Human cornea proteome: identification and quantitation of the proteins of the three main layers including epithelium, stroma, and endothelium

Diseases of the cornea are common and refer to conditions like infections, injuries and genetic defects. Morphologically, many corneal diseases affect only certain layers of the cornea and separate analysis of the individual layers is therefore of interest to explore the basic molecular mechanisms involved in corneal health and disease. In this study, the three main layers including, the epithelium, stroma and endothelium of healthy human corneas were isolated. Prior to analysis by LC-MS/MS the proteins from the different layers were either (i) separated by SDS-PAGE followed by in-gel trypsinization, (ii) in-solution digested without prior protein separation or, (iii) in-solution digested followed by cation exchange chromatography. A total of 3250 unique Swiss-Prot annotated proteins were identified in human corneas, 2737 in the epithelium, 1679 in the stroma, and 880 in the endothelial layer. Of these, 1787 proteins have not previously been identified in the human cornea by mass spectrometry. In total, 771 proteins were quantified, 157 based on in-solution digestion and 770 based on SDS-PAGE separation followed by in-gel digestion of excised gel pieces. Protein analysis showed that many of the identified proteins are plasma proteins involved in defense responses.     

1962—2010年甘肃省黄土高原区干旱时空动态格局

借助ArcGIS 9.3和SPSS软件平台,根据甘肃省黄土高原区33个气象站1962—2010年气象资料,利用综合气象干旱指数(CI)从干旱率、干旱强度和干旱频率三方面对甘肃省黄土高原区近50年的干旱时空变化特征进行了分析。结果表明:春、秋季干旱率呈现显著增加趋势,夏、冬季干旱率呈略微增加趋势;夏季干旱频率最大,春季、秋季次之,冬季最少;春、秋季干旱以2000年来最为严重,夏季干旱以2000年以来、20世纪70年代和90年代均较严重,冬季干旱以20世纪80年代最为严重;甘肃省黄土高原区逐年干旱持续日数和干旱强度存在明显的年际波动,线性变化趋势明显;从空间分布来看,春、夏和秋季干旱多发区主要集中在甘肃省黄土高原区西北部,而106°E以西"临洮-通渭-天水"一线和庆阳东南部是干旱多发区变幅最大的地方,冬季干旱多发区主要集中在甘肃省黄土高原区南部。     

上海大莲湖退渔还湖工程水环境改善效果

于2010年4月-2011年2月逐月对上海大莲湖退渔还湖生态修复工程跟踪调查与监测,对工程前后大莲湖水环境理化指标进行分析比较,评估工程修复之后大莲湖水环境的改善效果.生态修复区内TP、TN、NO3--N、NH4+-N和COD比工程区外对照点分别降低了62.5％、72.2％、92.9％、63.3％和8.9％,溶解氧提高了11.1％,叶绿素a、浮游植物丰度和浮游植物生物量分别比工程区外降低了47.7％、15.3％和48.0％;生态修复工程区综合水质标识指数达到国家Ⅲ类水标准,而工程区外为Ⅳ类水;出水水质明显优于进水水质.修复工程区浮游植物区系得到良好改善,水生态系统具备了一定的自净能力.     

西藏蚋属一新种（双翅目：蚋科）

记述西藏自治区蚋属Simulium蚋亚属Simulium 1新种,以陈汉彬教授的名命名为汉彬蚋Simulium(Simulium) hanbini sp. nov.。该新种与Simulium (Simulium) jingfui Cai & An, 2008及Simulium (Simulium)liubaense Liu & An, 2009相似,但该蚋爪无基齿,拉氏器较长,食窦的形状也不同。模式标本保存在北京军事医学科学院医学昆虫标本馆。     

Construction, expression and identification of a recombinant streptococcal protein G

化学合成链球菌蛋白G的C3D基因片段,通过分子生物学的方法对蛋白G(proteinG)的C3[1]片段进行PCR扩增,拼接形成含有两个和三个重复C3片段的重组链球菌蛋白G,C3片段间以链接区D连接,即形成C3DC3和C3DC3DC3的形式,进而克隆到质粒pET21中,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达.重组表达的蛋白经过DEAE - Sepharose和IgG- Sepharose纯化,得到纯化的重组蛋白.采用非竞争性酶免疫法对重组蛋白与不同来源IgG的结合常数进行测定,实验结果显示两种重组链球菌蛋白G均可有效地与小鼠、兔及山羊等多种不同来源抗体特异性结合.这些实验结果为下一步研究奠定了基础.     

