基于质谱技术筛选差异表达蛋白的统计学策略研究进展

随着质谱技术的快速发展,蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点,寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要.因此,如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一.目前,针对该问题的研究方法众多,但这些方法策略的适用范围不尽相同.总体来说,基于质谱技术筛选差异蛋白的统计学策略可以分为3类:基于经典统计学派的策略、基于贝叶斯学派的统计检验策略和其他策略,这3类方法有各自的应用范围、特点及不足.此外,筛选过程还将产生部分假阳性结果,可以采用其他方法对差异表达蛋白的质量进行控制,以提高统计检验结果的可靠性.     

人工抚育措施对油松林生长及结构特征的影响

研究了人工抚育年后油松林的生长状况、群落组织和结构.结果表明,不同人工抚育措施的油松林平均胸径、树高、冠幅均有极显著差异(P＜0.01),采取抚育措施的两个样地间的油松胸径和冠幅差异均达到显著水平,其中既打枝又间伐的油松林的胸径(7.8±0.29cm)、树高(5.5±0.09m)和平均冠幅(249±7.24cm)最大,未打枝和间伐的油松林最大;随着人工抚育措施加强,单株油松的平均新叶、老叶和枝的生物量逐渐增加,达到极显著水平(P＜0.01);在不同抚育措施下,既打枝又间伐的油松林地上生物量最大(44.0t·hm^-2)、未打枝和间伐油松林地上生物量最大(14.9t·hm^-2);油松新叶和老叶长度的差异性显著;油松的比叶面积在生长初期(5月和月)和末期(9月)差异性显著;人工抚育措施增加了林下植被的种类数量和盖度.     

大肠杆菌tktA基因的克隆表达

tktA是芳香族氨基酸生物合成共同途径的关键酶基因之一,在大肠杆菌中,tktA编码转酮酶A,在磷酸戊糖途径生成4－磷酸赤藓糖中起主要作用。采用PCR方法从大肠杆菌K－12株中扩增到tktA,并实现了高效表达,tktA活性提高了3．9倍,并且使芳香族氨基酸生物合成共同途径中关键中间产物DAHP的产量有所提高。     

微波辅助提取荷叶生物碱条件的优化

对荷叶中主要生理活性物质生物碱的提取条件进行了初步研究,以稀盐酸水为溶剂结合微波照射浸渍提取,获得了较优化的提取工艺,即用pH2.5 HCl、微波辅助处理2.5 min、固液比1:40、提取温度90℃、提取时间3 h,可得荷叶生物碱量172.63μg.g-1。     

CD8 T-cell activation in mice injected with a plasmid DNA vaccine encoding AMA-1 of the reemerging Korean Plasmodium vivax

Relatively little has been studied on the AMA-1 vaccine against Plasmodium vivax and on the plasmid DNA vaccine encoding P. vivax AMA-1 (PvAMA-1). In the present study, a plasmid DNA vaccine encoding AMA-1 of the reemerging Korean P. vivax has been constructed and a preliminary study was done on its cellular immunogenicity to recipient BALB/c mice. The PvAMA-1 gene was cloned and expressed in the plasmid vector UBpcAMA-1, and a protein band of approximately 56.8 kDa was obtained from the transfected COS7 cells. BALB/c mice were immunized intramuscularly or using a gene gun 4 times with the vaccine, and the proportions of splenic T-cell subsets were examined by fluorocytometry at week 2 after the last injection. The spleen cells from intramuscularly injected mice revealed no significant changes in the proportions of CD8(+) T-cells and CD4(+) T-cells. However, in mice immunized using a gene gun, significantly higher (P<0.05) proportions of CD8(+) cells were observed compared to UB vector-injected control mice. The results indicated that cellular immunogenicity of the plasmid DNA vaccine encoding AMA-1 of the reemerging Korean P. vivax was weak when it was injected intramuscularly; however, a promising effect was observed using the gene gun injection technique.     

