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11.
基于高通量测序技术的微生物检测数据分析方法 总被引:1,自引:0,他引:1
高通量测序技术的发展正在逐渐改变诸多生物学领域的研究方法.为应对突发疫情以及新发未知微生物威胁的需求,微生物鉴定技术逐渐从传统的物理化学方法及核酸杂交等分子水平方法进一步走向利用无需培养的测序数据进行快速分析检测.随之而来的是对高通量数据分析在精度及速度的要求.基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法在近些年得到了快速的发展.本文分析了目前基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法,对其数据分析的处理流程和计算方法进行了研究,比较了各个微生物检测数据分析方法的特点及适用场景.最后结合本实验室工作总结微生物检测数据分析方法在实际应用中可能遇到的问题,希望对该应用领域的研究有一定的参考意义. 相似文献
12.
ε-聚赖氨酸生产菌株Streptomyces albulus PD-1可合成一种新型非蛋白质氨基酸均聚物聚二氨基丙酸,采用离子交换层析和反向色谱,对聚二氨基丙酸的分离纯化进行研究。离子交换层析柱选用DEAE-Sepharose Fast Flow填料,50 mmol/L磷酸盐缓冲液(p H 7.5)平衡上样,含0.5 mol/L Na Cl的磷酸盐缓冲液(p H 7.5)洗脱,收集洗脱液用分子筛Sephadex G-25除去磷酸盐缓冲液。然后用C18反相色谱进一步纯化,流动相为V(甲醇)/V(0.1%磷酸)=5/95。经过离子交换层析和反向色谱,纯化得到聚二氨基丙酸纯品,回收率为39.8%,样品纯度达98.4%,为后续的聚二氨基丙酸的深入研究奠定基础。 相似文献
13.
为了更好地对脱氧核糖核酸酶解动力学过程进行研究,建立脱氧核糖核酸(DNA)酶解液中4种脱氧核苷酸(腺嘌呤脱氧核苷酸(dAMP)、鸟嘌呤脱氧核苷酸(dGMP)、胞嘧啶脱氧核苷酸(dCMP)、胸腺嘧啶脱氧核苷酸(dTMP))的高效液相测定方法,能将酶解液中4种脱氧核苷酸完全分离并准确定量。在此基础上,对DNA酶解的动力学进行初步研究,其反应机理为不存在底物和产物抑制的双底物顺序反应,动力学方程为x=1/bin(1+abt)(其中a=0.3723p0—0.974;b=-0.0493p0^2+1.1150p0-1.1103),该方程可以很好地描述DNA酶解过程,误差仅为3.31%. 相似文献
14.
热激蛋白90在植物发育和疾病抗性中的作用 总被引:3,自引:0,他引:3
相对分子质量90000的热激蛋白(heatshock protein,HSP90)是真核细胞必需的分子伴侣。拟南芥中HSP90有7个成员,其中AtHSP90-1、AtHSP90-2、AtHSP90-3和AtHSP90-4组成细胞质亚族;AtHSP90-5、AtHSP90-6、AtHSP90-7分别位于叶绿体、线粒体和内质网。HSP90分子伴侣复合物在植物发育和对外部刺激应答中非常重要,尤其是在抗性(resistance R)蛋白介导的抵抗病毒侵入的过程中起重要作用。 相似文献
15.
目的研究医院感染多重耐药革兰阴性杆菌耐消毒剂基因qac E△1-sul1存在情况。方法采用聚合酶链反应(PCR)技术检测qac E△1-sul1基因。结果 201株多重耐药革兰阴性杆菌对阿莫西林和头孢类等抗菌药物多数耐药率均达到50%以上,但对碳青霉烯类仍高度敏感。qac E△1-sul1基因的总检出率为40.80%,其中产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌、产ESBLs肺炎克雷伯菌、多重耐药鲍曼不动杆菌、多重耐药的铜绿假单胞菌qac E△1-sul1检出率分别为34.78%、44.23%、58.91%和31.25%。结论医院感染患者临床分离多重耐药革兰阴性杆菌耐消毒剂基因qac E△1-sul1携带率较高,加强多重耐药革兰阴性杆菌对消毒剂耐药性的监测,对临床合理使用消毒剂具有重要意义。 相似文献
16.