链球菌蛋白G的构建、重组表达及鉴定

化学合成链球茵蛋白G的C3D基因片段,通过分子生物学的方法对蛋白G（proteinG）的C3片段进行PCR扩增,拼接形成含有两个和三个重复C3片段的重组链球茵蛋白G,C3片段间以链接区D连接,即形成C3DC3和C3DC3DC3的形式,进而克隆到质粒pET21中,在大肠杆菌BL21（DE3）中表达。重组表达的蛋白经过DEAE—Sepharose和IgG—Sepharose纯化,得到纯化的重组蛋白。采用非竞争性酶免疫法对重组蛋白与不同来源IgG的结合常数进行测定,实验结果显示两种重组链球茵蛋白G均可有效地与小鼠、兔及山羊等多种不同来源抗体特异性结合。这些实验结果为下一步研究奠定了基础。     

甘草酸单铵盐稳定性研究

本文考察甘草酸单铵盐贮存条件对其稳定性的影响。使用甘草酸单铵盐模拟市售包装,通过加速试验与长期稳定性试验,采用国家药品标准及中国药典附录收载的检测方法对样品进行检测,考察药物稳定性。本品内包装采用双层聚氯乙烯塑料袋,外包装为纸板桶,药品在常温条件贮存,五年内保持各项技术指标符合标准规定。甘草酸单铵盐选择适宜包装在常温库保存,药品有效期可由目前两年延长至五年。     

shRNA随机文库结合TK自杀基因筛选靶向HIV-1LTR相关宿主因子

构建shRNA随机文库与HIV-1 LTR启动胸苷激酶基因(TK基因)稳定表达的稳定细胞系HEK293/TK,将两者结合起来,筛选靶向HIV-1 LTR相关宿主因子.方法:通过化学合成含有19个随机脱氧核苷酸的发夹结构,将其退火补平后与合成的接头Linker连接进行PCR反应,将PCR产物酶切后置于慢病毒载体pLenti-U6启动子下游由此构建shRNA随机文库;利用重叠PCR将HIV-1 LTR片段和TK基因连接起来,连接产物经酶切后与pcDNA3.1载体连接;将连接正确的质粒转染HEK293细胞同时用G418加压筛选获得稳定细胞系HEK293/TK;将所获得的文库质粒包装成慢病毒后侵染所构建的HEK293/TK细胞系,通过加入药物GCV进行加压筛选获得存活细胞.结果:成功筛选到加药后存活下来的细胞,抽提细胞基因组,采用巢式PCR扩增目的干扰序列并用Western blot对干扰序列进行验证,鉴定获得一个克隆所表达的shRNA能对TK基因的表达起到抑制作用,通过测序分析获得其干扰序列,该序列很有可能针对HIV-1 LTR某宿主相关因子.结论:成功构建了一种筛选HIV-1 LTR相关宿主因子的方法,筛选所得序列可以定位到具体相关宿主因子,为靶向筛选抗HIV-1药物提供了重要手段.     

从大容量噬菌体抗体库中筛选抗Acr蛋白人源单链抗体

目的:从天然的大容量噬菌体抗体库中筛选特异的抗结核分枝杆菌晶体蛋白( alpha-crystallin Acr)的人源抗体.方法:以结核分枝杆菌Acr蛋白包被免疫管,通过对噬菌体抗体库进行4轮“吸附-洗脱-扩增”的过程从大容量抗体库中筛选特异性抗结核分枝杆菌Acr蛋白的抗体,并对可变区序列进行了测序分析.将特异性的噬菌体抗体感染HB2151菌,经IPTG诱导表达,制备了抗结核分枝杆菌Acr蛋白的可溶性单链抗体;对其序列和抗原结合活性进行分析鉴定.结果:经过4轮筛选,获得了43个与结核分枝杆菌Acr蛋白结合的阳性克隆,其中29个特异结合的克隆;测序分析有26不同的可变区片段;通过可溶性单链抗体(scFv)表达筛选到14株特异性结合Acr蛋白的可溶性单链抗体克隆;经过基因测序,分析了可变区基因的亚群.成功制备了可溶性单链抗体.Westren blotting分析证实筛选的人源单链抗体能与天然蛋白结合.结论:利用单链大容量抗体库获得抗结核分枝杆菌Acr蛋白的噬菌体抗体并且成功制备抗结核分枝杆菌Acr天然蛋白的可溶性单链抗体,为今后的研究和应用奠定基础.