缺失数据下蛋白质多结构叠加的迭代方法

蛋白质三维结构叠加面临的主要问题是,参与叠加的目标蛋白质的氨基酸残基存在某些缺失,但是多结构叠加方法却大多数需要完整的氨基酸序列,而目前通用的方法是直接删去缺失的氨基酸序列,导致叠加结果不准确。由于同源蛋白质间结构的相似性,因此,一个蛋白质结构中缺失的某个区域,可能存在于另一个同源蛋白质结构中。基于此,本文提出一种新的、简单、有效的缺失数据下的蛋白质结构叠加方法（ITEMDM）。该方法采用缺失数据的迭代思想计算蛋白质的结构叠加,采用优化的最小二乘算法结合矩阵SVD分解方法,求旋转矩阵和平移向量。用该方法成功叠加了细胞色素C家族的蛋白质和标准Fischer’s 数据库的蛋白质（67对蛋白质）,并且与其他方法进行了比较。数值实验表明,本算法有如下优点：①与THESEUS算法相比较,运行时间快,迭代次数少;②与PSSM算法相比较,结果准确,运算时间少。结果表明,该方法可以更好地叠加缺失数据的蛋白质三维结构。     

北京东灵山地区辽东栎、大叶白蜡和五角枫种群分布格局与动态

对北京东灵山地区 3块样地中的辽东栎 (QuercusliaotungensisKoidz .)、大叶白蜡 (FraxinusrhynchophyllaHance)和五角枫 (AcermonoMaxim .)种群的分布格局和种群动态进行了考察。调查 3块样地中每个树种的全部个体 ,按高度将它们分为 4个不同龄级 ,用相邻格子样方法进行取样。在研究分布格局时 ,计算了扩散系数C、扩散型指数Iδ 与IA、CA 指数和聚块指数m /m等各项指标 ,测定它们的分布格局 ,并通过计算拟合它们的分布类型。结果表明 ,不同地点各种群的幼苗 (<0 .4m)、小幼树 (0 .4～ 1m)和大幼树 (1～ 2m)绝大多数呈聚集分布 ,少量呈随机分布 ;成林辽东栎成熟个体 (≥ 2m)是一种介于均匀分布和随机分布之间的状态 ,幼林辽东栎成林和灌丛大叶白蜡属于随机分布 ,成林大叶白蜡和五角枫、灌丛辽东栎呈聚集分布。在研究种群动态时 ,分别作出每个种群的龄级结构图 ,再对同一样地不同种群以及同一种群不同龄级个体的数量差异进行最小显著差法 (LSD)检验和比较 ,结果表明检验结果和龄级结构图显示出来的趋势是一致的 ,即成林辽东栎种群具有较稳定的结构 ,成林大叶白蜡和五角枫表现为增长型结构 ,幼林辽东栎、大叶白蜡和五角枫都表现为衰退型结构 ,灌丛辽东栎具有稳定型结构 ,灌丛大叶白蜡具有增长型结构。研究     

中国熊类资源数量估计及保护对策

我国熊类资源丰富,是多熊的国家之一．历史上,我国对熊类资源的猎捕利用,一直维持着较高的水平．然而,近百年来,特别是近５０年来,由于人口增多,森林采伐,熊类的栖息条件发生了很大的变化,资源数量显著减少,分布区亦大大缩小,许多原来有熊地区现在已经无熊了,尤其是近１０年来活熊取胆汁技术试验成功之后,城乡各地养熊取胆事业一时曾出现高潮,亦给野生种群带来很大的压力,因而,尽快查明熊类资源数量的现状已是急待解决的问题．依据近年的调查及若干重点产区的实地踏查,估计我国棕熊约有５９００～７２００只,黑熊１７５００～１９５００只,马来熊１４０只左右,本文讨论了数量分布特点、栖息地变化及保护对策     

9568D镰孢霉作用于死态龙血树形成血脂的研究

1　引　　言剑叶龙血树血竭来自于剑叶龙血树 (Ｄｒａｃａｅｎａｃｏｃｈｉｎｃｈｉｎｅｎｓｉｓ)的树脂 ,早年的研究[[2 ] 发现人工割伤可以促进树脂的积累 .江东福等[4] 证实剑叶龙血树血竭的形成与真菌相关 ,用特异性真菌接种活体龙血树 ,激活龙血树的防御反应 ,产生含植物防卫素的血竭[1,3 ,6] .但人们注意到野外自然环境下一些衰老枯死的剑叶龙血树的材质上亦有血竭形成 ,其与真菌的作用是否有关联 ?本文采用分离自剑叶龙血树根部的内生真菌 95 6 8Ｄ镰孢霉接种于剑叶龙血树材质(经灭活处理 ) ,保湿培养 4～ 5个月后 ,在接种部位有红色…     

