On computation of semiparametric maximum likelihood estimators with shape constraints

Large sample theory of semiparametric models based on maximum likelihood estimation (MLE) with shape constraint on the nonparametric component is well studied. Relatively less attention has been paid to the computational aspect of semiparametric MLE. The computation of semiparametric MLE based on existing approaches such as the expectation‐maximization (EM) algorithm can be computationally prohibitive when the missing rate is high. In this paper, we propose a computational framework for semiparametric MLE based on an inexact block coordinate ascent (BCA) algorithm. We show theoretically that the proposed algorithm converges. This computational framework can be applied to a wide range of data with different structures, such as panel count data, interval‐censored data, and degradation data, among others. Simulation studies demonstrate favorable performance compared with existing algorithms in terms of accuracy and speed. Two data sets are used to illustrate the proposed computational method. We further implement the proposed computational method in R package BCA1SG , available at CRAN.     

中国鹿角兰属(兰科)植物新资料

报道了中国兰科(Orchidaceae)鹿角兰属(Pomatocalpa)一新记录种——纹瓣鹿角兰［P. tonkinense (Gagnep.) Seidenf.］,凭证标本保存于广西植物研究所标本馆(IBK)。纹瓣鹿角兰的花序疏生多数花,萼片、花瓣均具2条紫色条纹,中萼片及花瓣远长于侧萼片,与中国原记录的2种鹿角属植物容易区分。该研究提供了新记录种的形态描述、中国鹿角兰属植物图版及分种检索表。     

薏苡叶和淫羊藿配伍对小鼠抗疲劳及耐缺氧的作用*

目的: 探讨薏苡叶和淫羊藿及其配伍的耐缺氧抗疲劳作用。方法: 按体重随机将小鼠平均分为6组:空白对照组、薏苡叶组、淫羊藿组、薏苡叶淫羊藿1∶1配比低中高3个剂量实验组。3个剂量实验组分别给予1.5,4.5,7.5 g·kg^-1·d^-1的对应浓度提液,空白对照组灌以生理盐水,薏苡叶组和淫羊藿组分别给予1.5 g·kg^-1·d^-1浓度的对应提取液,连续灌胃21 d后,观察不同剂量的实验组对小鼠游泳时间,常压耐缺氧时间、爬杆时间、断头后呼吸维持时间及肝重系数的影响。结果: 与对照组比较,实验组抗缺氧耐疲劳作用较好(P＜0.05),其中中剂量组差异均极显著(P＜0.01)。在抗疲劳实验、肝重系数及断头后呼吸方面体现出两味药配伍具有复合作用(P＜0.05),而在常压耐缺氧方面并未表现出复合作用。结论: 薏苡叶和淫羊藿及其配伍对抗疲劳有显著的复合作用,中剂量组耐缺氧抗疲劳效果最好。在耐缺氧方面仅对肝重系数与断头呼吸时间上体现出复合作用。     

安徽北部地区恶性肿瘤人群卡波氏肉瘤相关疱疹病毒血清学分析

卡波氏肉瘤相关疱疹病毒是一种新发现的γ疱疹病毒(Kaposi'ssarcoma-associated herpesvirus,KSHV).在中国新疆,KSHV感染率比较高,KSHV在免疫缺陷患者和静脉吸毒者中感染率也比在普通人群中高.为了进一步研究KSHV在安徽北部地区恶性肿瘤人群中的感染率和高风险因素,初步探讨KSHV与肿瘤的发生之间相关性,研究KSHV的高发人群特点,本研究选用KSHV病毒重组蛋白ORF65、ORF 73和K8.1为抗原,利用酶联免疫吸附实验(ELISA)对500份恶性肿瘤患者血清样本及200份健康体检人群血清样本进行KSHV抗体检测,分析KSHV的感染率及危险因素.结果显示500例肿瘤患者KSHV阳性总数170例,总阳性率为34％,200份健康人群KSHV阳性总数22例,总阳性率为11％,肿瘤人群KSHV阳性率明显高于健康人群(P＜0.001).其中肺癌、肝癌、结肠癌、宫颈癌、乳腺癌样本KSHV阳性率分别为36.4％,34.1％,41.7％,28.6％,30.3％,此5组肿瘤组KSHV阳性率也分别高于健康人群,都具有统计学意义(P＜0.001).但5组肿瘤样本之间KS-HV阳性率无明显差异(P＞0.05),且各组肿瘤样本分别与性别、乙肝五项、丙肝之间无统计学意义(P＞0.05).本研究结果提示安徽北部地区恶性肿瘤患者KSHV抗体阳性率显著高于中国普通人群总体KSHV抗体阳性率,证明KSHV在恶性肿瘤人群中呈现较高比例的分布.     

2018-2019年中国流行性腮腺炎流行特征和病毒基因特征分析

阐明中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2018-2019年流行性腮腺炎(流腮)流行特征和病毒基因特征。对2018-2019年中国流腮流行病学和病毒学监测数据进行描述流行病学和分子流行病学分析。2018-2019年中国流腮年报告发病率分别为18.65/10万和21.48/10万,15岁以下儿童和青少年是我国流腮的高发人群,分别占总病例数的85.30%和82.56%。流腮的流行具有明显的季节性特征。全国各省、自治区、直辖市份均有流腮病例报告,西部和中部地区发病率高于东部地区。2018-2019年共获得160条腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)SH基因序列,其中150条(93.75%)序列鉴定为F基因型MuV,在我国11个省份检测到;10条(6.25%)序列为G基因型MuV,2019年在广东、湖北和新疆3个省份检测到。和我国既往流行MuV代表株相比,2018-2019年流行的F基因型MuV代表株序列在基因亲缘性关系树上相对集中。现阶段我国流腮的流行病学特征未发生明显改变,仍呈现病毒自然流行模式;F基因型作为优势流行基因型,在我国大部分地区持续流行,但毒株的遗传多态性有所降低,这可能和我国实施1剂次腮腺炎疫苗常规免疫策略有关。G基因型MuV主要在我国局部地区流行,但流行范围在逐渐扩大。建议进一步加强两剂次腮腺炎疫苗接种工作,降低我国腮腺炎易感人群。同时持续性开展MuV流行学和病毒学监测工作,为鉴别病毒的来源,确定病毒传播途径和评估腮腺炎疫苗免疫策略奠定重要的基础。     

