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ITMSQ: A software tool for N‐ and C‐terminal fragment ion pairs based isobaric tandem mass spectrometry quantification 下载免费PDF全文
Li‐Qi Xie Lei Zhang Ai‐Ying Nie Guo‐Quan Yan Jun Yao Yang Zhang Peng‐Yuan Yang Hao‐Jie Lu 《Proteomics》2015,15(22):3755-3764
Tandem MS (MS2) quantification using the series of N‐ and C‐terminal fragment ion pairs generated from isobaric‐labelled peptides was recently considered an accurate strategy in quantitative proteomics. However, the presence of multiplexed terminal fragment ion in MS2 spectra may reduce the efficiency of peptide identification, resulting in lower identification scores or even incorrect assignments. To address this issue, we developed a quantitative software tool, denoted isobaric tandem MS quantification (ITMSQ), to improve N‐ and C‐terminal fragment ion pairs based isobaric MS2 quantification. A spectrum splitting module was designed to separate the MS2 spectra from different samples, increasing the accuracy of both identification and quantification. ITMSQ offers a convenient interface through which parameters can be changed along with the labelling method, and the result files and all of the intermediate files can be exported. We performed an analysis of in vivo terminal amino acid labelling labelled HeLa samples and found that the numbers of quantified proteins and peptides increased by 13.64 and 27.52% after spectrum splitting, respectively. In conclusion, ITMSQ provides an accurate and reliable quantitative solutionfor N‐ and C‐terminal fragment ion pairs based isobaric MS2 quantitative methods. 相似文献
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目的:构建Survivin启动子调控的表达载体,并检测在启动子调控下HSV-TK自杀基因对肝癌细胞HepG2和正常肝细胞HL-7702凋亡的影响。方法:合成含TK基因的质粒PBI-SUR-TK,利用脂质体Lipofectamine 2000将其导入肝癌细胞和肝细胞。然后分别运用RT-PCR和Western blot特异性检测基因和蛋白的表达情况;利用CCK8方法检测细胞增殖情况,流式细胞仪上机检测细胞凋亡情况。结果:肝癌细胞转染组有更多的TK基因表达产物,增殖情况减弱,凋亡情况明显。结论:Survivin启动子驱动的HSV-TK/GCV自杀基因系统对肝癌可能有一定的治疗作用。 相似文献
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采用文献考证法、田野调查法与逻辑演绎法,以元明清社会环境为视角,分析弋阳叠山书院园林变迁及其动力。自元代至清代,从变迁形式来看,书院园林选址从郊野山林迁入为城市高胜地,布局从单轴线前祀后学的建筑空间形态发展成双轴多进深多院落的园林空间形态,园林文化从以儒学文化为主转变为儒道释俗文化共存。从变迁动力来看,政治环境和经济支持是书院园林建设发展的基础,政体态度决定了书院园林存亡及其社会意义,经济支持在书院维系和官学化方面具有显著影响力,文化环境受政治环境影响,包容的政治环境允许延续宋儒品格,严苛的政治环境禁锢自由文风,因此文化环境对书院园林的选址、空间布局与文化确立起到关键作用力。 相似文献
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镉离子诱导BA/F3β细胞发生奇特的细胞凋亡 总被引:2,自引:0,他引:2
细胞凋亡一般都伴随有DNA 片段化, 活性氧含量增加, 并能被过量的Bcl2 所抑制。以BA/F3β细胞为模型, 利用MTT 检测、Hochest 染色以及透射电镜检测等技术却发现, 镉离子虽然可以诱导该细胞凋亡, 但是这种凋亡没有DNA 片段化, 也没有活性氧含量增加。此外, 过量Bcl2 对这种凋亡也没有保护作用。因此, 可以确认镉离子诱导BA/F3β细胞发生了奇特的细胞凋亡。 相似文献
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精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分析结果支持如下假说:COMT-136-BclI对Val108/158Met有调控作用。当前者的基因型是CC时,后者的易感等位基因型是Met(A);而当前者的基因型是GG时,后者的易感等位基因型是Val(G)。这一新的假说可以解释此前单基因座分析对Val108/158Met(COMT)的截然相反的报道,同时也显示了多基因座分析对复杂疾病研究的必要性。
相似文献
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观察神经梅毒的临床特点,以提高对神经梅毒的诊断与治疗水平。回顾性分析哈尔滨医科大学附属第一医院2005年1月至2010年12月收治的23例神经梅毒患者的临床资料。神经梅毒患者男17例(73.9%),女6例(26.1%),男女比约为2.8∶1;年龄27~71岁,平均年龄43.1岁。本组首发症状:麻痹性痴呆(7例)、精神异常(3例)、急性脑梗死(3例)、癫痫(2例)、脊髓病变(2例)、颅高压(2例)、周围神经损害(2例)、脑神经损害(1例)、无症状性神经梅毒(1例)。23例患者血清及脑脊液快速血浆反应素实验及梅毒螺旋体血凝试验均呈阳性反应。颅脑电子计算机断层扫描(CT)和/或磁共振成像(MRI)检查多表现为额叶、顶叶、颞叶、基底节等多发病变。本组患者经大剂量青霉素治疗后病情有显著改善20例,死亡1例,自动出院2例。神经梅毒的临床表现复杂多样,神经系统各部位均可受累,诊断依靠病史及临床表现、实验室血清及脑脊液梅毒抗体检测,误诊率高,应早期诊断,诊断后应进行规范治疗,早期治疗效果较好。 相似文献
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Mitochondrial dysfunction in platelets and hippocampi of senescence-accelerated mice 总被引:5,自引:0,他引:5
Xu J Shi C Li Q Wu J Forster EL Yew DT 《Journal of bioenergetics and biomembranes》2007,39(2):195-202
Senescence-accelerated mice (SAM) strains are useful models to understand the mechanisms of age-dependent degeneration. In
this study, measurements of the mitochondrial membrane potential (Δψm) of platelets and the Adenosine 5′-triphosphate (ATP) content of hippocampi and platelets were made, and platelet mitochondria were observed in SAMP8 (faster
aging mice) and SAMR1 (aging resistant control mice) at 2, 6 and 9 months of age. In addition, an Aβ-induced (Amyloid beta-protein)
damage model of platelets was established. After the addition of Aβ, the Δψm of platelets of SAMP8 at 1and 6 months of age were measured. We found that platelet Δψm, and hippocampal and platelet ATP content of SAMP8 mice decreased at a relatively early age compared with SAMR1. The platelets
of 6 month-old SAMP8 showed a tolerance to Aβ-induced damages. These results suggest that mitochondrial dysfunction might
be one of the mechanisms leading to age-associated degeneration in SAMP mice at an early age and the platelets could serve
as a biomarker for detection of mitochondrial function and age related disease. 相似文献