Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因的注释过程为例,介绍了运用Sanger研究所开发的Otterlace软件对猪全基因组的免疫基因序列进行人工分析与注释。通过详细说明Zmap、Blixem和Dotter 3个注释工具的使用方法,并给出了注释过程的主要步骤,以期对Otterlace的应用起一个抛砖引玉的作用。运用Otterlace软件对243个免疫相关基因进行分析,其中180个基因得到完整或部分注释,这为后续深入开展这些基因的功能研究奠定了基础。     

红腹锦鸡和丽纹龙蜥视网膜的组织学观察

为了进一步探讨动物视网膜结构与机能的关系,利用光镜和扫描电镜比较观察了红腹锦鸡(Chrysolophus pictus)、丽纹龙蜥(Jspalura splendida)视网膜的结构。结果表明,红腹锦鸡、丽纹龙蜥的视网膜均由四层细胞构成,在光镜下均可分为十层结构。红腹锦鸡视网膜平均厚225·2μm,视细胞与节细胞数比约为2:1;丽纹龙蜥视网膜平均厚156.2μm,视细胞与节细胞数比为1:1。红腹锦鸡、丽纹龙蜥视网膜视细胞的平均密度分别为(124828±24404)个/mm2和(33165±7034)个/mm2。显示了红腹锦鸡和丽纹龙蜥均具有昼行性动物视网膜的结构特征。     

祁连山南坡植被景观格局及其破碎化

以扎麻什营林区的林相图和调查资料为基础,运用GIS手段,选取合适的景观格局指数,分析了祁连山南坡植被景观格局基本特征,并进行了破碎化评价.结果表明:研究区植被以草地和灌丛为主,景观基质已退化为裸地,各植被类型斑块密度远大于裸地,平均分维数较低,景观整体破碎化水平较高;草地和灌丛边界密度和破碎化指数均高于其他植被类型,反映出该区自然植被景观主要受放牧活动的影响;森林多以小面积零散分布,其中青海云杉林景观结构破坏较为严重,异质性较低,斑块形状趋于单一,显示出较高水平的破碎化,其他林种多以小面积集中分布于某些小的生境,受人类活动干扰较少,破碎化程度较低.

Abstract：

Based on the forest form map and investigation data of Zhamashi forest area, and by using GIS, appropriate landscape pattern indices were chosen to study the basic characteristics of vegetation landscape pattern on the southern slope of Qilian Mountain, with the landscape frag-mentation evaluated. In the study area, grass and shrub were the main vegetation types, and the landscape matrix had degraded to bare land. The patch densities of all vegetation types were far larger than that of bare land, and their mean fractal dimension was lower than that of bear land. All of these characters emphasized the highly fragmented condition of the vegetation landscape in this area. The total edge densities and fragment indices of grassland and shrub land were higher than those of other vegetation types, reflecting that the natural vegetation was mainly affected by grazing. The forests were more dispersed in small areas, and the landscape structure of Picea crassifollia forest was heavily destroyed, being induced that the heterogeneity became lower and the patch shape tended to single, suggesting a high fragmentation degree. Other forest types were centralized in a certain habitat and less disturbed by human activities, suggesting a lower frag-mentation degree.     

全球气候变暖胁迫下的雅鲁藏布江流域植被覆盖度变化驱动机制探讨

为了解雅鲁藏布江流域内植被变化对气候变化响应的时空差异性,引入重心模型,分析和探讨了2002-2014年雅鲁藏布江流域植被的变化特点与气候因子的相关性。结果表明,植被的NDVI(归一化植被指数,Normalized difference vegetation index)重心与降水重心年际迁移方向具有正相关性。雅鲁藏布江流域的月植被NDVI受前0-1月降水影响最大,而不同季节植被的NDVI对降水影响表现出一定的滞后性,其中春季和冬季的植被NDVI均与前一季的降水呈现正相关性。该流域中乔木、灌木对降水反应的滞后性比草本植物要大;生长季的温度变化与植被的生长具有相关性。植被NDVI与月均温的正相关性达到最大的时间段差异较大。因此,植被NDVI和气候因子间的时空异质性研究对于雅鲁藏布江流域的生态环境保护具有重要意义。     

