Polymorphism of SARS-CoV Genomes

In this work, severe acute respiratory syndrome associated coronavirus (SARS-CoV) genome BJ202 (AY864806) was completely sequenced. The genome was directly accessed from the stool sample of a patient in Beijing. Comparative genomics methods were used to analyze the sequence variations of 116 SARS-CoV genomes (including BJ202) available in the NCBI Gen-Bank. With the genome sequence of GZ02 as the reference, there were 41 polymorphic sites identified in BJ202 and a total of 278 polymorphic sites present in at least two of the 116 genomes. The distribution of the polymorphic sites was biased over the whole genome. Nearly half of the variations (50.4%, 140/278) clustered in the one third of the whole genome at the 3′ end (19.0 kb-29.7 kb). Regions encoding Orf10-11, Orf3/4, E, M and S protein had the highest mutation rates. A total of 15 PCR products (about 6.0 kb of the genome) including 11 fragments containing 12 known polymorphic sites and 4 fragments without identified polymorphic sites were cloned and sequenced. Results showed that 3 unique polymorphic sites of BJ202 (positions 13 804, 15 031 and 20 792) along with 3 other polymorphic sites (26 428, 26 477 and 27 243) all contained 2 kinds of nucleotides. It is interesting to find that position 18379 which has not been identified to be polymorphic in any of the other 115 published SARS-CoV genomes is actually a polymorphic site. The nucleotide composition of this site is A (8) to G (6). Among 116 SARS-CoV genomes, 18 types of deletions and 2 insertions were identified. Most of them were related to a 300 bp region (27 700-28 000) which encodes parts of the putative ORF9 and ORF10-11. A phylogenetic tree illustrating the divergence of whole BJ202 genome from 115 other completely sequenced SARS-CoVs was also constructed. BJ202 was phylogeneticly closer to BJ01 and LLJ-2004.     

Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因的注释过程为例,介绍了运用Sanger研究所开发的Otterlace软件对猪全基因组的免疫基因序列进行人工分析与注释。通过详细说明Zmap、Blixem和Dotter 3个注释工具的使用方法,并给出了注释过程的主要步骤,以期对Otterlace的应用起一个抛砖引玉的作用。运用Otterlace软件对243个免疫相关基因进行分析,其中180个基因得到完整或部分注释,这为后续深入开展这些基因的功能研究奠定了基础。     

不同生态区云南黄连居群的染色体核型比较

采用根尖压片和卡宝品红染色法,对分布于高黎贡山的东、西坡不同生态带的8个云南黄连居群进行染色体核型比较分析。结果表明,8个居群染色体数目均为2n=2x=18,核型基本一致,除东坡一个居群为3A型外,其余均为2A型;总体上同一生态区域内各居群的核型表现出较大的相似性,但不同生态区域的居群间却存在较大的差异,主要为近端部和端部着丝点染色体的有无及数目在东西坡居群间存在较大变化;东坡居群的不对称程度均较西坡高。     

全反式维甲酸通过γ-氨基丁酸途径促进小鼠胚胎腭板间充质细胞的凋亡

维甲酸(RA)是一种能够诱导腭裂发生的致畸物．研究显示γ-氨基丁酸(GABA)在腭板的发育过程中发挥重要作用．而GABA是否参与了RA诱导的腭裂发生还不清楚．本研究以小鼠胚胎腭板间充质细胞(MEPM)为研究对象,观察全反式维甲酸(atRA)(0.2、0.67、2.0和 6.7 μmol/L)对MEPM细胞增殖和凋亡的影响,并探讨GABA信号通路在其中的可能作用．结果显示,atRA(2.0 μmol/L和6.7 μmol/L)显著性抑制了MEPM的增殖,并促进了细胞凋亡．atRA(0.67、2.0和 6.7 μmol/L)显著性降低了GABA合成的关键酶谷氨酸脱羧酶(GAD67)mRNA和蛋白质的表达,但对γ-氨基丁酸A型受体-β3(GABAAR-β3)mRNA和蛋白质的表达没有影响．1.0 μmol/L的GABA逆转了atRA(6.7 μmol/L)对MEPM细胞增殖和凋亡的影响．以上结果表明,atRA通过下调GAD67的表达,减少GABA的产生,抑制MEPM的增殖和促进MEPM的凋亡,从而可能影响腭板的发育,诱导腭裂形成．     

山楂酸减少L02细胞脂质累积作用的研究(英文)

非酒精性脂肪性肝在发达国家和发展中国家中是一种常见的肝脏疾病。引起非酒精性脂肪性肝病的最常见原因有肥胖、糖尿病和高胆固醇。尽管非酒精性脂肪性肝病的发病率日益升高,事实上至今尚未发现可以用于治疗的药物。山楂酸是一种五环三萜化合物,已报道具有多种药理特性,包括抗炎、抗氧化以及免疫调节作用。我们的前期研究表明,山楂酸能够抑制高脂饲料诱导大鼠非酒精性脂肪性肝病的生成。本研究中,我们将探讨山楂酸体外对肝细胞(LO2)脂质累积的抑制作用。结果表明,山楂酸可抑制游离脂肪酸(FFA)诱导的LO2细胞脂质累积,进一步研究表明,山楂酸可抑制LO2细胞的SCAP mRNA水平和蛋白水平的表达。     

