,非滞育品系的交配比率显著低于滞育品系。滞育品系和非滞育品系第1次交配持续时间无显著差异,分别为122.7±7.4 min和100.1±10.2 min;但非滞育品系的总交配持续时间显著低于滞育品系。非滞育品系的交配频次为2.2±0.3次,显著低于滞育品系的3.8±0.5次。滞育品系和非滞育品系交配行为的比较发现,大猿叶虫非滞育品系生殖力降低与其交配比率下降、交配持续时间缩短和交配频次减少显著相关,本研究为进一步利用非滞育品系为材料解析滞育遗传、滞育调控机制奠定了基础。     

九香虫血淋巴对肿瘤细胞凋亡相关蛋白表达的影响

探索九香虫血淋巴诱导肿瘤细胞凋亡的作用通路。利用Bradford法检测九香虫血淋巴浓度并将其作用于体外培养的人乳腺癌MCF-7细胞、人胃癌SGC-7901细胞,Western blot法检测经九香虫血淋巴干预后肿瘤细胞凋亡相关蛋白Caspase-3、Caspase-8、Caspase-9、Bcl-2、Bax等的表达。结果显示,九香虫血淋巴作用的SGC-7901、MCF-7细胞中Caspase-3、Caspase-9、Bax蛋白的表达较对照组细胞明显上调;两种细胞的Bcl-2蛋白,较对照组细胞表达明显下调;两种细胞的Caspase-8蛋白,较对照组细胞表达无明显差异。结果表明,经九香虫血淋巴诱导的SGC-7901、MCF-7细胞可能通过触发其线粒体凋亡途径使肿瘤细胞发生不可逆的凋亡。