柑橘青霉菌CYP51B基因和上游调控区克隆及生物信息学分析

【目的】克隆柑橘青霉菌(意大利青霉菌,Penicillium italicum)CYP51的同源基因,并对基因序列进行生物信息学分析。【方法】通过PCR及染色体步移技术得到基因的完整序列及上下游调控序列。通过生物信息学手段对基因的结构进行分析:使用NNPP分析软件预测转录起始位点,并利用TFSEARCH1.3软件分析转录因子结合位点。利用SWISS-MODEL在线软件对蛋白进行同源模建。【结果】克隆得到了意大利青霉菌CYP51的同源基因,命名为Pi CYP51B。获得的Pi CYP51B及上下游调控区序列总长为3 496 bp,包括上游910 bp和下游834 bp的序列。Pi CYP51B基因的开放阅读框全长1 575 bp,编码524个氨基酸。该基因含有3个分别为74、51、52 bp的内含子,分别位于247 bp与320 bp之间,519 bp与569 bp之间,1 635 bp与1 686 bp之间。Pi CYP51B 5′上游调控区序列的总长为579 bp。生物信息学分析结果显示:转录起始位点位于上游458 bp处;上游调控区不仅包含启动子的核心结构序列TATA盒(位于-25 bp处),也包含多个转录因子结合位点,如Abd-B、ADR1、AP-4、GATA-1、Cdx A、Clox和Oct-1等。在上游调控序列中嘌呤含量高,而且从+387 bp处开始存在4个连续高嘌呤含量的热激转录因子特异性结合位点(HSF);在+106 bp处开始存在3个连续的Cdx A转录因子结合位点。选用人CYP51晶体结构(PDB ID:3LD6)为模板,利用SWISS-MODEL在线软件构建了意大利青霉菌CYP51B蛋白的结构模型。【结论】克隆了意大利青霉Pi CYP51B基因,其上游含有多个热激应答转录因子特异性结合位点(HSF)表明其参与逆境应答。该基因作为意大利青霉菌CYP51的同源基因,可能与青霉菌对真菌药物的抗药性密切相关。     

放猪干扰对四川夹金山植物群落特征和生物量的影响

选择四川省夹金山针阔混交林,采用典型样地法调查、RDA二维排序分析高山高地植物群落的物种多样性与地上地下生产力的关系及两者对不同等级放猪干扰的响应,结果显示：（1）夹金山针阔混交林群落共有植物55科117属172种,乔木层、灌木层在各程度干扰下优势种变动较小,川滇长尾槭（Acer caudatum var.prattii）、箭竹（Fargesia spathacea）等始终占据首要地位,草本层优势种变化较大;（2）随干扰程度增加,一年生草本重要值升高,多年生草本重要值降低,其中适口性较强的禾草类植物重要值降低,且草本层地下与地上生物量比值明显降低;（3）乔灌草三层物种多样性水平在轻度干扰下最高,重度干扰下最低;（4） RDA结果分析显示,灌、草本层各物种多样指数（除Pielou均匀度指数外）与各层次生物量呈正相关,乔木层各多样性指数与灌木层地上地下生物量、枯落物量均呈正相关;（5）轻度干扰梯度下幼苗占比显著高于其他干扰梯度,I级下林内几乎未发现成活的乔木优势种幼树,群落更新能力最差。综上,建议将重度、较重度（Ⅱ级）干扰样地（即距养猪场2000 m范围内）的管理措施设置为禁牧或轮牧,重点维护川滇长尾槭、糙皮桦（Betula utilis）的幼树生长以促进更新。     

PTK2B与Aβ、Tau和LRP-1在APP/PS1小鼠海马组织和血液中的表达随月龄变化的分析*

目的: 探讨阿尔茨海默病(AD)转基因动物模型脑组织中ptk2b基因及其表达产物PTK2B蛋白随着月龄的变化规律,及其与血液和脑组织中Aβ_1-42、Tau蛋白磷酸化和LRP-1含量的关系。方法: 设5月龄、10月龄、15月龄的APP/PS1转基因小鼠3个实验组,和同月龄的C57BL/6J小鼠3个对照组,共计6组,每组各8只。用Morris水迷宫检测各组小鼠的认知行为学能力,免疫组织化学、Western blot或ELISA检测小鼠海马组织或血液中PTK2B、Aβ_1-42、p-Tau /Tau和LRP-1的表达,qRT-PCR检测海马ptk2b mRNA的表达。结果: 各实验组结果显示,APP/PS1转基因小鼠随着月龄的增长海马组织中PTK2B、ptk2b mRNA和Aβ_1-42、p-Tau/Tau的表达均呈现逐渐增加,而血液中的Aβ_1-42则逐渐降低;海马组织中LRP-1表达也逐渐下调,同时,小鼠的认知行为学功能则表现为时间依赖性降低(P均＜0.05)。各对照组之间比较,除海马组织中LRP-1随着年龄增加而降低(P＜0.05)以外其余指标均没有明显差异(P＞0.05)。结论: APP/PS1转基因小鼠海马组织中PTK2B、Aβ_1-42、p-Tau/Tau的表达上调和LRP-1下调,与其认知功能降低均呈现时间依赖性变化。     