高通量测序探究啮食聚苯乙烯泡沫塑料黄粉虫的肠道菌群结构

【目的】塑料废物处理是世界环境难题,近期有研究报道黄粉虫可啮食聚苯乙烯泡沫塑料,肠道细菌可能在黄粉虫生物降解塑料的过程中起重要作用。本文以啮食聚苯乙烯泡沫塑料的黄粉虫幼虫(Tenebrio molitor)为材料,探究其肠道细菌的多样性和细菌群落组成。【方法】分别以聚苯乙烯泡沫塑料(聚苯乙烯组)和纸片(对照组)为唯一食物来源喂养黄粉虫幼虫,在90 d后采集粪便样品,对16S r RNA基因V3-V4区进行PCR扩增和高通量测序,并以PICRUSt进行肠道菌群的功能预测。【结果】饲喂期间,两组黄粉虫均正常存活,部分幼虫完成变态发育。泡沫塑料有明显的减重。样本测序共得到144 258条有效序列,179个OTU,共涉及10个门111个属。其中,聚苯乙烯组黄粉虫的肠道细菌在属水平高丰度的是Alcaligenes(35.9%)、Brevundimonas(12.3%)、Myroides(10.3%)。基于16S r RNA基因序列的功能预测表明,在聚苯乙烯组中,芳香类化合物的降解基因被明显富集。【结论】高通量测序揭示了啮食聚苯乙烯泡沫塑料的黄粉虫肠道菌群的多样性,这对从黄粉虫肠道中分离高效降解聚苯乙烯的细菌具有指导意义。     

长柄水青冈幼苗根系构型及动态变化

长柄水青冈（Fagus longipetiolata）是我国亚热带山地林的重要组成树种,本研究在温室中用河砂培养长柄水青冈幼苗,采用直接测量法研究了长柄水青冈的根系构型。结果表明,生长50 d的长柄水青冈幼苗的根系呈倒圆锥形,根宽小于根深;基根平均生长角度较小,基根的向地性小;一级侧根与主根的夹角从根系上部至下部逐渐变小;二级侧根首先发生于根系的中下部,然后其发生范围向根系上、下部扩展。虽然长柄水青冈幼苗根系构型存在较大的个体差异性,但一级侧根与主根的夹角则具有较好的稳定性。研究揭示了实验条件下长柄水青冈幼苗的根系构型及其在幼苗建成过程中的生长变化规律,为长柄水青冈的进一步研究提供科学依据。     

抗禽流感病毒多表位DNA疫苗的构建及其免疫效力研究

多表位DNA疫苗是建立在常规DNA疫苗基础上的一种新型疫苗。它是用表位作免疫原,这样就比较容易在一个表达载体上克隆病原体的多个抗原基因中具有免疫活性的部分。本试验以H5N1亚型禽流感病毒的HA和NP基因及其表位为基础构建了4个重组质粒：1 pIRES/HA（表达全长的HA基因）;2 pIRES/tHA（只表达HA基因的主要抗原表位区）;3 pIRES/tHANpep（融合表达HA基因的抗原表位区和NP基因的3个CTL表位）;4 pIRES/tHANpep-IFN-γ（用鸡的IFN-γ基因取代质粒pIRES/tHANpep中的neo基因）。分别用这4个重组质粒和空载体质粒pIRES1neo肌注免疫30日龄SPF鸡。免疫3次,间隔为2周,每次每只鸡的剂量为200μg。第3次免疫后两周以高致病性禽流感病毒H5N1强毒攻击,免疫及攻毒前后均采血检测HI抗体效价和外周血CD4⁺、CD8⁺T细胞的变化。结果发现,攻毒前各质粒免疫组均检测不到HI抗体,攻毒后1周存活鸡HI抗体效价迅速升高到64～256。流式细胞仪检测显示外周血CD4⁺、CD8⁺T细胞在疫苗免疫后都有不同程度的升高。空载体质粒对照组鸡（10只）在攻毒后3～8 d内全部死亡,其他各重组质粒免疫组鸡都获得了部分保护,保护率分别是：pIRES/HA组为545%（6/11）,pIRES/tHA组为30%（3/10）,pIRES/tHANPep组为36.3%（4/11）, pIRES/tHANPepIFNγ组为50%（5/10）。这些结果表明我们构建的多表位DNA疫苗能够诱导机体产生特异性免疫应答,并在同型禽流感强毒攻击时对鸡只提供了一定的保护。     

雄性棉铃虫和烟青虫对雌性信息素的触角电生理反应

利用触角电位图(Electroantennogram,EAG)技术,比较研究了二近缘种棉铃虫、烟青虫对其性信息素主要成分Z—11—16：Ald、Z—9—16：Ald的触角电生理反应。剂量反应曲线表明,对Z—11—16：Ald,棉铃虫和烟青虫均有明显的EAG反应,且随浓度的增加而增强,但棉铃虫比烟青虫的反应较强;对Z—9—16：Ald,烟青虫有很强的EAG反应,棉铃虫的反应则很弱;对Z—11—16：Ald和Z—9—16：Ald以97：3和7：93比例形成的混合物,棉铃虫、烟青虫均有EAG反应,但二者之间没有显著差异[动物学报49(6)：795～799,2003]。