汶川地震对四川龙溪—虹口和唐家河自然保护区大熊猫栖息地利用格局的影响

2008年的汶川地震发生在大熊猫集中分布的区域,对大熊猫的栖息地造成了严重破坏.利用龙溪—虹口和唐家河两个国家级自然保护区地震前(2003～ 2007)和地震后(2008～ 2010)共计7年的大熊猫监测数据,就汶川地震对大熊猫栖息地利用格局的影响进行了分析.研究结果表明:(1)地震前5年,大熊猫对栖息地的利用格局在年间没有显著变化;(2)地震后的2年间,大熊猫对栖息地的利用格局在年间没有显著变化;(3)地震前后连续7年调查的样线中,大熊猫对栖息地的利用格局在年间没有显著变化;(4)在龙溪一虹口保护区,大熊猫对样线的利用与滑坡体的面积没有显著关系,即大熊猫对栖息地的空间利用没有受到滑坡体面积大小的显著影响;(5)虽然从现有资料发现地震对大熊猫栖息地的利用格局没有显著的影响,但仍然需要在震后加强对大熊猫及其栖息地的保护.     

膳食结构对供浆员血浆蛋白及血脂含量的影响研究

目的探讨不同的膳食结构对供浆员血浆蛋白及血脂含量的影响。方法测定400例以牛、羊肉和马铃薯为主要膳食结构的供血浆者和400例以猪肉和马铃薯为主要膳食结构的供血浆者的血浆蛋白和血脂水平;同时统计食用高脂肪膳食后血浆出现乳糜的情况。结果经测定以牛、羊肉和马铃薯为主要膳食结构的供血浆者和以猪肉和马铃薯为主要饮食结构的供血浆者的血浆蛋白和血脂水平相当,两者之间无显著性差异(P>0.05);献浆前1 2 h内食用高脂肪膳食后血浆出现乳糜的概率明显增高,与食用清淡膳食相比具有显著性差异(P<0.05)。结论这两种膳食结构的差异对供浆员血浆蛋白及血脂水平没有明显影响;献浆前12 h内应当避免食用高脂肪类膳食。     

H5N1亚型禽流感病毒NS1基因截短体的克隆与原核表达

禽流感病毒H5N1 NS1蛋白是一种非结构蛋白,在病毒感染过程中发挥着重要的作用.构建基因截短的重组蛋白,可为进一步研究NS1不同结构域与宿主蛋白间的相互作用奠定基础.在成功克隆禽流感病毒H5N1全长NS1基因并测序的基础上,将部分截短基因序列克隆到表达栽体pET28a(+)上,构建基因截短的重组表达质粒pET28a-NS1-RBD和pET28a-NS1-ED,转化大肠埃希菌BL21(DE3),阳性重组质粒经IPTG诱导表达后进行SDS-PAGE检测,获得预期蛋白的表达,然后利用Ni-NTA树脂蛋白纯化系统对重组蛋白进行纯化,并通过Western Blotting进一步确认NS1及截短体蛋白的表达.结果表明,实验成功构建禽流感病毒H5N1亚型的NS1蛋白截短体,并在大肠埃希菌中高效表达,这为进一步研究NS1蛋白不同结构域与宿主蛋白的相互作用提供了实验材料,为深入研究NS1蛋白的生物学功能奠定了坚实基础.     

与细胞周期G2/M期进程相关的H2AX磷酸化

γH2AX焦点(foci)被普遍当做DNA双链断裂（DSB）损伤的分子标志物.为探 讨细胞周期进程相关的H2AX磷酸化规律特征,采用胸腺嘧啶双阻滞结合噻氨酯哒唑(nocodazole)的后续处理,将HeLa细胞同步于有丝分裂的前中期．然后,用流式细胞仪检测细胞周期、Western印迹和免疫荧光法,观察γH2AX表达和γH2AX焦点的形成．结果显示,细胞进入G2/M期和有丝分裂过程中,γH2AX水平显著增加 ;在无DNA DSB发生的情况下,部分M期细胞中也存在大量的γH2AX焦点．随着细 胞完成有丝分裂从M期退出再进入G1期,γH2AX的表达水平逐渐降低．这种 γH2AX表达变化特征与G2/M期密切关联的PLK1和Cyclin B1的表达规律相类似． 在4 Gy大剂量照射下,HeLa细胞于照后8 到12 h出现明显的G2/M期阻滞．γH2AX 焦点数在照后1 h达高峰,随后降低,照后8 h又上升,出现了第2个峰值．与之不同的是,在1 Gy低剂量照射下,细胞的G2/M期阻滞微弱,γH2AX焦点数在照后 0.5 h最高,随后下降,且无反弹,符合DNA DSB的修复动力学特征．因此,将γ H2AX当做DNA DSB分子标志物时,还需要考虑细胞周期变化的影响．γH2AX适合 作为1 Gy以下照射的DNA双链断裂损伤的分子标志．