青海湖裸鲤性腺发育的组织学研究

采用石蜡组织切片法,对青海湖裸鲤的性腺发育进行组织学研究,系统地描述了各期卵巢和精巢的形态结构、特征及变化。结果表明:(1)青海湖裸鲤性腺的发育可分为六个时期,卵母细胞从第3时相发育到第4时相基本同步。第Ⅳ期末卵巢,第4时相卵母细胞的卵径大小比较整齐,卵径平均值为2.3mm,第4时相卵母细胞占切面上卵数的85%以上,占切片面积的96%以上,第2、3时相卵母细胞已很少;(2)产后卵巢的组织结构逐步由第Ⅵ期回复到第Ⅱ期,再由第Ⅱ期到第Ⅲ期向第Ⅳ期过渡;(3)性成熟个体有68.12%的雌鱼和83.9%的雄鱼以第Ⅳ期性腺越冬,另有21.01%的雌鱼和10.7%的雄鱼以第Ⅲ期性腺越冬,还有10.87%的雌鱼和5.4%的雄鱼以第Ⅱ期性腺越冬。根据青海湖裸鲤各季节性腺发育情况,作者认为青海湖裸鲤已达到性成熟的个体并不是每年都参与繁殖活动,存在生殖间断性。这反映了青海湖裸鲤的繁殖习性对高原寒冷多变气候的适应性。还对卵黄核和核仁在卵黄形成中的作用以及青海湖裸鲤的产卵类型和生殖间断性进行了讨论。     

利用随机效应模型模拟东北三省胡桃楸地位指数

通过精确模拟东北三省胡桃楸多形地位指数混合效应模型,为胡桃楸立地质量评价提供科学依据,本研究在辽宁、吉林和黑龙江三省23个典型区域内,采用样圆法布设样地197块,测定样地内胡桃楸树高-年龄数据,共得到数据1537组,同时将立地因子进行划分和赋值,应用方差分析和模型拟合进行计算。结果表明: 坡位是影响胡桃楸优势木生长最显著的因素,其次为土壤深度、坡度和坡向等;对8种常见基础模型进行拟合与分析,发现逻辑斯蒂模型H=a/[1+exp(b+cA)]为最优基础模型(R²=0.70),平均绝对误差(MAE)为2.52;对4种主要影响因素进行随机组合,得到随机组合因素最优地位指数模型M_8.15,其R²=0.90,提高了基础模型的拟合精度;采用K均值聚类分组法进一步将初始的立地类型划分为6个立地类型组,按6个立地类型组建立的非线性混合效应模型M_final,即H=(20.1837+u_i)/[1+exp (1.7352-0.0961A)]+ε_ij,其R²=0.92,AIC=912.65,模型的拟合度和精确度显著提高,可以用于东北三省复杂立地类型下胡桃楸立地质量的准确评价。     

锰离子Mn(Ⅱ)对糙皮侧耳木质素降解酶活性和原基形成的影响

木质素降解酶是糙皮侧耳Pleurotus ostreatus分解木质素的关键酶。本文以糙皮侧耳栽培菌株New831为试验材料,通过固体培养法和液体培养法测定了不同浓度锰离子Mn(II)对其菌丝生长、偶氮染料橙黄II降解率、木质素降解酶活性和原基形成的影响。结果表明,添加Mn(II)可促进糙皮侧耳菌丝生长,GP-Orange液体培养时的最适Mn(II)浓度为50μmol/L,GP-Urea-Orange固体培养时的最适Mn(II)浓度为70μmol/L;添加Mn(II)可加速橙黄II的降解,Mn(II)浓度为70μmol/L时,橙黄II降解率最高、脱色圈最大;漆酶和锰过氧化物酶活性均随Mn(II)浓度增加呈现"先升后降"的趋势,而木质素过氧化物酶活性则随Mn(II)浓度的增加而降低;添加Mn(II)可诱导原基形成,Mn(II)浓度为70μmol/L时,原基数量最多。此外,平板培养结果揭示木质素降解酶活性与菌丝生物量之间无相关性,其主要是在营养限制条件下表达。     