贵州中三叠世早期幻龙属(Nothosaurus)一新种

作为三叠纪海生爬行动物的重要分子,幻龙属化石主要发现于欧洲、中东和中国西南地区的中三叠世海相地层,且主要集中分布于安尼期晚期和拉丁期晚期(Edinger,1921;Haas,1980;Rieppel,2000)。我国目前已报道的幻龙属化石有两种：杨氏幻龙(Li and Rieppel,2004)和幻龙属未定种(Rieppel,1998),它们均产于贵州省兴义地区的法郎组竹杆坡段,时代为中三叠世拉丁期。最近在贵州省盘县地区关岭组Ⅱ段地层中也发现了数量较多的幻龙骨骼化石,证明中三叠世早期东特提斯区同样生存着幻龙类。鉴于标本的骨骼特征与已知的幻龙属种相比存在一定的差异,因此本文建立一新种Nothosaurus rostellatus sp．nov．(小吻幻龙)。新种的个体在幻龙属种中为中等(头骨中线长210～320mm);吻部短而小,具4个前颌骨獠齿,紧随其后是第5个明显较小的前颌齿;一对上颌骨犬齿之前有6～9个小型上颌齿;眼窝较大,卵圆形,位置相对靠前;内鼻孔的后缘由腭骨构成,具内鼻槽;外翼骨形成腹向凸缘;下颌具冠状突;背椎神经棘较低,背肋肩部明显加厚。N．rostellatus与其他已知种的主要区别特征是吻部形态和比例。新种的吻部较小,长略大于宽,前端钝圆,基部明显收缩,其吻部长度(从吻端至外鼻孔前端的距离)仅占其头骨中线长度的1/6～1/7,而其他种一般占1/4～1/5,具有细长吻部的N．haasi甚至接近1/3。此外,新种吻端-上颞孔前缘距离与吻端-外鼻孔前缘距离的比值也明显高于其他种。N．rostellatus区别于其他幻龙种的另一主要特征是上颌骨牙齿的数目和排列。在已知的幻龙属种中,很少有一对上颌犬齿前的上颌齿数超过5个者。新种正型标本ⅣPPⅤ14294在一对上颌犬齿前具有6个小型锥状上颌齿,它们大小相等,指向腹方。副型标本ⅣPPⅤ14301在一对上颌犬齿前具有9个小型锥状上颌齿。在已知的Nothosaurus中,新种与N．youngi Li & Rieppel,2004和N．marchicus Koken,1893无论是个体大小还是头骨形态均比较接近,如具有相对短而宽的吻部和较短的上颌齿列、相似的鼻骨形态等,与其他种相差较大,因此这里仅对新种与此二种之间的异同做简要的介绍。从头骨的一些具体形态特征看,N．rostellatus的鼻骨后侧方与前额骨相连,阻隔了额骨和上颌骨,该特征与N．youngi相同而不同于N．marchicus,后者鼻骨受额骨与上颌骨的阻隔,不与前额骨相连。如果不考虑鳞骨的外侧分支的宽度,Ⅴ14294和Ⅴ14301与N．youngi的头骨的最宽处均位于轭骨的后端位置,且其宽度为吻部宽度的2．6～3．5倍(其中N．youngi为2．6倍,Ⅴ14294为3倍,Ⅴ14301为3．5倍),而N．marchicus的最宽处位于头骨后部鳞骨的分支处,其轭骨后缘处头骨宽度为吻部宽度的2～2．8倍(Rieppel and Wild,1996,fig．36,41)。此外,N．rostellatus外翼骨形成腹向突起和下颌具冠状突的特点也与N．youngi相同,N．marchicus不具有该特征。另一方面,N．rostellatus的枕部特征则与N．marchicus接近而不同于N．youngi。新种的枕部内凹,枕骨侧边的后耳骨等向后侧部延伸,下颌关节在头骨后部位于枕髁之后,该枕部特征与N．marchicus一致。N．youngi的下颌关节与枕髁基本位于一个平面内,因此枕部未形成明显的内凹。新种的眼眶与上颞孔之间的距离相对较宽,其中V 14294眼眶与上颞孔之间的距离与外鼻孔与眼眶之间的距离接近相等,而V 14301眼眶与上颞孔之间的距离大于外鼻孔与眼眶之间的距离。此特征也与N．marchicus相同而不同于N．youngi,前者眼眶与上颞孔之间的距离与外鼻孔与眼眶之间的距离相等,后者的眶后弓很窄,其眼眶与上颞孔之间的距离小于外鼻孔与眼眶之间的距离的1/2。N．rostellatus鼻骨的左右两前突分别伸至两外鼻孔的前缘内侧,位置与N．marchicus相同,而N．youngi鼻骨前突仅伸至外鼻孔内侧缘的中部。N．rostellatus前颌骨的背突向后伸至外鼻孔后缘之后,接近鼻骨的后缘,而N．youngi仅伸至外鼻孔后缘中间部位。除前文所述新种两个主要鉴定特征外,N．rostellatus又以具有内鼻槽,翼骨前伸至内鼻槽附近等特征与该已知二种相区别。此外,新种前颌骨具外侧支突起,其他种该特征多不明显,如N．jagisteus不存在前颌骨外侧支突起,其前颌骨在外鼻孔的前外侧缘沿前外侧方向与上颌骨相交(Rieppel,2001)。从地理分布和地层层位看,N．marchicus主要分布于欧洲中部的中三叠统安尼阶,而N．youngi则分布于我国贵州南部的中三叠统拉丁阶。本文描述的化石产于贵州南部关岭组Ⅱ段,其时代应相当于中三叠世晚安尼期。N．rostellatus与分布于欧洲的同时期的幻龙N．marchicus以及与在其后约7～8Ma相邻地区出现的M．youngi的亲缘关系的远近可能还需要更深入的研究来证实。     

