缺氧诱导因子-1的调控及其转录后修饰(英文)

缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)是一种异源二聚体转录因子,由结构表达型β亚基和氧调节型α亚基组成。在低氧环境下,HIF-1调控一系列促进细胞成活的基因,这些基因涉及血管生成、铁代谢、葡萄糖代谢和细胞增殖与存活。α亚基主要受到诸如乙酰化、羟基化、磷酸化和相扑化等转录后修饰,这些修饰可以稳定或激活HIF-1的活性。除氧环境外,胞内氧化还原稳态、铁代谢、线粒体代谢物和生长因子还可通过影响转录后修饰进而调节HIF-1的活性。此外,近来的研究表明HIF-1在病原学方面也发挥重要作用,在中风和神经退行性疾病这样的脑紊乱疾病中提供潜在神经保护作用。本文总结了HIF-1研究的最新进展,谨以此文献给忻文娟教授80周年诞辰。     

Faster STORM using compressed sensing

In super-resolution microscopy methods based on single-molecule switching, the rate of accumulating single-molecule activation events often limits the time resolution. Here we developed a sparse-signal recovery technique using compressed sensing to analyze images with highly overlapping fluorescent spots. This method allows an activated fluorophore density an order of magnitude higher than what conventional single-molecule fitting methods can handle. Using this method, we demonstrated imaging microtubule dynamics in living cells with a time resolution of 3 s.     

不同质量浓度NaNO3对3种微藻生长及总脂肪酸含量和组成的影响

以BG11为基本培养液,研究了不同质量浓度NaNO3(37.5～1 875.0 mg·L-1)对微藻P9(Klebsormidium sp. )、TH6(Oedocladium sp. )和CF5(Stigonema sp. )生长及总脂肪酸含量和组成的影响.结果显示,调整(减少或增加)培养液中NaNO3的质量浓度,对3种微藻的生长量及总脂肪酸含量和脂肪酸组成均有一定的影响;NaNO3的质量浓度较低(37.5或75.0 mg·L-1),3种微藻的鲜质量随培养时间的延长呈先逐渐增加然后略有降低的趋势;而在NaNO3质量浓度为150.0～1 875.0 mg·L-1的条件下,在一定的培养时间(18～33 d)内,3种微藻的鲜质量均逐渐增加;总体上看,3种微藻的生长量随NaNO3质量浓度的提高呈现逐渐增加的趋势,但仅在含1 875.0 mg·L-1 NaNO3的培养液中3种微藻的生长量高于对照(1 500.0 mg·L-1NaNO3).在含375.0 mg·L-1NaNO3的培养液中培养33 d,微藻 P9的总脂肪酸含量最高(25.39%),是对照的 1.79 倍,软脂酸、亚油酸、油酸和硬脂酸的相对含量分别是对照的2.50、2.72、2.24和2.08倍;在含37.5 mg·L-1 NaNO3的培养液中培养33 d,微藻TH6的总脂肪酸含量最高(20.69%),是对照的 1.89倍,软脂酸、亚油酸和油酸的相对含量分别是对照的3.37、1.79和1.92倍;不同处理组间微藻CF5的总脂肪酸含量及组成有一定差异,但随着NaNO3质量浓度的提高变化趋势不明显.研究结果表明,适当提高培养液中的NaNO3浓度对微藻的生长有一定的促进作用,不同种类微藻适宜的NaNO3浓度有一定的差异.综合考虑生长量和总脂肪酸含量及脂肪酸组成等因素,确定适宜于微藻P9、TH6和CF5培养的NaNO3质量浓度分别为375.0、37.5和150.0 mg·L-1.     

Predicting protein fold types by the general form of Chou's pseudo amino acid composition: approached from optimal feature extractions

Identification on protein folding types is always based on the 27-class folds dataset, which was provided by Ding & Dubchak in 2001. But with the avalanche of protein sequences, fold data is also expanding, so it will be the inevitable trend to improve the existing dataset and expand more folding types. In this paper, we construct a multi-class protein fold dataset, which contains 3,457 protein chains with sequence identity below 35% and could be classified into 76 fold types. It was 4 times larger than Ding & Dubchak's dataset. Furthermore, our work proposes a novel approach of support vector machine based on optimal features. By combining motif frequency, low-frequency power spectral density, amino acid composition, the predicted secondary structure and the values of auto-correlation function as feature parameters set, the method adopts criterion of the maximum correlation and the minimum redundancy to filter these features and obtain a 95-dimensions optimal feature subset. Based on the ensemble classification strategy, with 95-dimensions optimal feature as input parameters of support vector machine, we identify the 76-class protein folds and overall accuracy measures up to 44.92% by independent test. In addition, this method has been further used to identify upgraded 27-class protein folds, overall accuracy achieves 66.56%. At last, we also test our method on Ding & Dubchak's 27-class folds dataset and obtained better identification results than most of the previous reported results.     