利用重组HPV16L1抗原检测宫颈癌抗L1或VLP抗体的对比

为了评价重组大肠杆菌表达的HPV16L1蛋白和重组腺病毒表达的HPV16L1-VLP两种抗原在检测宫颈癌抗16 L1或VLP抗体及在宫颈癌血清学诊断意义上的差别,应用PCR技术从宫颈癌组织的DNA中扩增出全长1535bp的HPV16L1基因片段,克隆至pUC18-T载体中,进行DNA测序鉴定.然后,将HPV16L1基因克隆至pGEX-2T表达载体中,并诱导表达HPV16L1融合蛋白,分子量为83kD,能被HPV16L1单克隆抗体所识别.经GST柱层析法纯化后,与重组腺病毒表达的HPV16L1-VLP分别经酶联免疫吸附(ELISA)法检测12份宫颈癌患者和35份献血员血清.12例宫颈癌血清标本中,抗HPV16L1蛋白的抗体阳性率为7例(占 58.3%);抗HPV16L1-VLP的抗体阳性率为8例(占 66.7%).经大肠杆菌表达的重组抗原HPV16L1检测为HPV16抗体 IgG(+)的 7份患者血清,利用HPV16L1-VLP试剂盒检测均阳性;经大肠杆菌表达的重组抗原检测为HPV16抗体 IgG(-)的5 份患者血清,利用HPV16L1-VLP试剂盒检测有1份阳性.两者对HPV16抗体的阳性检出率并无显著差异(P>0.05).本实验结果说明HPV16与宫颈癌高度相关,利用大肠杆菌表达的重组抗原HPV16L1和HPV16L1-VLP重组抗原检测抗体的敏感性并不受影响.利用重组抗原HPV16 L1对宫颈癌的抗体进行定性、定量分析有助于该疾病的诊断.     

中华鳖肾脏的组织化学特性研究

利用光镜组织化学反应对中华鳖肾单位的结构和组织化学特性进行了详细的观察和分析。结果表明,中华鳖肾脏为分叶形的实质器官,肾小叶由被膜和实质组成,实质无髓质和皮质之分,但可以区分为外侧区和内侧区。外侧区嗜酸性,主要分布有近端小管和集合管。内侧区呈弱嗜酸性,肾小体、颈段、中间段和远端小管主要分布在内侧区。肾小球PAS反应呈阳性,但其琥珀酸脱氢酶(SDH)弱阳性,碱性磷酸酶(ALPase)、Na+/K+-ATPase和阿利新兰(AB)反应为阴性。足细胞酸性磷酸酶(ACPase)反应呈阳性。近端小管刷状缘嗜伊红,PAS反应以及ALPase、ACPase和Na+/K+-ATPase酶反应呈阳性,而SDH弱阳性。中间段、远端小管、集合管弱嗜酸性,SDH阳性。中间段Na+/K+-ATPase弱阳性。远端小管细胞侧面呈PAS阳性,腔面显示AB阳性。集合管胞质含有许多ACPase阳性颗粒,腔面呈PAS强阳性,AB阳性。甲苯胺兰(TB)染色可见集合管腔面有阳性颗粒,肾小管上皮含有亮、暗两种细胞。上述组化反应和分布结果表明,鳖的肾小管细胞类型较多,近端小管在原尿的重吸收中起主要作用,远端小管和集合管具有分泌黏液作用。中华鳖肾单位的结构与组化特性不仅与哺乳类和鸟类有一定差异,也与其他爬行动物不完全相同。       

基于语谱图特征信息分割提取的声景观中鸟类生物多样性分析

声学手段是监测和研究生态系统生物活动规律、评价生态系统健康状况的一种新方法,声景观生态学也是景观生态学的一个新兴研究领域。声景指数是描述复杂的音频数据生态学特征的有效方法,但是,单一的声景指数并不能有效的指示物种的真实丰度。在充分挖掘音频文件时频结构特征的基础上,将遥感领域常用的面向对象图像分割技术引入语谱图分割,并提出了适合于自然界鸟类生物多样性提取的知识规则和斑块统计分析方法。研究实验在杭州植物园的不同区域布点采集音频数据,研究结果表明:鸟类的多样性与地物景观类型和人类活动影响程度密切相关,鸟类叫声的中心频率集中分布在2.5—4.5k Hz之间,最低频率分布在0.67—2.1k Hz之间,最高频率分布在7.6—8.9k Hz之间,人类活动较多的区域,鸟类活动较少且叫声更短促。此外,该方法提取的斑块面积周长比参数,可以定量的反映鸟类叫声的婉转程度。