木质素和氮含量对植物残体分解的影响

 在25 ℃和水分含量为400 g·kg-1（以风干土计）条件下对19种植物残体进行培养实验,同时进行田间填埋试验,研究残体的木质素和N含量对其在土壤中分解的影响。相关分析表明,不同植物残体的分解速率与其初始全N含量呈正相关,与初始木质素含量、木质素与N含量之比呈负相关。逐步回归分析进一步表明,植物残体的C分解与全N及木质素含量的数学关系可表达成：Y=B0+B1N+B2L。式中,B0、B1和B2为回归系数,N和L分别表示植物残体的初始全N含量及木质素含量。Y可分别表示为植物残体C分解的一级动力学常数、培     

紫貂冬季食性的分析

１９９１至１９９８年的三个冬季,在大兴安岭地区共收集紫貂粪样２２３个．食性分析结果表明,紫貂冬季食物主要为小型哺乳类（５４．１％）、植物浆果和种子（３２．４％）、鸟类（１２．５％）和昆虫（１．０％）．在紫貂选择的７种小型哺乳类中,主要以棕背（２７．３％）和红背（１９．２％）为食,其次为雪兔和冬眠的花鼠。对于鸟类,紫貂主要捕食花尾榛鸡（８．１％）,松鸦（０．７％）,大山雀（０．５％）和黑啄本鸟等。有２．２％的粪样中含有小型鸟的卵壳、紫貂的植物性食物主要为越桔浆果（２０．８％）和偃松种籽（８．８％）。昆虫中只有蚂蚁在紫貂食性中出现（１．０％）．紫貂冬季食物构成没有年度间差异（Ｐ＞０．０５）。通过捕食迹,我们还发现紫貂捕食黑嘴松鸡。虽然红背的捕获率（７９．４％）高于棕背（２．９％）,但食性分析结果却相反,说明紫貂更喜欢捕捉身体较大的鼠类。有较强气味的中虽有一定的数量,但在紫貂冬季食物中未出现过。     

紫杉醇产生菌及其工程菌株之间的AFLP遗传差异分析

采用AFLP技术对三株紫杉醇产生菌(HQD33、HQD43、HQD54)及HQD33菌株经复合诱变后再经原生质体诱变得到的两株诱变株UL50-6和UV40-19及其融合菌株J1-3进行了分析,结果表明三株紫杉醇产生菌分属不同的种属,同时首次从分子水平上证实Z35-8,J1-3为两株不同的融合子,为下一步的基因工程育种工作中的基因定位和分子克隆提供丰富可靠的分子标记。     

辣椒温和斑点病毒(PMMV)外壳蛋白基因的克隆和序列测定

从本院分离的辣椒温和斑点病毒株系PMMV-QD中提取RNA.根据已有报道的外壳蛋白(CP)自行设计引物P1、P2,用RT-PCR扩增PMMV-QD的CP基因的cDNA,插入pMD 18-T载体,转化感受态受体菌XL1-B1ue,以蓝白菌落筛选转化株,用PCR检测白色菌落,确认获得了含cDNA的阳性重组子.序列测定和比较的结果表明该片段确含有PMMV的CP基因编码区,此种cDNA与国外报道的PMMV病毒株系核苷酸序列的同源性达到97.7%.     

海绵细菌B25W最佳产抗培养基及发酵条件的研究

从辽宁海域的繁茂膜海绵(Hymeniacidonperleve)中分离到1株解淀粉类芽孢杆菌(Paenibacillusamyloliquefaciens),定名为海绵细菌B25W。它产生的抗生素用白色念珠菌(Candidaalbicans)为指示菌,通过单因子和均匀设计实验,发现菌株最佳产抗摇瓶发酵培养基:玉米面0.34%,豆饼粉1.66%,葡萄糖0.1%,ZnSO40.04%,MgSO40.02%,KH2PO40.04%;发酵条件:种龄12h,接种量10%,发酵时间20h,初始pH6.0,250mL三角瓶内含25mL培养基,往复式摇床,116次/min,振幅11cm,培养温度28℃。应用二剂量法(以制霉菌素为标样)测定B25W抗生素的相对效价为13680u/mL,比优化前效价(8444u/mL)提高了62%。     

伪狂犬病病毒宿主关闭蛋白的基因克隆及结构分析

为研究伪狂犬病病毒 (pseudorabiesvires ,PRV)UL4 1基因编码的病毒宿主关闭蛋白 (VHS)的结构与功能 ,通过PCR扩增得到含UL4 1基因完整编码区的 1174bp片段 ,将该片段克隆到表达载体pGEX KG中GST下游 ,在大肠杆菌BL2 1(DE3)中实现了GST VHS融合蛋白的高效表达 .序列分析发现VHS蛋白具有 4个保守区 ,并且第 3个保守区与核酸内切酶结构域FEN 1(1A76 )高度同源 .PROSPECT软件预测的伪狂犬病病毒VHS蛋白三维结构中含有 10个α螺旋和 2 2个β折叠 ,与单纯疱疹病毒Ⅰ型的VHS蛋白三维结构十分相似 .