江苏省2017年新报告HIV感染者治疗前耐药分析及基因亚型分布

基于大样本量的亚型及治疗前耐药分析,更准确地掌握江苏省HIV-1流行亚型,更真实地评估江苏省治疗前耐药水平并为抗病毒治疗的开展提供依据收集2017年全年全江苏省新报告感染者治疗前血样.逆转录PCR扩增HIV-1蛋白酶区(pol)基因并送测序.ChromasPro剪辑,拼接,合成序列.MEGA7做序列比对并构建进化树分析亚型.序列在线比对耐药位点.治疗前耐药分析,耐药率达16.3％.蛋白酶区(PR)主要耐药位点是L33F,占44.4％.核苷酸逆转录酶区(NRTI)主要耐药位点是M184位点变异,占35％.非核苷酸逆转录酶区(NNRTI)耐药位点主要是V179位点变异,占59.2％.CRF01_AE亚型(456,37.7％)和CRF07_BC亚型(381,31.6％)仍为江苏省主要流行亚型;不同的是复杂重组体(CPXs)和独特重组体(URFs)数量极速上升至第三位(241,19.9％).江苏省HIV-1复杂重组体大量出现,提示新人病毒或病毒交叉重组频繁,艾滋病的防制依然任重道远.在治疗前耐药比例大幅上升的情况下,治疗前耐药检测成为个体选择抗病毒治疗方案的关键.     

不同磷水平下玉米-大豆间作系统根系形态变化

本研究通过盆栽试验,探讨不同磷水平(0、50、100 mg P₂O₅·kg^-1,分别用P₀、P₅₀、P₁₀₀表示)下玉米与大豆间作系统根系形态的变化及其与磷吸收的关系,以明确玉米-大豆间作系统促进磷吸收的作用机制。结果表明: 不同磷水平下,间作显著改变了玉米和大豆的根系形态参数,提高了大豆根冠比。与单作模式相比,间作使玉米和大豆的根长、根表面积、根体积、根系干重分别显著增加25.6%、22.0%、39.2%、34.3%和28.1%、29.7%、37.3%、62.3%,而平均根直径分别显著降低15.2%和11.7%。不同磷水平下,磷素吸收当量比(LER_P)>1,玉米-大豆间作具有明显的磷吸收优势,且LER_P不受磷水平调控。间作诱导根系形态改变与磷吸收增加密切相关,其中玉米根系表面积增大、大豆根系长度增加是驱动玉米-大豆间作系统磷高效吸收的主要机制。根据回归方程,玉米根表面积和大豆根系长度增大10%,磷吸收量提高5%～10%。因此,与中等施磷水平(P₁₀₀)下的单作相比,玉米-大豆间作条件下磷肥减施1/2(P₅₀)并未降低玉米的磷吸收量。综上,玉米-大豆间作体系在减施磷肥条件下具有维持作物磷吸收的潜力。     

杨树受机械损伤与光肩星天牛危害的防御性反应

杨树是我国“三北”地区防护林建设的主栽树种,自20世纪70年代以来长期受到光肩星天牛的严重危害。北抗杨对光肩星天牛有一定的抗性,但产生抗性的生化机制尚不清楚。本研究采用试剂盒法与高效液相色谱法以未受害、机械损伤、虫害北抗杨为研究材料,对其树皮和木质部中的次生代谢产物和防御酶含量进行检测,以探索其抗性机制。结果表明,北抗杨受到机械损伤和光肩星天牛危害后其反应不同:1)次生代谢产物,北抗杨受到机械损伤后,树皮中的水杨苷和白杨甙含量显著上升,槲皮苷含量降低;而受光肩星天牛危害后,树皮中的水杨苷和槲皮苷含量显著上升,白杨甙含量无显著变化。机械损伤的北抗杨木质部总酚含量高于虫害与未受害木质部,后两者间无显著差异;光肩星天牛危害的北抗杨木质部白杨甙和亚麻木酚素含量高于机械损伤木质部与未受害木质部。遭受机械损伤与虫害后北抗杨木质部的总酚苷含量显著高于未受害木质部。2)防御酶活性分析表明,与未受害北抗杨树皮相比,受到机械损伤与虫害后的树皮苯丙氨酸解氨酶(PAL)活性显著升高,但两者间无差异;受到机械损伤与虫害后的树皮超氧化物歧化酶(SOD)活性高于未受害树皮,且机械损伤树皮高于虫害树皮;北抗杨受机械损伤与虫害后木质部中的过氧化物酶(POD)活性高于未受害木质部,但两者间无差异。3)与未受害北抗杨相比,北抗杨受机械损伤、虫害后部分次生代谢物和防御酶都有不同程度的增加,推测这些物质可能与北抗杨抗逆性反应有关。