乐至黑山羊PRLR基因外显子10多态性与产羔数的关系研究

设计2对特异性引物对乐至黑山羊PRLR基因第10外显子进行了PCR-SSCP检测,并研究该基因与产子性能的相关性。结果表明,P1引物扩增片段不存在多态性;P2引物扩增片段存在多态性,表现为AA,AB,AD和CD 4种基因型,测序结果表明,4种基因型都在该片段第89、94、146和157位存在C→T、A→C、C→G、G→C的突变;此外AA型还在61位发生C→T的突变;AD型还在175位发生A→G的突变;CD型还在24位发生T→C的突变,96位发生C→T的突变,通过统计分析发现AD型平均产羔数优于其他3种基因型,并且与AB型差异达到显著水平(P<0.05)。因此认为PRLR基因对于乐至黑山羊产子性能有一定的影响。     

西安城市热环境格局的动态演变

以TM和ETM+热红外数据为基础,采用单窗算法,研究了西安1995-2006年间热岛效应景观分布及其动态变化特征.研究表明:西安城市热岛效应明显,热场空间分布格局与城市的建成区基本一致;随着城市化进程的加快,西安市热环境格局表现出异质性加剧的趋势;东西和南北方向上,温度剖面线与土地利用与覆被关系密切,以建设用地地表温度最高、水域最小,其大小关系依次为建设用地＞未利用地＞耕地＞草地＞林地＞水域.相关性分析表明,地表温度与归一化裸露指数( NDBI)呈正相关,与归一化植被指数(NDVI)呈负相关.     

鸽子慢性电刺激用电极转接装置及其固定方法

慢性电极植入以及无线刺激技术被广泛应用于动物自由活动状态下的脑区功能研究。实现刺激器与脑内植入电极过渡连接的转接装置需固定在颅骨之上。鸟类特殊的骨质构造不利于转接装置的长期固定。以鸽子(Columba livia)为例设计制作了一种用于慢性运动诱导实验的9通道电极转接装置,长12.8 mm、宽9.5 mm、高5.5 mm,重0.42 g;根据鸽子颅骨特点在固定过程中对颅骨表面进行粗糙化处理增加固定时与牙科水泥的接触面积,并选取特定位点拧入螺钉进行固定,有效延长了转接装置的固定时间。经实验验证能够在鸽子头部稳定固定6个月以上,满足鸽子长期运动诱导研究的需求,未对动物正常活动产生影响。该装置及其固定方法亦可为其他小型动物的脑区功能研究提供借鉴。     

Genome-wide comparative analysis of DNAJ genes and their co-expression patterns with HSP70s in aestivation of the sea cucumber Apostichopus japonicus

Functional & Integrative Genomics - DNAJ proteins function as co-chaperones of HSP70 and play key roles in cell physiology to promote protein folding and degradation, especially under...     

ATP合酶:自然界最小的旋转发动机

ＡＴＰ合酶广泛存在于线粒体、叶绿体、原核藻、异养菌和光合细菌中,是生物体能量代谢的关键酶。该酶分别位于类囊体膜、质膜或线粒体内膜上,参与氧化磷酸化与光合磷酸化反应,在跨膜质子动力势的推动下催化合成生物体的能量“通货”——ＡＴＰ。ＡＴＰ合酶的Ｆ０部分比...     

载脂蛋白ApoE的原核表达以及与PrP蛋白间相互作用的初步研究

利用RT-PCR方法从人源细胞系SH-SY5Y cDNA中扩增出载脂蛋白ApoE基因,并在pET32a载体中表达融合蛋白His-ApoE,以纯化的融合蛋白免疫实验用兔获得特异性抗体,利用ELISA及免疫共沉淀方法对ApoE及PrP之间的相互作用进行研究.结果表明,SDS-PAGE显示表达的His-ApoE蛋白的相对分子量约为54 000,所制备的抗血清ELISA效价可达到1∶406 900,并能够有效地识别重组及动物组织中的内源性ApoE蛋白.ELISA和免疫共沉淀实验均显示,原核表达的ApoE可与全长的PrP蛋白（PrP23-231）在体外发生相互作用,其作用位点可能位于PrP蛋白的N端.这些结果为TSE经血传播的机制研究提供了新思路.