不同ES细胞系体定量神经分化的比较

利用视黄酸（RA）诱导小鼠胚胎干细胞通过悬浮类胚培养体外定量分化为神经样细胞,结果显示能够进行种系嵌合的MESPU22细胞系与不能进行种系统嵌合的MESPU13细胞系的体外神经分化比例在统计学上没有明显差异,此结果对于人的胚胎干细胞全能性的鉴定和检测有重要启示。     

贵阳市大气降水中汞的分布特征

于2008年7-9月对贵阳市中心城区采集的21个大气降水进行了总汞、甲基汞及阴、阳离子浓度的测定,分析了大气降水中总汞与阴阳离子间的相互关系.结果表明:大气降水中总汞的平均含量为18 ng·L-1,变化范围为0.4～57.4 ng·L-1;甲基汞的平均含量为0.07 ng·L-1,变化范围为0.02～0.2 ng·L-1.大气降水中的阴离子以SO2-4和NO-3为主,其浓度平均值分别为151和145 mol·L-1;阳离子主要以Ca2+为主,平均浓度达到了123 mol·L-1,变化范围为3.7～560 mol·L-1,其次是NH4+和Mg2+,其浓度平均值分别为52.2和20.4 mol·L-1.通过分析降水中总汞和阴阳离子之间的相互关系,发现总汞和阴离子SO2-4具有显著的相关性,与F-有一定的相关性,而与NO-3不具有相关性.由此初步判定,大气降水中的总汞主要来源于燃煤等人为释放源.     

雪腐核盘菌菌核的萌发条件与致死温度

菌核是核盘菌Sclerotinia spp.在土壤中的主要存活形式和菌核病的主要初侵染源,在土壤中可存活8年以上,其数量和存活状况直接影响着菌核病的发生和危害程度.本研究以雪腐核盘菌Sclerotinia nivalis菌株SS-TB为材料,分析了菌核萌发的影响因素、致死温度以及土壤温度对菌核存活的影响.结果 表明,未...     

SARS病毒基因组的多态性

对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS—CoV BJ202全基因组序列（AY864806）。应用比较基因组研究方法对GenBank中公布的115株SARS—CoV基因组序列以及BJ202进行分析。以GZ02序列为参照,发现2个以上基因组中同时存在单核苷酸多态（SNP）位点共278个。多态位点在SARS—CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点（50．4％,140／278）发生在基因组3’末端1／3区域。编码Orf10-11、Orf3／4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段（15个片段总长度为6．0kb）,结果显示：BJ202特有的3个多态位点（13804、1503l和20792）以及另外3个多态位点（26428、26477和27243）均检出两种不同核苷酸;位点18379虽在已公布的115株SARS—CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS—CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域（基因组序列27700—28000bp处）。以邻位连接法（Neighbor-Joining）构建了116株SARS—CoV系统发育树,BJ202与BJ01和LLJ-2004等SARS—CoV的亲缘关系较接近。     

饲料中维生素和无机盐对rBmNPV-Bm表达系统植酸酶基因表达活性的影响

【目的】为查明宿主的营养对重组家蚕杆状病毒-家蚕表达系统(rBmNPV-Bm)外源基因表达活性的影响,探寻提高家蚕Bombyx mori生物反应器产率的新途径。【方法】以家蚕BmNPV病毒为表达载体,以人工饲料饲养的5龄家蚕为宿主,以植酸酶基因为报告基因,探讨了家蚕人工饲料中维生素和无机盐对外源基因表达产物活性的影响。【结果】家蚕血淋巴中外源植酸酶的活性随着饲料中维生素和无机盐添加量的不同而发生显著变化。在本试验设区范围内,当维生素C的含量为饲料干物质量的1 %,B族维生素混合物为0.25 %,无机盐混合物为1 %,维生素B6为100 g饲料干物中含2 mg时,血淋巴中植酸酶活性达到最大值。【结论】通过改变家蚕饲料中微量营养成分的含量是提高rBmNPV-Bm表达系统外源基因表达活性的有效途径。