外源突变基因AGM3过表达对烟草开花的抑制和花器官发育的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
为了解AGM3基因在异源植物中对开花及花器官发育的影响,采用农杆菌介导法将dominant negative mutation(DNM)结构基因35S-AGM3-E9导入烟草(Nicotiana tabacum),经PCR和Southern检测获得了一批阳性转化植株.荧光定量分析结果显示,AGM3在各个转基因株系中均有... 相似文献
17.
18.
BackgroundInsulin-like growth factor 2 (IGF2), an essential component of the stem cell niche, has been reported to modulate the proliferation and differentiation of stem cells. Previously, a continuous expression of IGF2 in tissues was reported to maintain the self-renewal ability of several types of stem cells. Therefore, in this study, we investigated the expression of IGF2 in adipose tissues and explored the effects of IGF2 on adipose-derived stromal cells (ADSCs) in vitro.MethodsThe expression pattern of IGF2 in rat adipose tissues was determined by gene expression and protein analyses. The effect of IGF2 on proliferation, stemness-related marker expression and adipogenic and osteogenic differentiation was systematically investigated. Furthermore, antagonists of IGF2-specific receptors—namely, BMS-754807 and picropodophyllin—were added to explore the underlying signal transduction mechanisms.ResultsIGF2 levels displayed a tendency to decrease with age in rat adipose tissues. After the addition of IGF2, isolated ADSCs displayed higher proliferation and expression of the stemness-related markers NANOG, OCT4 and SOX2 and greater differentiation potential to adipocytes and osteoblasts. Additionally, both type 1 insulin-like growth factor receptor (IGF-1R) and insulin receptor (IR) participated in the IGF2-mediated promotion of stemness in ADSCs.ConclusionsOur findings indicate that IGF2 could enhance the stemness of rat ADSCs via IGF-1R and IR and may highlight an effective method for the expansion of ADSCs for clinical application. 相似文献
19.
20.
Microbial Community in Black Rust Exposed to Hot Ridge Flank Crustal Fluids 总被引:1,自引:0,他引:1 下载免费PDF全文
Satoshi Nakagawa Fumio Inagaki Yohey Suzuki Bjrn Olav Steinsbu Mark Alexander Lever Ken Takai Bert Engelen Yoshihiko Sako Charles Geoffrey Wheat Koki Horikoshi Integrated Ocean Drilling Program Expedition Scientists 《Applied microbiology》2006,72(10):6789-6799
During Integrated Ocean Drilling Program Expedition 301, we obtained a sample of black rust from a circulation obviation retrofit kit (CORK) observatory at a borehole on the eastern flank of Juan de Fuca Ridge. Due to overpressure, the CORK had failed to seal the borehole. Hot fluids from oceanic crust had discharged to the overlying bottom seawater and resulted in the formation of black rust analogous to a hydrothermal chimney deposit. Both culture-dependent and culture-independent analyses indicated that the black-rust-associated community differed from communities reported from other microbial habitats, including hydrothermal vents at seafloor spreading centers, while it shared phylotypes with communities previously detected in crustal fluids from the same borehole. The most frequently retrieved sequences of bacterial and archaeal 16S rRNA genes were related to the genera Ammonifex and Methanothermococcus, respectively. Most phylotypes, including phylotypes previously detected in crustal fluids, were isolated in pure culture, and their metabolic traits were determined. Quantification of the dissimilatory sulfite reductase (dsrAB) genes, together with stable sulfur isotopic and electron microscopic analyses, strongly suggested the prevalence of sulfate reduction, potentially by the Ammonifex group of bacteria. Stable carbon isotopic analyses suggested that the bulk of the microbial community was trophically reliant upon photosynthesis-derived organic matter. This report provides important insights into the phylogenetic, physiological, and trophic characteristics of subseafloor microbial ecosystems in warm ridge flank crusts. 相似文献